seq1 = pF1KE2085.tfa, 2277 bp
seq2 = pF1KE2085/gi568815585f_113109628.tfa (gi568815585f:113109628_113363579), 253952 bp

>pF1KE2085 2277
>gi568815585f:113109628_113363579 (Chr13)

1-148  (100001-100148)   100% ->
149-264  (100346-100461)   100% ->
265-370  (109318-109423)   99% ->
371-438  (118351-118418)   100% ->
439-512  (119819-119892)   100% ->
513-675  (123550-123712)   100% ->
676-765  (124270-124359)   100% ->
766-848  (125436-125518)   100% ->
849-916  (127196-127263)   100% ->
917-1035  (129806-129924)   100% ->
1036-1228  (133341-133533)   99% ->
1229-1333  (134783-134887)   100% ->
1334-1444  (135322-135432)   100% ->
1445-1530  (135525-135610)   100% ->
1531-1638  (136329-136436)   100% ->
1639-1752  (143455-143568)   100% ->
1753-1858  (145066-145171)   100% ->
1859-2031  (145326-145498)   100% ->
2032-2184  (150980-151132)   100% ->
2185-2277  (153860-153952)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACGAGGCCCCGCGGAAGGGCAGCTTCTCGGCGCTCGTGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACGAGGCCCCGCGGAAGGGCAGCTTCTCGGCGCTCGTGGGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCAACGGCCTCACCAAGCCCGCGGCCCTGGCCGCCGCGCCCGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCAACGGCCTCACCAAGCCCGCGGCCCTGGCCGCCGCGCCCGCCAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGGGGCGCGGGCGGCTCCAAGAAGCTGGTCATCAAGAACTTCCGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100101 CGGGGGGCGCGGGCGGCTCCAAGAAGCTGGTCATCAAGAACTTCCGAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149        ACAGACCTCGGCTGCCCGACAACTACACGCAGGACACGTGGCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 G...CAGACAGACCTCGGCTGCCCGACAACTACACGCAGGACACGTGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGCTGCACGAGGCGGTGCGGGCCGTGCAGAGCAGCACCTCCATCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100389 GAAGCTGCACGAGGCGGTGCGGGCCGTGCAGAGCAGCACCTCCATCAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAACCTCGAGGAGCTCTACCAG         GCTGTGGAAAATCTCTGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100439 ACAACCTCGAGGAGCTCTACCAGGTG...CAGGCTGTGGAAAATCTCTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTCACAAAGTCTCCCCAATGCTCTACAAGCAACTGCGTCAGGCCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109336 TCTCACAAAGTCTCCCCAATGCTCTACAAGCAACTGCGTCAGGCCTGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGACCACGTCCAGGCACAGATCCTTCCGTTTAGAGAAG         ACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| >>>...>>>|||
 109386 AGACCACGTCCAGGCACAGATCCTTCCGTTTAGAGAATATC...CAGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CACTAGATAGTGTTTTATTTTTAAAGAAGATTAACACGTGCTGGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118354 CACTAGATAGTGTTTTATTTTTAAAGAAGATTAACACGTGCTGGCAGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACTGCAGACAAATG         ATCATGATCAGAAGCATCTTCCTGTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 118404 CACTGCAGACAAATGGTA...CAGATCATGATCAGAAGCATCTTCCTGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTGGACCGCACCTATGTGCTGCAGAACTCCACGCTGCCCTCCATCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 119845 CTTGGACCGCACCTATGTGCTGCAGAACTCCACGCTGCCCTCCATCTGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    513        GGATATGGGATTAGAACTGTTTAGAACCCATATTATTAGTGAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119895 G...CAGGGATATGGGATTAGAACTGTTTAGAACCCATATTATTAGTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAAATGGTTCAGAGTAAAACCATTGATGGAATCCTACTGCTGATCGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123593 AAAATGGTTCAGAGTAAAACCATTGATGGAATCCTACTGCTGATCGAGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGAGAGGAGCGGCGAGGCCGTGGACCGGAGCCTGTTGCGGAGCCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123643 