seq1 = pF1KE2078.tfa, 2244 bp
seq2 = pF1KE2078/gi568815583r_58497550.tfa (gi568815583r:58497550_58849534), 351985 bp

>pF1KE2078 2244
>gi568815583r:58497550_58849534 (Chr15)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-206  (131808-131958)   100% ->
207-325  (167221-167339)   100% ->
326-484  (170253-170411)   100% ->
485-585  (184338-184438)   100% ->
586-735  (203331-203480)   100% ->
736-828  (205557-205649)   100% ->
829-1012  (208575-208758)   100% ->
1013-1176  (216176-216339)   100% ->
1177-1360  (221652-221835)   100% ->
1361-1511  (227914-228064)   100% ->
1512-1695  (237544-237727)   100% ->
1696-1804  (238428-238536)   100% ->
1805-2025  (239018-239238)   100% ->
2026-2152  (249811-249937)   100% ->
2153-2244  (251894-251985)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTTGCTGAGAGTGTTAATTCTGCTCCTCTCCTGGGCGGCGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTTGCTGAGAGTGTTAATTCTGCTCCTCTCCTGGGCGGCGGGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAG         GTCAGTATGGGAATCCTTTAAATAAATATATCAGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAGGTG...TAGGTCAGTATGGGAATCCTTTAAATAAATATATCAGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTATGAAGGATTATCTTACAATGTGGATTCATTACACCAAAAACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131844 ATTATGAAGGATTATCTTACAATGTGGATTCATTACACCAAAAACACCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGTGCCAAAAGAGCAGTCTCACATGAAGACCAATTTTTACGTCTAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131894 CGTGCCAAAAGAGCAGTCTCACATGAAGACCAATTTTTACGTCTAGATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCATGCCCATGGAAG         ACATTTCAACCTACGAATGAAGAGGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 131944 CCATGCCCATGGAAGGTA...CAGACATTTCAACCTACGAATGAAGAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACACTTCCCTTTTCAGTGATGAATTTAAAGTAGAAACATCAAATAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167247 ACACTTCCCTTTTCAGTGATGAATTTAAAGTAGAAACATCAAATAAAGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTGATTATGATACCTCTCATATTTACACTGGACATATTTATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 167297 CTTGATTATGATACCTCTCATATTTACACTGGACATATTTATGGTA...T

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   GTGAAGAAGGAAGTTTTAGCCATGGGTCTGTTATTGATGGAAGATTTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170251 AGGTGAAGAAGGAAGTTTTAGCCATGGGTCTGTTATTGATGGAAGATTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGGATTCATCCAGACTCGTGGTGGCACATTTTATGTTGAGCCAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170301 AAGGATTCATCCAGACTCGTGGTGGCACATTTTATGTTGAGCCAGCAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGATATATTAAAGACCGAACTCTGCCATTTCACTCTGTCATTTATCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170351 AGATATATTAAAGACCGAACTCTGCCATTTCACTCTGTCATTTATCATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGATGATATTA         ACTATCCCCATAAATACGGTCCTCAGGGGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 170401 AGATGATATTAGTA...TAGACTATCCCCATAAATACGGTCCTCAGGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTGTGCAGATCATTCAGTATTTGAAAGAATGAGGAAATACCAGATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184368 GCTGTGCAGATCATTCAGTATTTGAAAGAATGAGGAAATACCAGATGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGTGTAGAGGAAGTAACACAG         ATACCTCAAGAAGAACATGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 184418 GGTGTAGAGGAAGTAACACAGGTA...TAGATACCTCAAGAAGAACATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGCTAATGGTCCAGAACTTCTGAGGAAAAAACGTACAACTTCAGCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203351 TGCTAATGGTCCAGAACTTCTGAGGAAAAAACGTACAACTTCAGCTGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAAATACTTGTCAGCTTTATATTCAGACTGATCATTTGTTCTTTAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203401 AAAATACTTGTCAGCTTTATATTCAGACTGATCATTTGTTCTTTAAATAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TACGGAACACGAGAAGCTGTGATTGCCCAG         ATATCCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 203451 TACGGAACACGAGAAGCTGTGATTGCCCAGGTA...TAGATATCCAGTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGTTAAAGCGATTGATACAATTTACCAGACCACAGACTTCTCCGGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205568 TGTTAAAGCGATTGATACAATTTACCAGACCACAGACTTCTCCGGAATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTAACATCAGTTTCATGGTGAAACGCATAAGA         ATCAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 205618 GTAACATCAGTTTCATGGTGAAACGCATAAGAGTA...TAGATCAATACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACTGCTGATGAGAAGGACCCTACAAATCCTTTCCGTTTCCCAAATATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208584 ACTGCTGATGAGAAGGACCCTACAAATCCTTTCCGTTTCCCAAATATTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGTGGAGAAGTTTCTGGAATTGAATTCTGAGCAGAATCATGATGACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208634 TGTGGAGAAGTTTCTGGAATTGAATTCTGAGCAGAATCATGATGACTACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTTTGGCCTATGTCTTCACAGACCGAGATTTTGATGATGGCGTACTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208684 GTTTGGCCTATGTCTTCACAGACCGAGATTTTGATGATGGCGTACTTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGGCTTGGGTTGGAGCACCTTCAG         GAAGCTCTGGAGGAAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 208734 CTGGCTTGGGTTGGAGCACCTTCAGGTA...TAGGAAGCTCTGGAGGAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ATGTGAAAAAAGTAAACTCTATTCAGATGGTAAGAAGAAGTCCTTAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216192 ATGTGAAAAAAGTAAACTCTATTCAGATGGTAAGAAGAAGTCCTTAAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGGAATTATTACTGTTCAGAACTATGGGTCTCATGTACCTCCCAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216242 CTGGAATTATTACTGTTCAGAACTATGGGTCTCATGTACCTCCCAAAGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCTCACATTACTTTTGCTCACGAAGTTGGACATAACTTTGGATCCCCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 216292 TCTCACATTACTTTTGCTCACGAAGTTGGACATAACTTTGGATCCCCAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1177        CATGATTCTGGAACAGAGTGCACACCAGGAGAATCTAAGAATT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216342 A...CAGCATGATTCTGGAACAGAGTGCACACCAGGAGAATCTAAGAATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGGGTCAAAAAGAAAATGGCAATTACATCATGTATGCAAGAGCAACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221695 TGGGTCAAAAAGAAAATGGCAATTACATCATGTATGCAAGAGCAACATCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGGGACAAACTTAACAACAATAAATTCTCACTCTGTAGTATTAGAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221745 GGGGACAAACTTAACAACAATAAATTCTCACTCTGTAGTATTAGAAATAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AAGCCAAGTTCTTGAGAAGAAGAGAAACAACTGTTTTGTTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 221795 AAGCCAAGTTCTTGAGAAGAAGAGAAACAACTGTTTTGTTGGTA...CAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AATCTGGCCAACCTATTTGTGGAAATGGAATGGTAGAACAAGGTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227914 AATCTGGCCAACCTATTTGTGGAAATGGAATGGTAGAACAAGGTGAAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TGTGATTGTGGCTATAGTGACCAGTGTAAAGATGAATGCTGCTTCGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227964 TGTGATTGTGGCTATAGTGACCAGTGTAAAGATGAATGCTGCTTCGATGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AAATCAACCAGAGGGAAGAAAATGCAAACTGAAACCTGGGAAACAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228014 AAATCAACCAGAGGGAAGAAAATGCAAACTGAAACCTGGGAAACAGTGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 G         TCCAAGTCAAGGTCCTTGTTGTACAGCACAGTGTGCATTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228064 GGTA...TAGTCCAAGTCAAGGTCCTTGTTGTACAGCACAGTGTGCATTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AAGTCAAAGTCTGAGAAGTGTCGGGATGATTCAGACTGTGCAAGGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237584 AAGTCAAAGTCTGAGAAGTGTCGGGATGATTCAGACTGTGCAAGGGAAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AATATGTAATGGCTTCACAGCTCTCTGCCCAGCATCTGACCCTAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237634 AATATGTAATGGCTTCACAGCTCTCTGCCCAGCATCTGACCCTAAACCAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 ACTTCACAGACTGTAATAGGCATACACAAGTGTGCATTAATGGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 237684 ACTTCACAGACTGTAATAGGCATACACAAGTGTGCATTAATGGGGTA...

