seq1 = pF1KE2046.tfa, 1992 bp
seq2 = pF1KE2046/gi568815587r_107404661.tfa (gi568815587r:107404661_107660893), 256233 bp

>pF1KE2046 1992
>gi568815587r:107404661_107660893 (Chr11)

(complement)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-367  (103891-104128)   100% ->
368-499  (106916-107047)   100% ->
500-595  (107691-107786)   100% ->
596-700  (108982-109086)   100% ->
701-771  (111071-111141)   100% ->
772-878  (128488-128594)   100% ->
879-1030  (135302-135453)   100% ->
1031-1287  (138339-138595)   100% ->
1288-1437  (149858-150007)   100% ->
1438-1992  (155679-156233)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAGCAACCATCAAAGTAATTACAAACTCAGTAAAACTGAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACAGCAACCATCAAAGTAATTACAAACTCAGTAAAACTGAGAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCTTAAGGAAACAGATTAAAGCCAAGCATACTTTGCTGAGACATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTCTTAAGGAAACAGATTAAAGCCAAGCATACTTTGCTGAGACATGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATTGAGACAGTATCCTATGCCACTCAG         AGCCTGGTTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 GCATTGAGACAGTATCCTATGCCACTCAGGTG...AAGAGCCTGGTTGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCAATGGTGGTTTGGGTAATGGTGTGAGTCGGAACCAGCTGCTCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103903 GCCAATGGTGGTTTGGGTAATGGTGTGAGTCGGAACCAGCTGCTCCCGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTAGAGAAATGTGGACTGGTGGATGCTCTCTTAATGCCACCTAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103953 TTTAGAGAAATGTGGACTGGTGGATGCTCTCTTAATGCCACCTAACAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGTACTCATTTGCAAGATACAGAACTACAGAAGAATCTAAGAGAGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104003 CGTACTCATTTGCAAGATACAGAACTACAGAAGAATCTAAGAGAGCCTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTTACCCTCAATGGAAAAGAAGTAGTGGATGATTTAGGACAAAAGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104053 GTTACCCTCAATGGAAAAGAAGTAGTGGATGATTTAGGACAAAAGATCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCTGTATTTGAATTTTGTGGAAAAAG         TGCAGTGGAAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104103 TCTGTATTTGAATTTTGTGGAAAAAGGTA...TAGTGCAGTGGAAGGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAGGCCTCAAGCCTTACCACCAGGACTCATGGTAGTAGAAGAAATAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106931 TGAGGCCTCAAGCCTTACCACCAGGACTCATGGTAGTAGAAGAAATAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCTTCTGAGGAGGAGAAAATGCTTTTGGAAAGTGTTGATTGGACAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106981 TCTTCTGAGGAGGAGAAAATGCTTTTGGAAAGTGTTGATTGGACAGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TACAGACAATCAAAACT         CTCAAAAATCCTTAAAACACAGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107031 TACAGACAATCAAAACTGTA...CAGCTCAAAAATCCTTAAAACACAGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAGTAAAGCATTTTGGTTATGAGTTCCACTATGAGAACAACAATGTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107715 GAGTAAAGCATTTTGGTTATGAGTTCCACTATGAGAACAACAATGTAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAAGATAAGCCATTATCTGGGG         GTCTTCCTGACATTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107765 AAAGATAAGCCATTATCTGGGGGTA...TAGGTCTTCCTGACATTTGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AAGCTTTTTGGAGAAATGGTTGAGGAAAGGTTACATTAAACATAAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109001 AAGCTTTTTGGAGAAATGGTTGAGGAAAGGTTACATTAAACATAAACCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATCAAATGACCATAAATCAGTATGAACCTGGGCAAG         GAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109051 ATCAAATGACCATAAATCAGTATGAACCTGGGCAAGGTG...CAGGAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCCGCTCATATTGATACACATTCCGCTTTTGAGGATGAGATCGTTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111076 CCCGCTCATATTGATACACATTCCGCTTTTGAGGATGAGATCGTTTCTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGTTTGGGGTCAGAG         ATTGTCATGGATTTTAAGCACCCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111126 CAGTTTGGGGTCAGAGGTA...AAGATTGTCATGGATTTTAAGCACCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGGCATTGCAGTGCCAGTTATGTTGCCTCGTCGGAGTTTGCTGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128513 ATGGCATTGCAGTGCCAGTTATGTTGCCTCGTCGGAGTTTGCTGGTGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACAGGAGAATCTAGATACCTTTGGACCCATGG         AATCACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 128563 ACAGGAGAATCTAGATACCTTTGGACCCATGGGTA...TAGAATCACGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAGAAAATTTGATACTGTTCAAGCATCTGAGAGTCTTAAAAGTGGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135311 CAGAAAATTTGATACTGTTCAAGCATCTGAGAGTCTTAAAAGTGGAATTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCACCAGTGATGTTGGAGACTTAACTTTAAGCAAGAGGGGACTACGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135361 TCACCAGTGATGTTGGAGACTTAACTTTAAGCAAGAGGGGACTACGAACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCATTTACATTTAGGAAAGTGAGGCAAACACCTTGTAACTGTA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 135411 TCATTTACATTTAGGAAAGTGAGGCAAACACCTTGTAACTGTAGTA...A

