seq1 = pF1KE2054.tfa, 1875 bp
seq2 = pF1KE2054/gi568815596f_238220663.tfa (gi568815596f:238220663_238498916), 278254 bp

>pF1KE2054 1875
>gi568815596f:238220663_238498916 (Chr2)

1-123  (100001-100123)   99% ->
124-192  (104644-104712)   100% ->
193-354  (105147-105308)   100% ->
355-498  (108024-108167)   100% ->
499-915  (108264-108680)   100% ->
916-987  (112162-112233)   100% ->
988-1063  (113298-113373)   100% ->
1064-1084  (126793-126813)   100% ->
1085-1169  (128102-128186)   100% ->
1170-1253  (128663-128746)   100% ->
1254-1377  (132165-132288)   100% ->
1378-1414  (132511-132547)   100% ->
1415-1491  (135342-135418)   100% ->
1492-1712  (176797-177017)   100% ->
1713-1875  (178092-178254)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGCGGCGGTGGTGAGGCGGACGCAGGAGGCGCTGGGGAAAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACGCGGCGGTGGTGAGGCGGACGCAGGAGGCGCTGGGGAAAGTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGGAGGCCGCCGCTGACAGAGAAGCTGCTGAGCAAGCCCCCGTTCCGCT
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCGGAGGCCGCCGCTGACCGAGAAGCTGCTGAGCAAGCCCCCGTTCCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTGCACGACATCATCACGGAG         GTGATTAGAATGACTGGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 ACCTGCACGACATCATCACGGAGGTG...AAGGTGATTAGAATGACTGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCATGAAGGGCCTCTACACAGACGCCGAGATGAAGTCTGATAATGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104662 TTCATGAAGGGCCTCTACACAGACGCCGAGATGAAGTCTGATAATGTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 G         GATAAAGATGCAAAAATTAGCTTCCTACAAAAGGCCATAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104712 GGTG...CAGGATAAAGATGCAAAAATTAGCTTCCTACAAAAGGCCATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACGTGGTTGTAATGGTGTCGGGAGAGCCACTGTTGGCCAAACCAGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105187 ACGTGGTTGTAATGGTGTCGGGAGAGCCACTGTTGGCCAAACCAGCCCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCGTGGCGGGGCATGAGCCTGAAAGAACAAACGAGCTGCTCCAGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105237 ATCGTGGCGGGGCATGAGCCTGAAAGAACAAACGAGCTGCTCCAGATAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGAAAATGCTGTCTCAACAAG         CTCTCTAGTGACGATGCGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105287 TGGAAAATGCTGTCTCAACAAGGTA...AAGCTCTCTAGTGACGATGCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCGGAGGGTTTTAGCTGGAGAGAAGGGAGAAGTGAAAGGCCGGGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108043 TGCGGAGGGTTTTAGCTGGAGAGAAGGGAGAAGTGAAAGGCCGGGCCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGACCTCAAGATCTCAGGAATTGGATAATAAGAATGTGCGAGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108093 CTGACCTCAAGATCTCAGGAATTGGATAATAAGAATGTGCGAGAAGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTCCAGAGTTCACAAAAATACAGAG         GATAGAGGAGACGCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108143 GTCCAGAGTTCACAAAAATACAGAGGTG...TAGGATAGAGGAGACGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAATAAAAGAGAGAAGTACAAGCAGAGATCGAAAACAGAAGGAAGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108280 AAATAAAAGAGAGAAGTACAAGCAGAGATCGAAAACAGAAGGAAGAATTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAGAAGACCGCAAGCCAAGAGAAAAGGACAAGGACAAGGAGAAGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108330 AAAGAAGACCGCAAGCCAAGAGAAAAGGACAAGGACAAGGAGAAGGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAGAATGGCGGAAACAGACACAGAGAAGGGGAGAGAGAGAGAGCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108380 GGAGAATGGCGGAAACAGACACAGAGAAGGGGAGAGAGAGAGAGCCAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCCGGGCCAGGCCAGACAACGAGCGACAGAAAGACAGAGGCAACAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108430 CCCGGGCCAGGCCAGACAACGAGCGACAGAAAGACAGAGGCAACAGGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGGGACAGAGACTCCGAGCGCAAGAAGGAGACAGAGAGAAAGAGTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108480 CGGGACAGAGACTCCGAGCGCAAGAAGGAGACAGAGAGAAAGAGTGAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGGGAAAGAGAAGGAGAGACTGAGAGACAGGGACCGAGAGCGCGACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108530 GGGGAAAGAGAAGGAGAGACTGAGAGACAGGGACCGAGAGCGCGACCGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACAAAGGGAAGGACAGGGACAGACGGAGAGTGAAAAACGGGGAGCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108580 ACAAAGGGAAGGACAGGGACAGACGGAGAGTGAAAAACGGGGAGCACTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TGGGACCTGGACAGGGAGAAGAACAGAGAGCATGACAAACCTGAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108630 