seq1 = pF1KE2048.tfa, 2007 bp
seq2 = pF1KE2048/gi568815587f_66516721.tfa (gi568815587f:66516721_66726665), 209945 bp

>pF1KE2048 2007
>gi568815587f:66516721_66726665 (Chr11)

1-337  (100001-100337)   100% ->
338-1802  (107494-108958)   99% ->
1803-2007  (109741-109945)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGATATTCGTGGGCAACGTCGACGGGGCGGATACGACTCCGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGATATTCGTGGGCAACGTCGACGGGGCGGATACGACTCCGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGCAGCCCTCTTTGCGCCCTACGGCACGGTCATGAGCTGCGCCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGCAGCCCTCTTTGCGCCCTACGGCACGGTCATGAGCTGCGCCGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAACAGTTCGCCTTCGTGCACATGCGCGAGAACGCGGGCGCGCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAACAGTTCGCCTTCGTGCACATGCGCGAGAACGCGGGCGCGCTGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCATCGAAGCCCTGCACGGCCACGAGCTGCGGCCGGGGCGCGCGCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCATCGAAGCCCTGCACGGCCACGAGCTGCGGCCGGGGCGCGCGCTCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGGAGATGTCGCGCCCAAGGCCTCTTAATACTTGGAAGATTTTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGGAGATGTCGCGCCCAAGGCCTCTTAATACTTGGAAGATTTTCGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAATGTGTCGGCTGCATGCACGAGCCAGGAACTGCGCAGCCTCTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAATGTGTCGGCTGCATGCACGAGCCAGGAACTGCGCAGCCTCTTCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCCGCGGACGCGTCATCGAGTGTGACGTGGTGAAAG         ACTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100301 CGCCGCGGACGCGTCATCGAGTGTGACGTGGTGAAAGGTA...CAGACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGCGTTTGTTCACATGGAGAAGGAAGCAGATGCCAAAGCCGCAATCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107498 CGCGTTTGTTCACATGGAGAAGGAAGCAGATGCCAAAGCCGCAATCGCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCTCAACGGCAAAGAAGTGAAGGGCAAGCGCATCAACGTGGAACTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107548 AGCTCAACGGCAAAGAAGTGAAGGGCAAGCGCATCAACGTGGAACTCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCAAGGGTCAGAAGAAGGGGCCTGGCCTGGCTGTCCAGTCTGGGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107598 ACCAAGGGTCAGAAGAAGGGGCCTGGCCTGGCTGTCCAGTCTGGGGACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GACCAAGAAACCAGGGGCTGGGGATACGGCCTTCCCTGGAACTGGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107648 GACCAAGAAACCAGGGGCTGGGGATACGGCCTTCCCTGGAACTGGTGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCTCTGCCACCTTCGACTACCAGCAGGCTTTTGGCAACAGCACTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107698 TCTCTGCCACCTTCGACTACCAGCAGGCTTTTGGCAACAGCACTGGTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTTGATGGGCAAGCCCGTCAGCCCACACCACCCTTCTTTGGTCGCGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107748 TTTGATGGGCAAGCCCGTCAGCCCACACCACCCTTCTTTGGTCGCGACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAGCCCTCTGCGCCGTTCACCTCCCCGAGCCTCTTATGTGGCTCCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107798 CAGCCCTCTGCGCCGTTCACCTCCCCGAGCCTCTTATGTGGCTCCTCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CGGCCCAGCCAGCTACCTACCGGGCCCAGCCGTCCGTGTCACTGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107848 CGGCCCAGCCAGCTACCTACCGGGCCCAGCCGTCCGTGTCACTGGGAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCCTACAGGGCCCAGCCTTCTGCCTCTTTGGGTGTTGGCTATCGGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107898 GCCTACAGGGCCCAGCCTTCTGCCTCTTTGGGTGTTGGCTATCGGACTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCCCATGACAGCCCAGGCAGCCTCTTACCGCGCTCAGCCCTCTGTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107948 GCCCATGACAGCCCAGGCAGCCTCTTACCGCGCTCAGCCCTCTGTCTCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TTGGGGCACCATACAGGGGCCAGCTGGCTAGTCCTAGCTCCCAGTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107998 TTGGGGCACCATACAGGGGCCAGCTGGCTAGTCCTAGCTCCCAGTCTGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCAGCTTCTTCACTCGGCCCATATGGTGGAGCCCAGCCCTCAGCCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108048 GCAGCTTCTTCACTCGGCCCATATGGTGGAGCCCAGCCCTCAGCCTCGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCTTTCCTCCTATGGGGGTCAGGCAGCTGCAGCTTCTTCGCTCAACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108098 