seq1 = pF1KE2071.tfa, 2190 bp
seq2 = pF1KE2071/gi568815597f_211935891.tfa (gi568815597f:211935891_212202937), 267047 bp

>pF1KE2071 2190
>gi568815597f:211935891_212202937 (Chr1)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-178  (107103-107228)   100% ->
179-277  (108770-108868)   100% ->
278-339  (111261-111322)   100% ->
340-460  (111407-111527)   100% ->
461-526  (126994-127059)   100% ->
527-639  (129027-129139)   100% ->
640-713  (130922-130995)   100% ->
714-817  (132334-132437)   100% ->
818-922  (132709-132813)   100% ->
923-1035  (136211-136323)   100% ->
1036-1125  (142283-142372)   100% ->
1126-1261  (144725-144860)   100% ->
1262-2094  (164362-165194)   99% ->
2095-2190  (166952-167047)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCTTCAATTCGGTGCTCCGCCAGCCCCAGCTTGGCGTCCTGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCTTCAATTCGGTGCTCCGCCAGCCCCAGCTTGGCGTCCTGAGAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TG         GATGGTCTTCACAATACCCTCTTCAATCCCTTCTGACTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGTG...TAGGATGGTCTTCACAATACCCTCTTCAATCCCTTCTGACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTTATCAGTGCAGTGGTAATGATGAACACACTTCTTATGGAGAAACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107142 GTTATCAGTGCAGTGGTAATGATGAACACACTTCTTATGGAGAAACAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCCAGTTCCTCCTTTTGGATGTACCTTCTCTTCTG         CTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107192 GTCCCAGTTCCTCCTTTTGGATGTACCTTCTCTTCTGGTA...TAGCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAATATGGAACATGTACTAGCAGTTGCCAATGAAGAAGGCTTTGTTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108774 CAATATGGAACATGTACTAGCAGTTGCCAATGAAGAAGGCTTTGTTCGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTATAACACAGAATCACAAAGTTTCAGAAAGAAGTGCTTCAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108824 TGTATAACACAGAATCACAAAGTTTCAGAAAGAAGTGCTTCAAAGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     AATGGATGGCTCACTGGAATGCCGTCTTTGACCTGGCCTGGGTTCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108874 .TAGAATGGATGGCTCACTGGAATGCCGTCTTTGACCTGGCCTGGGTTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGTGAACTTAAACTT         GTTACAGCAGCAGGTGATCAAACAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111307 TGGTGAACTTAAACTTGTA...AAGGTTACAGCAGCAGGTGATCAAACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCAAATTTTGGGACGTAAAAGCTGGTGAGCTGATTGGAACATGCAAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111432 CCAAATTTTGGGACGTAAAAGCTGGTGAGCTGATTGGAACATGCAAAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CATCAATGCAGCCTCAAGTCAGTTGCCTTTTCTAAGTTTGAGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111482 CATCAATGCAGCCTCAAGTCAGTTGCCTTTTCTAAGTTTGAGAAAGGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    461      CTGTATTCTGTACGGGTGGAAGAGATGGCAACATTATGGTCTGGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111532 ..CAGCTGTATTCTGTACGGGTGGAAGAGATGGCAACATTATGGTCTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATACCAGGTGCAACAAAAAAG         ATGGGTTTTATAGGCAAGTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 127039 ATACCAGGTGCAACAAAAAAGGTT...CAGATGGGTTTTATAGGCAAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AATCAAATCAGTGGAGCTCACAATACCTCAGACAAGCAAACCCCTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129047 AATCAAATCAGTGGAGCTCACAATACCTCAGACAAGCAAACCCCTTCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACCCAAGAAGAAACAGAATTCAAAAGGACTTGCTCCTTCTGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 129097 ACCCAAGAAGAAACAGAATTCAAAAGGACTTGCTCCTTCTGTGGTA...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640   GATTTCCAGCAAAGTGTTACTGTGGTCCTCTTTCAAGACGAGAATACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130920 AGGATTTCCAGCAAAGTGTTACTGTGGTCCTCTTTCAAGACGAGAATACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTAGTCTCAGCAGGAGCTGTGGATGG         GATAATCAAAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 130970 TTAGTCTCAGCAGGAGCTGTGGATGGGTA...TAGGATAATCAAAGTATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GGATTTACGTAAGAATTATACTGCTTATCGACAAGAACCCATAGCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132349 GGATTTACGTAAGAATTATACTGCTTATCGACAAGAACCCATAGCATCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGTCTTTCCTGTACCCAGGTAGCAGCACTCGAAAACTTG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 132399 AGTCTTTCCTGTACCCAGGTAGCAGCACTCGAAAACTTGGTA...CAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TATTCAAGTCTGATTTTGGATTCCACTGGCTCTACTTTATTTGCTAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132711 TATTCAAGTCTGATTTTGGATTCCACTGGCTCTACTTTATTTGCTAATTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CACAGACGATAACATCTACATGTTTAATATGACTGGGTTGAAGACTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132761 CACAGACGATAACATCTACATGTTTAATATGACTGGGTTGAAGACTTCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CAG         TGGCTATTTTCAATGGACACCAGAACTCTACCTTTTAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132811 CAGGTA...CAGTGGCTATTTTCAATGGACACCAGAACTCTACCTTTTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GTAAAATCCAGCCTTAGTCCAGATGACCAGTTTTTAGTCAGTGGCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136249 