seq1 = pF1KE2031.tfa, 1863 bp
seq2 = pF1KE2031/gi568815574r_1303272.tfa (gi568815574r:1303272_1552840), 249569 bp

>pF1KE2031 1863
>gi568815574r:1303272_1552840 (ChrY)

(complement)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-225  (110524-110655)   100% ->
226-273  (113697-113744)   100% ->
274-338  (117083-117147)   100% ->
339-400  (117758-117819)   100% ->
401-509  (120464-120572)   100% ->
510-897  (124720-125107)   99% ->
898-1060  (127154-127316)   100% ->
1061-1245  (130999-131183)   100% ->
1246-1378  (133727-133859)   100% ->
1379-1522  (134725-134868)   100% ->
1523-1645  (139987-140109)   100% ->
1646-1863  (149352-149569)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCTGTGCCCGGTGATTGGGAAGCTGCTGCACAAGCGCGTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCTGTGCCCGGTGATTGGGAAGCTGCTGCACAAGCGCGTGGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCAGCGCCTCCCCACGCCGTCAGGAGATCCTCAGCAACGCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 GGCCAGCGCCTCCCCACGCCGTCAGGAGATCCTCAGCAACGCGGTA...C

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   GGTCTCAGGTTTGAGGTGGTCCCCTCCAAGTTTAAAGAGAAGCTGGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110522 AGGGTCTCAGGTTTGAGGTGGTCCCCTCCAAGTTTAAAGAGAAGCTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGCCTCCTTCGCTACTCCGTATGGGTACGCCATGGAGACCGCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110572 AAAGCCTCCTTCGCTACTCCGTATGGGTACGCCATGGAGACCGCCAAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGGCCCTGGAGGTGGCCAACCGGCTGTACCAG         AAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110622 GAAGGCCCTGGAGGTGGCCAACCGGCTGTACCAGGCA...CAGAAAGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCGGGCCCCCGACGTGGTCATTGGAGCGGACACGATCGTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 113704 TGCGGGCCCCCGACGTGGTCATTGGAGCGGACACGATCGTGGTG...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACAGTCGGGGGGCTGATTCTGGAGAAGCCGGTGGACAAGCAGGACGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117083 ACAGTCGGGGGGCTGATTCTGGAGAAGCCGGTGGACAAGCAGGACGCCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGGATGCTGTCCCG         GTTGAGTGGGAGAGAACACAGCGTGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117133 CAGGATGCTGTCCCGGTA...CAGGTTGAGTGGGAGAGAACACAGCGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCACAGGTGTCGCGATCGTCCACTGCTCCAGCAAAG         ACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 117784 TCACAGGTGTCGCGATCGTCCACTGCTCCAGCAAAGGTA...CAGACCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CAGCTGGACACCAGGGTCTCGGAATTCTACGAGGAAACGAAGGTGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120469 CAGCTGGACACCAGGGTCTCGGAATTCTACGAGGAAACGAAGGTGAAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTCGGAGCTGTCCGAGGAGCTGCTCTGGGAATACGTCCACAGCGGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120519 CTCGGAGCTGTCCGAGGAGCTGCTCTGGGAATACGTCCACAGCGGGGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCAT         GGACAAAGCTGGCGGCTACGGGATCCAGGCCCTGGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120569 CCATGTG...CAGGGACAAAGCTGGCGGCTACGGGATCCAGGCCCTGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGCATGCTGGTGGAGTCCGTACACGGGGACTTTCTGAACGTGGTGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124757 GGCATGCTGGTGGAGTCCGTACACGGGGACTTTCTGAACGTGGTGGGATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCCGCTGAACCACTTCTGCAAGCAGCTGGTGAAGCTCTACTACCCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124807 CCCGCTGAACCACTTCTGCAAGCAGCTGGTGAAGCTCTACTACCCGCCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCCCGGAGGACCTGCGGCGGAGTGTCAAGCACGACTCCATCCCGGCCGCG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124857 GTCCGGAGGACCTGCGGCGGAGTGTCAAGCACGACTCCATCCCGGCCGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACACCTTCGAAGACCTCAGTGACGTGGAGGGGGGTGGCTCGGAGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 124907 GACACCTTCGAAGACCTCAGTGACGTGGAGGGGGGCGGCTCGGAGCCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCAGAGGGACGCGGGCAGCCGCGATGAGAAGGCCGAGGCGGGAGAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124957 TCAGAGGGACGCGGGCAGCCGCGATGAGAAGGCCGAGGCGGGAGAGGCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GACAGGCCACGGCAGAGGCTGAGTGTCACAGGACTCGGGAGACCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125007 GACAGGCCACGGCAGAGGCTGAGTGTCACAGGACTCGGGAGACCCTGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCGTTCCCGACACGCCTCCTGGAGCTGATTGAGGGCTTTATGCTATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125057 