seq1 = pF1KE2081.tfa, 2262 bp
seq2 = pF1KE2081/gi568815596f_169504042.tfa (gi568815596f:169504042_169737520), 233479 bp

>pF1KE2081 2262
>gi568815596f:169504042_169737520 (Chr2)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-136  (100146-100220)   100% ->
137-244  (101998-102105)   100% ->
245-289  (103063-103107)   100% ->
290-377  (104630-104717)   100% ->
378-407  (110423-110452)   100% ->
408-547  (110544-110683)   100% ->
548-761  (126733-126946)   100% ->
762-929  (127725-127892)   100% ->
930-1017  (129119-129206)   100% ->
1018-1154  (132051-132187)   100% ->
1155-2262  (132372-133479)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAATAAAGGTTCAACGTCCTCGATGTTTTTTTGACATTGCCATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAATAAAGGTTCAACGTCCTCGATGTTTTTTTGACATTGCCATTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATCAACCTG         CTGGAAGAGTTGTCTTTGAATTATTTTCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATCAACCTGGTA...CAGCTGGAAGAGTTGTCTTTGAATTATTTTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGTGTGCCCCAAAACATGCGAGAACTTTCGTTGTCTTTGTACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100176 ATGTGTGCCCCAAAACATGCGAGAACTTTCGTTGTCTTTGTACAGGTT..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     GTGAAAAGGGGACCGGGAAATCAACTCAGAAACCATTACATTATAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100226 .TAGGTGAAAAGGGGACCGGGAAATCAACTCAGAAACCATTACATTATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAGTTGTCTCTTTCACAGAGTTGTCAAGGATTTTATGGTTCAAGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102044 GAGTTGTCTCTTTCACAGAGTTGTCAAGGATTTTATGGTTCAAGGTGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTTCAGTGAAG         GAAATGGACGAGGAGGGGAATCTATCTAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102094 ACTTCAGTGAAGGTG...TAGGAAATGGACGAGGAGGGGAATCTATCTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGAGGATTTTTTGAAG         ACGAGAGTTTCGCTGTTAAACACAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103092 GGAGGATTTTTTGAAGGTA...TAGACGAGAGTTTCGCTGTTAAACACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CAAAGAATTTCTCTTGTCAATGGCCAACAGAGGGAAGGATACAAATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104655 CAAAGAATTTCTCTTGTCAATGGCCAACAGAGGGAAGGATACAAATGGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CACAGTTCTTCAT         AACAACGAAACCAACTCCTCATTTAGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104705 CACAGTTCTTCATGTA...AAGAACAACGAAACCAACTCCTCATTTAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GG         GCATCATGTTGTTTTTGGACAAGTAATCTCTGGTCAAGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110451 GGGTA...TAGGCATCATGTTGTTTTTGGACAAGTAATCTCTGGTCAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 AGTTGTAAGAGAGATTGAAAACCAGAAAACAGATGCAGCTAGCAAACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110583 AGTTGTAAGAGAGATTGAAAACCAGAAAACAGATGCAGCTAGCAAACCGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTGCGGAGGTACGGATACTCAGTTGTGGAGAGCTGATTCCCAAATCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110633 TTGCGGAGGTACGGATACTCAGTTGTGGAGAGCTGATTCCCAAATCTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 G         TTAAGAAAGAAGAAAAGAAAAGGCATAAATCATCATCATC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110683 GGTA...AAGTTAAGAAAGAAGAAAAGAAAAGGCATAAATCATCATCATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TTCCTCCTCCTCATCTAGTGACTCAGATAGCTCAAGTGATTCTCAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126773 TTCCTCCTCCTCATCTAGTGACTCAGATAGCTCAAGTGATTCTCAGTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTTCTGATTCCTCTGATTCCGAAAGTGCTACTGAAGAGAAATCAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126823 CTTCTGATTCCTCTGATTCCGAAAGTGCTACTGAAGAGAAATCAAAGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AGAAAAAAGAAACATCGGAAAAATTCCCGAAAACACAAGAAAGAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126873 AGAAAAAAGAAACATCGGAAAAATTCCCGAAAACACAAGAAAGAAAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AAAGCGAAAGAAAAGCAAGAAGAG         TGCATCTAGTGAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 126923 AAAGCGAAAGAAAAGCAAGAAGAGGTC...AAGTGCATCTAGTGAGAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AAGCTGAAAATCTTGAAGCACAACCCCAGTCTACTGTCCGTCCAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127742 AAGCTGAAAATCTTGAAGCACAACCCCAGTCTACTGTCCGTCCAGAAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATCCCTCCTATACCTGAAAATAGATTCCTAATGAGAAAAAGTCCTCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127792 ATCCCTCCTATACCTGAAAATAGATTCCTAATGAGAAAAAGTCCTCCTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGCTGATGAGAAGGAAAGGAAAAACAGAGAGAGAGAAAGGGAAAGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127842 AGCTGATGAGAAGGAAAGGAAAAACAGAGAGAGAGAAAGGGAAAGAGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 G         TAATCCACCTAACTCCCAGCCTGCTTCATACCAGAGACGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127892 GGTA...TAGTAATCCACCTAACTCCCAGCCTGCTTCATACCAGAGACGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTTTTAGTTACTAGATCTGGCAGGAAAATTAAAGGAAGAGGACCAAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 129159 CTTTTAGTTACTAGATCTGGCAGGAAAATTAAAGGAAGAGGACCAAGGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1018        CGTTATCGAACTCCTTCCAGATCCAGATCAAGGGATCGTTTCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129209 A...TAGCGTTATCGAACTCCTTCCAGATCCAGATCAAGGGATCGTTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GACGTAGTGAGACTCCTCCACATTGGAGGCAAGAGATGCAGAGAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132094 GACGTAGTGAGACTCCTCCACATTGGAGGCAAGAGATGCAGAGAGCTCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGAATGAGGGTATCAAGTGGTGAAAGATGGATCAAGGGGGATAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 132144 AGAATGAGGGTATCAAGTGGTGAAAGATGGATCAAGGGGGATAAGTA...