seq1 = pF1KE2066.tfa, 2175 bp
seq2 = pF1KE2066/gi568815593f_163360693.tfa (gi568815593f:163360693_163591161), 230469 bp

>pF1KE2066 2175
>gi568815593f:163360693_163591161 (Chr5)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-145  (103164-103262)   100% ->
146-225  (104031-104110)   100% ->
226-273  (107009-107056)   100% ->
274-462  (108949-109137)   100% ->
463-549  (110493-110579)   100% ->
550-650  (110671-110771)   100% ->
651-725  (112487-112561)   100% ->
726-904  (112687-112865)   100% ->
905-1053  (113365-113513)   99% ->
1054-1268  (114766-114980)   100% ->
1269-1385  (117992-118108)   100% ->
1386-1532  (121950-122096)   100% ->
1533-1685  (122328-122480)   100% ->
1686-1785  (122576-122675)   100% ->
1786-1962  (123377-123553)   100% ->
1963-2125  (129698-129860)   100% ->
2126-2175  (130420-130469)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTTTCCTAAGGCGCCCTTGAAACGATTCAATGACCCTTCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGTCCTTTCCTAAGGCGCCCTTGAAACGATTCAATGACCCTTCTGGTG.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GTTGTGCACCATCTCCAGGTGCTTATGATGTTAAAACTTTAGAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..TAGGTTGTGCACCATCTCCAGGTGCTTATGATGTTAAAACTTTAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATTGAAAGGACCAGTATCCTTTCAGAAATCACAAAGATTTAAACAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103209 TATTGAAAGGACCAGTATCCTTTCAGAAATCACAAAGATTTAAACAACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAG         AATCTAAACAAAATCTTAATGTTGACAAAGATACTAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103259 AAAGGTA...CAGAATCTAAACAAAATCTTAATGTTGACAAAGATACTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTGCCTGCTTCAGCTAGAAAAGTTAAGTCTTCGGAATCAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104068 CTTGCCTGCTTCAGCTAGAAAAGTTAAGTCTTCGGAATCAAAGGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    226   AAGGAATCTCAAAAGAATGATAAAGATTTGAAGATATTAGAGAAAGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107007 AGAAGGAATCTCAAAAGAATGATAAAGATTTGAAGATATTAGAGAAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274          ATTCGTGTTCTTCTACAGGAACGTGGTGCCCAGGACAGGCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107057 GTA...CAGATTCGTGTTCTTCTACAGGAACGTGGTGCCCAGGACAGGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GATCCAGGATCTGGAAACTGAGTTGGAAAAGATGGAAGCAAGGCTAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108990 GATCCAGGATCTGGAAACTGAGTTGGAAAAGATGGAAGCAAGGCTAAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGCACTAAGGGAAAAAACATCTCTCTCTGCAAATAATGCTACACTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109040 CTGCACTAAGGGAAAAAACATCTCTCTCTGCAAATAATGCTACACTGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAACAACTTATTGAATTGACCAGGACTAATGAACTACTAAAATCTAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109090 AAACAACTTATTGAATTGACCAGGACTAATGAACTACTAAAATCTAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        TTTTCTGAAAATGGTAACCAGAAGAATTTGAGAATTCTAAGCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109140 A...TAGTTTTCTGAAAATGGTAACCAGAAGAATTTGAGAATTCTAAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGAGTTGATGAAACTTAGAAACAAAAGAGAAACAAAGATGAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 110536 TGGAGTTGATGAAACTTAGAAACAAAAGAGAAACAAAGATGAGGGTG...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550    GGTATGATGGCTAAGCAAGAAGGCATGGAGATGAAGCTGCAGGTCAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110668 TAGGGTATGATGGCTAAGCAAGAAGGCATGGAGATGAAGCTGCAGGTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCAAAGGAGTCTCGAAGAGTCTCAAGGGAAAATAGCCCAACTGGAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110718 CCAAAGGAGTCTCGAAGAGTCTCAAGGGAAAATAGCCCAACTGGAGGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AACT         TGTTTCAATAGAGAAAGAAAAGATTGATGAAAAATCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110768 AACTGTA...TAGTGTTTCAATAGAGAAAGAAAAGATTGATGAAAAATCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAAACAGAAAAACTCTTGGAATACATCGAAGAAATTAG         TTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112524 GAAACAGAAAAACTCTTGGAATACATCGAAGAAATTAGGTA...CAGTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGCTTCAGATCAAGTGGAAAAATACAAGCTAGATATTGCCCAGTTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112690 TGCTTCAGATCAAGTGGAAAAATACAAGCTAGATATTGCCCAGTTAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AAAATTTGAAAGAGAAGAATGATGAAATTTTAAGCCTTAAGCAGTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112740 AAAATTTGAAAGAGAAGAATGATGAAATTTTAAGCCTTAAGCAGTCTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGGAGAATATTGTTATATTATCTAAACAAGTAGAAGATCTAAATGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112790 GAGGAGAATATTGTTATATTATCTAAACAAGTAGAAGATCTAAATGTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ATGTCAGCTGCTTGAAAAAGAAAAAG         AAGACCATGTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 112840 ATGTCAGCTGCTTGAAAAAGAAAAAGGTA...TAGAAGACCATGTCAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GGAATAGAGAACACAACGAAAATCTAAATGCAGAGATGCAAAACTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113380 GGAATAGAGAACACAACGAAAATCTAAATGCAGAGATGCAAAACTTAAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAGAAGTTTATTCTTGAACAACAGGAACATGAAAAGCTTCAACAAAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 