seq1 = pF1KE2058.tfa, 2094 bp
seq2 = pF1KE2058/gi568815595f_133646441.tfa (gi568815595f:133646441_133877238), 230798 bp

>pF1KE2058 2094
>gi568815595f:133646441_133877238 (Chr3)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-216  (101972-102144)   100% ->
217-325  (107155-107263)   100% ->
326-502  (108055-108231)   100% ->
503-635  (108923-109055)   99% ->
636-691  (109842-109897)   100% ->
692-870  (110391-110569)   100% ->
871-1048  (111329-111506)   100% ->
1049-1203  (112735-112889)   100% ->
1204-1297  (117742-117835)   100% ->
1298-1330  (118435-118467)   100% ->
1331-1486  (119838-119993)   99% ->
1487-1622  (121589-121724)   100% ->
1623-1687  (124068-124132)   100% ->
1688-1872  (128993-129177)   100% ->
1873-2062  (130609-130798)   100% ->
2063-2094  (132146-132177)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCTCGCCGTGGGAGCCCTGCTGGTCTGCGCCGTCCTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGAGGCTCGCCGTGGGAGCCCTGCTGGTCTGCGCCGTCCTGGGTG...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   GGCTGTGTCTGGCTGTCCCTGATAAAACTGTGAGATGGTGTGCAGTGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101970 AGGGCTGTGTCTGGCTGTCCCTGATAAAACTGTGAGATGGTGTGCAGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGAGCATGAGGCCACTAAGTGCCAGAGTTTCCGCGACCATATGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102020 CGGAGCATGAGGCCACTAAGTGCCAGAGTTTCCGCGACCATATGAAAAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCATTCCATCCGATGGTCCCAGTGTTGCTTGTGTGAAGAAAGCCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102070 GTCATTCCATCCGATGGTCCCAGTGTTGCTTGTGTGAAGAAAGCCTCCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTTGATTGCATCAGGGCCATTGCG         GCAAACGAAGCGGATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102120 CCTTGATTGCATCAGGGCCATTGCGGTA...CAGGCAAACGAAGCGGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGTGACACTGGATGCAGGTTTGGTGTATGATGCTTACCTGGCTCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107171 CTGTGACACTGGATGCAGGTTTGGTGTATGATGCTTACCTGGCTCCCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACCTGAAGCCTGTGGTGGCAGAGTTCTATGGGTCAAAAGAGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107221 AACCTGAAGCCTGTGGTGGCAGAGTTCTATGGGTCAAAAGAGGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   ATCCACAGACTTTCTATTATGCTGTTGCTGTGGTGAAGAAGGATAGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108053 AGATCCACAGACTTTCTATTATGCTGTTGCTGTGGTGAAGAAGGATAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTTCCAGATGAACCAGCTTCGAGGCAAGAAGTCCTGCCACACGGGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108103 GCTTCCAGATGAACCAGCTTCGAGGCAAGAAGTCCTGCCACACGGGTCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCAGGTCCGCTGGGTGGAACATCCCCATAGGCTTACTTTACTGTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108153 GGCAGGTCCGCTGGGTGGAACATCCCCATAGGCTTACTTTACTGTGACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACCTGAGCCACGTAAACCTCTTGAGAAAG         CAGTGGCCAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108203 ACCTGAGCCACGTAAACCTCTTGAGAAAGGTA...CAGCAGTGGCCAATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTTCTCGGGCAGCTGTGCCCCTTGTGCGGATGGGACGGACTTCCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108935 TCTTCTCGGGCAGCTGTGCCCCTTGTGCGGATGGGACGGACTTCCCCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGTGTCAACTGTGTCCAGGGTGTGGCTGCTCCACCCTTAACCAATACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108985 CTGTGTCAACTGTGTCCAGGGTGTGGCTGCTCCACCCTTAACCAATACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGGCTACTCAGGAGCCTTCAA         GTGTCTGAAGGATGGTGCTG
        ||||||||| |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109035 CGGCTACTCGGGAGCCTTCAAGTG...CAGGTGTCTGAAGGATGGTGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGGATGTGGCCTTTGTCAAGCACTCGACTATATTTG         AGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109862 GGGATGTGGCCTTTGTCAAGCACTCGACTATATTTGGTA...CAGAGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTGGCAAACAAGGCTGACAGGGACCAGTATGAGCTGCTTTGCCTGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110396 TTGGCAAACAAGGCTGACAGGGACCAGTATGAGCTGCTTTGCCTGGACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CACCCGGAAGCCGGTAGATGAATACAAGGACTGCCACTTGGCCCAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110446 CACCCGGAAGCCGGTAGATGAATACAAGGACTGCCACTTGGCCCAGGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTTCTCATACCGTCGTGGCCCGAAGTATGGGCGGCAAGGAGGACTTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110496 CTTCTCATACCGTCGTGGCCCGAAGTATGGGCGGCAAGGAGGACTTGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGGGAGCTTCTCAACCAGGCCCAG         GAACATTTTGGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 110546 TGGGAGCTTCTCAACCAGGCCCAGGTA...CAGGAACATTTTGGCAAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAAATCAAAAGAATTCCAACTATTCAGCTCTCCTCATGGGAAGGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111346 CAAATCAAAAGAATTCCAACTATTCAGCTCTCCTCATGGGAAGGACCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGTTTAAGGACTCTGCCCACGGGTTTTTAAAAGTCCCCCCCAGGATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111396 