seq1 = pF1KE2038.tfa, 1920 bp
seq2 = pF1KE2038/gi568815582r_20233317.tfa (gi568815582r:20233317_20450737), 217421 bp

>pF1KE2038 1920
>gi568815582r:20233317_20450737 (Chr16)

(complement)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-865  (101526-102302)   99% ->
866-973  (102408-102515)   100% ->
974-1182  (104404-104612)   100% ->
1183-1331  (106566-106714)   100% ->
1332-1577  (109402-109647)   100% ->
1578-1740  (113285-113447)   100% ->
1741-1822  (114011-114092)   100% ->
1823-1861  (115218-115256)   100% ->
1862-1920  (117363-117421)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCAGCCATCTCTGACTTGGATGCTGATGGTGGTGGTGGCCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCAGCCATCTCTGACTTGGATGCTGATGGTGGTGGTGGCCTCTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCATCACAACTGCAGCCACTGACACCTCAGAAGCAA         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 GTTCATCACAACTGCAGCCACTGACACCTCAGAAGCAAGTA...CAGGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGTGCTCTGAATGTCACAGCAATGCCACCTGCACGGAGGATGAGGCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101529 GGTGCTCTGAATGTCACAGCAATGCCACCTGCACGGAGGATGAGGCCGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGACGTGCACCTGTCAGGAGGGCTTCACCGGCGATGGCCTGACCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101579 ACGACGTGCACCTGTCAGGAGGGCTTCACCGGCGATGGCCTGACCTGCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACCTGGATGAGTGCGCCATTCCTGGAGCTCACAACTGCTCCGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101629 GGACCTGGATGAGTGCGCCATTCCTGGAGCTCACAACTGCTCCGCCAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAGCTGCGTAAACACGCCAGGCTCCTTCTCCTGCGTCTGCCCCGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101679 GCAGCTGCGTAAACACGCCAGGCTCCTTCTCCTGCGTCTGCCCCGAAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCCGCCTGTCGCCCGGTCTCGGCTGCACAGACGTGGATGAGTGCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101729 TTCCGCCTGTCGCCCGGTCTCGGCTGCACAGACGTGGATGAGTGCGCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCTGGGCTTAGCCACTGCCACGCCCTGGCCACATGTGTCAATGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101779 GCCTGGGCTTAGCCACTGCCACGCCCTGGCCACATGTGTCAATGTGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCAGCTACTTGTGCGTATGCCCCGCGGGCTACCGGGGGGATGGATGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101829 GCAGCTACTTGTGCGTATGCCCCGCGGGCTACCGGGGGGATGGATGGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGTGAGTGCTCCCCGGGCTCCTGCGGGCCGGGGTTGGACTGCGTGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101879 TGTGAGTGCTCCCCGGGCTCCTGCGGGCCGGGGTTGGACTGCGTGCCCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGGCGACGCGCTCGTGTGCGCGGATCCGTGTCAGGCGCACCGCACCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 101929 GGGCGACGCGCTCGTGTGCGCGGATCCGTGCCAGGCGCACCGCACCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACGAGTACTGGCGCAGCACCGAGTACGGGGAGGGCTACGCCTGCGACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101979 ACGAGTACTGGCGCAGCACCGAGTACGGGGAGGGCTACGCCTGCGACACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GACCTGCGCGGCTGGTACCGCTTCGTGGGCCAGGGCGGTGCGCGCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102029 GACCTGCGCGGCTGGTACCGCTTCGTGGGCCAGGGCGGTGCGCGCATGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGAGACCTGCGTGCCAGTCCTGCGCTGCAACACGGCCGCCCCCATGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102079 CGAGACCTGCGTGCCAGTCCTGCGCTGCAACACGGCCGCCCCCATGTGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCAATGGCACGCATCCGTCCAGCGACGAGGGCATCGTGAGCCGCAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102129 TCAATGGCACGCATCCGTCCAGCGACGAGGGCATCGTGAGCCGCAAGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGCGCGCACTGGAGCGGCCACTGCTGCCTGTGGGATGCGTCCGTCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102179 TGCGCGCACTGGAGCGGCCACTGCTGCCTGTGGGATGCGTCCGTCCAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAAGGCCTGTGCCGGCGGCTACTACGTCTACAACCTGACAGCGCCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102229 GAAGGCCTGTGCCGGCGGCTACTACGTCTACAACCTGACAGCGCCCCCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGTGTCACCTGGCGTACTGCACAG         ACCCCAGCTCCGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102279 AGTGTCACCTGGCGTACTGCACAGGTC...CAGACCCCAGCTCCGTGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGGACGTGTGAGGAGTGCAGTATAGACGAGGACTGCAAATCGAATAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102425 