seq1 = pF1KE2045.tfa, 1989 bp
seq2 = pF1KE2045/gi568815581f_6896118.tfa (gi568815581f:6896118_7110420), 214303 bp

>pF1KE2045 1989
>gi568815581f:6896118_7110420 (Chr17)

1-135  (100001-100135)   99% ->
136-337  (100709-100910)   100% ->
338-419  (102392-102473)   100% ->
420-542  (102598-102720)   100% ->
543-646  (102836-102939)   100% ->
647-807  (103189-103349)   99% ->
808-951  (104219-104362)   100% ->
952-1161  (105485-105694)   99% ->
1162-1248  (109140-109226)   100% ->
1249-1418  (109741-109910)   99% ->
1419-1540  (110369-110490)   100% ->
1541-1641  (113630-113730)   100% ->
1642-1812  (113839-114009)   100% ->
1813-1989  (114127-114303)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCGCTACCGCATCCGCGTGGCCACCGGGGCCTGGCTCTTCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCGCTACCGCATCCGCGTGGCCACCGGGGCCTGGCTCTTCTCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCGTACAACCGCGTGCAGCTTTGGCTGGTCGGGACGCGCGGGGAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCGTACAACCGCGTGCAGCTTTGGCTGGTCGGGACGCGCGGGGAGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTGGAGCTGCAGCTGCGGCCGGCGCGGGGCGAG         GAGGAG
        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 AGCTGGAGCTGCAGCTGCGGCCCGCGCGGGGCGAGGTC...CAGGAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGTTTGATCATGACGTTGCAGAGGACTTGGGGCTCCTGCAGTTCGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100715 GAGTTTGATCATGACGTTGCAGAGGACTTGGGGCTCCTGCAGTTCGTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGCGCAAGCACCACTGGCTGGTGGACGACGCGTGGTTCTGCGACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100765 GCTGCGCAAGCACCACTGGCTGGTGGACGACGCGTGGTTCTGCGACCGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCACGGTGCAGGGCCCTGGAGCCTGCGCGGAGGTGGCCTTCCCGTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100815 TCACGGTGCAGGGCCCTGGAGCCTGCGCGGAGGTGGCCTTCCCGTGCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCTGGGTGCAGGGCGAGGACATCCTGAGCCTGCCCGAGGGCACCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100865 CGCTGGGTGCAGGGCGAGGACATCCTGAGCCTGCCCGAGGGCACCGGTG.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338      CCCGCCTGCCAGGAGACAATGCTTTGGACATGTTCCAGAAGCATC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100915 ..CAGCCCGCCTGCCAGGAGACAATGCTTTGGACATGTTCCAGAAGCATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGAGAAGGAACTGAAAGACAGACAGCAGATCTACTG         CTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102437 GAGAGAAGGAACTGAAAGACAGACAGCAGATCTACTGGTG...TAGCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCACCTGGAAGGAAGGGTTACCCCTGACCATCGCTGCAGACCGTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102602 GCCACCTGGAAGGAAGGGTTACCCCTGACCATCGCTGCAGACCGTAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATCTACCTCCAAATATGAGATTCCATGAGGAGAAGAGGCTGGACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102652 TGATCTACCTCCAAATATGAGATTCCATGAGGAGAAGAGGCTGGACTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AATGGACACTGAAGGCAGG         GGCTCTGGAGATGGCCCTCAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102702 AATGGACACTGAAGGCAGGGTG...TAGGGCTCTGGAGATGGCCCTCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGTGTTTACACCCTCCTGAGCTCCTGGAACTGCCTAGAAGACTTTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102858 CGTGTTTACACCCTCCTGAGCTCCTGGAACTGCCTAGAAGACTTTGATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GATCTTCTGGGGCCAGAAGAGTGCCCTGGCTG         AGAAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102908 GATCTTCTGGGGCCAGAAGAGTGCCCTGGCTGGTC...AAGAGAAGGTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCCAGTGCTGGCAGGATGATGAGTTGTTCAGCTACCAGTTCCTCAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103198 GCCAGTGCTGGCAGGATGATGAGTTGTTCAGCTACCAGTTCCTCAATGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCAACCCCATGCTGTTGAGACGCTCGACCTCTCTACCCTCCAGGCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 103248 GCCAACCCCATGCTGTTGAGACGCTCGACCTCTCTGCCCTCCAGGCTAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCTGCCCTCGGGGATGGAAGAGCTTCAGGCTCAACTGGAGAAAGAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103298 GCTGCCCTCGGGGATGGAAGAGCTTCAGGCTCAACTGGAGAAAGAACTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AG         AATGGTTCCCTGTTTGAAGCTGACTTCATCCTTCTGGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103348 AGGTA...CAGAATGGTTCCCTGTTTGAAGCTGACTTCATCCTTCTGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGAATTCCAGCCAACGTGATCCGAGGAGAGAAGCAATACCTGGCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104258 GGAATTCCAGCCAACGTGATCCGAGGAGAGAAGCAATACCTGGCTGCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTCGTTATGCTGAAGATGGAGCCCAATGGGAAGCTGCAGCCCATGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104308 