GTAAAATCCAGCCTTAGTCCAGATGACCAGTTTTTAGTCAGTGGCTCAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGATGAAGCTGCCTACATATGGAAG         GTCTCCACACCCTGGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 136299 TGATGAAGCTGCCTACATATGGAAGGTA...TAGGTCTCCACACCCTGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 AACCTCCTACTGTGCTCCTGGGTCATTCTCAAGAGGTCACGTCTGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142299 AACCTCCTACTGTGCTCCTGGGTCATTCTCAAGAGGTCACGTCTGTGTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TGGTGTCCATCTGACTTCACAAAG         ATTGCTACCTGTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 142349 TGGTGTCCATCTGACTTCACAAAGGTT...TAGATTGCTACCTGTTCTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 TGACAATACACTAAAAATCTGGCGCTTGAATAGAGGCTTAGAGGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144742 TGACAATACACTAAAAATCTGGCGCTTGAATAGAGGCTTAGAGGAGAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CAGGAGGTGATAAACTTTCCACGGTGGGTTGGGCCTCTCAGAAGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144792 CAGGAGGTGATAAACTTTCCACGGTGGGTTGGGCCTCTCAGAAGAAAAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GAGTCAAGACCTGGCCTAG         TAACAGTAACGAGTAGCCAGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 144842 GAGTCAAGACCTGGCCTAGGTA...CAGTAACAGTAACGAGTAGCCAGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TACTCCTGCCAAAGCCCCCAGGGTAAAGTGCAATCCATCCAATTCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 164384 TACTCCTGCCAAAGCCCCCAGGGCAAAGTGCAATCCATCCAATTCTTCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CGTCATCCGCAGCTTGTGCCCCAAGCTGTGCTGGAGACCTCCCTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164434 CGTCATCCGCAGCTTGTGCCCCAAGCTGTGCTGGAGACCTCCCTCTTCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TCAAATACTCCTACGTTCTCTATTAAAACCTCTCCTGCCAAGGCCCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164484 TCAAATACTCCTACGTTCTCTATTAAAACCTCTCCTGCCAAGGCCCGGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TCCCATCAACAGAAGAGGCTCTGTCTCCTCCGTCTCTCCCAAGCCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164534 TCCCATCAACAGAAGAGGCTCTGTCTCCTCCGTCTCTCCCAAGCCACCTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CATCTTTCAAGATGTCGATTAGAAACTGGGTGACCCGAACACCTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164584 CATCTTTCAAGATGTCGATTAGAAACTGGGTGACCCGAACACCTTCCTCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TCACCACCCATCACTCCACCTGCTTCGGAGACCAAGATCATGTCTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164634 TCACCACCCATCACTCCACCTGCTTCGGAGACCAAGATCATGTCTCCGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AAAAGCCCTTATTCCTGTGAGCCAGAAGTCATCCCAAGCAGAGGCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164684 AAAAGCCCTTATTCCTGTGAGCCAGAAGTCATCCCAAGCAGAGGCTTGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CTGAGTCTAGAAATAGAGTAAAGAGGAGGCTAGACTCAAGCTGTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164734 CTGAGTCTAGAAATAGAGTAAAGAGGAGGCTAGACTCAAGCTGTCTGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 AGTGTGAAACAAAAGTGTGTGAAGAGTTGTAACTGTGTGACTGAGCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164784 AGTGTGAAACAAAAGTGTGTGAAGAGTTGTAACTGTGTGACTGAGCTTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TGGCCAAGTTGAAAATCTTCATTTGGATCTGTGCTGCCTTGCTGGTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164834 TGGCCAAGTTGAAAATCTTCATTTGGATCTGTGCTGCCTTGCTGGTAACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AGGAAGACCTTAGTAAGGACTCTCTAGGTCCTACCAAATCAAGCAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164884 AGGAAGACCTTAGTAAGGACTCTCTAGGTCCTACCAAATCAAGCAAAATT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GAAGGAGCTGGTACCAGTATCTCAGAGCCTCCGTCTCCTATCAGTCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164934 GAAGGAGCTGGTACCAGTATCTCAGAGCCTCCGTCTCCTATCAGTCCGTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TGCTTCAGAAAGCTGTGGAACGCTACCTCTTCCTTTGAGACCTTGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164984 TGCTTCAGAAAGCTGTGGAACGCTACCTCTTCCTTTGAGACCTTGTGGAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 AAGGGTCTGAAATGGTAGGCAAAGAGAATAGTTCCCCAGAGAATAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165034 AAGGGTCTGAAATGGTAGGCAAAGAGAATAGTTCCCCAGAGAATAAAAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 TGGTTGTTGGCCATGGCAGCCAAACGGAAGGCTGAGAATCCATCTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165084 TGGTTGTTGGCCATGGCAGCCAAACGGAAGGCTGAGAATCCATCTCCACG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 AAGTCCGTCATCCCAGACACCCAATTCCAGGAGACAGAGCGGAAAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 165134 AAGTCCGTCATCCCAGACACCCAATTCCAGGAGACAGAGCGGAAAGAAAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 TGCCAAGCCCG         GTCACCATCACGCCCAGCTCCATGAGGAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 165184 TGCCAAGCCCGGTA...TAGGTCACCATCACGCCCAGCTCCATGAGGAAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 ATCTGCACATACTTCCATAGAAAGTCCCAGGAGGACTTCTGTGGTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166982 ATCTGCACATACTTCCATAGAAAGTCCCAGGAGGACTTCTGTGGTCCTGA

   2300     .    :    .
   2175 ACACTCAACAGAATTA
        ||||||||||||||||
 167032 ACACTCAACAGAATTA