seq1 = pF1KE2057.tfa, 2079 bp
seq2 = pF1KE2057/gi568815578f_2209656.tfa (gi568815578f:2209656_2440578), 230923 bp

>pF1KE2057 2079
>gi568815578f:2209656_2440578 (Chr20)

1-181  (99995-100175)   97% ->
182-421  (100523-100762)   100% ->
422-540  (101356-101474)   100% ->
541-669  (103243-103371)   100% ->
670-847  (107413-107590)   100% ->
848-983  (107695-107830)   100% ->
984-1087  (116194-116297)   100% ->
1088-1333  (118465-118710)   100% ->
1334-1642  (122347-122655)   100% ->
1643-1800  (125461-125618)   100% ->
1801-1934  (130199-130332)   100% ->
1935-2079  (130779-130923)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCTCTAGGAGTCCAGAGTATCAACTGGCAGAAGGCCTTCAACCG
         |  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
  99995 CTCACAGCTCTAGGAGTCCAGAGTATCAACTGGCAGACGGCCTTCAACCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAAGCGCATCACACAGACAAGTTCTCCAGCCAGGAGCTCATCTTGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 ACAAGCGCATCACACAGACAAGTTCTCCAGCCAGGAGCTCATCTTGCGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGGCCAAAACTTCCAGGTCTTAATGATCATGAACAAAGGCCTTGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100095 GAGGCCAAAACTTCCAGGTCTTAATGATCATGAACAAAGGCCTTGGCTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACGAAAGACTGGAGTTCATTGTCTCCACAG         GGCCTTACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100145 AACGAAAGACTGGAGTTCATTGTCTCCACAGGTA...CAGGGCCTTACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCAGAGTCGGCCATGACGAAGGCTGTGTTTCCACTCTCCAATGGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100533 CTCAGAGTCGGCCATGACGAAGGCTGTGTTTCCACTCTCCAATGGCAGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGGTGGCTGGAGTGCGGTGCTTCAGGCCAGCAATGGCAATACTCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100583 GTGGTGGCTGGAGTGCGGTGCTTCAGGCCAGCAATGGCAATACTCTGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCAGCATCTCCAGTCCTGCCAGCGCACCCATAGGACGGTACACAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100633 ATCAGCATCTCCAGTCCTGCCAGCGCACCCATAGGACGGTACACAATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTCCAGATCTTCTCCCAGGGCGGCATCTCCTCTGTGAAACTTGGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100683 CCTCCAGATCTTCTCCCAGGGCGGCATCTCCTCTGTGAAACTTGGGACGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCATACTGCTTTTTAACCCCTGGCTGAATG         TGGATAGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100733 TCATACTGCTTTTTAACCCCTGGCTGAATGGTA...TAGTGGATAGCGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTATGGGTAACCACGCTGAGAGAGAAGAGTATGTTCAGGAAGATGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101367 TTTATGGGTAACCACGCTGAGAGAGAAGAGTATGTTCAGGAAGATGCCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CATCATCTTTGTGGGAAGCACAAACCGAATTGGCATGATTGGCTGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101417 CATCATCTTTGTGGGAAGCACAAACCGAATTGGCATGATTGGCTGGAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTGGACAG         TTTGAAGAAGACATTCTCAGCATCTGCCTCTCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101467 TTGGACAGGTA...CAGTTTGAAGAAGACATTCTCAGCATCTGCCTCTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATCTTGGATAGGAGTCTGAATTTCCGCCGTGACGCTGCTACTGATGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103276 ATCTTGGATAGGAGTCTGAATTTCCGCCGTGACGCTGCTACTGATGTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGCAGAAATGACCCCAAATACGTTGGCCGGGTGCTGAGTGCCATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103326 CAGCAGAAATGACCCCAAATACGTTGGCCGGGTGCTGAGTGCCATGGTG.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670      ATCAATAGCAATGATGACAATGGTGTGCTTGCTGGGAATTGGAGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103376 ..CAGATCAATAGCAATGATGACAATGGTGTGCTTGCTGGGAATTGGAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGCACTTACACCGGTGGCCGGGACCCAAGGAGCTGGAACGGCAGCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107458 GGCACTTACACCGGTGGCCGGGACCCAAGGAGCTGGAACGGCAGCGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GATCCTCAAAAATTGGAAAAAATCTGGCTTCAGCCCAGTCCGATATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107508 GATCCTCAAAAATTGGAAAAAATCTGGCTTCAGCCCAGTCCGATATGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGTGCTGGGTCTTTGCTGGGACCCTCAACACAG         CGCTGCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107558 AGTGCTGGGTCTTTGCTGGGACCCTCAACACAGGTA...CAGCGCTGCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCTTTGGGGATTCCTTCCCGGGTGATCACCAACTTCAACTCAGCTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107703 TCTTTGGGGATTCCTTCCCGGGTGATCACCAACTTCAACTCAGCTCATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CACAGACCGAAATCTCAGTGTGGATGTGTACTACGACCCCATGGGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107753 CACAGACCGAAATCTCAGTGTGGATGTGTACTACGACCCCATGGGAAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCCTGGACAAGGGTAGTGATAGCGTATG         GAATTTCCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107803 CCCTGGACAAGGGTAGTGATAGCGTATGGTA...CAGGAATTTCCATGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TGGAATGAAGGCTGGTTTGTGAGGTCTGACCTGGGCCCCTCGTACGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116207 TGGAATGAAGGCTGGTTTGTGAGGTCTGACCTGGGCCCCTCGTACGGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ATGGCAGGTGTTGGATGCTACCCCGCAGGAAAGAAGCCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116257 ATGGCAGGTGTTGGATGCTACCCCGCAGGAAAGAAGCCAAGGTA...CAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGGTGTTCCAGTGCGGCCCCGCTTCGGTCATTGGTGTTCGAGAGGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118465 GGGTGTTCCAGTGCGGCCCCGCTTCGGTCATTGGTGTTCGAGAGGGTGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTGCAGCTGAACTTCGACATGCCCTTTATCTTCGCGGAGGTTAATGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118515 GTGCAGCTGAACTTCGACATGCCCTTTATCTTCGCGGAGGTTAATGCCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCGCATCACCTGGCTGTACGACAACACCACTGGCAAACAGTGGAAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118565 CCGCATCACCTGGCTGTACGACAACACCACTGGCAAACAGTGGAAGAATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CCGTGAACAGTCACACCATTGGCAGGTACATCAGCACCAAGGCGGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118615 CCGTGAACAGTCACACCATTGGCAGGTACATCAGCACCAAGGCGGTGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AGCAATGCTCGCATGGACGTCACGGACAAGTACAAGTACCCAGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 118665 AGCAATGCTCGCATGGACGTCACGGACAAGTACAAGTACCCAGAAGGTA.

