seq1 = pF1KE2053.tfa, 2064 bp
seq2 = pF1KE2053/gi568815586f_6962474.tfa (gi568815586f:6962474_7170648), 208175 bp

>pF1KE2053 2064
>gi568815586f:6962474_7170648 (Chr12)

1-213  (99997-100209)   98% ->
214-391  (100417-100594)   100% ->
392-517  (101794-101919)   100% ->
518-717  (102627-102826)   100% ->
718-871  (103344-103497)   100% ->
872-987  (104045-104160)   100% ->
988-1066  (104566-104644)   100% ->
1067-1195  (105170-105298)   100% ->
1196-1270  (105983-106057)   100% ->
1271-2064  (107382-108175)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGTGCATTGTCCTGTTTTCACTTTTGGCATGGGTTTATGCTGAGCC
         |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 TTCAGGTGCATTGTCCTGTTTTCACTTTTGGCATGGGTTTATGCTGAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACCATGTATGGGGAGATCCTGTCCCCTAACTATCCTCAGGCATATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 TACCATGTATGGGGAGATCCTGTCCCCTAACTATCCTCAGGCATATCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGAGGTAGAGAAATCTTGGGACATAGAAGTTCCTGAAGGGTATGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100097 GTGAGGTAGAGAAATCTTGGGACATAGAAGTTCCTGAAGGGTATGGGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACCTCTACTTCACCCATCTGGACATTGAGCTGTCAGAGAACTGTGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100147 CACCTCTACTTCACCCATCTGGACATTGAGCTGTCAGAGAACTGTGCGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACTCAGTGCAG         ATAATCTCAGGAGACACTGAAGAAGGGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100197 TGACTCAGTGCAGGTA...TAGATAATCTCAGGAGACACTGAAGAAGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCTCTGTGGACAGAGGAGCAGTAACAATCCCCACTCTCCAATTGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100445 GGCTCTGTGGACAGAGGAGCAGTAACAATCCCCACTCTCCAATTGTGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGTTCCAAGTCCCATACAACAAACTCCAGGTGATCTTTAAGTCAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100495 GAGTTCCAAGTCCCATACAACAAACTCCAGGTGATCTTTAAGTCAGACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTCCAATGAAGAGCGTTTTACGGGGTTTGCTGCATACTATGTTGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100545 TTCCAATGAAGAGCGTTTTACGGGGTTTGCTGCATACTATGTTGCCACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392          ACATAAATGAATGCACAGATTTTGTAGATGTCCCTTGTAGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100595 GTA...TAGACATAAATGAATGCACAGATTTTGTAGATGTCCCTTGTAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACTTCTGCAACAATTTCATTGGTGGTTACTTCTGCTCCTGCCCCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101835 CACTTCTGCAACAATTTCATTGGTGGTTACTTCTGCTCCTGCCCCCCGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATATTTCCTCCATGATGACATGAAGAATTGCGGAG         TTAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101885 ATATTTCCTCCATGATGACATGAAGAATTGCGGAGGTG...TAGTTAATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCAGTGGGGATGTATTCACTGCACTGATTGGGGAGATTGCAAGTCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102633 GCAGTGGGGATGTATTCACTGCACTGATTGGGGAGATTGCAAGTCCCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TATCCCAAACCATATCCAGAGAACTCAAGGTGTGAATACCAGATCCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102683 TATCCCAAACCATATCCAGAGAACTCAAGGTGTGAATACCAGATCCGGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGAGAAAGGGTTCCAAGTGGTGGTGACCTTGCGGAGAGAAGATTTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102733 GGAGAAAGGGTTCCAAGTGGTGGTGACCTTGCGGAGAGAAGATTTTGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGAAGCAGCTGACTCAGCGGGAAACTGCCTTGACAGTTTAGTT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102783 TGGAAGCAGCTGACTCAGCGGGAAACTGCCTTGACAGTTTAGTTGTG...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    718    TTTGTTGCAGGAGATCGGCAATTTGGTCCTTACTGTGGTCATGGATT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103341 CAGTTTGTTGCAGGAGATCGGCAATTTGGTCCTTACTGTGGTCATGGATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCCTGGGCCTCTAAATATTGAAACCAAGAGTAATGCTCTTGATATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103391 CCCTGGGCCTCTAAATATTGAAACCAAGAGTAATGCTCTTGATATCATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCCAAACTGATCTAACAGGGCAAAAAAAGGGCTGGAAACTTCGCTATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103441 TCCAAACTGATCTAACAGGGCAAAAAAAGGGCTGGAAACTTCGCTATCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGAGATC         CAATGCCCTGCCCTAAGGAAGACACTCCCAATTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103491 GGAGATCGTG...AAGCAATGCCCTGCCCTAAGGAAGACACTCCCAATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGTTTGGGAGCCTGCGAAGGCAAAATATGTCTTTAGAGATGTGGTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104079 TGTTTGGGAGCCTGCGAAGGCAAAATATGTCTTTAGAGATGTGGTGCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TAACCTGTCTGGATGGGTTTGAAGTTGTGGAG         GGACGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104129 TAACCTGTCTGGATGGGTTTGAAGTTGTGGAGGTA...CAGGGACGTGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGTGCAACATCTTTCTATTCGACTTGTCAAAGCAATGGAAAGTGGAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104575 GGTGCAACATCTTTCTATTCGACTTGTCAAAGCAATGGAAAGTGGAGTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TTCCAAACTGAAATGTCAAC         CTGTGGACTGTGGCATTCCTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104625 TTCCAAACTGAAATGTCAACGTA...TAGCTGTGGACTGTGGCATTCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AATCCATTGAGAATGGTAAAGTTGAAGACCCAGAGAGCACTTTGTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105191 AATCCATTGAGAATGGTAAAGTTGAAGACCCAGAGAGCACTTTGTTTGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TCTGTCATCCGCTACACTTGTGAGGAGCCATATTACTACATGGAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105241 TCTGTCATCCGCTACACTTGTGAGGAGCCATATTACTACATGGAAAATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AGGAGGTG         GGGAGTATCACTGTGCTGGTAACGGGAGCTGGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105291 AGGAGGTGGTA...CAGGGGAGTATCACTGTGCTGGTAACGGGAGCTGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGAATGAGGTGCTGGGCCCGGAGCTGCCGAAATGTGTTCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 106016 TGAATGAGGTGCTGGGCCCGGAGCTGCCGAAATGTGTTCCAGGTA...TA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1271  TCTGTGGAGTCCCCAGAGAACCCTTTGAAGAAAAACAGAGGATAATTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107381 GTCTGTGGAGTCCCCAGAGAACCCTTTGAAGAAAAACAGAGGATAATTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGGATCCGATGCAGATATTAAAAACTTCCCCTGGCAAGTCTTCTTTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107431 AGGATCCGATGCAGATATTAAAAACTTCCCCTGGCAAGTCTTCTTTGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACCCATGGGCTGGTGGAGCGCTCATTAATGAGTACTGGGTGCTGACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107481 ACCCATGGGCTGGTGGAGCGCTCATTAATGAGTACTGGGTGCTGACGGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GCTCATGTTGTGGAGGGAAACAGGGAGCCAACAATGTATGTTGGGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107531 GCTCATGTTGTGGAGGGAAACAGGGAGCCAACAATGTATGTTGGGTCCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTCAGTGCAGACCTCACGGCTGGCAAAATCCAAGATGCTCACTCCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107581 CTCAGTGCAGACCTCACGGCTGGCAAAATCCAAGATGCTCACTCCTGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ATGTGTTTATTCATCCGGGATGGAAGCTGCTGGAAGTCCCAGAAGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107631 ATGTGTTTATTCATCCGGGATGGAAGCTGCTGGAAGTCCCAGAAGGACGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ACCAATTTTGATAATGACATTGCACTGGTGCGGCTGAAAGACCCAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107681 ACCAATTTTGATAATGACATTGCACTGGTGCGGCTGAAAGACCCAGTGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AATGGGACCCACCGTCTCTCCCATCTGCCTACCAGGCACCTCTTCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107731 AATGGGACCCACCGTCTCTCCCATCTGCCTACCAGGCACCTCTTCCGACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ACAACCTCATGGATGGGGACCTGGGACTGATCTCAGGCTGGGGCCGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107781 ACAACCTCATGGATGGGGACCTGGGACTGATCTCAGGCTGGGGCCGAACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GAGAAGAGAGATCGTGCTGTTCGCCTCAAGGCGGCAAGGTTACCTGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107831 GAGAAGAGAGATCGTGCTGTTCGCCTCAAGGCGGCAAGGTTACCTGTAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TCCTTTAAGAAAATGCAAAGAAGTGAAAGTGGAGAAACCCACAGCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107881 TCCTTTAAGAAAATGCAAAGAAGTGAAAGTGGAGAAACCCACAGCAGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CAGAGGCCTATGTTTTCACTCCTAACATGATCTGTGCTGGAGGAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107931 CAGAGGCCTATGTTTTCACTCCTAACATGATCTGTGCTGGAGGAGAGAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GGCATGGATAGCTGTAAAGGGGACAGTGGTGGGGCCTTTGCTGTACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107981 GGCATGGATAGCTGTAAAGGGGACAGTGGTGGGGCCTTTGCTGTACAGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 TCCCAATGACAAGACCAAATTCTACGCAGCTGGCCTGGTGTCCTGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108031 TCCCAATGACAAGACCAAATTCTACGCAGCTGGCCTGGTGTCCTGGGGGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 CCCAGTGTGGGACCTATGGGCTCTACACACGGGTAAAGAACTATGTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108081 CCCAGTGTGGGACCTATGGGCTCTACACACGGGTAAAGAACTATGTTGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2020 TGGATAATGAAGACTATGCAGGAAAATAGCACCCCCCGTGAGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108131 TGGATAATGAAGACTATGCAGGAAAATAGCACCCCCCGTGAGGAC