seq1 = pF1KE2068.tfa, 2181 bp
seq2 = pF1KE2068/gi568815596r_206024188.tfa (gi568815596r:206024188_206253678), 229491 bp

>pF1KE2068 2181
>gi568815596r:206024188_206253678 (Chr2)

(complement)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-153  (101169-101260)   100% ->
154-261  (103754-103861)   100% ->
262-338  (104583-104659)   100% ->
339-420  (105845-105926)   100% ->
421-551  (106018-106148)   100% ->
552-737  (106591-106776)   100% ->
738-872  (108653-108787)   100% ->
873-987  (109547-109661)   99% ->
988-1133  (110848-110993)   100% ->
1134-1262  (111610-111738)   99% ->
1263-1392  (115065-115194)   100% ->
1393-1553  (120574-120734)   100% ->
1554-1708  (123437-123591)   100% ->
1709-1884  (125707-125882)   100% ->
1885-2019  (126835-126969)   100% ->
2020-2092  (127068-127140)   100% ->
2093-2181  (129403-129491)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTAAGGATACCTGTAAGAAAGGCCTTAGTAGGCCTTTCTAAGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTAAGGATACCTGTAAGAAAGGCCTTAGTAGGCCTTTCTAAGTCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAAGGATGTG         TTCGAACAACTGCCACAGCAGCAAGCAACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAAAGGATGTGGTG...CAGTTCGAACAACTGCCACAGCAGCAAGCAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGATTGAAGTATTTGTTGATGGTCAGTCTGTCATGGTGGAACCGGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101199 TGATTGAAGTATTTGTTGATGGTCAGTCTGTCATGGTGGAACCGGGAACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCGTCCTCCAA         GCTTGTGAGAAGGTTGGCATGCAGATCCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101249 ACCGTCCTCCAAGTA...TAGGCTTGTGAGAAGGTTGGCATGCAGATCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCGATTCTGTTATCATGAAAGGTTGTCTGTTGCTGGAAACTGCAGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103783 TCGATTCTGTTATCATGAAAGGTTGTCTGTTGCTGGAAACTGCAGGATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCTTGTTGAAATTGAGAAAGCCCCTAAG         GTTGTAGCTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103833 GCCTTGTTGAAATTGAGAAAGCCCCTAAGGTA...CAGGTTGTAGCTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGTGCCATGCCAGTAATGAAGGGTTGGAATATCCTAACAAACTCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104595 TGTGCCATGCCAGTAATGAAGGGTTGGAATATCCTAACAAACTCAGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATCCAAAAAAGCCAG         GGAAGGTGTGATGGAGTTCTTATTAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104645 ATCCAAAAAAGCCAGGTA...CAGGGAAGGTGTGATGGAGTTCTTATTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAAATCACCCATTGGACTGTCCTATTTGTGACCAGGGAGGTGAATGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105871 CAAATCACCCATTGGACTGTCCTATTTGTGACCAGGGAGGTGAATGTGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGCAG         GACCAGTCCATGATGTTTGGAAATGATAGGAGCCG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105921 CTGCAGGTA...AAGGACCAGTCCATGATGTTTGGAAATGATAGGAGCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATTTTTAGAGGGGAAGCGTGCTGTGGAAGACAAGAACATTGGGCCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106053 ATTTTTAGAGGGGAAGCGTGCTGTGGAAGACAAGAACATTGGGCCATTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TAAAGACCATCATGACAAGATGTATACAGTGTACTCGCTGCATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106103 TAAAGACCATCATGACAAGATGTATACAGTGTACTCGCTGCATCAGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    552      GTTTGCAAGTGAGATTGCAGGAGTAGATGATTTGGGAACAACAGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106153 ..TAGGTTTGCAAGTGAGATTGCAGGAGTAGATGATTTGGGAACAACAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CAGAGGAAATGATATGCAAGTTGGCACATACATTGAAAAGATGTTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106636 CAGAGGAAATGATATGCAAGTTGGCACATACATTGAAAAGATGTTCATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGAACTGTCTGGGAATATCATTGATATCTGCCCTGTAGGTGCCCTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106686 CTGAACTGTCTGGGAATATCATTGATATCTGCCCTGTAGGTGCCCTAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCTAAGCCCTATGCCTTTACTGCCCGGCCTTGGGAAACAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106736 TCTAAGCCCTATGCCTTTACTGCCCGGCCTTGGGAAACAAGGTA...CAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AAAGACAGAATCCATTGATGTAATGGATGCGGTTGGAAGTAATATTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108653 AAAGACAGAATCCATTGATGTAATGGATGCGGTTGGAAGTAATATTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTAGCACAAGAACTGGAGAAGTGATGAGGATTTTGCCACGTATGCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108703 TTAGCACAAGAACTGGAGAAGTGATGAGGATTTTGCCACGTATGCATGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GACATCAATGAAGAGTGGATCTCTGATAAAACCAG         ATTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108753 GACATCAATGAAGAGTGGATCTCTGATAAAACCAGGTA...TAGATTTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTATGATGGGCTAAAACGTCAAAGACTTACCGAGCCAATGGTCAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109553 CTATGATGGGCTAAAACGTCAAAGACTTACCGAGCCAATGGTCAGAAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAAAAGGGCTTTTAACCTATACTTCTTGGGAGGATGCTCTCTCTCGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 109603 AAAAAGGGCTTTTAACCTATACTTCTTGGGAGGATGCGCTCTCTCGCGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCTGGAATG         