seq1 = pF1KE2016.tfa, 1779 bp
seq2 = pF1KE2016/gi568815581f_42462412.tfa (gi568815581f:42462412_42665965), 203554 bp

>pF1KE2016 1779
>gi568815581f:42462412_42665965 (Chr17)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-787  (100201-100911)   100% ->
788-1002  (101550-101764)   100% ->
1003-1134  (102035-102166)   99% ->
1135-1324  (102298-102487)   99% ->
1325-1389  (102572-102636)   100% ->
1390-1474  (102816-102900)   100% ->
1475-1572  (103060-103157)   100% ->
1573-1719  (103248-103394)   100% ->
1720-1779  (103495-103554)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGACACCAAGGCTTAGAGCACAGCCCCGAGGCGCCGTCTACCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGACACCAAGGCTTAGAGCACAGCCCCGAGGCGCCGTCTACCAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGTCCCCTCCCCCGGCTCCTGTCG         GCCTGGGCAGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 CCCGTCCCCTCCCCCGGCTCCTGTCGGTC...CAGGCCTGGGCAGCATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGTATTCCGGTCGGGTCTCCTGGTGCTGACGACGCCGCTGGCCTCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100216 CCGTATTCCGGTCGGGTCTCCTGGTGCTGACGACGCCGCTGGCCTCCCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCCTCGCCTGGCCTCCATCCTGACCTCGGCGGCCCGGCTGGTGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100266 GCCCCTCGCCTGGCCTCCATCCTGACCTCGGCGGCCCGGCTGGTGAATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACACTCTATGTTCACCTGCAGCCGGGCATGAGCCTGGAGGGCCCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100316 CACACTCTATGTTCACCTGCAGCCGGGCATGAGCCTGGAGGGCCCGGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCCCCAGTCCAGCCCCGTGCAGGCCACGTTTGAGGTTCTTGATTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100366 AGCCCCAGTCCAGCCCCGTGCAGGCCACGTTTGAGGTTCTTGATTTCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACGCACCTCTATGCTGGCGCCGACGTCCACAGGCACTTGGACGTCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100416 ACGCACCTCTATGCTGGCGCCGACGTCCACAGGCACTTGGACGTCAGAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTACTGACCAATATCCGAACCAAGAGCACCTTTCTCCCTCCCCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100466 CCTACTGACCAATATCCGAACCAAGAGCACCTTTCTCCCTCCCCTGCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCTCAGTCCAGAATCTCGCCCACCCGCCAGAAGTCGTGTTGACAGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100516 CCTCAGTCCAGAATCTCGCCCACCCGCCAGAAGTCGTGTTGACAGATTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGACCCTGGATGGAAGCCAGTACAACCCGGTCAAACAGCAGCTAGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100566 CAGACCCTGGATGGAAGCCAGTACAACCCGGTCAAACAGCAGCTAGTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTACGCCACCAGCTGTTACAGCTGTTGTCCGCGACTGGCCTCGGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100616 TTACGCCACCAGCTGTTACAGCTGTTGTCCGCGACTGGCCTCGGTGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TATACTCCGATTATGGGATAGGAGAAGTGCCCGTGGAGCCCCTGGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100666 TATACTCCGATTATGGGATAGGAGAAGTGCCCGTGGAGCCCCTGGATGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCCTTACCCTCCACGATCAGGCCAGCTTCCCCCGTGGCCGGGTCTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100716 CCCTTACCCTCCACGATCAGGCCAGCTTCCCCCGTGGCCGGGTCTCCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCAGCCGGTGCGTGGCTACTACCGTGGCGCTGTCGGTGGCACGTTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100766 GCAGCCGGTGCGTGGCTACTACCGTGGCGCTGTCGGTGGCACGTTTGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCCTGCACAACGCCCACAAGGTGTTGCTCAGTGTCGCGTGCATCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100816 GCCTGCACAACGCCCACAAGGTGTTGCTCAGTGTCGCGTGCATCCTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAGGAGCAGCTTGTGGTGGGAGTAGCAGACAAAGATCTGTTGAAGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100866 CAGGAGCAGCTTGTGGTGGGAGTAGCAGACAAAGATCTGTTGAAGAGTG.