seq1 = pF1KE2015.tfa, 1776 bp
seq2 = pF1KE2015/gi568815581f_35717715.tfa (gi568815581f:35717715_35946942), 229228 bp

>pF1KE2015 1776
>gi568815581f:35717715_35946942 (Chr17)

1-47  (99993-100041)   91% ->
48-99  (102310-102361)   100% ->
100-184  (102450-102534)   100% ->
185-290  (102618-102723)   100% ->
291-484  (104926-105119)   100% ->
485-605  (106364-106484)   100% ->
606-640  (116193-116227)   100% ->
641-673  (116852-116884)   100% ->
674-783  (118418-118527)   100% ->
784-913  (120710-120839)   100% ->
914-1006  (124653-124745)   100% ->
1007-1088  (126363-126444)   100% ->
1089-1177  (126566-126654)   100% ->
1178-1739  (126763-127324)   100% ->
1740-1776  (129192-129228)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATG TC GGATTCTGGAAGTTACGGTCAGTCTGGGGGTGAGCAGCAAAG 
         ||-||- |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
  99993 GTGTTCTAGATTCTGGAAGTTACGGTCAGTCTGGGGGTGAGCAGCAAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     48         TTATTCTACCTATGGAAATCCAGGCAGCCAAGGCTATGGACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100043 TA...CAGTTATTCTACCTATGGAAATCCAGGCAGCCAAGGCTATGGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     90 AGCATCACAA         AGCTATTCTGGCTATGGGCAAACGACTGATT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102352 AGCATCACAAGTA...CAGAGCTATTCTGGCTATGGGCAAACGACTGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    131 CCTCTTATGGACAGAACTACAGCGGTTACTCCAGTTATGGACAAAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102481 CCTCTTATGGACAGAACTACAGCGGTTACTCCAGTTATGGACAAAGTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    181 TCAG         GTTATTCACAGTCCTATGGTGGTTATGAGAATCAAAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102531 TCAGGTT...TAGGTTATTCACAGTCCTATGGTGGTTATGAGAATCAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    222 GCAGAGCTCATATAGCCAGCAACCATATAATAACCAGGGACAGCAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102655 GCAGAGCTCATATAGCCAGCAACCATATAATAACCAGGGACAGCAGCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    272 ACATGGAATCATCAGGAAG         CCAAGGTGGAAGAGCACCTTCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102705 ACATGGAATCATCAGGAAGGTA...TAGCCAAGGTGGAAGAGCACCTTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    313 TATGACCAGCCAGACTATGGTCAACAAGATTCATATGACCAGCAGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104948 TATGACCAGCCAGACTATGGTCAACAAGATTCATATGACCAGCAGTCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    363 CTATGATCAACATCAAGGCTCATATGATGAGCAGTCAAATTATGATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104998 CTATGATCAACATCAAGGCTCATATGATGAGCAGTCAAATTATGATCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    413 AGCATGATTCCTATAGTCAAAACCAGCAGTCCTATCATTCACAAAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105048 AGCATGATTCCTATAGTCAAAACCAGCAGTCCTATCATTCACAAAGGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463 AACTACAGCCACCACACACAAG         ATGACCGTCGTGATGTGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105098 AACTACAGCCACCACACACAAGGTA...TAGATGACCGTCGTGATGTGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    504 TAGGTATGGAGAAGATAATAGAGGATATGGCGGGTCACAGGGAGGAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106383 TAGGTATGGAGAAGATAATAGAGGATATGGCGGGTCACAGGGAGGAGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    554 GAGGGCGTGGGGGATATGACAAGGATGGAAGAGGTCCTATGACAGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106433 GAGGGCGTGGGGGATATGACAAGGATGGAAGAGGTCCTATGACAGGATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    604 AG         TGGTGGTGACCGCGGTGGCTTCAAAAATTTTGGTG    
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106483 AGGTA...CAGTGGTGGTGACCGCGGTGGCTTCAAAAATTTTGGTGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641      GTCACAGGGATTATGGACCCAGAACAGATGCTG         ATT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 116232 ..TAGGTCACAGGGATTATGGACCCAGAACAGATGCTGGTA...TAGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    677 CAGAATCTGATAATTCAGATAACAACACAATCTTTGTGCAAGGACTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118421 CAGAATCTGATAATTCAGATAACAACACAATCTTTGTGCAAGGACTTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    727 GAGGGTGTGTCTACAGATCAAGTTGGGGAGTTCTTTAAACAAATAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118471 GAGGGTGTGTCTACAGATCAAGTTGGGGAGTTCTTTAAACAAATAGGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    777 TATCAAG         