seq1 = pF1KE2017.tfa, 1782 bp
seq2 = pF1KE2017/gi568815578f_2552841.tfa (gi568815578f:2552841_2758291), 205451 bp

>pF1KE2017 1782
>gi568815578f:2552841_2758291 (Chr20)

1-93  (100000-100091)   98% ->
94-208  (100439-100553)   99% ->
209-370  (101574-101735)   99% ->
371-569  (101909-102107)   100% ->
570-757  (102485-102672)   100% ->
758-909  (102755-102906)   100% ->
910-1010  (103094-103194)   100% ->
1011-1159  (103561-103709)   99% ->
1160-1281  (103934-104055)   100% ->
1282-1419  (104241-104378)   100% ->
1420-1782  (105089-105451)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCTGTTGCACGTGCTGTTTGAGCACGCGGTCGGCTACGCGCTGCT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGTGCTGTTGCACGTGCTGTTTGAGCACGCGGTCGGCTACGCGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGCTGAAGGAAGTGGAGGAGATCAGTCTGCTGCAGCCGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100049 GGCGCTGAAGGAAGTGGAGGAGATCAGTCTGCTGCAGCCGCAGGTG...C

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   GTGGAGGAGTCCGTGCTCAACCTGGGCAAATTCCACAGCATCGTTCGT
        >>||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100437 AGGTGGAGGAGTCTGTGCTCAACCTGGGCAAATTCCACAGCATCGTTCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGTGGCCTTTTGTCCCTTTGCCTCATCCCAGGTTGCCTTGGAAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100487 CTGGTGGCCTTTTGTCCCTTTGCCTCATCCCAGGTTGCCTTGGAAAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACGCCGTGTCTGAAG         GGGTTGTTCATGAGGACCTCCGCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100537 CAACGCCGTGTCTGAAGGTA...GAGGGGTTGTTCATGAGGACCTCCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCTCTTGGAGACCCACCTGCCGTCCAAAAAGAAGAAAGTACTCTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101598 TGCTCTTGGAGACCCACCTGCCGTCCAAAAAGAAGAAAGTACTCTTGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTGGGGATCCCAAGATTGGTGCCGCAATACAGGAGGAGTTAGGGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101648 GTTGGGGATCCCAAGATTGGTGCCGCAATACAGGAGGAGTTAGGGTACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGCCAGACTGGAGGAGTCATAGCTGAGGTCCTGCGAG         GAG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||>>>...>>>|||
 101698 CTGCCAGACTGGAGGAGTCATAGCTGAGATCCTGCGAGGTG...TAGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCGTCTGCACTTCCACAATCTGGTGAAGGGTCTGACCGATCTGTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101912 TTCGTCTGCACTTCCACAATCTGGTGAAGGGTCTGACCGATCTGTCAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTAAAGCACAGCTGGGGCTGGGACACAGCTATTCCCGTGCCAAAGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101962 TGTAAAGCACAGCTGGGGCTGGGACACAGCTATTCCCGTGCCAAAGTTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTTTAATGTGAACCGGGTGGACAATATGATCATCCAGTCCATTAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102012 GTTTAATGTGAACCGGGTGGACAATATGATCATCCAGTCCATTAGCCTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGACCAGCTGGATAAGGACATCAATACCTTCTCTATGCGTGTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102062 TGGACCAGCTGGATAAGGACATCAATACCTTCTCTATGCGTGTCAGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570      GGAGTGGTACGGGTATCACTTTCCGGAGCTGGTGAAGATCATCAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102112 ..CAGGGAGTGGTACGGGTATCACTTTCCGGAGCTGGTGAAGATCATCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGACAATGCCACATACTGCCGTCTTGCCCAGTTTATTGGAAACCGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102530 CGACAATGCCACATACTGCCGTCTTGCCCAGTTTATTGGAAACCGAAGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AACTGAATGAGGACAAGCTGGAGAAGCTGGAGGAGCTGACAATGGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102580 AACTGAATGAGGACAAGCTGGAGAAGCTGGAGGAGCTGACAATGGATGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCCAAGGCTAAGGCTATTCTGGATGCCTCACGGTCCTCCATGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102630 GCCAAGGCTAAGGCTATTCTGGATGCCTCACGGTCCTCCATGGGTC...T

