seq1 = pF1KE2033.tfa, 1872 bp
seq2 = pF1KE2033/gi568815575f_56463959.tfa (gi568815575f:56463959_56665745), 201787 bp

>pF1KE2033 1872
>gi568815575f:56463959_56665745 (ChrX)

1-1872  (99916-101787)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGAATGGCGAGAGCAGCGGCCCCCCGCGCCCCTCCCGCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99916 ATGGCTGAGAATGGCGAGAGCAGCGGCCCCCCGCGCCCCTCCCGCGGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCTGCGGCCCAAGGCTCGGCTGCTGCCCCGGCTGAGCCTAAAATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99966 TGCTGCGGCCCAAGGCTCGGCTGCTGCCCCGGCTGAGCCTAAAATCATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGTCACGGTGAAGACTCCCAAAGAGAAAGAGGAGTTCGCGGTGCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 AAGTCACGGTGAAGACTCCCAAAGAGAAAGAGGAGTTCGCGGTGCCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACAGCTCGGTTCAGCAGTTTAAGGAAGCGATTTCGAAACGCTTCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 AACAGCTCGGTTCAGCAGTTTAAGGAAGCGATTTCGAAACGCTTCAAATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAAACCGATCAGCTAGTGCTGATTTTTGCCGGAAAAATCTTAAAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100116 CCAAACCGATCAGCTAGTGCTGATTTTTGCCGGAAAAATCTTAAAAGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAGATACCTTGATCCAGCATGGCATCCATGATGGGCTGACTGTTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100166 AAGATACCTTGATCCAGCATGGCATCCATGATGGGCTGACTGTTCACCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCATCAAAAGCCAGAACCGACCTCAGGGCCAGTCCACGCAGCCTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100216 GTCATCAAAAGCCAGAACCGACCTCAGGGCCAGTCCACGCAGCCTAGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCCGCGGGAACTAACACTACCTCGGCGTCGACTCCCAGGAGTAACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100266 TGCCGCGGGAACTAACACTACCTCGGCGTCGACTCCCAGGAGTAACTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACCTATTTCCACAAATAGCAACCCGTTTGGGTTGGGGAGCCTGGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100316 CACCTATTTCCACAAATAGCAACCCGTTTGGGTTGGGGAGCCTGGGAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTTGCAGGCCTTAGCAGCCTGGGCTTGAGCTCGACCAACTTCTCTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100366 CTTGCAGGCCTTAGCAGCCTGGGCTTGAGCTCGACCAACTTCTCTGAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCAGAGCCAGATGCAGCAGCAGCTTATGGCCAGCCCTGAGATGATGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100416 CCAGAGCCAGATGCAGCAGCAGCTTATGGCCAGCCCTGAGATGATGATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAATAATGGAAAATCCCTTTGTTCAGAGCATGCTTTCGAATCCCGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100466 AAATAATGGAAAATCCCTTTGTTCAGAGCATGCTTTCGAATCCCGATCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGAGGCAGCTCATTATGGCTAATCCACAGATGCAGCAATTGATTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100516 ATGAGGCAGCTCATTATGGCTAATCCACAGATGCAGCAATTGATTCAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AAACCCAGAAATCAGTCACCTGCTCAACAACCCAGACATAATGAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100566 AAACCCAGAAATCAGTCACCTGCTCAACAACCCAGACATAATGAGGCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CACTCGAAATTGCCAGGAATCCAGCCATGATGCAAGAGATGATGAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100616 CACTCGAAATTGCCAGGAATCCAGCCATGATGCAAGAGATGATGAGAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CAAGACCTGGCTCTTAGCAATCTAGAAAGCATCCCAGGTGGCTATAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100666 CAAGACCTGGCTCTTAGCAATCTAGAAAGCATCCCAGGTGGCTATAATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTTACGGCGCATGTACACTGACATTCAAGAGCCGATGCTGAATGCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100716 TTTACGGCGCATGTACACTGACATTCAAGAGCCGATGCTGAATGCCGCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AAGAGCAGTTTGGGGGTAATCCATTTGCCTCCGTGGGGAGTAGTTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100766 AAGAGCAGTTTGGGGGTAATCCATTTGCCTCCGTGGGGAGTAGTTCCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCTGGGGAAGGTACGCAGCCTTCCCGCACAGAAAATCGCGATCCACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100816 