TTGCAGAGTTTTCAAGGCAAAGATGTGGCAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109653 GCTGGAATGGTA...TAGTTGCAGAGTTTTCAAGGCAAAGATGTGGCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AATTGCAGGTGGCTTGGTGGATGCTGAAGCCCTGGTAGCTCTCAAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110880 AATTGCAGGTGGCTTGGTGGATGCTGAAGCCCTGGTAGCTCTCAAAGATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGCTTAATAGAGTGGACTCTGACACCTTATGCACTGAAGAGGTCTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110930 TGCTTAATAGAGTGGACTCTGACACCTTATGCACTGAAGAGGTCTTCCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACTGCAGGAGCTGG         CACAGATTTGCGTTCCAATTATCTTCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110980 ACTGCAGGAGCTGGGTG...TAGCACAGATTTGCGTTCCAATTATCTTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TAATACTACAATTGCTGGTGTGGAAGAGGCAGATGTTGTTCTTCTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111637 TAATACTACAATTGCTGGTGTGGAAGAGGCAGATGTTGTTCTTCTGGTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTACAAACCCACGTTTTGAGGCACCACTGTTTAATGCTAGGATTCGAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 111687 GTACAAACCCACGTTTTGAGGCACCACTGTTTAATGCTAGAATTCGAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AG         CTGGCTGCATAATGACTTAAAAGTGGCCCTTATAGGCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111737 AGGTT...CAGCTGGCTGCATAATGACTTAAAAGTGGCCCTTATAGGCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TCCAGTGGACCTCACTTACACATATGACCACCTGGGAGACTCCCCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115104 TCCAGTGGACCTCACTTACACATATGACCACCTGGGAGACTCCCCCAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TTCTTCAAGACATTGCTTCGGGAAGCCATCCATTTAGCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 115154 TTCTTCAAGACATTGCTTCGGGAAGCCATCCATTTAGCCAGGTG...TAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GTCCTAAAGGAAGCTAAAAAACCAATGGTGGTTTTAGGCAGTTCTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120574 GTCCTAAAGGAAGCTAAAAAACCAATGGTGGTTTTAGGCAGTTCTGCACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCAAAGAAATGATGGAGCAGCAATTCTTGCAGCTGTTTCTAGCATTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120624 CCAAAGAAATGATGGAGCAGCAATTCTTGCAGCTGTTTCTAGCATTGCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AAAAGATTCGGATGACTAGTGGTGTTACTGGTGATTGGAAAGTTATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120674 AAAAGATTCGGATGACTAGTGGTGTTACTGGTGATTGGAAAGTTATGAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ATCCTTCATAG         GATTGCAAGTCAAGTAGCTGCTTTGGACCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 120724 ATCCTTCATAGGTT...CAGGATTGCAAGTCAAGTAGCTGCTTTGGACCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGGCTATAAGCCTGGGGTGGAAGCAATTCGGAAGAACCCTCCCAAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123467 TGGCTATAAGCCTGGGGTGGAAGCAATTCGGAAGAACCCTCCCAAGGTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGTTTCTCCTGGGAGCAGATGGAGGTTGTATCACACGACAGGATTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123517 TGTTTCTCCTGGGAGCAGATGGAGGTTGTATCACACGACAGGATTTGCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 AAGGATTGTTTCATTATTTATCAAG         GACATCATGGTGATGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 123567 AAGGATTGTTTCATTATTTATCAAGGTA...CAGGACATCATGGTGATGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TGGGGCTCCCATAGCTGATGTTATTCTCCCAGGAGCTGCTTACACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125723 TGGGGCTCCCATAGCTGATGTTATTCTCCCAGGAGCTGCTTACACAGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AGTCTGCTACATATGTCAACACTGAGGGTAGAGCTCAGCAGACTAAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125773 AGTCTGCTACATATGTCAACACTGAGGGTAGAGCTCAGCAGACTAAGGTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GCAGTGACACCTCCTGGCTTGGCAAGAGAAGACTGGAAAATTATAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125823 GCAGTGACACCTCCTGGCTTGGCAAGAGAAGACTGGAAAATTATAAGAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 ACTCTCTGAG         ATTGCTGGAATGACTCTTCCATATGATACTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125873 ACTCTCTGAGGTA...TAGATTGCTGGAATGACTCTTCCATATGATACTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TGGATCAAGTAAGGAACAGATTGGAAGAAGTCTCTCCTAATCTTGTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126866 TGGATCAAGTAAGGAACAGATTGGAAGAAGTCTCTCCTAATCTTGTTCGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TATGATGATATTGAAGGGGCTAATTACTTCCAGCAAGCAAATGAGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126916 TATGATGATATTGAAGGGGCTAATTACTTCCAGCAAGCAAATGAGCTCTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 AAAG         CTAGTGAACCAGCAGCTTCTTGCTGACCCACTTGTTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126966 AAAGGTA...CAGCTAGTGAACCAGCAGCTTCTTGCTGACCCACTTGTTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CACCTCAGCTAACTATAAAAGACTTCTACATGACAG         ATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 127105 CACCTCAGCTAACTATAAAAGACTTCTACATGACAGGTA...CAGATTCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 ATTAGCAGAGCCTCACAGACAATGGCCAAATGTGTCAAAGCTGTCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129408 ATTAGCAGAGCCTCACAGACAATGGCCAAATGTGTCAAAGCTGTCACAGA

   2300     .    :    .    :    .    :
   2148 GGGTGCCCAGGCAGTAGAGGAACCATCCATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129458 GGGTGCCCAGGCAGTAGAGGAACCATCCATATGC