CCGTTCCCGACACGCCTCCTGGAGCTGATTGAGGGCTTTATGCTATCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 G         GGCCTGCTCACCGCTTGCAAACTGAAGGTGTTCGATTTGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125107 GGTA...CAGGGCCTGCTCACCGCTTGCAAACTGAAGGTGTTCGATTTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TAAAAGATGAAGCACCCCAGAAGGCTGCGGATATTGCCAGCAAAGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127194 TAAAAGATGAAGCACCCCAGAAGGCTGCGGATATTGCCAGCAAAGTGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCTCTGCGTGTGGAATGGAGAGGCTTCTGGACATCTGTGCTGCCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127244 GCCTCTGCGTGTGGAATGGAGAGGCTTCTGGACATCTGTGCTGCCATGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCTCCTGGAGAAGACAGAGCAAG         GTTACAGTAACACAGAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 127294 GCTCCTGGAGAAGACAGAGCAAGGTG...CAGGTTACAGTAACACAGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAGCGAACGTCTACCTGGCATCGGATGGCGAATACTCTCTGCACGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131017 CAGCGAACGTCTACCTGGCATCGGATGGCGAATACTCTCTGCACGGCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATCATGCACAATAATGACCTCACATGGAACCTCTTTACATACCTGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131067 ATCATGCACAATAATGACCTCACATGGAACCTCTTTACATACCTGGAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGCCATCCGAGAGGGAACAAACCAGCACCACAGGGCGTTGGGGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131117 TGCCATCCGAGAGGGAACAAACCAGCACCACAGGGCGTTGGGGAAGAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CGGAAGATCTGTTCCAG         GATGCGTACTACCAGAGCCCGGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 131167 CGGAAGATCTGTTCCAGGTA...CAGGATGCGTACTACCAGAGCCCGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACGCGGCTGAGGTTCATGCGGGCCATGCACGGCATGACGAAGCTGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133751 ACGCGGCTGAGGTTCATGCGGGCCATGCACGGCATGACGAAGCTGACTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GTGCCAGGTGGCCACGGCCTTCAATCTGTCCCGCTTCTCCTCCGCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133801 GTGCCAGGTGGCCACGGCCTTCAATCTGTCCCGCTTCTCCTCCGCCTGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACGTGGGAG         GCTGCACGGGTGCACTGGCCCGAGAGCTGGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 133851 ACGTGGGAGGTG...CAGGCTGCACGGGTGCACTGGCCCGAGAGCTGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CGTGAGTACCCTCGTATGCAGGTGACTGTGTTTGACCTCCCAGACATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134757 CGTGAGTACCCTCGTATGCAGGTGACTGTGTTTGACCTCCCAGACATTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CGAGCTGGCCGCCCACTTCCAACCCCCCGGACCGCAGGCAGTGCAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134807 CGAGCTGGCCGCCCACTTCCAACCCCCCGGACCGCAGGCAGTGCAGATCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACTTCGCAGCAG         GTGACTTTTTCAGGGACCCCCTCCCCAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 134857 ACTTCGCAGCAGGTG...CAGGTGACTTTTTCAGGGACCCCCTCCCCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GCTGAGCTGTACGTCCTGTGCCGGATCCTGCATGACTGGCCAGACGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140016 GCTGAGCTGTACGTCCTGTGCCGGATCCTGCATGACTGGCCAGACGACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AGTCCACAAGTTACTCAGCAGGGTCGCCGAGAGCTGCAAGCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 140066 AGTCCACAAGTTACTCAGCAGGGTCGCCGAGAGCTGCAAGCCAGGTG...

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1646    GGGCCGGCCTGCTGCTGGTGGAGACGCTCCTGGATGAGGAGAAGAGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149349 CAGGGGCCGGCCTGCTGCTGGTGGAGACGCTCCTGGATGAGGAGAAGAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GTGGCGCAGCGCGCCCTGATGCAGTCACTGAACATGCTGGTGCAGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149399 GTGGCGCAGCGCGCCCTGATGCAGTCACTGAACATGCTGGTGCAGACTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AGGCAAGGAGCGGAGCCTGGGCGAGTATCAGTGCTTGCTGGAGCTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149449 AGGCAAGGAGCGGAGCCTGGGCGAGTATCAGTGCTTGCTGGAGCTGCACG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GCTTCCACCAGGTGCAGGTGGTGCACTTGGGGGGTGTCCTGGATGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149499 GCTTCCACCAGGTGCAGGTGGTGCACTTGGGGGGTGTCCTGGATGCCATC

   1950     .    :    .    :
   1843 TTGGCCACCAAAGTGGCCCCC
        |||||||||||||||||||||
 149549 TTGGCCACCAAAGTGGCCCCC