seq1 = pF1KE2070.tfa, 2184 bp
seq2 = pF1KE2070/gi568815595r_187135687.tfa (gi568815595r:187135687_187386058), 250372 bp

>pF1KE2070 2184
>gi568815595r:187135687_187386058 (Chr3)

(complement)

1-237  (99998-100234)   99% ->
238-415  (123339-123516)   100% ->
416-547  (125187-125318)   100% ->
548-744  (129199-129395)   100% ->
745-892  (132744-132891)   100% ->
893-1011  (134307-134425)   100% ->
1012-1090  (135730-135808)   100% ->
1091-1228  (142438-142575)   100% ->
1229-1303  (144504-144578)   100% ->
1304-2184  (149492-150372)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGTGGCTGCTTCTCTATTATGCTCTGTGCTTCTCCCTGTCAAAGGC
         | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 TTCAGGTGGCTGCTTCTCTATTATGCTCTGTGCTTCTCCCTGTCAAAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCAGCCCACACCGTGGAGCTAAACAATATGTTTGGCCAGATCCAGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 TTCAGCCCACACCGTGGAGCTAAACAATATGTTTGGCCAGATCCAGTCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGTTATCCAGACTCCTATCCCAGTGATTCAGAGGTGACTTGGAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 CTGGTTATCCAGACTCCTATCCCAGTGATTCAGAGGTGACTTGGAATATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTGTCCCAGATGGGTTTCGGATCAAGCTTTACTTCATGCACTTCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100148 ACTGTCCCAGATGGGTTTCGGATCAAGCTTTACTTCATGCACTTCAACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAATCCTCCTACCTTTGTGAATATGACTATGTGAAG         GTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100198 GGAATCCTCCTACCTTTGTGAATATGACTATGTGAAGGTG...AAGGTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAACTGAGGACCAGGTGCTGGCAACCTTCTGTGGCAGGGAGACCACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123343 AAACTGAGGACCAGGTGCTGGCAACCTTCTGTGGCAGGGAGACCACAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACAGAGCAGACTCCCGGCCAGGAGGTGGTCCTCTCCCCTGGCTCCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123393 ACAGAGCAGACTCCCGGCCAGGAGGTGGTCCTCTCCCCTGGCTCCTTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTCCATCACTTTCCGGTCAGATTTCTCCAATGAGGAGCGTTTCACAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123443 GTCCATCACTTTCCGGTCAGATTTCTCCAATGAGGAGCGTTTCACAGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTGATGCCCACTACATGGCTGTGG         ATGTGGACGAGTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123493 TTGATGCCCACTACATGGCTGTGGGTA...CAGATGTGGACGAGTGCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGAGGGAGGACGAGGAGCTGTCCTGTGACCACTACTGCCACAACTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125204 GAGAGGGAGGACGAGGAGCTGTCCTGTGACCACTACTGCCACAACTACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGCGGCTACTACTGCTCCTGCCGCTTCGGCTACATCCTCCACACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125254 TGGCGGCTACTACTGCTCCTGCCGCTTCGGCTACATCCTCCACACAGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACAGGACCTGCCGAG         TGGAGTGCAGTGACAACCTCTTCACT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 125304 ACAGGACCTGCCGAGGTA...CAGTGGAGTGCAGTGACAACCTCTTCACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAAAGGACTGGGGTGATCACCAGCCCTGACTTCCCAAACCCTTACCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129225 CAAAGGACTGGGGTGATCACCAGCCCTGACTTCCCAAACCCTTACCCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAGCTCTGAATGCCTGTATACCATCGAGCTGGAGGAGGGTTTCATGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129275 GAGCTCTGAATGCCTGTATACCATCGAGCTGGAGGAGGGTTTCATGGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACCTGCAGTTTGAGGACATATTTGACATTGAGGACCATCCTGAGGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129325 ACCTGCAGTTTGAGGACATATTTGACATTGAGGACCATCCTGAGGTGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGCCCCTATGACTACATCAAG         ATCAAAGTTGGTCCAAAAGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 129375 TGCCCCTATGACTACATCAAGGTG...CAGATCAAAGTTGGTCCAAAAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTTGGGGCCTTTCTGTGGAGAGAAAGCCCCAGAACCCATCAGCACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132764 TTTGGGGCCTTTCTGTGGAGAGAAAGCCCCAGAACCCATCAGCACCCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCCACAGTGTCCTGATCCTGTTCCATAGTGACAACTCGGGAGAGAACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132814 GCCACAGTGTCCTGATCCTGTTCCATAGTGACAACTCGGGAGAGAACCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGCTGGAGGCTCTCATACAGGGCTGCAG         GAAATGAGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 132864 GGCTGGAGGCTCTCATACAGGGCTGCAGGTA...CAGGAAATGAGTGCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGAGCTACAGCCTCCTGTCCATGGGAAAATCGAGCCCTCCCAAGCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134320 AGAGCTACAGCCTCCTGTCCATGGGAAAATCGAGCCCTCCCAAGCCAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATTTCTTCAAAGACCAAGTGCTCGTCAGCTGTGACACAGGCTACAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134370 ATTTCTTCAAAGACCAAGTGCTCGTCAGCTGTGACACAGGCTACAAAGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTGAAG         GATAATGTGGAGATGGACACATTCCAGATTGAGTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134420 CTGAAGGTG...CAGGATAATGTGGAGATGGACACATTCCAGATTGAGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCTGAAGGATGGGACGTGGAGTAACAAGATTCCCACCTGTAAAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 135765 TCTGAAGGATGGGACGTGGAGTAACAAGATTCCCACCTGTAAAAGTA...