seq1 = pF1KE2040.tfa, 1953 bp
seq2 = pF1KE2040/gi568815583f_67986303.tfa (gi568815583f:67986303_68287832), 301530 bp

>pF1KE2040 1953
>gi568815583f:67986303_68287832 (Chr15)

1-24  (68025-68048)   100% ->
25-469  (100004-100448)   100% ->
470-554  (155644-155728)   100% ->
555-602  (155988-156035)   100% ->
603-693  (159514-159604)   100% ->
694-828  (160264-160398)   100% ->
829-934  (167288-167393)   100% ->
935-1008  (178429-178502)   100% ->
1009-1169  (187430-187590)   100% ->
1170-1300  (189335-189465)   100% ->
1301-1481  (190172-190352)   100% ->
1482-1624  (194910-195052)   100% ->
1625-1662  (197328-197365)   100% ->
1663-1953  (201240-201530)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACAGTGCGGAACTAAAG         CAAATGGTTATGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  68025 ATGGCGGACAGTGCGGAACTAAAGGTA...AAGCAAATGGTTATGAGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TAGAGTTTCTGAACTCCAAGTACTGTTGGGCTACGCCGGGAGAAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 TAGAGTTTCTGAACTCCAAGTACTGTTGGGCTACGCCGGGAGAAACAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGGACGCAAACACGAACTTCTCACAAAAGCCCTGCATTTGCTAAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 ACGGACGCAAACACGAACTTCTCACAAAAGCCCTGCATTTGCTAAAGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCTGTAGTCCTGCTGTGCAAATGAAAATTAAGGAACTCTATAGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100121 GGCTGTAGTCCTGCTGTGCAAATGAAAATTAAGGAACTCTATAGGCGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTCCCACAGAAAATCATGACGCCTGCAGACTTGTCCATCCCCAACGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100171 GTTCCCACAGAAAATCATGACGCCTGCAGACTTGTCCATCCCCAACGTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTCAAGTCCTATGCCAGCAACTTTGTCTCCATCTACCATTCCACAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100221 ATTCAAGTCCTATGCCAGCAACTTTGTCTCCATCTACCATTCCACAACTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTTACGATGGTCACCCTGCATCATCGCCATTACTCCCTGTTTCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100271 ACTTACGATGGTCACCCTGCATCATCGCCATTACTCCCTGTTTCTCTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGGACCTAAACATGAACTGGAACTCCCACATCTTACATCAGCTCTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100321 GGGACCTAAACATGAACTGGAACTCCCACATCTTACATCAGCTCTTCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGTCCATCCGGATATAAAACTTCAAAAATTACCATTTTATGATTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100371 CAGTCCATCCGGATATAAAACTTCAAAAATTACCATTTTATGATTTACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATGAACTGATAAAACCCACCAGTCTAG         CATCAGACAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100421 GATGAACTGATAAAACCCACCAGTCTAGGTA...TAGCATCAGACAACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCAGCGCTTTCGAGAAACCTGTTTTGCATTTGCCTTGACACCACAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155657 TCAGCGCTTTCGAGAAACCTGTTTTGCATTTGCCTTGACACCACAACAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCAGCAAATCAGTAGTTCCAT         GGATATTTCTGGGACCAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 155707 TGCAGCAAATCAGTAGTTCCATGTA...TAGGGATATTTCTGGGACCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGTGACTTCACAGTACAGGTCCAGTTAAG         GTTTTGTTTATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 156007 TGTGACTTCACAGTACAGGTCCAGTTAAGGTA...TAGGTTTTGTTTATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGAAACCAGTTGTCCACAAGAAGATCACTTCCCACCCAATCTTTGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159526 AGAAACCAGTTGTCCACAAGAAGATCACTTCCCACCCAATCTTTGTGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGTGAATACAAAACCTTGCAGCCTTCCA         GGTTACCTTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 159576 AAGTGAATACAAAACCTTGCAGCCTTCCAGTA...TAGGGTTACCTTCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTACAAAAAATGGCGTGGAACCAAAGCGACCCAGCCGACCAATTAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160276 CCTACAAAAAATGGCGTGGAACCAAAGCGACCCAGCCGACCAATTAATAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACCTCACTTGTCCGACTGTCCACAACAGTACCAAACACGATTGTTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160326 CACCTCACTTGTCCGACTGTCCACAACAGTACCAAACACGATTGTTGTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTTGGACTGCAGAAATTGGAAGA         AACTATTCCATGGCAGTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 160376 CTTGGACTGCAGAAATTGGAAGAGTA...CAGAACTATTCCATGGCAGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TATCTTGTAAAACAGTTGTCCTCAACAGTTCTTCTTCAGAGGTTACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167306 TATCTTGTAAAACAGTTGTCCTCAACAGTTCTTCTTCAGAGGTTACGAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AAAGGGAATAAGGAATCCGGATCATTCTAGAGCTTTAA         TTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 167356 AAAGGGAATAAGGAATCCGGATCATTCTAGAGCTTTAAGTA...CAGTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGAGAAGTTGACTGCGGATCCAGACAGTGAAATAGCTACAACCAGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178432 AAGAGAAGTTGACTGCGGATCCAGACAGTGAAATAGCTACAACCAGCCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGGGTTTCTCTACTATGTCCA         CTTGGTAAAATGCGGCTGAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 178482 AGGGTTTCTCTACTATGTCCAGTA...AAGCTTGGTAAAATGCGGCTGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AATTCCGTGTCGGGCCCTTACATGTTCTCATCTACAATGTTTTGACGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187450 AATTCCGTGTCGGGCCCTTACATGTTCTCATCTACAATGTTTTGACGCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTCTTTACATTCAGATGAATGAGAAAAAACCAACCTGGGTTTGTCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187500 CTCTTTACATTCAGATGAATGAGAAAAAACCAACCTGGGTTTGTCCTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGTGATAAGAAGGCTCCATATGAACACCTTATTATTGATGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 187550 TGTGATAAGAAGGCTCCATATGAACACCTTATTATTGATGGGTA...TAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTTGTTTATGGAAATCCTAAAGTACTGTACAGACTGTGATGAAATACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189335 CTTGTTTATGGAAATCCTAAAGTACTGTACAGACTGTGATGAAATACAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTAAGGAGGATGGCACTTGGGCACCGATGAGATCAAAAAAGGAAGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189385 TTAAGGAGGATGGCACTTGGGCACCGATGAGATCAAAAAAGGAAGTACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAAGTTTCTGCCTCTTACAATGGAGTCGATG         GATGCTTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 189435 GAAGTTTCTGCCTCTTACAATGGAGTCGATGGTG...TAGGATGCTTGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTCCACATTGGAGCATCAGGTAGCGTCTCACCACCAGTCCTCAAATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190182 CTCCACATTGGAGCATCAGGTAGCGTCTCACCACCAGTCCTCAAATAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACAAGAAAGTAGAAGTGATTGACCTAACCATAGACAGTTCATCTGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190232 ACAAGAAAGTAGAAGTGATTGACCTAACCATAGACAGTTCATCTGATGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAGGAAGAAGAGCCATCTGCCAAGAGGACCTGTCCTTCCCTATCTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190282 GAGGAAGAAGAGCCATCTGCCAAGAGGACCTGTCCTTCCCTATCTCCCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 ATCACCACTAAATAATAAAGG         CATTTTAAGTCTTCCACATC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 190332 ATCACCACTAAATAATAAAGGGTA...CAGCATTTTAAGTCTTCCACATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AAGCATCTCCAGTATCCCGCACCCCAAGCCTTCCTGCTGTAGACACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194930 AAGCATCTCCAGTATCCCGCACCCCAAGCCTTCCTGCTGTAGACACAAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TACATTAATACCTCCCTCATCCAAGACTATAGGCATCCTTTCCACATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194980 TACATTAATACCTCCCTCATCCAAGACTATAGGCATCCTTTCCACATGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 ACCCATGCCTTACGACTTACAAG         GATTAGATTTCTTTCCTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 195030 ACCCATGCCTTACGACTTACAAGGTG...CAGGATTAGATTTCTTTCCTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TCTTATCAGGAGACAATCAG         CATTACAACACCTCCTTGCTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 197346 TCTTATCAGGAGACAATCAGGTA...TAGCATTACAACACCTCCTTGCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GCCGCTGCAGCAGCAGCAGTTTCAGATGATCAAGACCTCCTACACTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201261 GCCGCTGCAGCAGCAGCAGTTTCAGATGATCAAGACCTCCTACACTCGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TCGGTTTTTCCCGTATACCTCCTCACAGATGTTTCTTGATCAGTTAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201311 TCGGTTTTTCCCGTATACCTCCTCACAGATGTTTCTTGATCAGTTAAGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CAGGAGGCAGTACTTCTCTGCCAACCACCAATGGAAGCAGTAGTGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201361 CAGGAGGCAGTACTTCTCTGCCAACCACCAATGGAAGCAGTAGTGGCAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AACAGCAGCCTGGTTTCTTCCAACAGCCTAAGGGAAAGCCATAGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201411 AACAGCAGCCTGGTTTCTTCCAACAGCCTAAGGGAAAGCCATAGCCACAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CGTCACAAACAGGAGCAGCACGGACACGGCATCCATCTTTGGCATCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201461 CGTCACAAACAGGAGCAGCACGGACACGGCATCCATCTTTGGCATCATAC

   2050     .    :    .    :
   1934 CAGACATTATTTCATTGGAC
        ||||||||||||||||||||
 201511 CAGACATTATTTCATTGGAC