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1696    CAATGTGCAGGTTCTATCTGTGAGAAATATGGCTTAGAGGAGTGTAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238425 TAGCAATGTGCAGGTTCTATCTGTGAGAAATATGGCTTAGAGGAGTGTAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GTGTGCCAGTTCTGATGGCAAAGATGATAAAGAATTATGCCATGTATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238475 GTGTGCCAGTTCTGATGGCAAAGATGATAAAGAATTATGCCATGTATGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GTATGAAGAAAA         TGGACCCATCAACTTGTGCCAGTACAGGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 238525 GTATGAAGAAAAGTA...CAGTGGACCCATCAACTTGTGCCAGTACAGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TCTGTGCAGTGGAGTAGGCACTTCAGTGGTCGAACCATCACCCTGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239047 TCTGTGCAGTGGAGTAGGCACTTCAGTGGTCGAACCATCACCCTGCAACC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TGGATCCCCTTGCAACGATTTTAGAGGTTACTGTGATGTTTTCATGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239097 TGGATCCCCTTGCAACGATTTTAGAGGTTACTGTGATGTTTTCATGCGGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 GCAGATTAGTAGATGCTGATGGTCCTCTAGCTAGGCTTAAAAAAGCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239147 GCAGATTAGTAGATGCTGATGGTCCTCTAGCTAGGCTTAAAAAAGCAATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 TTTAGTCCAGAGCTCTATGAAAACATTGCTGAATGGATTGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 239197 TTTAGTCCAGAGCTCTATGAAAACATTGCTGAATGGATTGTGGTA...TA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2026  GCTCATTGGTGGGCAGTATTACTTATGGGAATTGCTCTGATCATGCTAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249810 GGCTCATTGGTGGGCAGTATTACTTATGGGAATTGCTCTGATCATGCTAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 TGGCTGGATTTATTAAGATATGCAGTGTTCATACTCCAAGTAGTAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249860 TGGCTGGATTTATTAAGATATGCAGTGTTCATACTCCAAGTAGTAATCCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 AAGTTGCCTCCTCCTAAACCACTTCCAG         GCACTTTAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 249910 AAGTTGCCTCCTCCTAAACCACTTCCAGGTA...CAGGCACTTTAAAGAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 GAGGAGACCTCCACAGCCCATTCAGCAACCCCAGCGTCAGCGGCCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251907 GAGGAGACCTCCACAGCCCATTCAGCAACCCCAGCGTCAGCGGCCCCGAG

   2350     .    :    .    :    .
   2216 AGAGTTATCAAATGGGACACATGAGACGC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 251957 AGAGTTATCAAATGGGACACATGAGACGC