CGAGAGGAGCGGCGAGGCCGTGGACCGGAGCCTGTTGCGGAGCCTCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCATGCTGTCTGACCTGCAG         GTGTATAAAGATTCATTTGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 123693 GCATGCTGTCTGACCTGCAGGTG...TAGGTGTATAAAGATTCATTTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGAAATTTTTGGAAGAGACTAATTGCTTATATGCTGCCGAAGGCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124291 CTGAAATTTTTGGAAGAGACTAATTGCTTATATGCTGCCGAAGGCCAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTAATGCAGGAAAGAGAG         GTTCCAGAATATCTTAACCATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 124341 GTTAATGCAGGAAAGAGAGGTG...AAGGTTCCAGAATATCTTAACCATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TAAGTAAACGCTTAGAGGAAGAGGGAGACAGAGTAATCACTTACTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125458 TAAGTAAACGCTTAGAGGAAGAGGGAGACAGAGTAATCACTTACTTGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CACAGCACACA         GAAACCACTGATTGCTTGTGTGGAGAAACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 125508 CACAGCACACAGTA...TAGGAAACCACTGATTGCTTGTGTGGAGAAACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCTATTAGGAGAACATTTAACAGCAATTCTGCAGAAAG         GGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 127226 GCTATTAGGAGAACATTTAACAGCAATTCTGCAGAAAGGTA...CAGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCGACCACTTACTGGATGAGAACAGAGTGCCGGACCTCGCACAGATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129809 TCGACCACTTACTGGATGAGAACAGAGTGCCGGACCTCGCACAGATGTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAGCTGTTCAGCCGGGTGAGGGGCGGGCAGCAGGCGCTGCTGCAGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129859 CAGCTGTTCAGCCGGGTGAGGGGCGGGCAGCAGGCGCTGCTGCAGCACTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAGCGAGTACATCAAG         ACTTTTGGAACAGCGATCGTAATCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 129909 GAGCGAGTACATCAAGGTA...TAGACTTTTGGAACAGCGATCGTAATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATCCTGAGAAAGATAAAGACATGGTCCAAGACCTGTTGGACTTCAAGGAC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133366 ATCCTGAGAAAGACAAAGACATGGTCCAAGACCTGTTGGACTTCAAGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AAGGTGGACCACGTGATCGAGGTCTGCTTCCAGAAGAATGAGCGGTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133416 AAGGTGGACCACGTGATCGAGGTCTGCTTCCAGAAGAATGAGCGGTTCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CAACCTGATGAAGGAGTCCTTTGAGACGTTCATCAACAAGAGACCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133466 CAACCTGATGAAGGAGTCCTTTGAGACGTTCATCAACAAGAGACCCAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGCCTGCAGAACTGATCG         CAAAGCATGTGGATTCAAAGTTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 133516 AGCCTGCAGAACTGATCGGTA...CAGCAAAGCATGTGGATTCAAAGTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AGAGCAGGCAACAAAGAAGCCACAGACGAGGAGCTGGAGCGGACGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134806 AGAGCAGGCAACAAAGAAGCCACAGACGAGGAGCTGGAGCGGACGTTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CAAGATCATGATCCTGTTCAGGTTTATCCACG         GTAAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 134856 CAAGATCATGATCCTGTTCAGGTTTATCCACGGTG...TAGGTAAAGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TCTTTGAAGCATTTTATAAAAAAGATTTGGCAAAAAGACTCCTTGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135331 TCTTTGAAGCATTTTATAAAAAAGATTTGGCAAAAAGACTCCTTGTTGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AAAAGTGCCTCAGTCGATGCTGAAAAGTCTATGTTGTCAAAGCTCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135381 AAAAGTGCCTCAGTCGATGCTGAAAAGTCTATGTTGTCAAAGCTCAAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TG         