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334      GCTCTGACCAGGAAAGACAAGTGTTCCAAAAGGCTTTGGGGAAAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118715 ..CAGGCTCTGACCAGGAAAGACAAGTGTTCCAAAAGGCTTTGGGGAAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TTAAACCCAACACGCCATTTGCCGCGACGTCTTCAATGGGTTTGGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122392 TTAAACCCAACACGCCATTTGCCGCGACGTCTTCAATGGGTTTGGAAACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GAGGAACAGGAGCCCAGCATCATCGGGAAGCTGAAGGTCGCTGGCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122442 GAGGAACAGGAGCCCAGCATCATCGGGAAGCTGAAGGTCGCTGGCATGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GGCAGTAGGCAAAGAAGTCAACCTGGTCCTACTGCTCAAAAACCTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122492 GGCAGTAGGCAAAGAAGTCAACCTGGTCCTACTGCTCAAAAACCTGAGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GGGATACGAAGACAGTGACAGTGAACATGACAGCCTGGACCATCATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122542 GGGATACGAAGACAGTGACAGTGAACATGACAGCCTGGACCATCATCTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 AACGGCACGCTTGTACATGAAGTGTGGAAGGACTCTGCCACAATGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122592 AACGGCACGCTTGTACATGAAGTGTGGAAGGACTCTGCCACAATGTCCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GGACCCTGAGGAAG         AGGCAGAACATCCCATAAAGATCTCGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 122642 GGACCCTGAGGAAGGTA...CAGAGGCAGAACATCCCATAAAGATCTCGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ACGCTCAGTATGAGAAGTACCTGAAGTCAGACAACATGATCCGGATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125488 ACGCTCAGTATGAGAAGTACCTGAAGTCAGACAACATGATCCGGATCACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GCGGTGTGCAAGGTCCCAGATGAGTCTGAGGTGGTGGTGGAGCGGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125538 GCGGTGTGCAAGGTCCCAGATGAGTCTGAGGTGGTGGTGGAGCGGGACAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CATCCTGGACAACCCCACCTTGACCCTGGAG         GTGCTGAACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 125588 CATCCTGGACAACCCCACCTTGACCCTGGAGGTA...TAGGTGCTGAACG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AGGCTCGTGTGCGGAAGCCTGTGAACGTGCAGATGCTCTTCTCCAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130209 AGGCTCGTGTGCGGAAGCCTGTGAACGTGCAGATGCTCTTCTCCAATCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CTGGATGAGCCGGTGAGGGACTGCGTGCTGATGGTGGAGGGAAGCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130259 CTGGATGAGCCGGTGAGGGACTGCGTGCTGATGGTGGAGGGAAGCGGCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GCTGTTGGGTAACCTGAAGATCGA         CGTGCCGACCCTAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 130309 GCTGTTGGGTAACCTGAAGATCGAGTG...CAGCGTGCCGACCCTAGGGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 CCAAGGAGGGGTCCCGGGTCCGTTTTGATATCCTGCCCTCCCGGAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130796 CCAAGGAGGGGTCCCGGGTCCGTTTTGATATCCTGCCCTCCCGGAGTGGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 ACCAAGCAACTGCTCGCCGACTTCTCCTGCAACAAGTTCCCTGCAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130846 ACCAAGCAACTGCTCGCCGACTTCTCCTGCAACAAGTTCCCTGCAATCAA

   2150     .    :    .    :    .
   2052 GGCCATGTTGTCCATCGATGTAGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||
 130896 GGCCATGTTGTCCATCGATGTAGCCGAA