seq1 = pF1KE2075.tfa, 2217 bp
seq2 = pF1KE2075/gi568815597f_100619861.tfa (gi568815597f:100619861_100838280), 218420 bp

>pF1KE2075 2217
>gi568815597f:100619861_100838280 (Chr1)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-340  (100616-100891)   100% ->
341-661  (103160-103480)   100% ->
662-928  (104764-105030)   100% ->
929-1204  (109247-109522)   100% ->
1205-1525  (111338-111658)   100% ->
1526-1792  (112558-112824)   100% ->
1793-2059  (114642-114908)   100% ->
2060-2217  (118263-118420)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGGGAAGATGGTCGTGATCCTTGGAGCCTCAAATATACTTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGGGAAGATGGTCGTGATCCTTGGAGCCTCAAATATACTTTGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATGTTTGCAGCTT         CTCAAGCTTTTAAAATCGAGACCACCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATGTTTGCAGCTTGTA...CAGCTCAAGCTTTTAAAATCGAGACCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAATCTAGATATCTTGCTCAGATTGGTGACTCCGTCTCATTGACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100643 CAGAATCTAGATATCTTGCTCAGATTGGTGACTCCGTCTCATTGACTTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCACCACAGGCTGTGAGTCCCCATTTTTCTCTTGGAGAACCCAGATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100693 AGCACCACAGGCTGTGAGTCCCCATTTTTCTCTTGGAGAACCCAGATAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAGTCCACTGAATGGGAAGGTGACGAATGAGGGGACCACATCTACGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100743 TAGTCCACTGAATGGGAAGGTGACGAATGAGGGGACCACATCTACGCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAATGAATCCTGTTAGTTTTGGGAACGAACACTCTTACCTGTGCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100793 CAATGAATCCTGTTAGTTTTGGGAACGAACACTCTTACCTGTGCACAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTTGTGAATCTAGGAAATTGGAAAAAGGAATCCAGGTGGAGATCTACT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100843 ACTTGTGAATCTAGGAAATTGGAAAAAGGAATCCAGGTGGAGATCTACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341         CTTTTCCTAAGGATCCAGAGATTCATTTGAGTGGCCCTCTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100893 TG...CAGCTTTTCCTAAGGATCCAGAGATTCATTTGAGTGGCCCTCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGCTGGGAAGCCGATCACAGTCAAGTGTTCAGTTGCTGATGTATACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103202 AGGCTGGGAAGCCGATCACAGTCAAGTGTTCAGTTGCTGATGTATACCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTGACAGGCTGGAGATAGACTTACTGAAAGGAGATCATCTCATGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103252 TTTGACAGGCTGGAGATAGACTTACTGAAAGGAGATCATCTCATGAAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCAGGAATTTCTGGAGGATGCAGACAGGAAGTCCCTGGAAACCAAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103302 TCAGGAATTTCTGGAGGATGCAGACAGGAAGTCCCTGGAAACCAAGAGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGGAAGTAACCTTTACTCCTGTCATTGAGGATATTGGAAAAGTTCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103352 TGGAAGTAACCTTTACTCCTGTCATTGAGGATATTGGAAAAGTTCTTGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TGCCGAGCTAAATTACACATTGATGAAATGGATTCTGTGCCCACAGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103402 TGCCGAGCTAAATTACACATTGATGAAATGGATTCTGTGCCCACAGTAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCAGGCTGTAAAAGAATTGCAAGTCTACA         TATCACCCAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103452 GCAGGCTGTAAAAGAATTGCAAGTCTACAGTA...CAGTATCACCCAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATACAGTTATTTCTGTGAATCCATCCACAAAGCTGCAAGAAGGTGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104776 ATACAGTTATTTCTGTGAATCCATCCACAAAGCTGCAAGAAGGTGGCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTGACCATGACCTGTTCCAGCGAGGGTCTACCAGCTCCAGAGATTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104826 GTGACCATGACCTGTTCCAGCGAGGGTCTACCAGCTCCAGAGATTTTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAGTAAGAAATTAGATAATGGGAATCTACAGCACCTTTCTGGAAATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104876 GAGTAAGAAATTAGATAATGGGAATCTACAGCACCTTTCTGGAAATGCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTCTCACCTTAATTGCTATGAGGATGGAAGATTCTGGAATTTATGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104926 CTCTCACCTTAATTGCTATGAGGATGGAAGATTCTGGAATTTATGTGTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAAGGAGTTAATTTGATTGGGAAAAACAGAAAAGAGGTGGAATTAATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104976 GAAGGAGTTAATTTGATTGGGAAAAACAGAAAAGAGGTGGAATTAATTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TCAAG         AGAAACCATTTACTGTTGAGATCTCCCCTGGACCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105026 TCAAGGTG...CAGAGAAACCATTTACTGTTGAGATCTCCCCTGGACCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GGATTGCTGCTCAGATTGGAGACTCAGTCATGTTGACATGTAGTGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109283 GGATTGCTGCTCAGATTGGAGACTCAGTCATGTTGACATGTAGTGTCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GGCTGTGAATCCCCATCTTTCTCCTGGAGAACCCAGATAGACAGCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109333 