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1031   GTTACCCGTTGGTCTGTGATAGCCAGAGGAAAGAGACTCCCCCCTCAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138337 AGGTTACCCGTTGGTCTGTGATAGCCAGAGGAAAGAGACTCCCCCCTCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTCCAGAGAGTGATAAAGAAGCCTCACGGCTGGAGCAAGAGTACGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138387 TTCCAGAGAGTGATAAAGAAGCCTCACGGCTGGAGCAAGAGTACGTCCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGGTTTATGAAGAGATTGCTGGGCACTTCAGCAGCACAAGACATACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138437 CAGGTTTATGAAGAGATTGCTGGGCACTTCAGCAGCACAAGACATACCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TTGGCCGCACATTGTGGAGTTTTTGAAGGCTTTGCCAAGTGGTTCAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138487 TTGGCCGCACATTGTGGAGTTTTTGAAGGCTTTGCCAAGTGGTTCAATAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGGCTGATATTGGATGTGGTAATGGAAAGTATCTTGGCATCAATAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138537 TGGCTGATATTGGATGTGGTAATGGAAAGTATCTTGGCATCAATAAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TTATATATG         ATTGGTTGTGATCGTAGCCAAAACCTTGTGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 138587 TTATATATGGCA...CAGATTGGTTGTGATCGTAGCCAAAACCTTGTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CATTTGTAGAGAGAGGCAATTTCAGGCTTTTGTCTGTGATGCATTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149890 CATTTGTAGAGAGAGGCAATTTCAGGCTTTTGTCTGTGATGCATTGGCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TACCAGTCCGCAGTGGGTCTTGTGATGCCTGCATCTCCATTGCTGTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149940 TACCAGTCCGCAGTGGGTCTTGTGATGCCTGCATCTCCATTGCTGTTATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CATCATTTTGCAACAGCA         GAGCGTAGAGTGGCAGCTCTCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 149990 CATCATTTTGCAACAGCAGTA...TAGGAGCGTAGAGTGGCAGCTCTCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGAAATTGTTCGACTCCTGAGACCAGGTGGGAAGGCACTCATTTATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155702 AGAAATTGTTCGACTCCTGAGACCAGGTGGGAAGGCACTCATTTATGTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GGGCAATGGAACAAGAATATAATAAGCAGAAGTCCAAGTATCTTAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155752 GGGCAATGGAACAAGAATATAATAAGCAGAAGTCCAAGTATCTTAGAGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AACAGAAATAGCCAAGGAAAGAAAGAGGAGATGAACAGTGATACCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155802 AACAGAAATAGCCAAGGAAAGAAAGAGGAGATGAACAGTGATACCTCAGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GCAGAGGTCACTTGTGGAGCAAATGCGTGACATGGGCAGTCGAGACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155852 GCAGAGGTCACTTGTGGAGCAAATGCGTGACATGGGCAGTCGAGACTCGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CATCTTCTGTCCCCCGCATTAATGACTCTCAGGAAGGAGGATGTAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155902 CATCTTCTGTCCCCCGCATTAATGACTCTCAGGAAGGAGGATGTAATTCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 AGGCAAGTTTCTAATTCCAAGCTGCCTGTTCATGTTAACAGGACTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155952 AGGCAAGTTTCTAATTCCAAGCTGCCTGTTCATGTTAACAGGACTTCTTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 TTATTCTCAAGATGTACTGGTTCCCTGGCACCTTAAGGGAAATCCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156002 TTATTCTCAAGATGTACTGGTTCCCTGGCACCTTAAGGGAAATCCTGATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AAGGCAAACCTGTTGAGCCATTTGGTCCCATAGGATCCCAGGACCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156052 AAGGCAAACCTGTTGAGCCATTTGGTCCCATAGGATCCCAGGACCCAAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CCTGTGTTTCATCGTTACTACCATGTGTTCCGTGAGGGAGAACTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156102 CCTGTGTTTCATCGTTACTACCATGTGTTCCGTGAGGGAGAACTGGAAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TGCCTGCAGGACTGTGAGTGATGTCAGAATTCTGCAAAGCTACTACGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156152 TGCCTGCAGGACTGTGAGTGATGTCAGAATTCTGCAAAGCTACTACGATC

   2050     .    :    .    :    .    :
   1961 AAGGAAACTGGTGTGTGATTCTTCAAAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 156202 AAGGAAACTGGTGTGTGATTCTTCAAAAGGCC