TCTGGGGAAGGTACGCAGCCTTCCCGCACAGAAAATCGCGATCCACTACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAATCCATGGGCACCACCGCCAGCTACCCAGAGTTCTGCAACTACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100866 CAATCCATGGGCACCACCGCCAGCTACCCAGAGTTCTGCAACTACCAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CGACCACAAGCACTGGTAGTGGGTCTGGCAATAGTTCCAGCAATGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100916 CGACCACAAGCACTGGTAGTGGGTCTGGCAATAGTTCCAGCAATGCTACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGGAACACCGTTGCTGCCGCTAATTATGTCGCCAGCATCTTTAGTACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100966 GGGAACACCGTTGCTGCCGCTAATTATGTCGCCAGCATCTTTAGTACCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AGGCATGCAGAGCCTGCTGCAACAGATAACTGAAAACCCCCAGCTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101016 AGGCATGCAGAGCCTGCTGCAACAGATAACTGAAAACCCCCAGCTGATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGAATATGCTGTCGGCGCCCTACATGAGAAGCATGATGCAGTCGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101066 AGAATATGCTGTCGGCGCCCTACATGAGAAGCATGATGCAGTCGCTGAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CAGAATCCAGATTTGGCTGCACAGATGATGCTGAATAGCCCGCTGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101116 CAGAATCCAGATTTGGCTGCACAGATGATGCTGAATAGCCCGCTGTTTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TGCAAATCCTCAGCTGCAGGAGCAGATGCGGCCACAGCTCCCAGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101166 TGCAAATCCTCAGCTGCAGGAGCAGATGCGGCCACAGCTCCCAGCCTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TGCAGCAGATGCAGAATCCAGACACACTATCAGCCATGTCAAACCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101216 TGCAGCAGATGCAGAATCCAGACACACTATCAGCCATGTCAAACCCAAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GCAATGCAGGCTTTAATGCAGATCCAGCAGGGGCTACAGACATTAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101266 GCAATGCAGGCTTTAATGCAGATCCAGCAGGGGCTACAGACATTAGCCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TGAAGCACCTGGCCTGATTCCGAGCTTCACTCCAGGTGTGGGGGTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101316 TGAAGCACCTGGCCTGATTCCGAGCTTCACTCCAGGTGTGGGGGTGGGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TGCTGGGAACCGCTATAGGCCCTGTAGGCCCAGTCACCCCCATAGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101366 TGCTGGGAACCGCTATAGGCCCTGTAGGCCCAGTCACCCCCATAGGCCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 ATAGGCCCTATAGTCCCTTTTACCCCCATAGGCCCCATTGGGCCCATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101416 ATAGGCCCTATAGTCCCTTTTACCCCCATAGGCCCCATTGGGCCCATAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 ACCCACTGGCCCTGCAGCCCCCCCTGGCTCCACCGGCTCTGGTGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101466 ACCCACTGGCCCTGCAGCCCCCCCTGGCTCCACCGGCTCTGGTGGCCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 CGGGGCCTACTGTGTCCAGCGCTGCACCTAGTGAAACCACGAGTCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101516 CGGGGCCTACTGTGTCCAGCGCTGCACCTAGTGAAACCACGAGTCCTACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 TCAGAATCTGGACCCAACCAGCAGTTCATTCAGCAAATGGTGCAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101566 TCAGAATCTGGACCCAACCAGCAGTTCATTCAGCAAATGGTGCAGGCCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GGCTGGAGCAAATGCTCCACAGCTGCCGAATCCAGAAGTCAGATTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101616 GGCTGGAGCAAATGCTCCACAGCTGCCGAATCCAGAAGTCAGATTTCAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 AACAACTGGAACAGCTCAACGCAATGGGGTTCTTAAACCGTGAAGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101666 AACAACTGGAACAGCTCAACGCAATGGGGTTCTTAAACCGTGAAGCAAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 TTGCAGGCCCTAATAGCAACAGGAGGCGACATCAATGCAGCCATTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101716 TTGCAGGCCCTAATAGCAACAGGAGGCGACATCAATGCAGCCATTGAAAG

   1850     .    :    .    :
   1851 GCTGCTGGGCTCCCAGCCATCG
        ||||||||||||||||||||||
 101766 GCTGCTGGGCTCCCAGCCATCG