AGTGCGGTGCAGCCTTCACCAGCAAGCTGGAAGGCATGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135431 TGGTA...CAGAGTGCGGTGCAGCCTTCACCAGCAAGCTGGAAGGCATGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TCAAGGACATGGAGCTTTCGAAGGACATCATGGTTCATTTCAAGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 135564 TCAAGGACATGGAGCTTTCGAAGGACATCATGGTTCATTTCAAGCAGGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1531       CATATGCAGAATCAGAGTGACTCAGGCCCTATAGACCTCACAGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135614 ...TAGCATATGCAGAATCAGAGTGACTCAGGCCCTATAGACCTCACAGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GAACATACTCACAATGGGCTACTGGCCAACATACACGCCCATGGAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136373 GAACATACTCACAATGGGCTACTGGCCAACATACACGCCCATGGAAGTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 ACTTAACCCCAGAA         ATGATTAAACTTCAGGAAGTATTTAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 136423 ACTTAACCCCAGAAGTA...CAGATGATTAAACTTCAGGAAGTATTTAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GCATTTTATCTTGGAAAGCACAGTGGTCGAAAACTTCAGTGGCAAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143482 GCATTTTATCTTGGAAAGCACAGTGGTCGAAAACTTCAGTGGCAAACTAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TTTGGGACATGCTGTTTTAAAAGCGGAGTTTAAAGAA         GGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 143532 TTTGGGACATGCTGTTTTAAAAGCGGAGTTTAAAGAAGTA...CAGGGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 AGAAGGAATTCCAGGTGTCCCTCTTCCAGACACTGGTGCTCCTCATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145070 AGAAGGAATTCCAGGTGTCCCTCTTCCAGACACTGGTGCTCCTCATGTTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 AACGAGGGAGATGGCTTCAGCTTTGAGGAGATAAAAATGGCCACGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145120 AACGAGGGAGATGGCTTCAGCTTTGAGGAGATAAAAATGGCCACGGGGAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 AG         AGGATAGTGAATTGCGCAGAACGCTGCAGTCCCTGGCCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145170 AGGTA...CAGAGGATAGTGAATTGCGCAGAACGCTGCAGTCCCTGGCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 GTGGCAAAGCACGTGTGCTGATTAAAAGTCCCAAAGGAAAGGAAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145365 GTGGCAAAGCACGTGTGCTGATTAAAAGTCCCAAAGGAAAGGAAGTGGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GATGGAGACAAGTTCATTTTTAATGGAGAGTTCAAGCACAAGTTGTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145415 GATGGAGACAAGTTCATTTTTAATGGAGAGTTCAAGCACAAGTTGTTTAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 AATAAAGATCAATCAAATTCAGATGAAGGAAACT         GTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 145465 AATAAAGATCAATCAAATTCAGATGAAGGAAACTGTA...CAGGTTGAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 AACAGGTTAGCACCACTGAGAGAGTGTTTCAGGATAGACAATATCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150987 AACAGGTTAGCACCACTGAGAGAGTGTTTCAGGATAGACAATATCAGATT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GATGCTGCTATCGTCAGAATAATGAAGATGAGAAAGACTCTTGGTCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151037 GATGCTGCTATCGTCAGAATAATGAAGATGAGAAAGACTCTTGGTCATAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 TCTTCTAGTTTCTGAATTATATAATCAGCTGAAATTTCCAGTAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 151087 TCTTCTAGTTTCTGAATTATATAATCAGCTGAAATTTCCAGTAAAGGTA.

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2185      CCTGGAGATTTGAAAAAGAGAATTGAATCTCTGATAGACAGAGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151137 ..TAGCCTGGAGATTTGAAAAAGAGAATTGAATCTCTGATAGACAGAGAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2230 TATATGGAGAGAGACAAAGACAATCCGAATCAGTACCACTACGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153905 TATATGGAGAGAGACAAAGACAATCCGAATCAGTACCACTACGTGGCC