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1091    TTGTAGACTGTAGAGCCCCAGGAGAGCTGGAACACGGGCTGATCACC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142435 CAGTTGTAGACTGTAGAGCCCCAGGAGAGCTGGAACACGGGCTGATCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTCTCTACAAGGAACAACCTCACCACATACAAGTCTGAGATCAAATACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142485 TTCTCTACAAGGAACAACCTCACCACATACAAGTCTGAGATCAAATACTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTGTCAGGAGCCCTATTACAAGATGCTCAACAATAACACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 142535 CTGTCAGGAGCCCTATTACAAGATGCTCAACAATAACACAGGTA...CAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GTATATATACCTGTTCTGCCCAAGGAGTCTGGATGAATAAAGTATTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144504 GTATATATACCTGTTCTGCCCAAGGAGTCTGGATGAATAAAGTATTGGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AGAAGCCTACCCACCTGCCTTCCAG         AGTGTGGTCAGCCCTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 144554 AGAAGCCTACCCACCTGCCTTCCAGGTA...CAGAGTGTGGTCAGCCCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCGCTCCCTGCCAAGCCTGGTCAAGAGGATCATTGGGGGCCGAAATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149508 CCGCTCCCTGCCAAGCCTGGTCAAGAGGATCATTGGGGGCCGAAATGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGCCCGGCCTCTTCCCGTGGCAGGCCCTGATAGTGGTGGAGGACACTTCG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149558 AGCCTGGCCTCTTCCCGTGGCAGGCCCTGATAGTGGTGGAGGACACTTCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AGAGTGCCAAATGACAAGTGGTTTGGGAGTGGGGCCCTGCTCTCTGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149608 AGAGTGCCAAATGACAAGTGGTTTGGGAGTGGGGCCCTGCTCTCTGCGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTGGATCCTCACAGCAGCTCATGTGCTGCGCTCCCAGCGTAGAGACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149658 CTGGATCCTCACAGCAGCTCATGTGCTGCGCTCCCAGCGTAGAGACACCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CGGTGATACCAGTCTCCAAGGAGCATGTCACCGTCTACCTGGGCTTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149708 CGGTGATACCAGTCTCCAAGGAGCATGTCACCGTCTACCTGGGCTTGCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GATGTGCGAGACAAATCGGGGGCAGTCAACAGCTCAGCTGCCCGAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149758 GATGTGCGAGACAAATCGGGGGCAGTCAACAGCTCAGCTGCCCGAGTGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GCTCCACCCAGACTTCAACATCCAAAACTACAACCACGATATAGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149808 GCTCCACCCAGACTTCAACATCCAAAACTACAACCACGATATAGCTCTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TGCAGCTGCAGGAGCCTGTGCCCCTGGGACCCCACGTTATGCCTGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149858 TGCAGCTGCAGGAGCCTGTGCCCCTGGGACCCCACGTTATGCCTGTCTGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 CTGCCAAGGCTTGAGCCTGAAGGCCCGGCCCCCCACATGCTGGGCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149908 CTGCCAAGGCTTGAGCCTGAAGGCCCGGCCCCCCACATGCTGGGCCTGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GGCCGGCTGGGGCATCTCCAATCCCAATGTGACAGTGGATGAGATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149958 GGCCGGCTGGGGCATCTCCAATCCCAATGTGACAGTGGATGAGATCATCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 GCAGTGGCACACGGACCTTGTCAGATGTCCTGCAGTATGTCAAGTTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150008 GCAGTGGCACACGGACCTTGTCAGATGTCCTGCAGTATGTCAAGTTACCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GTGGTGCCTCACGCTGAGTGCAAAACTAGCTATGAGTCCCGCTCGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150058 GTGGTGCCTCACGCTGAGTGCAAAACTAGCTATGAGTCCCGCTCGGGCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 TTACAGCGTCACGGAGAACATGTTCTGTGCTGGCTACTACGAGGGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150108 TTACAGCGTCACGGAGAACATGTTCTGTGCTGGCTACTACGAGGGCGGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 AAGACACGTGCCTTGGAGATAGCGGTGGGGCCTTTGTCATCTTTGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150158 AAGACACGTGCCTTGGAGATAGCGGTGGGGCCTTTGTCATCTTTGATGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 TTGAGCCAGCGCTGGGTGGTGCAAGGCCTGGTGTCCTGGGGGGGACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150208 TTGAGCCAGCGCTGGGTGGTGCAAGGCCTGGTGTCCTGGGGGGGACCTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 AGAATGCGGCAGCAAGCAGGTCTATGGAGTCTACACAAAGGTCTCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150258 AGAATGCGGCAGCAAGCAGGTCTATGGAGTCTACACAAAGGTCTCCAATT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 ACGTGGACTGGGTGTGGGAGCAGATGGGCTTACCACAAAGTGTTGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150308 ACGTGGACTGGGTGTGGGAGCAGATGGGCTTACCACAAAGTGTTGTGGAG

   2250     .    :    .
   2170 CCCCAGGTGGAACGG
        |||||||||||||||
 150358 CCCCAGGTGGAACGG