seq1 = pF1KE2049.tfa, 2013 bp
seq2 = pF1KE2049/gi568815592f_2976945.tfa (gi568815592f:2976945_3213336), 236392 bp

>pF1KE2049 2013
>gi568815592f:2976945_3213336 (Chr6)

1-164  (99880-100043)   99% ->
165-321  (100835-100991)   100% ->
322-459  (104035-104172)   100% ->
460-688  (106141-106369)   100% ->
689-838  (108315-108464)   100% ->
839-915  (112637-112713)   100% ->
916-1006  (127281-127371)   100% ->
1007-1576  (128538-129107)   100% ->
1577-1729  (133859-134011)   100% ->
1730-2013  (136109-136392)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAACCAGACATGTCCTTGAATGTCATTAAGATGAAATCCAGTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99880 ATGCAACCAGACATGTCCTTGAATGTCATTAAGATGAAATCCAGTGACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGAGAGTGCAGAACTGGACAGCGGAGGCTTCGGGAAGGTGTCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  99930 CCTGGAGAGTGCAGAACTGGACAGCGGAGGCTTTGGGAAGGTGTCTCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTTCCACAGAACCCAGGGACTCATGATCATGAAAACAGTGTACAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99980 GTTTCCACAGAACCCAGGGACTCATGATCATGAAAACAGTGTACAAGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCAACTGCATTGA         GCACAACGAGGCCCTCTTGGAGGAGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100030 CCCAACTGCATTGAGTG...CAGGCACAACGAGGCCCTCTTGGAGGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGATGATGAACAGACTGAGACACAGCCGGGTGGTGAAGCTCCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100862 GAAGATGATGAACAGACTGAGACACAGCCGGGTGGTGAAGCTCCTGGGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCATCATAGAGGAAGGGAAGTACTCCCTGGTGATGGAGTACATGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100912 TCATCATAGAGGAAGGGAAGTACTCCCTGGTGATGGAGTACATGGAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCAACCTGATGCACGTGCTGAAAGCCGAG         ATGAGTACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100962 GGCAACCTGATGCACGTGCTGAAAGCCGAGGTA...TAGATGAGTACTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTTTCTGTAAAAGGAAGGATAATTTTGGAAATCATTGAAGGAATGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104046 GCTTTCTGTAAAAGGAAGGATAATTTTGGAAATCATTGAAGGAATGTGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTTACATGGAAAAGGCGTGATACACAAGGACCTGAAGCCTGAAAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104096 ACTTACATGGAAAAGGCGTGATACACAAGGACCTGAAGCCTGAAAATATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTTGTTGATAATGACTTCCACATTAAG         ATCGCAGACCTCGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104146 CTTGTTGATAATGACTTCCACATTAAGGTA...CAGATCGCAGACCTCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTTGCCTCCTTTAAGATGTGGAGCAAACTGAATAATGAAGAGCACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106155 CCTTGCCTCCTTTAAGATGTGGAGCAAACTGAATAATGAAGAGCACAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTGAGGGAAGTGGACGGCACCGCTAAGAAGAATGGCGGCACCCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106205 AGCTGAGGGAAGTGGACGGCACCGCTAAGAAGAATGGCGGCACCCTCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACATGGCGCCCGAGCACCTGAATGACGTCAACGCAAAGCCCACAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106255 TACATGGCGCCCGAGCACCTGAATGACGTCAACGCAAAGCCCACAGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTCGGATGTGTACAGCTTTGCTGTAGTACTCTGGGCGATATTTGCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106305 GTCGGATGTGTACAGCTTTGCTGTAGTACTCTGGGCGATATTTGCAAATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGAGCCATATGAAA         ATGCTATCTGTGAGCAGCAGTTGATA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106355 AGGAGCCATATGAAAGTA...TAGATGCTATCTGTGAGCAGCAGTTGATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATGTGCATAAAATCTGGGAACAGGCCAGATGTGGATGACATCACTGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108341 ATGTGCATAAAATCTGGGAACAGGCCAGATGTGGATGACATCACTGAGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTGCCCAAGAGAAATTATCAGTCTCATGAAGCTCTGCTGGGAAGCGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108391 CTGCCCAAGAGAAATTATCAGTCTCATGAAGCTCTGCTGGGAAGCGAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CGGAAGCTCGGCCGACATTTCCTG         GCATTGAAGAAAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108441 CGGAAGCTCGGCCGACATTTCCTGGTA...CAGGCATTGAAGAAAAATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGGCCTTTTTATTTAAGTCAATTAGAAGAAAGTGTAGAAGAGGACGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112654 AGGCCTTTTTATTTAAGTCAATTAGAAGAAAGTGTAGAAGAGGACGTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAGTTTAAAG         AAAGAGTATTCAAACGAAAATGCAGTTGTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 112704 