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    758   GCATGGACATATCTGCCATTGACTTGATAAACATCGAGAGCTTCTCCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102753 AGGCATGGACATATCTGCCATTGACTTGATAAACATCGAGAGCTTCTCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTCGTGTGGTGTCTTTATCTGAATACCGCCAGAGCCTACACACTTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102803 GTCGTGTGGTGTCTTTATCTGAATACCGCCAGAGCCTACACACTTACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGCTCCAAGATGAGCCAAGTAGCCCCCAGCCTGTCAGCCCTAATTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102853 CGCTCCAAGATGAGCCAAGTAGCCCCCAGCCTGTCAGCCCTAATTGGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGCG         GTAGGTGCACGTCTCATCGCACATGCTGGCAGCCTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102903 AGCGGTG...CAGGTAGGTGCACGTCTCATCGCACATGCTGGCAGCCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCAACCTGGCCAAGTATCCAGCATCCACAGTGCAGATCCTTGGGGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103131 CCAACCTGGCCAAGTATCCAGCATCCACAGTGCAGATCCTTGGGGCTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAGGCCCTGTTCAG         AGCCCTGAAGACAAGGGGTAACACCCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||| ||
 103181 AAGGCCCTGTTCAGGTA...CAGAGCCCTGAAGACAAGGGGTAACACTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AAAATATGGACTCATTTTCCACTCCACCTTCATTGGCCGAGCAGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103588 AAAATATGGACTCATTTTCCACTCCACCTTCATTGGCCGAGCAGCTGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGAACAAAGGCCGCATCTCCCGATACCTGGCAAACAAATGCAGTATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103638 AGAACAAAGGCCGCATCTCCCGATACCTGGCAAACAAATGCAGTATTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TCACGAATCGATTGCTTCTCTG         AGGTGCCCACGAGTGTATT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103688 TCACGAATCGATTGCTTCTCTGGTA...CAGAGGTGCCCACGAGTGTATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CGGGGAGAAGCTTCGAGAACAAGTTGAAGAGCGACTGTCCTTCTATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103953 CGGGGAGAAGCTTCGAGAACAAGTTGAAGAGCGACTGTCCTTCTATGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTGGAGAGATACCACGAAAGAATCTGGATGTCATGAAGGAAGCAATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104003 CTGGAGAGATACCACGAAAGAATCTGGATGTCATGAAGGAAGCAATGGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CAG         GCAGAGGAAGCGGCTGCTGAGATTACTAGGAAGCTGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104053 CAGGTC...CAGGCAGAGGAAGCGGCTGCTGAGATTACTAGGAAGCTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GAAACAGGAGAAGAAACGCTTAAAGAAGGAAAAGAAACGGCTGGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104279 GAAACAGGAGAAGAAACGCTTAAAGAAGGAAAAGAAACGGCTGGCTGCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TTGCCCTCGCGTCTTCAGAAAACAGCAGTAGTACTCCAGAGGAGTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104329 TTGCCCTCGCGTCTTCAGAAAACAGCAGTAGTACTCCAGAGGAGTGTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420          GAGACGAGTGAAAAACCCAAAAAGAAGAAAAAGCAAAAGCC
        >>>...>>>|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104379 GTC...TAGGAGATGAGTGAAAAACCCAAAAAGAAGAAAAAGCAAAAGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCAGGAGGTTCCTCAGGAGAATGGAATGGAAGACCCATCTATCTCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105130 CCAGGAGGTTCCTCAGGAGAATGGAATGGAAGACCCATCTATCTCTTTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CCAAACCCAAGAAAAAGAAATCTTTTTCCAAGGAGGAGTTGATGAGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105180 CCAAACCCAAGAAAAAGAAATCTTTTTCCAAGGAGGAGTTGATGAGTAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GATCTTGAAGAGACCGCTGGCAGCACCAGTATTCCCAAGAGGAAGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105230 GATCTTGAAGAGACCGCTGGCAGCACCAGTATTCCCAAGAGGAAGAAGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TACACCCAAGGAGGAAACAGTTAATGACCCTGAGGAGGCAGGCCACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105280 TACACCCAAGGAGGAAACAGTTAATGACCCTGAGGAGGCAGGCCACAGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GTGGCTCCAAGAAAAAGAGGAAATTCTCCAAAGAGGAGCCGGTCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105330 GTGGCTCCAAGAAAAAGAGGAAATTCTCCAAAGAGGAGCCGGTCAGCAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GGGCCTGAAGAGGCGGCTGGCAAGAGCAGCTCCAAGAAGAAGAAAAAGTT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 105380 GGGCCTGAAGAGGCGGTTGGCAAGAGCAGCTCCAAGAAGAAGAAAAAGTT

   1850     .    :    .    :
   1761 CCATAAAGCATCCCAGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||
 105430 CCATAAAGCATCCCAGGAAGAT