GGCTGTGAATCCCCATCTTTCTCCTGGAGAACCCAGATAGACAGCCCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GAGCGGGAAGGTGAGGAGTGAGGGGACCAATTCCACGCTGACCCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109383 GAGCGGGAAGGTGAGGAGTGAGGGGACCAATTCCACGCTGACCCTGAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CTGTGAGTTTTGAGAACGAACACTCTTATCTGTGCACAGTGACTTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109433 CTGTGAGTTTTGAGAACGAACACTCTTATCTGTGCACAGTGACTTGTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CATAAGAAACTGGAAAAGGGAATCCAGGTGGAGCTCTACT         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 109483 CATAAGAAACTGGAAAAGGGAATCCAGGTGGAGCTCTACTGTA...CAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 ATTCCCTAGAGATCCAGAAATCGAGATGAGTGGTGGCCTCGTGAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111339 ATTCCCTAGAGATCCAGAAATCGAGATGAGTGGTGGCCTCGTGAATGGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GCTCTGTCACTGTAAGCTGCAAGGTTCCTAGCGTGTACCCCCTTGACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111389 GCTCTGTCACTGTAAGCTGCAAGGTTCCTAGCGTGTACCCCCTTGACCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CTGGAGATTGAATTACTTAAGGGGGAGACTATTCTGGAGAATATAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111439 CTGGAGATTGAATTACTTAAGGGGGAGACTATTCTGGAGAATATAGAGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TTTGGAGGATACGGATATGAAATCTCTAGAGAACAAAAGTTTGGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111489 TTTGGAGGATACGGATATGAAATCTCTAGAGAACAAAAGTTTGGAAATGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 CCTTCATCCCTACCATTGAAGATACTGGAAAAGCTCTTGTTTGTCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111539 CCTTCATCCCTACCATTGAAGATACTGGAAAAGCTCTTGTTTGTCAGGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 AAGTTACATATTGATGACATGGAATTCGAACCCAAACAAAGGCAGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111589 AAGTTACATATTGATGACATGGAATTCGAACCCAAACAAAGGCAGAGTAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GCAAACACTTTATGTCAATG         TTGCCCCCAGAGATACAACCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 111639 GCAAACACTTTATGTCAATGGTA...CAGTTGCCCCCAGAGATACAACCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 TCTTGGTCAGCCCTTCCTCCATCCTGGAGGAAGGCAGTTCTGTGAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112579 TCTTGGTCAGCCCTTCCTCCATCCTGGAGGAAGGCAGTTCTGTGAATATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 ACATGCTTGAGCCAGGGCTTTCCTGCTCCGAAAATCCTGTGGAGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112629 ACATGCTTGAGCCAGGGCTTTCCTGCTCCGAAAATCCTGTGGAGCAGGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GCTCCCTAACGGGGAGCTACAGCCTCTTTCTGAGAATGCAACTCTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112679 GCTCCCTAACGGGGAGCTACAGCCTCTTTCTGAGAATGCAACTCTCACCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TAATTTCTACAAAAATGGAAGATTCTGGGGTTTATTTATGTGAAGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112729 TAATTTCTACAAAAATGGAAGATTCTGGGGTTTATTTATGTGAAGGAATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 AACCAGGCTGGAAGAAGCAGAAAGGAAGTGGAATTAATTATCCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112779 AACCAGGCTGGAAGAAGCAGAAAGGAAGTGGAATTAATTATCCAAGGTG.

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793      TTACTCCAAAAGACATAAAACTTACAGCTTTTCCTTCTGAGAGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112829 ..CAGTTACTCCAAAAGACATAAAACTTACAGCTTTTCCTTCTGAGAGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TCAAAGAAGGAGACACTGTCATCATCTCTTGTACATGTGGAAATGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114687 TCAAAGAAGGAGACACTGTCATCATCTCTTGTACATGTGGAAATGTTCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 GAAACATGGATAATCCTGAAGAAAAAAGCGGAGACAGGAGACACAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114737 GAAACATGGATAATCCTGAAGAAAAAAGCGGAGACAGGAGACACAGTACT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 AAAATCTATAGATGGCGCCTATACCATCCGAAAGGCCCAGTTGAAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114787 AAAATCTATAGATGGCGCCTATACCATCCGAAAGGCCCAGTTGAAGGATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 CGGGAGTATATGAATGTGAATCTAAAAACAAAGTTGGCTCACAATTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114837 CGGGAGTATATGAATGTGAATCTAAAAACAAAGTTGGCTCACAATTAAGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 AGTTTAACACTTGATGTTCAAG         GAAGAGAAAACAACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 114887 AGTTTAACACTTGATGTTCAAGGTG...CAGGAAGAGAAAACAACAAAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 CTATTTTTCTCCTGAGCTTCTCGTGCTCTATTTTGCATCCTCCTTAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118282 CTATTTTTCTCCTGAGCTTCTCGTGCTCTATTTTGCATCCTCCTTAATAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 TACCTGCCATTGGAATGATAATTTACTTTGCAAGAAAAGCCAACATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118332 TACCTGCCATTGGAATGATAATTTACTTTGCAAGAAAAGCCAACATGAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .
   2179 GGGTCATATAGTCTTGTAGAAGCACAGAAATCAAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 118382 GGGTCATATAGTCTTGTAGAAGCACAGAAGTCAAAAGTG