113430 CAGAAGTTTATTCTTGAACAACAGGAACGTGAAAAGCTTCAACAAAAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATTACAAATTGATTCACTTCTGCAACAAGAGAAA         GAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 113480 ATTACAAATTGATTCACTTCTGCAACAAGAGAAAGTA...TAGGAATTAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CTTCGAGTCTTCATCAGAAGCTCTGTTCTTTTCAAGAGGAAATGGTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114773 CTTCGAGTCTTCATCAGAAGCTCTGTTCTTTTCAAGAGGAAATGGTTAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAGAAGAATCTGTTTGAGGAAGAATTAAAGCAAACACTGGATGAGCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114823 GAGAAGAATCTGTTTGAGGAAGAATTAAAGCAAACACTGGATGAGCTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TAAATTACAGCAAAAGGAGGAACAAGCTGAAAGGCTGGTCAAGCAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114873 TAAATTACAGCAAAAGGAGGAACAAGCTGAAAGGCTGGTCAAGCAATTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAGAGGAAGCAAAATCTAGAGCTGAAGAATTAAAACTCCTAGAAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114923 AAGAGGAAGCAAAATCTAGAGCTGAAGAATTAAAACTCCTAGAAGAAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CTGAAAGG         GAAGGAGGCTGAACTGGAGAAAAGTAGTGCTGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114973 CTGAAAGGGTT...TAGGAAGGAGGCTGAACTGGAGAAAAGTAGTGCTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TCATACCCAGGCCACCCTGCTTTTGCAGGAAAAGTATGACAGTATGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118025 TCATACCCAGGCCACCCTGCTTTTGCAGGAAAAGTATGACAGTATGGTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAAGCCTTGAAGATGTTACTGCTCAATTTGAAAG         CTATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118075 AAAGCCTTGAAGATGTTACTGCTCAATTTGAAAGGTA...AAGCTATAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GCGTTAACAGCCAGTGAGATAGAAGATCTTAAGCTGGAGAACTCATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121957 GCGTTAACAGCCAGTGAGATAGAAGATCTTAAGCTGGAGAACTCATCATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ACAGGAAAAAGCGGCCAAGGCTGGGAAAAATGCAGAGGATGTTCAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122007 ACAGGAAAAAGCGGCCAAGGCTGGGAAAAATGCAGAGGATGTTCAGCATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGATTTTGGCAACTGAGAGCTCAAATCAAGAATATGTAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 122057 AGATTTTGGCAACTGAGAGCTCAAATCAAGAATATGTAAGGTA...AAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ATGCTTCTAGATCTGCAGACCAAGTCAGCACTAAAGGAAACAGAAATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122329 ATGCTTCTAGATCTGCAGACCAAGTCAGCACTAAAGGAAACAGAAATTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AGAAATCACAGTTTCTTTTCTTCAAAAAATAACTGATTTGCAGAACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122379 AGAAATCACAGTTTCTTTTCTTCAAAAAATAACTGATTTGCAGAACCAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TCAAGCAACAGGAGGAAGACTTTAGAAAACAGCTGGAAGATGAAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122429 TCAAGCAACAGGAGGAAGACTTTAGAAAACAGCTGGAAGATGAAGAAGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 AG         AAAAGCTGAAAAAGAAAATACAACAGCAGAATTAACTGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122479 AGGTA...CAGAAAAGCTGAAAAAGAAAATACAACAGCAGAATTAACTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AGAAATTAACAAGTGGCGTCTCCTCTATGAAGAACTATATAATAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122615 AGAAATTAACAAGTGGCGTCTCCTCTATGAAGAACTATATAATAAAACAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AACCTTTTCAG         CTACAACTAGATGCTTTTGAAGTAGAAAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 122665 AACCTTTTCAGGTT...CAGCTACAACTAGATGCTTTTGAAGTAGAAAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CAGGCATTGTTGAATGAACATGGTGCAGCTCAGGAACAGCTAAATAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123407 CAGGCATTGTTGAATGAACATGGTGCAGCTCAGGAACAGCTAAATAAAAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AAGAGATTCATATGCTAAATTATTGGGTCATCAGAATTTGAAACAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123457 AAGAGATTCATATGCTAAATTATTGGGTCATCAGAATTTGAAACAAAAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TCAAGCATGTTGTGAAGTTGAAAGATGAAAATAGCCAACTCAAATCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 123507 TCAAGCATGTTGTGAAGTTGAAAGATGAAAATAGCCAACTCAAATCGGTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1963       GAAGTATCAAAACTCCGCTGTCAGCTTGCTAAAAAAAAACAAAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123557 ...TAGGAAGTATCAAAACTCCGCTGTCAGCTTGCTAAAAAAAAACAAAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 TGAGACAAAACTTCAAGAGGAATTGAATAAAGTTCTAGGTATCAAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129742 TGAGACAAAACTTCAAGAGGAATTGAATAAAGTTCTAGGTATCAAACACT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TTGATCCTTCAAAGGCTTTTCATCATGAAAGTAAAGAAAATTTTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129792 TTGATCCTTCAAAGGCTTTTCATCATGAAAGTAAAGAAAATTTTGCCCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 AAGACCCCATTAAAAGAAG         GCAATACAAACTGTTACCGAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 129842 AAGACCCCATTAAAAGAAGGTA...TAGGCAATACAAACTGTTACCGAGC

   2300     .    :    .    :    .
   2148 TCCTATGGAGTGTCAAGAATCATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 130442 TCCTATGGAGTGTCAAGAATCATGGAAG