seq1 = pF1KE2041.tfa, 1959 bp
seq2 = pF1KE2041/gi568815575f_18607781.tfa (gi568815575f:18607781_18927484), 319704 bp

>pF1KE2041 1959
>gi568815575f:18607781_18927484 (ChrX)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-174  (122401-122528)   100% ->
175-235  (125968-126028)   100% ->
236-396  (142012-142172)   100% ->
397-511  (149847-149961)   100% ->
512-558  (153750-153796)   100% ->
559-725  (171230-171396)   100% ->
726-762  (174586-174622)   100% ->
763-912  (176119-176268)   100% ->
913-1065  (181341-181493)   100% ->
1066-1251  (196112-196297)   100% ->
1252-1394  (198623-198765)   100% ->
1395-1501  (210259-210365)   100% ->
1502-1665  (216143-216306)   100% ->
1666-1750  (217971-218055)   100% ->
1751-1959  (219496-219704)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGATGCAGCAGTTCTTCAACGAAAACCAGGAGATCTGACACAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGGGATGCAGCAGTTCTTCAACGAAAACCAGGAGATCTGACACATGTG.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      CACTGAGAGCTGCGTTGATCATCCAGAACTGGTACCGAGGTTACA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGCACTGAGAGCTGCGTTGATCATCCAGAACTGGTACCGAGGTTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCTCGACTGAAGGCCAGACAACACTATGCCCTCACCATCTTCCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122446 AAGCTCGACTGAAGGCCAGACAACACTATGCCCTCACCATCTTCCAGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCGAATATGCTGATGAACAAGGCCAAATGCAG         TTATCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 122496 ATCGAATATGCTGATGAACAAGGCCAAATGCAGGTC...CAGTTATCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTCTTTTCCTTCATGTTGGAAAACTACACACATATACATAAGGAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125976 CTTCTTTTCCTTCATGTTGGAAAACTACACACATATACATAAGGAAGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAG         AATTAAGAAATCAGTCTCTTGAAAGCGAACAGGACATG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126026 TAGGTA...CAGAATTAAGAAATCAGTCTCTTGAAAGCGAACAGGACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGGGATAGATGGGATTATGTGGACTCGATAGATGTCCCAGACTCCTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142050 AGGGATAGATGGGATTATGTGGACTCGATAGATGTCCCAGACTCCTATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGTCCTCGGCTACAATTTCCTCTCACTTGTACGGATATTGATTTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142100 TGGTCCTCGGCTACAATTTCCTCTCACTTGTACGGATATTGATTTACTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGAGGCCTTCAAGGAACAACAG         ATACTTCATGCCCATTAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 142150 TTGAGGCCTTCAAGGAACAACAGGTA...CAGATACTTCATGCCCATTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTCTTAGAGGTGCTATTTGAAACCAAGAAAGTCCTGAAGCAAATGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149865 GTCTTAGAGGTGCTATTTGAAACCAAGAAAGTCCTGAAGCAAATGCCGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTCACTCACATACAAACTTCTCCCTCCAAAGAGGTAACAATCTGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 149915 TTTCACTCACATACAAACTTCTCCCTCCAAAGAGGTAACAATCTGTGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    512       GTGATTTGCATGGGAAACTGGATGATCTTTTTTTGATCTTCTAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149965 ...CAGGTGATTTGCATGGGAAACTGGATGATCTTTTTTTGATCTTCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAG         AATGGTCTCCCCTCAGAGAGGAACCCGTATGTTTTTAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153794 AAGGTA...CAGAATGGTCTCCCCTCAGAGAGGAACCCGTATGTTTTTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGGTGACTTTGTAGATCGAGGAAAGAATTCCATAGAGATCCTAATGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171268 TGGTGACTTTGTAGATCGAGGAAAGAATTCCATAGAGATCCTAATGATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGTGTGTGAGTTTTCTTGTCTACCCCAATGACCTGCACTTGAACAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171318 TGTGTGTGAGTTTTCTTGTCTACCCCAATGACCTGCACTTGAACAGAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AACCACGAAGATTTTATGATGAATCTGAG         GTATGGCTTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 171368 AACCACGAAGATTTTATGATGAATCTGAGGTA...TAGGTATGGCTTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAAAGAAATTTTGCATAAATATAAG         CTACATGGAAAAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 174598 GAAAGAAATTTTGCATAAATATAAGGTA...CAGCTACATGGAAAAAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCTTACAAATCTTGGAAGAATTCTATGCCTGGCTCCCAATCGGTACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176135 TCTTACAAATCTTGGAAGAATTCTATGCCTGGCTCCCAATCGGTACAATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTTGACAATGAAATCCTGGTCATCCATGGTGGGATATCAGAGACCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176185 GTTGACAATGAAATCCTGGTCATCCATGGTGGGATATCAGAGACCACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTTGAATTTACTCCACCGTGTAGAGAGGAACAAG         ATGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 176235 CTTGAATTTACTCCACCGTGTAGAGAGGAACAAGGTA...TAGATGAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTGTGCTGATACCACCAACGGAAACAAACAGAGACCATGACACTGACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181348 CTGTGCTGATACCACCAACGGAAACAAACAGAGACCATGACACTGACTCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAGCACAATAAAGTAGGTGTGACTTTTAATGCACATGGAAGAATCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181398 AAGCACAATAAAGTAGGTGTGACTTTTAATGCACATGGAAGAATCAAAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AAATGGATCTCCTACTGAACACTTAACAGAGCATGAATGGGAACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 181448 AAATGGATCTCCTACTGAACACTTAACAGAGCATGAATGGGAACAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1066      ATTATTGATATTCTGTGGAGTGATCCCAGAGGCAAAAATGGCTGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181498 ..AAGATTATTGATATTCTGTGGAGTGATCCCAGAGGCAAAAATGGCTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTTCCAAATACGTGCCGAGGAGGGGGCTGCTATTTTGGACCAGATGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196157 TTTCCAAATACGTGCCGAGGAGGGGGCTGCTATTTTGGACCAGATGTTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TTCCAAGATTCTTAATAAATACCAGTTGAAGATGCTCATCAGGTCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196207 TTCCAAGATTCTTAATAAATACCAGTTGAAGATGCTCATCAGGTCTCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AATGTAAGCCCGAAGGGTATGAAATCTGTCATGATGGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 196257 AATGTAAGCCCGAAGGGTATGAAATCTGTCATGATGGGAAGGTA...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTGGTGACTATATTTTCTGCTTCTAATTATTATGAAGAAGGCAGCAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198623 GTGGTGACTATATTTTCTGCTTCTAATTATTATGAAGAAGGCAGCAATCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGGAGCTTACATCAAACTATGTTCTGGTACAACTCCTCGATTTTTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198673 AGGAGCTTACATCAAACTATGTTCTGGTACAACTCCTCGATTTTTCCAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACCAAGTAACTAAAGCAACGTGCTTTCAGCCTCTTCGCCAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 198723 ACCAAGTAACTAAAGCAACGTGCTTTCAGCCTCTTCGCCAAAGGTG...C

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1395   AGTGGATACTATGGAAAACAGCGCCATCAAGATATTAAGAGAGAGAGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210257 AGAGTGGATACTATGGAAAACAGCGCCATCAAGATATTAAGAGAGAGAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GATTTCACGAAAAAGTGACCTTACTCGTGCTTTCCAACTTCAAGACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210307 GATTTCACGAAAAAGTGACCTTACTCGTGCTTTCCAACTTCAAGACCACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GAAAATCAG         GAAAACTTTCTGTGAGCCAGTGGGCTTTTTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 210357 GAAAATCAGGTA...TAGGAAAACTTTCTGTGAGCCAGTGGGCTTTTTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ATGGAGAACATTTTGGGGCTGAACTTACCATGGAGATCCCTCAGTTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216175 ATGGAGAACATTTTGGGGCTGAACTTACCATGGAGATCCCTCAGTTCGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TCTGGTAAACATAGACCAAAATGGAAACGTTGAATACATGTCCAGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216225 TCTGGTAAACATAGACCAAAATGGAAACGTTGAATACATGTCCAGCTTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGAATATCCGCATTGAAAAACCTGTACAAGAG         GCTCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 216275 AGAATATCCGCATTGAAAAACCTGTACAAGAGGCA...TAGGCTCATTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 ACTCTAGTTGAAACTCTGTACAGATACAGATCTGACCTGGAAATCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217980 ACTCTAGTTGAAACTCTGTACAGATACAGATCTGACCTGGAAATCATATT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TAATGCCATTGACACTGATCACTCAG         GCCTGATCTCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 218030 TAATGCCATTGACACTGATCACTCAGGTA...TAGGCCTGATCTCCGTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 AAGAATTTCGTGCCATGTGGAAACTTTTTAGTTCTCACTACAATGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219511 AAGAATTTCGTGCCATGTGGAAACTTTTTAGTTCTCACTACAATGTTCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ATTGATGATTCCCAAGTCAATAAGCTTGCCAACATAATGGACTTGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219561 ATTGATGATTCCCAAGTCAATAAGCTTGCCAACATAATGGACTTGAACAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AGATGGAAGCATTGACTTTAATGAGTTTTTAAAGGCTTTCTATGTAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219611 AGATGGAAGCATTGACTTTAATGAGTTTTTAAAGGCTTTCTATGTAGTGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 ATAGATATGAAGACTTGATGAAACCTGATGTCACCAACCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219661 ATAGATATGAAGACTTGATGAAACCTGATGTCACCAACCTTGGC