TGTTTAAGGACTCTGCCCACGGGTTTTTAAAAGTCCCCCCCAGGATGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCAAGATGTACCTGGGCTATGAGTATGTCACTGCCATCCGGAATCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111446 GCCAAGATGTACCTGGGCTATGAGTATGTCACTGCCATCCGGAATCTACG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAAGGCACAT         GCCCAGAAGCCCCAACAGATGAATGCAAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111496 GGAAGGCACATGTG...TAGGCCCAGAAGCCCCAACAGATGAATGCAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGTGAAGTGGTGTGCGCTGAGCCACCACGAGAGGCTCAAGTGTGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112765 CTGTGAAGTGGTGTGCGCTGAGCCACCACGAGAGGCTCAAGTGTGATGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGGAGTGTTAACAGTGTAGGGAAAATAGAGTGTGTATCAGCAGAGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112815 TGGAGTGTTAACAGTGTAGGGAAAATAGAGTGTGTATCAGCAGAGACCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CGAAGACTGCATCGCCAAGATCATG         AATGGAGAAGCTGATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 112865 CGAAGACTGCATCGCCAAGATCATGGTA...CAGAATGGAGAAGCTGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCATGAGCTTGGATGGAGGGTTTGTCTACATAGCGGGCAAGTGTGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117758 CCATGAGCTTGGATGGAGGGTTTGTCTACATAGCGGGCAAGTGTGGTCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGCCTGTCTTGGCAGAAAACTACAATA         AGAGCGATAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 117808 GTGCCTGTCTTGGCAGAAAACTACAATAGTA...CAGAGAGCGATAATTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGAGGATACACCAGAGGCAG         GGTATTTTGCTGTAGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||| |||||||||
 118448 TGAGGATACACCAGAGGCAGGTG...TAGGGTATTTTGCTATAGCAGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGAAGAAATCAGCTTCTGACCTCACCTGGGACAATCTGAAAGGCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119859 TGAAGAAATCAGCTTCTGACCTCACCTGGGACAATCTGAAAGGCAAGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TCCTGCCATACGGCAGTTGGCAGAACCGCTGGCTGGAACATCCCCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119909 TCCTGCCATACGGCAGTTGGCAGAACCGCTGGCTGGAACATCCCCATGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCTGCTCTACAATAAGATCAACCACTGCAGATTTG         ATGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 119959 CCTGCTCTACAATAAGATCAACCACTGCAGATTTGGTG...CAGATGAAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TTTTCAGTGAAGGTTGTGCCCCTGGGTCTAAGAAAGACTCCAGTCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121595 TTTTCAGTGAAGGTTGTGCCCCTGGGTCTAAGAAAGACTCCAGTCTCTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AAGCTGTGTATGGGCTCAGGCCTAAACCTGTGTGAACCCAACAACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121645 AAGCTGTGTATGGGCTCAGGCCTAAACCTGTGTGAACCCAACAACAAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GGGATACTACGGCTACACAGGCGCTTTCAG         GTGTCTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 121695 GGGATACTACGGCTACACAGGCGCTTTCAGGTG...CAGGTGTCTGGTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGAAGGGAGATGTGGCCTTTGTGAAACACCAGACTGTCCCACAGAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124079 AGAAGGGAGATGTGGCCTTTGTGAAACACCAGACTGTCCCACAGAACACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GGGG         GAAAAAACCCTGATCCATGGGCTAAGAATCTGAATGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124129 GGGGGTA...TAGGAAAAAACCCTGATCCATGGGCTAAGAATCTGAATGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AAAAGACTATGAGTTGCTGTGCCTTGATGGTACCAGGAAACCTGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129030 AAAAGACTATGAGTTGCTGTGCCTTGATGGTACCAGGAAACCTGTGGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AGTATGCGAACTGCCACCTGGCCAGAGCCCCGAATCACGCTGTGGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129080 AGTATGCGAACTGCCACCTGGCCAGAGCCCCGAATCACGCTGTGGTCACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CGGAAAGATAAGGAAGCTTGCGTCCACAAGATATTACGTCAACAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 129130 CGGAAAGATAAGGAAGCTTGCGTCCACAAGATATTACGTCAACAGCAGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1873        CACCTATTTGGAAGCAACGTAACTGACTGCTCGGGCAACTTTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129180 A...CAGCACCTATTTGGAAGCAACGTAACTGACTGCTCGGGCAACTTTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GTTTGTTCCGGTCGGAAACCAAGGACCTTCTGTTCAGAGATGACACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130652 GTTTGTTCCGGTCGGAAACCAAGGACCTTCTGTTCAGAGATGACACAGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TGTTTGGCCAAACTTCATGACAGAAACACATATGAAAAATACTTAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130702 TGTTTGGCCAAACTTCATGACAGAAACACATATGAAAAATACTTAGGAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 AGAATATGTCAAGGCTGTTGGTAACCTGAGAAAATGCTCCACCTCAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 130752 AGAATATGTCAAGGCTGTTGGTAACCTGAGAAAATGCTCCACCTCATGTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .
   2063       CACTCCTGGAAGCCTGCACTTTCCGTAGACCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 130802 ...CAGCACTCCTGGAAGCCTGCACTTTCCGTAGACCT