seq1 = pF1KE2039.tfa, 1944 bp
seq2 = pF1KE2039/gi568815579f_49778142.tfa (gi568815579f:49778142_49988621), 210480 bp

>pF1KE2039 1944
>gi568815579f:49778142_49988621 (Chr19)

1-21  (99583-99603)   100% ->
22-120  (100002-100100)   100% ->
121-195  (100357-100431)   100% ->
196-319  (102138-102261)   99% ->
320-527  (103127-103334)   100% ->
528-639  (103900-104011)   100% ->
640-798  (104101-104259)   100% ->
799-927  (104623-104751)   100% ->
928-1031  (104832-104935)   100% ->
1032-1126  (105510-105604)   100% ->
1127-1243  (106112-106228)   100% ->
1244-1344  (106318-106418)   100% ->
1345-1444  (106518-106617)   100% ->
1445-1542  (109335-109432)   100% ->
1543-1659  (109577-109693)   100% ->
1660-1746  (110090-110176)   100% ->
1747-1944  (110283-110480)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGGAGCCGGCTACAGG         GTGGTGTTTGAGAAGGGCGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  99583 ATGGAAGGAGCCGGCTACAGGGTA...CAGGTGGTGTTTGAGAAGGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGTGTACCTGCACACCAGCGCTAAGAAGTATCAGGACCGAGACTCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 AGTGTACCTGCACACCAGCGCTAAGAAGTATCAGGACCGAGACTCTCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCGCTGGTGTCATCCGTGTCGTGGAAAAG         GACAATGACGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100072 TCGCTGGTGTCATCCGTGTCGTGGAAAAGGTG...TAGGACAATGACGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTCCTGCACTGGGCTCCTGTAGAGGAGGCTGGAGATTCCACCCAAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100369 CTCCTGCACTGGGCTCCTGTAGAGGAGGCTGGAGATTCCACCCAAATCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTCTCCAAGAAG         GACTCCAGTGGGGGTGACTCATGTGCTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100419 CTTCTCCAAGAAGGTA...AAGGACTCCAGTGGGGGTGACTCATGTGCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTGAGGAGGAACCAACCTTTGACCCCGGCTATGAACCTGACTGGGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102166 CTGAGGAGGAACCAACCTTTGACCCCGGCTATGAACCTGACTGGGCTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATCAGCACTGTGCGGCCACAGCCCTGCCACTCAGAGCCCACGAGAG    
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||>>>.
 102216 ATCAGCACTGTGCGGCCACAGCTCTGCCACTCAGAGCCCACGAGAGGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    320      GTGCAGAGCCCAGCTGCCCCCAGGGCTCCTGGGCCTTCTCAGTGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102266 ..TAGGTGCAGAGCCCAGCTGCCCCCAGGGCTCCTGGGCCTTCTCAGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTCTGGGGGAGCTAAAGTCCATCCGCCGCTCCAAGCCAGGCCTCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103172 GTCTGGGGGAGCTAAAGTCCATCCGCCGCTCCAAGCCAGGCCTCAGCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCTACCTGGTTCTGGTGACCCAGGCTGGAGGTTCCCTGCCCGCACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103222 GCCTACCTGGTTCTGGTGACCCAGGCTGGAGGTTCCCTGCCCGCACTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTCCACCGCGGGGGCACCCGCGCCCTGCTCCGCGTCCTCAGCCGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103272 CTTCCACCGCGGGGGCACCCGCGCCCTGCTCCGCGTCCTCAGCCGCTACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCTGTTGGCCAG         CTCCCCGCAGGACTCCCGCCTCTACCTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103322 TGCTGTTGGCCAGGTG...CAGCTCCCCGCAGGACTCCCGCCTCTACCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTCTTCCCCCACGACTCCTCTGCTCTCTCCAACTCCTTCCACCACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103928 GTCTTCCCCCACGACTCCTCTGCTCTCTCCAACTCCTTCCACCACCTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTCTTTGACCAGGACAGCTCCAATGTGGTGTCA         CGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103978 GCTCTTTGACCAGGACAGCTCCAATGTGGTGTCAGTG...CAGCGCTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCCAGGATCCCTACTCCACCACCTTCAGCAGCTTCTCCCGAGTGACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104108 TCCAGGATCCCTACTCCACCACCTTCAGCAGCTTCTCCCGAGTGACCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCTTCCGGGGTGCCCTGCAGCCACAGCCTGAGGGAGCCGCCTCCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104158 TTCTTCCGGGGTGCCCTGCAGCCACAGCCTGAGGGAGCCGCCTCCGACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCCCCCGCCACCCGACGATGAGCCCGAGCCTGGATTCGAGGTCATTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104208 TCCCCCGCCACCCGACGATGAGCCCGAGCCTGGATTCGAGGTCATTTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GT         GTGGAGCTGGGGCCTCGGCCAACCGTGGAGCGGGGCCCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104258 GTGTG...CAGGTGGAGCTGGGGCCTCGGCCAACCGTGGAGCGGGGCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCAGTTACAGAGGAGGAGTGGGCACGCCACGTGGGCCCTGAAGGTCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104662 CCAGTTACAGAGGAGGAGTGGGCACGCCACGTGGGCCCTGAAGGTCGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCAGCAGGTCCCTGAGCTGAAGAACCGGATCTTCTCGGGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104712 GCAGCAGGTCCCTGAGCTGAAGAACCGGATCTTCTCGGGGGTG...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GTCTGAGCCCCAGCCTGCGGCGCGAGGCCTGGAAGTTCCTCCTAGGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104833 GTCTGAGCCCCAGCCTGCGGCGCGAGGCCTGGAAGTTCCTCCTAGGGTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTCAGCTGGGAAGGCACAGCTGAGGAGCACAAGGCCCACATACGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104883 CTCAGCTGGGAAGGCACAGCTGAGGAGCACAAGGCCCACATACGCAAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AAC         GGATGAGTATTTCCGCATGAAGCTGCAGTGGAAATCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104933 AACGTG...CAGGGATGAGTATTTCCGCATGAAGCTGCAGTGGAAATCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGAGCCCTGAGCAGGAGCGGAGAAACTCACTTCTGCATGGATACCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105548 TGAGCCCTGAGCAGGAGCGGAGAAACTCACTTCTGCATGGATACCGCAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTCATCG         AAAGGGATGTGAGCCGCACTGACAGGACCAACAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105598 CTCATCGGTC...CAGAAAGGGATGTGAGCCGCACTGACAGGACCAACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GTTCTACGAGGGTCCCGAGAACCCGGGGCTGGGCCTGCTGAACGATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106146 GTTCTACGAGGGTCCCGAGAACCCGGGGCTGGGCCTGCTGAACGATATCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCCTCACCTACTGCATGTATCACTTCGACCTCG         GCTACGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106196 TCCTCACCTACTGCATGTATCACTTCGACCTCGGTG...CAGGCTACGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CAGGGCATGAGTGATCTTCTCTCCCCGATCCTCTACGTCATTCAGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106326 CAGGGCATGAGTGATCTTCTCTCCCCGATCCTCTACGTCATTCAGAACGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGTGGATGCTTTCTGGTGTTTCTGTGGCTTCATGGAGCTCGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106376 GGTGGATGCTTTCTGGTGTTTCTGTGGCTTCATGGAGCTCGTGGTG...C