GGGACGTGTGAGGAGTGCAGTATAGACGAGGACTGCAAATCGAATAATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CAGATGGCACTGCCAGTGCAAACAGGACTTCAACATCACTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102475 CAGATGGCACTGCCAGTGCAAACAGGACTTCAACATCACTGGTG...CAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ATATCTCCCTCCTGGAGCACAGGCTGGAATGTGGGGCCAATGACATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104404 ATATCTCCCTCCTGGAGCACAGGCTGGAATGTGGGGCCAATGACATGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTGTCGCTGGGCAAGTGCCAGCTGAAGAGTCTGGGCTTCGACAAGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104454 GTGTCGCTGGGCAAGTGCCAGCTGAAGAGTCTGGGCTTCGACAAGGTCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CATGTACCTGAGTGACAGCCGGTGCTCGGGCTTCAATGACAGAGACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104504 CATGTACCTGAGTGACAGCCGGTGCTCGGGCTTCAATGACAGAGACAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GGGACTGGGTGTCTGTAGTGACCCCAGCCCGGGATGGCCCCTGTGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104554 GGGACTGGGTGTCTGTAGTGACCCCAGCCCGGGATGGCCCCTGTGGGACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GTGTTGACG         AGGAATGAAACCCATGCCACTTACAGCAACAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104604 GTGTTGACGGTA...CAGAGGAATGAAACCCATGCCACTTACAGCAACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CCTCTACCTGGCAGATGAGATCATCATCCGTGACCTCAACATCAAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106598 CCTCTACCTGGCAGATGAGATCATCATCCGTGACCTCAACATCAAAATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ACTTTGCATGCTCCTACCCCCTGGACATGAAAGTCAGCCTGAAGACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106648 ACTTTGCATGCTCCTACCCCCTGGACATGAAAGTCAGCCTGAAGACCGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CTACAGCCAATGGTCAG         TGCTCTAAACATCAGAGTGGGCGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106698 CTACAGCCAATGGTCAGGTG...CAGTGCTCTAAACATCAGAGTGGGCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GACCGGCATGTTCACCGTGCGGATGGCGCTCTTCCAGACCCCTTCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109426 GACCGGCATGTTCACCGTGCGGATGGCGCTCTTCCAGACCCCTTCCTACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 CGCAGCCCTACCAAGGCTCCTCCGTGACACTGTCCACTGAGGCTTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109476 CGCAGCCCTACCAAGGCTCCTCCGTGACACTGTCCACTGAGGCTTTTCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TACGTGGGCACCATGTTGGATGGGGGCGACCTGTCCCGATTTGCACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109526 TACGTGGGCACCATGTTGGATGGGGGCGACCTGTCCCGATTTGCACTGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CATGACCAACTGCTATGCCACACCCAGTAGCAATGCCACGGACCCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109576 CATGACCAACTGCTATGCCACACCCAGTAGCAATGCCACGGACCCCCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AGTACTTCATCATCCAGGACAG         ATGCCCACACACTAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 109626 AGTACTTCATCATCCAGGACAGGTA...CAGATGCCCACACACTAGAGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 TCAACTATCCAAGTGGTGGAGAATGGGGAGTCCTCCCAGGGCCGATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113304 TCAACTATCCAAGTGGTGGAGAATGGGGAGTCCTCCCAGGGCCGATTTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CGTCCAGATGTTCCGGTTTGCTGGAAACTATGACCTAGTCTACCTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113354 CGTCCAGATGTTCCGGTTTGCTGGAAACTATGACCTAGTCTACCTGCACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 GTGAAGTCTATCTCTGTGACACCATGAATGAAAAGTGCAAGCCT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113404 GTGAAGTCTATCTCTGTGACACCATGAATGAAAAGTGCAAGCCTGTG...

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1741    ACCTGCTCTGGGACCAGATTCCGAAGTGGGAGTGTCATAGATCAATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114008 TAGACCTGCTCTGGGACCAGATTCCGAAGTGGGAGTGTCATAGATCAATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 CCGTGTCCTGAACTTGGGTCCCATCACACGGAAAG         GTGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114058 CCGTGTCCTGAACTTGGGTCCCATCACACGGAAAGGTA...AAGGTGTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 AGGCCACAGTCTCAAGGGCTTTTAGCAGCTTGG         GGCTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115224 AGGCCACAGTCTCAAGGGCTTTTAGCAGCTTGGGTA...CAGGGCTCCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 AAAGTCTGGCTGCCTCTGCTTCTCTCGGCCACCTTGACCCTGACTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117371 AAAGTCTGGCTGCCTCTGCTTCTCTCGGCCACCTTGACCCTGACTTTTCA

   2000 
   1920 G
        |
 117421 G