CCTCGTTATGCTGAAGATGGAGCCCAATGGGAAGCTGCAGCCCATGGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCCAG         ATTCAGCCTCCCAACCCCAGCTCTCCAACCCCAACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104358 TCCAGGTA...CAGATTCAGCCTCCCAACCCCAGCTCTCCAACCCCAACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGTTCCTGCCCTCAGACCCCCCACTTGCCTGGCTCCTGGCAAAGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105521 CTGTTCCTGCCCTCAGACCCCCCACTTGCCTGGCTCCTGGCAAAGTCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGTCCGAAATTCAGATTTCCAACTGCACGAGATCCAGTATCACTTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105571 GGTCCGAAATTCAGATTTCCAACTGCACGAGATCCAGTATCACTTGCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACACGCACCTGGTGGCTGAGGTCATCGCTGTCGCCACCATGCGGTGCCTC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105621 ACACTCACCTGGTGGCTGAGGTCATCGCTGTCGCCACCATGCGGTGCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CCAGGACTGCACCCCATCTTCAAG         TTCCTGATCCCCCATAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105671 CCAGGACTGCACCCCATCTTCAAGGTA...CAGTTCCTGATCCCCCATAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCGCTACACCATGGAAATCAACACCCGGGCCCGGACCCAACTCATCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109157 CCGCTACACCATGGAAATCAACACCCGGGCCCGGACCCAACTCATCTCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATGGAGGAATTTTTGATAAG         GCAGTGAGCACAGGTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 109207 ATGGAGGAATTTTTGATAAGGTG...CAGGCAGTGAGCACAGGTGGAGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGTCATGTACAGTTGCTCCGTCGGGCGGCAGCTCAGCTGACCTACTGCTC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109762 GGCCATGTACAGTTGCTCCGTCGGGCGGCAGCTCAGCTGACCTACTGCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCTCTGTCCTCCTGACGACCTGGCTGACCGGGGCCTGCTGGGACTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109812 CCTCTGTCCTCCTGACGACCTGGCTGACCGGGGCCTGCTGGGACTCCCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GTGCTCTCTATGCCCATGATGCTTTACGGCTCTGGGAGATCATTGCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 109862 GTGCTCTCTATGCCCATGATGCTTTACGGCTCTGGGAGATCATTGCCAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1419         GTATGTGGAGGGGATCGTCCACCTCTTCTACCAAAGGGATGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109912 TG...CAGGTATGTGGAGGGGATCGTCCACCTCTTCTACCAAAGGGATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CATAGTGAAGGGGGACCCTGAGCTGCAGGCCTGGTGTCGGGAGATCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110411 CATAGTGAAGGGGGACCCTGAGCTGCAGGCCTGGTGTCGGGAGATCACGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGGTGGGGCTGTGCCAGGCCCAGGACCGAG         GTTTCCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110461 AGGTGGGGCTGTGCCAGGCCCAGGACCGAGGTA...CAGGTTTCCCTGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TCCTTCCAGTCCCAGAGTCAACTCTGCCATTTCCTCACCATGTGCGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113641 TCCTTCCAGTCCCAGAGTCAACTCTGCCATTTCCTCACCATGTGCGTCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CACGTGCACTGCCCAGCATGCCGCCATCAACCAGGGCCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 113691 CACGTGCACTGCCCAGCATGCCGCCATCAACCAGGGCCAGGTA...CAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TGGACTGGTATGCCTGGGTCCCTAATGCTCCATGCACAATGCGGATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113840 TGGACTGGTATGCCTGGGTCCCTAATGCTCCATGCACAATGCGGATGCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CCACCCACCACCAAGGAAGATGTGACGATGGCCACAGTGATGGGGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113890 CCACCCACCACCAAGGAAGATGTGACGATGGCCACAGTGATGGGGTCACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 ACCTGATGTCCGGCAGGCCTGTCTTCAAATGGCCATCTCATGGCATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113940 ACCTGATGTCCGGCAGGCCTGTCTTCAAATGGCCATCTCATGGCATCTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GTCGCCGCCAGCCAGACATG         GTGCCTCTGGGGCACCACAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 113990 GTCGCCGCCAGCCAGACATGGTG...CAGGTGCCTCTGGGGCACCACAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GAAAAATATTTCTCAGGCCCCAAGCCCAAAGCTGTGCTAAACCAATTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114148 GAAAAATATTTCTCAGGCCCCAAGCCCAAAGCTGTGCTAAACCAATTCCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 AACAGATTTGGAAAAGCTGGAAAAGGAGATTACAGCCCGGAATGAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114198 AACAGATTTGGAAAAGCTGGAAAAGGAGATTACAGCCCGGAATGAGCAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TTGACTGGCCCTATGAATATCTGAAGCCCAGCTGCATAGAGAACAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114248 TTGACTGGCCCTATGAATATCTGAAGCCCAGCTGCATAGAGAACAGTGTC

   2100     .
   1984 ACCATC
        ||||||
 114298 ACCATC