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1345   CAAGGGAACTTTGAAGAGAGCCAGGAGACCATGAAGCGGCAACTCGGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106516 AGCAAGGGAACTTTGAAGAGAGCCAGGAGACCATGAAGCGGCAACTCGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CGACTGCTGCTGCTCCTGAGGGTGCTGGACCCCCTGCTCTGCGACTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106566 CGACTGCTGCTGCTCCTGAGGGTGCTGGACCCCCTGCTCTGCGACTTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GG         ATTCCCAGGACTCCGGCTCTCTCTGCTTCTGTTTCCGGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106616 GGGTA...CAGATTCCCAGGACTCCGGCTCTCTCTGCTTCTGTTTCCGGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GGCTGCTCATCTGGTTCAAGAGGGAATTCCCCTTCCCGGATGTCCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109374 GGCTGCTCATCTGGTTCAAGAGGGAATTCCCCTTCCCGGATGTCCTTCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CTGTGGGAG         GTGCTGTGGACAGGGCTCCCTGGCCCCAATCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109424 CTGTGGGAGGTG...CAGGTGCTGTGGACAGGGCTCCCTGGCCCCAATCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GCACCTGCTGGTGGCCTGCGCCATCCTGGACATGGAGAGGGACACCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109609 GCACCTGCTGGTGGCCTGCGCCATCCTGGACATGGAGAGGGACACCCTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TGCTGTCCGGCTTCGGCTCCAATGAGATCCTCAAG         CACATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109659 TGCTGTCCGGCTTCGGCTCCAATGAGATCCTCAAGGTG...CAGCACATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 AACGAGCTGACTATGAAGCTGAGCGTGGAGGACGTGCTGACCCGCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110096 AACGAGCTGACTATGAAGCTGAGCGTGGAGGACGTGCTGACCCGCGCCGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GGCCCTGCACCGCCAGCTAACCGCCTGCCCC         GAGCTGCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110146 GGCCCTGCACCGCCAGCTAACCGCCTGCCCCGTG...CAGGAGCTGCCCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 ACAACGTGCAGGAGATCCTGGGGCTGGCCCCGCCCGCAGAGCCCCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110293 ACAACGTGCAGGAGATCCTGGGGCTGGCCCCGCCCGCAGAGCCCCACAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 CCCTCGCCCACCGCCTCCCCGCTGCCTCTGTCGCCCACCCGGGCCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110343 CCCTCGCCCACCGCCTCCCCGCTGCCTCTGTCGCCCACCCGGGCCCCGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CACCCCGCCGCCCTCCACGGACACAGCCCCGCAGCCCGACAGCAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110393 CACCCCGCCGCCCTCCACGGACACAGCCCCGCAGCCCGACAGCAGCCTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .
   1907 AGATCCTGCCCGAGGAGGAGGACGAGGGCGCCGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110443 AGATCCTGCCCGAGGAGGAGGACGAGGGCGCCGACTCC