CCTTTCCTCCTATGGGGGTCAGGCAGCTGCAGCTTCTTCGCTCAACTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ATGGGGCTCAGGGTTCCTCCCTTGCCTCCTATGGTAACCAGCCATCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108148 ATGGGGCTCAGGGTTCCTCCCTTGCCTCCTATGGTAACCAGCCATCCTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TACGGCGCCCAGGCTGCCTCTTCCTATGGGGTTCGTGCAGCTGCTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108198 TACGGCGCCCAGGCTGCCTCTTCCTATGGGGTTCGTGCAGCTGCTTCTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CTACAACACCCAGGGAGCAGCTTCCTCCTTAGGCTCCTACGGGGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108248 CTACAACACCCAGGGAGCAGCTTCCTCCTTAGGCTCCTACGGGGCTCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CAGCCTCCTATGGGGCCCAGTCTGCAGCCTCCTCACTAGCTTATGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108298 CAGCCTCCTATGGGGCCCAGTCTGCAGCCTCCTCACTAGCTTATGGAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CAGGCAGCTTCATATAATGCCCAGCCCTCGGCCTCTTACAATGCCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108348 CAGGCAGCTTCATATAATGCCCAGCCCTCGGCCTCTTACAATGCCCAGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TGCCCCATATGCTGCACAGCAGGCTGCTTCCTACTCTTCCCAACCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108398 TGCCCCATATGCTGCACAGCAGGCTGCTTCCTACTCTTCCCAACCTGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CCTATGTGGCACAGCCAGCCACAGCTGCTGCCTATGCCAGCCAGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108448 CCTATGTGGCACAGCCAGCCACAGCTGCTGCCTATGCCAGCCAGCCAGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GCCTACGCCGCACAAGCCACTACCCCAATGGCTGGCTCCTATGGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108498 GCCTACGCCGCACAAGCCACTACCCCAATGGCTGGCTCCTATGGGGCCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GCCGGTTGTGCAGACCCAGCTGAATAGTTACGGGGCCCAAGCATCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108548 GCCGGTTGTGCAGACCCAGCTGAATAGTTACGGGGCCCAAGCATCAATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 GCCTTTCAGGCTCCTATGGGGCTCAGTCGGCTGCTGCGGCCACTGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108598 GCCTTTCAGGCTCCTATGGGGCTCAGTCGGCTGCTGCGGCCACTGGCTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TATGGTGCCGCAGCAGCCTACGGGGCCCAACCTTCTGCCACTCTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 108648 TATGGTGCCGCAGCAGCCTACGGGGCCCAACCTTCTGCCACCCTGGCAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TCCTTACCGCACTCAGTCATCAGCCTCATTGGCTGCTTCCTATGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108698 TCCTTACCGCACTCAGTCATCAGCCTCATTGGCTGCTTCCTATGCTGCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 AGCAGCATCCCCAGGCTGCTGCCTCCTACCGCGGCCAGCCAGGCAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108748 AGCAGCATCCCCAGGCTGCTGCCTCCTACCGCGGCCAGCCAGGCAATGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 TACGATGGGGCAGGTCAGCCGTCTGCAGCCTACCTGTCCATGTCCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108798 TACGATGGGGCAGGTCAGCCGTCTGCAGCCTACCTGTCCATGTCCCAGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 GGCCGTTGCCAACGCCAACAGCACCCCGCCGCCCTATGAGCGTACCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108848 GGCCGTTGCCAACGCCAACAGCACCCCGCCGCCCTATGAGCGTACCCGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 TCTCCCCACCCCGGGCCAGCTACGACGATCCCTACAAAAAGGCTGTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108898 TCTCCCCACCCCGGGCCAGCTACGACGATCCCTACAAAAAGGCTGTCGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 ATGTCGAAAAG         GTATGGTTCCGACCGGCGTTTAGCCGAGCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108948 ATGTCGAAAAGGTA...TAGGTATGGTTCCGACCGGCGTTTAGCCGAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 CTCTGATTACCGCCGTTTATCAGAGTCGCAGCTTTCGTTCCGCCGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109771 CTCTGATTACCGCCGTTTATCAGAGTCGCAGCTTTCGTTCCGCCGCTCGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 CGACAAAGTCCTCGCTGGATTACCGTCGCCTGCCCGATGCCCATTCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109821 CGACAAAGTCCTCGCTGGATTACCGTCGCCTGCCCGATGCCCATTCCGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 TACGCACGCTATTCGGGCTCCTATAATGATTACCTGCGGGCGGCTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109871 TACGCACGCTATTCGGGCTCCTATAATGATTACCTGCGGGCGGCTCAGAT

   2000     .    :    .    :    .
   1983 GCACTCTGGCTACCAGCGCCGCATG
        |||||||||||||||||||||||||
 109921 GCACTCTGGCTACCAGCGCCGCATG