TGGGACCTGGACAGGGAGAAGAACAGAGAGCATGACAAACCTGAGAAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 G         TCAGCAAGCTCAGGGGAGATGTCTAAAAAGTTATCAGATG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108680 GGTA...TAGTCAGCAAGCTCAGGGGAGATGTCTAAAAAGTTATCAGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GAACTTTTAAAGACTCCAAGGCTGAAACAGAG         ACTGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112202 GAACTTTTAAAGACTCCAAGGCTGAAACAGAGGTA...AAGACTGAGATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCCACTAGAGCTTCCAAGTCATTGACAACAAAAACATCAAAACGGCGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113307 TCCACTAGAGCTTCCAAGTCATTGACAACAAAAACATCAAAACGGCGATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAAAAATTCAGTGGAAG         GTGACTCCACCAGTGATGCAG   
        |||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||>>>
 113357 CAAAAATTCAGTGGAAGGTA...TAGGTGACTCCACCAGTGATGCAGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1085       AAGGAGATGCTGGACCTGCTGGCCAAGATAAGTCTGAGGTGCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126817 ...TAGAAGGAGATGCTGGACCTGCTGGCCAAGATAAGTCTGAGGTGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGACTCCAGAAATTCCTAATGAGCTTTCATCCAACATCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 128146 GAGACTCCAGAAATTCCTAATGAGCTTTCATCCAACATCAGGTC...TAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AAGAATTCCTCGGCCTGGGAGTGCAAGACCAGCCCCTCCCCGGGTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128663 AAGAATTCCTCGGCCTGGGAGTGCAAGACCAGCCCCTCCCCGGGTCAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGCAAGACAGCATGGAGGCGCTACAAATGGATAG         GTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 128713 GGCAAGACAGCATGGAGGCGCTACAAATGGATAGGTA...TAGGTCAGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AGTGGTAAAACCGTTTCAAATGTGATTACAGAGTCACACAATTCTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132172 AGTGGTAAAACCGTTTCAAATGTGATTACAGAGTCACACAATTCTGACAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGAAGAGGATGATCAATTTGTGGTGGAAGCTGCCCCTCAGCTCTCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132222 TGAAGAGGATGATCAATTTGTGGTGGAAGCTGCCCCTCAGCTCTCTGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGTCAGAAATTGAAATG         GTAACAGCAGTGGAACTAGAAGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 132272 TGTCAGAAATTGAAATGGTT...CAGGTAACAGCAGTGGAACTAGAAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAGGAGAAGCATG         GTGGACTTGTGAAAAAAATTTTGGAGAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 132535 GAGGAGAAGCATGGTG...CAGGTGGACTTGTGAAAAAAATTTTGGAGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GAAGAAAGATTATGAGAAATTGCAGCAGTCACCCAAACCTGGGGAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 135370 GAAGAAAGATTATGAGAAATTGCAGCAGTCACCCAAACCTGGGGAGAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492         GAGCGATCTCTCTTTGAGTCGGCATGGAAGAAGGAGAAGGAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135420 TA...TAGGAGCGATCTCTCTTTGAGTCGGCATGGAAGAAGGAGAAGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ATCGTTTCCAAGGAGATAGAGAAGCTCCGCACGTCCATCCAGACCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176839 ATCGTTTCCAAGGAGATAGAGAAGCTCCGCACGTCCATCCAGACCCTGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CAAGAGCGCACTTCCCCTGGGGAAGATCATGGACTACATCCAGGAAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176889 CAAGAGCGCACTTCCCCTGGGGAAGATCATGGACTACATCCAGGAAGACG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGGATGCCATGCAGAATGAGCTGCAGATGTGGCACAGCGAGAACAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176939 TGGATGCCATGCAGAATGAGCTGCAGATGTGGCACAGCGAGAACAGGCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CACGCCGAGGCCCTGCAGCAGGAGCAGAG         GATCACAGACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 176989 CACGCCGAGGCCCTGCAGCAGGAGCAGAGGTG...CAGGATCACAGACTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TGCCGTGGAGCCCTTAAAGGCTGAGCTCGCGGAGCTGGAGCAGCTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178104 TGCCGTGGAGCCCTTAAAGGCTGAGCTCGCGGAGCTGGAGCAGCTGATCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AAGACCAGCAAGACAAGATCTGTGCTGTGAAGGCCAACATCCTCAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178154 AAGACCAGCAAGACAAGATCTGTGCTGTGAAGGCCAACATCCTCAAGAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GAAGAAAAAATCCAGAAAATGGTATATAGTATCAATTTGACTTCGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178204 GAAGAAAAAATCCAGAAAATGGTATATAGTATCAATTTGACTTCGAGAAG

   2000 
   1875 G
        |
 178254 G