ACAAATAAGAAGACCGGAAAACCAATGATAAATC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118521 TATCAAGGTG...CAGACAAATAAGAAGACCGGAAAACCAATGATAAATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    818 TTTATACAGACAAGGACACAGGAAAGCCAAAGGGGGAGGCAACAGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120744 TTTATACAGACAAGGACACAGGAAAGCCAAAGGGGGAGGCAACAGTGTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    868 TTTGATGACCCTCCTTCAGCTAAGGCAGCCATTGACTGGTTTGATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 120794 TTTGATGACCCTCCTTCAGCTAAGGCAGCCATTGACTGGTTTGATGGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    914      GAAAAGAATTCCATGGCAACATCATTAAAGTGTCCTTTGCCACTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120844 ..TAGGAAAAGAATTCCATGGCAACATCATTAAAGTGTCCTTTGCCACTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    959 GAAGACCTGAATTCATGAGAGGAGGTGGAAGTGGAGGTGGGCGGCGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 124698 GAAGACCTGAATTCATGAGAGGAGGTGGAAGTGGAGGTGGGCGGCGAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1007        GCCGTGGAGGATATAGAGGTCGTGGAGGCTTTCAAGGGAGAGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124748 A...TAGGCCGTGGAGGATATAGAGGTCGTGGAGGCTTTCAAGGGAGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1050 TGGAGACCCCAAAAGTGGGGATTGGGTTTGCCCTAATCC         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 126406 TGGAGACCCCAAAAGTGGGGATTGGGTTTGCCCTAATCCGTA...TAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1091 CATGCGGAAATATGAACTTTGCTCGAAGGAATTCCTGCAATCAGTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126568 CATGCGGAAATATGAACTTTGCTCGAAGGAATTCCTGCAATCAGTGCAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141 GAGCCTAGACCAGAGGACTCTCGTCCCTCAGGAGGAG         ATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 126618 GAGCCTAGACCAGAGGACTCTCGTCCCTCAGGAGGAGGTG...CAGATTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1182 CCGGGGGAGAGGCTACGGTGGAGAGAGGGGCTACAGAGGTCGTGGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126767 CCGGGGGAGAGGCTACGGTGGAGAGAGGGGCTACAGAGGTCGTGGGGGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1232 GAGGTGGAGACCGAGGCGGCTATGGTGGAGACAGAAGTGGGGGTGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126817 GAGGTGGAGACCGAGGCGGCTATGGTGGAGACAGAAGTGGGGGTGGCTAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282 GGTGGAGACAGAAGCAGCGGTGGTGGCTACAGCGGAGATAGAAGTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126867 GGTGGAGACAGAAGCAGCGGTGGTGGCTACAGCGGAGATAGAAGTGGGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1332 CGGCTATGGTGGAGACAGAAGTGGGGGTGGCTATGGTGGGGACAGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126917 CGGCTATGGTGGAGACAGAAGTGGGGGTGGCTATGGTGGGGACAGAGGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1382 GCGGCTATGGTGGGGACAGAGGAGGCGGCTATGGAGGAGACCGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126967 GCGGCTATGGTGGGGACAGAGGAGGCGGCTATGGAGGAGACCGAGGAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1432 GGCTATGGAGGAGATCGAGGTGGCTATGGAGGAGACCGAGGTGGAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127017 GGCTATGGAGGAGATCGAGGTGGCTATGGAGGAGACCGAGGTGGAGGCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1482 TGGTGGAGACCGAGGAGGCTATGGAGGAGATCGAGGAGGTTACGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127067 TGGTGGAGACCGAGGAGGCTATGGAGGAGATCGAGGAGGTTACGGAGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1532 ATCGAGGAGGTTATGGAGGAGATCGAGGAGGCTATGGAGGAGACAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127117 ATCGAGGAGGTTATGGAGGAGATCGAGGAGGCTATGGAGGAGACAGAAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1582 CGGGGGGGCTATGGAGGAGACCGTGGTGGTGGCAGTGGCTACGGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127167 CGGGGGGGCTATGGAGGAGACCGTGGTGGTGGCAGTGGCTACGGTGGAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1632 CCGAAGTGGAGGCTATGGAGGAGACAGGAGTGGTGGCGGCTATGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127217 CCGAAGTGGAGGCTATGGAGGAGACAGGAGTGGTGGCGGCTATGGAGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1682 ACCGAGGTGGGGGCTACGGAGGAGACCGAGGTGGCTATGGAGGCAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127267 ACCGAGGTGGGGGCTACGGAGGAGACCGAGGTGGCTATGGAGGCAAAATG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1732 GGAGGAAG         AAACGACTACAGAAATGATCAGCGCAACCGACC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 127317 GGAGGAAGGTG...TAGAAACGACTACAGAAATGATCAGCGCAACCGACC

   1900 
   1773 ATAC
        ||||
 129225 ATAC