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788      GCAAGTTGCTCCCTGAGCTGCTCCAACCTTATACAGAACGTGTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100916 ..CAGGCAAGTTGCTCCCTGAGCTGCTCCAACCTTATACAGAACGTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AACATCTGAGTGAATTCCTGGTGGACATCAAGCCCTCCTTGACTTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101595 AACATCTGAGTGAATTCCTGGTGGACATCAAGCCCTCCTTGACTTTTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GTCATCCCCCTGCTGGACCCCTATGGGCCCGCTGGCTCTGACCCCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101645 GTCATCCCCCTGCTGGACCCCTATGGGCCCGCTGGCTCTGACCCCTCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGAGTTCCTGGTGGTCAGCGAGGAGACCTATCGTGGGGGGATGGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101695 GGAGTTCCTGGTGGTCAGCGAGGAGACCTATCGTGGGGGGATGGCCATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACCGCTTCCGCCTTGAGAAT         GACCTGGAGGAACTTGCTTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101745 ACCGCTTCCGCCTTGAGAATGTA...CAGGACCTGGAGGAACTTGCTTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TACCAGATCCAGCTGCTGAAGGACCTCAGACATACGGAGAATGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 102056 TACCAGATCCAGCTGCTGAAGGACCTCAGACATACAGAGAATGAAGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CAAAGTCAGCTCCTCCAGCTTCCGCCAGCGAATGTTGGGGAACCTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102106 CAAAGTCAGCTCCTCCAGCTTCCGCCAGCGAATGTTGGGGAACCTGCTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GGCCTCCATAT         GAAAGACCAGAGCTCCCCACATGTCTCTAT
        |||||||||||>>>...>>>||||| ||||||||||||||||||||||||
 102156 GGCCTCCATATGTA...CAGGAAAGGCCAGAGCTCCCCACATGTCTCTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GTAATTGGGCTGACTGGCATCAGTGGCTCTGGGAAGAGCTCAATAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102328 GTAATTGGGCTGACTGGCATCAGTGGCTCTGGGAAGAGCTCAATAGCTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GCGACTGAAGGGCCTGGGGGCGTTTGTCATTGACAGTGACCACCTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102378 GCGACTGAAGGGCCTGGGGGCGTTTGTCATTGACAGTGACCACCTGGGTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ATCGGGCCTATGCCCCAGGTGGCCCTGCCTACCAGCCTGTGGTGGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102428 ATCGGGCCTATGCCCCAGGTGGCCCTGCCTACCAGCCTGTGGTGGAGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TTTGGAACAG         ATATTCTCCATAAAGATGGCATCATCAACAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102478 TTTGGAACAGGTA...CAGATATTCTCCATAAAGATGGCATCATCAACAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GAAGGTCCTAGGCAGCCGGGTGTTTGGGAATAAG         AAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102603 GAAGGTCCTAGGCAGCCGGGTGTTTGGGAATAAGGTA...CAGAAGCAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TGAAGATACTCACGGACATTATGTGGCCAATTATCGCAAAGCTGGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102823 TGAAGATACTCACGGACATTATGTGGCCAATTATCGCAAAGCTGGCCCGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GAGGAGATGGATCGGGCTGTGGCTGAGG         GAAAGCGTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102873 GAGGAGATGGATCGGGCTGTGGCTGAGGGTG...CAGGAAAGCGTGTGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TGTGATTGATGCCGCTGTGTTGCTTGAAGCCGGCTGGCAGAACCTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103073 TGTGATTGATGCCGCTGTGTTGCTTGAAGCCGGCTGGCAGAACCTGGTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 ATGAGGTGTGGACTGCTGTCATCCCAGAGACTGAG         GCTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103123 ATGAGGTGTGGACTGCTGTCATCCCAGAGACTGAGGTA...CAGGCTGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 AGACGCATTGTGGAGAGGGATGGCCTCAGTGAAGCCGCGGCTCAAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103254 AGACGCATTGTGGAGAGGGATGGCCTCAGTGAAGCCGCGGCTCAAAGCCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GCTGCAGAGCCAGATGAGCGGGCAGCAGCTTGTGGAACAGAGCCACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103304 GCTGCAGAGCCAGATGAGCGGGCAGCAGCTTGTGGAACAGAGCCACGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 TGCTCAGCACCTTGTGGGAGCCGCATATCACCCAACGCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103354 TGCTCAGCACCTTGTGGGAGCCGCATATCACCCAACGCCAGGTT...AAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GTGGAGAAAGCCTGGGCCCTCTTGCAGAAGCGCATTCCCAAGACTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103495 GTGGAGAAAGCCTGGGCCCTCTTGCAGAAGCGCATTCCCAAGACTCATCA

   1850     .    :
   1770 GGCCCTCGAC
        ||||||||||
 103545 GGCCCTCGAC