seq1 = pF1KE2032.tfa, 1866 bp
seq2 = pF1KE2032/gi568815587f_46619236.tfa (gi568815587f:46619236_46839405), 220170 bp

>pF1KE2032 1866
>gi568815587f:46619236_46839405 (Chr11)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-240  (100467-100627)   100% ->
241-265  (101288-101312)   100% ->
266-316  (101555-101605)   100% ->
317-422  (103945-104050)   100% ->
423-559  (104147-104283)   100% ->
560-874  (106624-106938)   100% ->
875-1003  (107263-107391)   100% ->
1004-1130  (107476-107602)   100% ->
1131-1298  (108761-108928)   99% ->
1299-1472  (109429-109602)   100% ->
1473-1654  (110145-110326)   100% ->
1655-1725  (119813-119883)   100% ->
1726-1866  (120030-120170)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCACGTCCGAGGCTTGCAGCTGCCTGGCTGCCTGGCCCTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCACGTCCGAGGCTTGCAGCTGCCTGGCTGCCTGGCCCTGGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGTGTAGCCTTGTGCACAGCCAGCATG         TGTTCCTGGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 CCTGTGTAGCCTTGTGCACAGCCAGCATGGTA...CAGTGTTCCTGGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCAGCAAGCACGGTCGCTGCTCCAGCGGGTCCGGCGAGCCAACACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100479 CTCAGCAAGCACGGTCGCTGCTCCAGCGGGTCCGGCGAGCCAACACCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGGAGGAGGTGCGCAAGGGCAACCTGGAGCGAGAGTGCGTGGAGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100529 TTGGAGGAGGTGCGCAAGGGCAACCTGGAGCGAGAGTGCGTGGAGGAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTGCAGCTACGAGGAGGCCTTCGAGGCTCTGGAGTCCTCCACGGCTACG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100579 GTGCAGCTACGAGGAGGCCTTCGAGGCTCTGGAGTCCTCCACGGCTACGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         GATGTGTTCTGGGCCAAGTACACAG         CTTGTGAG
        >>...>>>|||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100629 TG...CAGGATGTGTTCTGGGCCAAGTACACAGGTG...CAGCTTGTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACAGCGAGGACGCCTCGAGATAAGCTTGCTGCATGTCTGGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101563 ACAGCGAGGACGCCTCGAGATAAGCTTGCTGCATGTCTGGAAGGTG...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    317   GTAACTGTGCTGAGGGTCTGGGTACGAACTACCGAGGGCATGTGAACA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103943 AGGTAACTGTGCTGAGGGTCTGGGTACGAACTACCGAGGGCATGTGAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCACCCGGTCAGGCATTGAGTGCCAGCTATGGAGGAGTCGCTACCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103993 TCACCCGGTCAGGCATTGAGTGCCAGCTATGGAGGAGTCGCTACCCACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGCCTGA         AATCAACTCCACTACCCATCCTGGGGCCGACCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104043 AAGCCTGAGTG...CAGAATCAACTCCACTACCCATCCTGGGGCCGACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ACAGGAGAATTTCTGCCGCAACCCCGACAGCAGCACCACGGGACCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104180 ACAGGAGAATTTCTGCCGCAACCCCGACAGCAGCACCACGGGACCCTGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCTACACTACAGACCCCACCGTGAGGAGGCAGGAATGCAGCATCCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104230 GCTACACTACAGACCCCACCGTGAGGAGGCAGGAATGCAGCATCCCTGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGTG         GCCAGGATCAAGTCACTGTAGCGATGACTCCACGCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104280 TGTGGTA...CAGGCCAGGATCAAGTCACTGTAGCGATGACTCCACGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CGAAGGCTCCAGTGTGAATCTGTCACCTCCATTGGAGCAGTGTGTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106661 CGAAGGCTCCAGTGTGAATCTGTCACCTCCATTGGAGCAGTGTGTCCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATCGGGGGCAGCAGTACCAGGGGCGCCTGGCGGTGACCACACATGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106711 ATCGGGGGCAGCAGTACCAGGGGCGCCTGGCGGTGACCACACATGGGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCCTGCCTGGCCTGGGCCAGCGCACAGGCCAAGGCCCTGAGCAAGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106761 CCCTGCCTGGCCTGGGCCAGCGCACAGGCCAAGGCCCTGAGCAAGCACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGACTTCAACTCAGCTGTGCAGCTGGTGGAGAACTTCTGCCGCAACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106811 GGACTTCAACTCAGCTGTGCAGCTGGTGGAGAACTTCTGCCGCAACCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACGGGGATGAGGAGGGCGTGTGGTGCTATGTGGCCGGGAAGCCTGGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106861 ACGGGGATGAGGAGGGCGTGTGGTGCTATGTGGCCGGGAAGCCTGGCGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTGGGTACTGCGACCTCAACTATTGTG         AGGAGGCCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106911 TTTGGGTACTGCGACCTCAACTATTGTGGTG...CAGAGGAGGCCGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAGGAGACAGGAGATGGGCTGGATGAGGACTCAGACAGGGCCATCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107276 GGAGGAGACAGGAGATGGGCTGGATGAGGACTCAGACAGGGCCATCGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGCGTACCGCCACCAGTGAGTACCAGACTTTCTTCAATCCGAGGACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107326 GGCGTACCGCCACCAGTGAGTACCAGACTTTCTTCAATCCGAGGACCTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGCTCGGGAGAGGCAG         ACTGTGGGCTGCGACCTCTGTTCGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107376 GGCTCGGGAGAGGCAGGTG...CAGACTGTGGGCTGCGACCTCTGTTCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAAGAAGTCGCTGGAGGACAAAACCGAAAGAGAGCTCCTGGAATCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107501 GAAGAAGTCGCTGGAGGACAAAACCGAAAGAGAGCTCCTGGAATCCTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCGACGGGCGCATTGTGGAGGGCTCGGATGCAGAGATCGGCATGTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107551 TCGACGGGCGCATTGTGGAGGGCTCGGATGCAGAGATCGGCATGTCACCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TG         GCAGGTGATGCTTTTCCGGAAGAGTCCCCAGGAGCTGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107601 TGGTG...CAGGCAGGTGATGCTTTTCCGGAAGAGTCCCCAGGAGCTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GTGTGGGGCCAGCCTCATCAGTGACCGCTGGGTCCTCACCGCCGCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108800 GTGTGGGGCCAGCCTCATCAGTGACCGCTGGGTCCTCACCGCCGCCCACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCCTCCTGTACCCACCCTGGGACAAGAACTTCACCGAGAATGACCTTCTG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108850 GCCTCCTGTACCCGCCCTGGGACAAGAACTTCACCGAGAATGACCTTCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGCGCATTGGCAAGCACTCCCGCACCAG         GTACGAGCGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108900 GTGCGCATTGGCAAGCACTCCCGCACCAGGTA...CAGGTACGAGCGAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CATTGAAAAGATATCCATGTTGGAAAAGATCTACATCCACCCCAGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109441 CATTGAAAAGATATCCATGTTGGAAAAGATCTACATCCACCCCAGGTACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACTGGCGGGAGAACCTGGACCGGGACATTGCCCTGATGAAGCTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109491 ACTGGCGGGAGAACCTGGACCGGGACATTGCCCTGATGAAGCTGAAGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CCTGTTGCCTTCAGTGACTACATTCACCCTGTGTGTCTGCCCGACAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109541 CCTGTTGCCTTCAGTGACTACATTCACCCTGTGTGTCTGCCCGACAGGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GACGGCAGCCAG         CTTGCTCCAGGCTGGATACAAGGGGCGGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 109591 GACGGCAGCCAGGTG...AAGCTTGCTCCAGGCTGGATACAAGGGGCGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGACAGGCTGGGGCAACCTGAAGGAGACGTGGACAGCCAACGTTGGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110174 TGACAGGCTGGGGCAACCTGAAGGAGACGTGGACAGCCAACGTTGGTAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GGGCAGCCCAGTGTCCTGCAGGTGGTGAACCTGCCCATTGTGGAGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110224 GGGCAGCCCAGTGTCCTGCAGGTGGTGAACCTGCCCATTGTGGAGCGGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGTCTGCAAGGACTCCACCCGGATCCGCATCACTGACAACATGTTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110274 GGTCTGCAAGGACTCCACCCGGATCCGCATCACTGACAACATGTTCTGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CTG         GTTACAAGCCTGATGAAGGGAAACGAGGGGATGCCTGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110324 CTGGCA...AAGGTTACAAGCCTGATGAAGGGAAACGAGGGGATGCCTGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAAGGTGACAGTGGGGGACCCTTTGTCATGAAG         AGCCCCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 119851 GAAGGTGACAGTGGGGGACCCTTTGTCATGAAGGTA...CAGAGCCCCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TAACAACCGCTGGTATCAAATGGGCATCGTCTCATGGGGTGAAGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120038 TAACAACCGCTGGTATCAAATGGGCATCGTCTCATGGGGTGAAGGCTGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 ACCGGGATGGGAAATATGGCTTCTACACACATGTGTTCCGCCTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120088 ACCGGGATGGGAAATATGGCTTCTACACACATGTGTTCCGCCTGAAGAAG

   1950     .    :    .    :    .    :
   1834 TGGATACAGAAGGTCATTGATCAGTTTGGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 120138 TGGATACAGAAGGTCATTGATCAGTTTGGAGAG