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1155    GAGTGAGTTGAATGAAATAAAAGAAAATCAGAGAAGTCCAGTTAGAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132369 TAGGAGTGAGTTGAATGAAATAAAAGAAAATCAGAGAAGTCCAGTTAGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TAAAAGAGAGAAAAATAACAGATCACAGGAATGTATCTGAGAGTCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132419 TAAAAGAGAGAAAAATAACAGATCACAGGAATGTATCTGAGAGTCCAAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AGAAAAAATGAAAAGGAGAAGAAAGTTAAAGACCATAAATCTAACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132469 AGAAAAAATGAAAAGGAGAAGAAAGTTAAAGACCATAAATCTAACAGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGAGAGAGACATCAGAAGAAATTCAGAAAAAGAAGACAAGTATAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 132519 AGAGAGAGACATCAGAAGAAATTCAGAAAAAGATGACAAGTATAAAAACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAGTGAAGAAAAGGGCCAAATCTAAAAGTAGGAGTAAGAGCAAAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132569 AAGTGAAGAAAAGGGCCAAATCTAAAAGTAGGAGTAAGAGCAAAGAGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TCAAAGAGTAAAGAAAGAGATTCAAAACATAATAGAAATGAAGAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132619 TCAAAGAGTAAAGAAAGAGATTCAAAACATAATAGAAATGAAGAAAAGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GATGAGGTCAAGGAGTAAAGGAAGGGATCATGAAAATGTTAAAGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132669 GATGAGGTCAAGGAGTAAAGGAAGGGATCATGAAAATGTTAAAGAAAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AAAAGCAGTCTGATTCTAAAGGAAAAGATCAGGAAAGGAGTAGAAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132719 AAAAGCAGTCTGATTCTAAAGGAAAAGATCAGGAAAGGAGTAGAAGTAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GAGAAGTCTAAACAGTTAGAATCAAAGAGTAATGAGCATGATCACAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132769 GAGAAGTCTAAACAGTTAGAATCAAAGAGTAATGAGCATGATCACAGTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AAGTAAGGAAAAGGATAGACGCGCACAATCCAGGAGTAGAGAATGTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132819 AAGTAAGGAAAAGGATAGACGCGCACAATCCAGGAGTAGAGAATGTGATA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TAACTAAAGGTAAACACAGTTATAATAGCAGAACAAGAGAACGAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132869 TAACTAAAGGTAAACACAGTTATAATAGCAGAACAAGAGAACGAAGCAGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AGTAGGGACAGAAGCAGAAGAGTGCGATCAAGAACCCATGACAGAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132919 AGTAGGGACAGAAGCAGAAGAGTGCGATCAAGAACCCATGACAGAGATCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CAGCAGAAGCAAGGAGTACCATAGATACAGAGAACAGGAATACAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132969 CAGCAGAAGCAAGGAGTACCATAGATACAGAGAACAGGAATACAGGAGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 GAGGACGGTCACGAAGCCGAGAGAGAAGAACACCACCAGGAAGATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133019 GAGGACGGTCACGAAGCCGAGAGAGAAGAACACCACCAGGAAGATCAAGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 AGTAAAGATAGGAGGAGAAGGAGGAGAGACTCACGGAGCTCAGAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133069 AGTAAAGATAGGAGGAGAAGGAGGAGAGACTCACGGAGCTCAGAGAGAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 AGAAAGTCAAAGCAGAAACAAAGACAAATACAGAAACCAAGAGAGTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133119 AGAAAGTCAAAGCAGAAACAAAGACAAATACAGAAACCAAGAGAGTAAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 GCTCACACAGAAAAGAAAATTCTGAGAGTGAGAAAAGAATGTACTCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133169 GCTCACACAGAAAAGAAAATTCTGAGAGTGAGAAAAGAATGTACTCTAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 AGTCGTGATCATAATAGCTCAAATAACAGCAGGGAAAAAAAGGCTGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133219 AGTCGTGATCATAATAGCTCAAATAACAGCAGGGAAAAAAAGGCTGATAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 AGATCAAAGTCCCTTCTCAAAAATAAAACAAAGCAGTCAGGACAATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133269 AGATCAAAGTCCCTTCTCAAAAATAAAACAAAGCAGTCAGGACAATGAAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 TAAAGTCCTCCATGTTGAAAAATAAGGAGGATGAGAAGATCAGATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133319 TAAAGTCCTCCATGTTGAAAAATAAGGAGGATGAGAAGATCAGATCCTCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 GTGGAAAAAGAAAACCAAAAATCAAAAGGTCAAGAAAATGACCATGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133369 GTGGAAAAAGAAAACCAAAAATCAAAAGGTCAAGAAAATGACCATGTACA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 TGAAAAAAATAAAAAATTTGATCATGAATCAAGCCCTGGAACAGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133419 TGAAAAAAATAAAAAATTTGATCATGAATCAAGCCCTGGAACAGATGAAG

   2350     .    :
   2252 ACAAAAGCGGA
        |||||||||||
 133469 ACAAAAGCGGA