GAGTTTAAAGGTA...TAGAAAGAGTATTCAAACGAAAATGCAGTTGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGAGAATGCAGTCTCTTCAACTTGATTGTGTGGCAGTACCTTCAAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127312 AGAGAATGCAGTCTCTTCAACTTGATTGTGTGGCAGTACCTTCAAGCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCAAATTCAG         CCACAGAACAGCCTGGTTCACTGCACAGTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 127362 TCAAATTCAGGTA...CAGCCACAGAACAGCCTGGTTCACTGCACAGTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCAGGGACTTGGGATGGGTCCTGTGGAGGAGTCCTGGTTTGCTCCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128569 CCAGGGACTTGGGATGGGTCCTGTGGAGGAGTCCTGGTTTGCTCCTTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGGAGCACCCACAAGAAGAGAATGAGCCCAGCCTGCAGAGTAAACTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128619 TGGAGCACCCACAAGAAGAGAATGAGCCCAGCCTGCAGAGTAAACTCCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GACGAAGCCAACTACCATCTTTATGGCAGCCGCATGGACAGGCAGACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128669 GACGAAGCCAACTACCATCTTTATGGCAGCCGCATGGACAGGCAGACGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ACAGCAGCCCAGACAGAATGTGGCTTACAACAGAGAGGAGGAAAGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128719 ACAGCAGCCCAGACAGAATGTGGCTTACAACAGAGAGGAGGAAAGGAGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GCAGGGTCTCCCATGACCCTTTTGCACAGCAAAGACCTTACGAGAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128769 GCAGGGTCTCCCATGACCCTTTTGCACAGCAAAGACCTTACGAGAATTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CAGAATACAGAGGGAAAAGGCACTGCTTATTCCAGTGCAGCCAGTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128819 CAGAATACAGAGGGAAAAGGCACTGCTTATTCCAGTGCAGCCAGTCATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TAATGCAGTGCACCAGCCCTCAGGGCTCACCAGCCAACCTCAAGTACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128869 TAATGCAGTGCACCAGCCCTCAGGGCTCACCAGCCAACCTCAAGTACTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATCAGAACAATGGATTATATAGCTCACATGGCTTTGGAACAAGACCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128919 ATCAGAACAATGGATTATATAGCTCACATGGCTTTGGAACAAGACCACTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GATCCAGGAACAGCAGGTCCCAGAGTTTGGTACAGGCCAATTCCAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128969 GATCCAGGAACAGCAGGTCCCAGAGTTTGGTACAGGCCAATTCCAAGTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TATGCCTAGTCTGCATAATATCCCAGTGCCTGAGACCAACTATCTAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129019 TATGCCTAGTCTGCATAATATCCCAGTGCCTGAGACCAACTATCTAGGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 ATACACCCACCATGCCATTCAGCTCCTTGCCACCAACAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 129069 ATACACCCACCATGCCATTCAGCTCCTTGCCACCAACAGGTA...CAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GAATCTATAAAATATACCATATACAATAGTACTGGCATTCAGATTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133861 GAATCTATAAAATATACCATATACAATAGTACTGGCATTCAGATTGGAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CTACAATTATATGGAGATTGGTGGGACGAGTTCATCACTACTAGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133911 CTACAATTATATGGAGATTGGTGGGACGAGTTCATCACTACTAGACAGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CAAATACGAACTTCAAAGAAGAGCCAGCTGCTAAGTACCAAGCTATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133961 CAAATACGAACTTCAAAGAAGAGCCAGCTGCTAAGTACCAAGCTATCTTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 G         ATAATACCACTAGTCTGACGGATAAACACCTGGACCCAAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134011 GGTA...CAGATAATACCACTAGTCTGACGGATAAACACCTGGACCCAAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CAGGGAAAATCTGGGAAAGCACTGGAAAAACTGTGCCCGTAAACTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136149 CAGGGAAAATCTGGGAAAGCACTGGAAAAACTGTGCCCGTAAACTGGGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TCACACAGTCTCAGATTGATGAAATTGACCATGACTATGAGCGAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136199 TCACACAGTCTCAGATTGATGAAATTGACCATGACTATGAGCGAGATGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 CTGAAAGAAAAGGTTTACCAGATGCTCCAAAAGTGGGTGATGAGGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136249 CTGAAAGAAAAGGTTTACCAGATGCTCCAAAAGTGGGTGATGAGGGAAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 CATAAAGGGAGCCACGGTGGGGAAGCTGGCCCAGGCGCTCCACCAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136299 CATAAAGGGAGCCACGGTGGGGAAGCTGGCCCAGGCGCTCCACCAGTGTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 CCAGGATCGACCTTCTGAGCAGCTTGATTTACGTCAGCCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136349 CCAGGATCGACCTTCTGAGCAGCTTGATTTACGTCAGCCAGAAC