seq1 = pF1KE2013.tfa, 1773 bp
seq2 = pF1KE2013/gi568815597r_56829407.tfa (gi568815597r:56829407_57065948), 236542 bp

>pF1KE2013 1773
>gi568815597r:56829407_57065948 (Chr1)

(complement)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-249  (105773-105929)   100% ->
250-391  (109039-109180)   99% ->
392-533  (111122-111263)   100% ->
534-666  (113769-113901)   100% ->
667-864  (116197-116394)   100% ->
865-1105  (119888-120128)   100% ->
1106-1234  (122125-122253)   100% ->
1235-1398  (124937-125100)   100% ->
1399-1552  (132461-132614)   100% ->
1553-1621  (134071-134139)   100% ->
1622-1773  (136391-136542)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAATTCCAGGACATGGGCTTGGAGGGCGCCGGTGGAGCTATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAATTCCAGGACATGGGCTTGGAGGGCGCCGGTGGAGCTATTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCTGTGCTGCCCTGGGCTGTCTCAGTTTGCCTGGCTCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 TCTCTGTGCTGCCCTGGGCTGTCTCAGTTTGCCTGGCTCCAGGTA...TA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  AGGTGAAAGGCCACATTCCTTTGGGTCAAATGCAGTCAACAAGAGCTTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105772 GAGGTGAAAGGCCACATTCCTTTGGGTCAAATGCAGTCAACAAGAGCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTAAGAGCAGACAGATGCGGAGTGTGGATGTTACCCTGATGCCCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105822 GCTAAGAGCAGACAGATGCGGAGTGTGGATGTTACCCTGATGCCCATTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTGTGAGCTGTCTAGTTGGTCCTCTTGGACCACATGTGACCCCTGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105872 TTGTGAGCTGTCTAGTTGGTCCTCTTGGACCACATGTGACCCCTGTCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAAAAGG         TACAGGTATGCCTACTTGCTCCAGCCCTCTCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105922 AGAAAAGGGTA...CAGTACAGGTATGCCTACTTGCTCCAGCCCTCTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCCATGGGGAACCGTGCAACTTCTCTGACAAGGAAGTCGAAGACTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109072 TTCCATGGGGAACCGTGCAACTTCTCTGACAAGGAAGTCGAAGACTGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TACCAACAGACCATGCAGAAGTCAAGTGCGATGTGAAGGCTTTGTGTGTG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 109122 TACCAACAGACCATGCGGAAGTCAAGTGCGATGTGAAGGCTTTGTGTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACAGACAG         GAAGGTGTGTAAACCGCAGACTTCTTTGCAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109172 CACAGACAGGTA...TAGGAAGGTGTGTAAACCGCAGACTTCTTTGCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGGACAATGACTGTGGAGACCAGTCAGATGAAGCAAACTGTAGAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111154 GGGGACAATGACTGTGGAGACCAGTCAGATGAAGCAAACTGTAGAAGGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTATAAAAAATGTCAGCATGAAATGGACCAATACTGGGGAATTGGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111204 TTATAAAAAATGTCAGCATGAAATGGACCAATACTGGGGAATTGGCAGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGCCAGTGG         GATAAATTTGTTCACAAACAGTTTTGAGGGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111254 TGGCCAGTGGGTA...CAGGATAAATTTGTTCACAAACAGTTTTGAGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCAGTTCTTGATCACAGGTATTATGCAGGTGGATGCTCCCCGCATTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113800 CCAGTTCTTGATCACAGGTATTATGCAGGTGGATGCTCCCCGCATTACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTGAACACGAGGTTTAGGAAGCCCTACAATGTGGAAAGCTACACGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113850 CCTGAACACGAGGTTTAGGAAGCCCTACAATGTGGAAAGCTACACGCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AG         ACCCAAGGCAAATACGAATTCATATTAAAAGAGTATGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113900 AGGTA...TAGACCCAAGGCAAATACGAATTCATATTAAAAGAGTATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCATACTCAGATTTTGAACGCAATGTCACAGAGAAAATGGCAAGCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116236 TCATACTCAGATTTTGAACGCAATGTCACAGAGAAAATGGCAAGCAAGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGTTTCAGTTTTGGTTTTAAAATACCTGGAATATTTGAACTTGGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116286 TGGTTTCAGTTTTGGTTTTAAAATACCTGGAATATTTGAACTTGGCATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTAGTCAAAGTGATCGAGGCAAACACTATATTAGGAGAACCAAACGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116336 GTAGTCAAAGTGATCGAGGCAAACACTATATTAGGAGAACCAAACGATTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCTCATACT         AAAAGCGTATTTCTGCATGCACGCTCTGACCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 116386 TCTCATACTGTA...TAGAAAAGCGTATTTCTGCATGCACGCTCTGACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGAAGTAGCACATTACAAGCTGAAACCCAGAAGCCTCATGCTCCATTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119920 TGAAGTAGCACATTACAAGCTGAAACCCAGAAGCCTCATGCTCCATTACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGTTCCTTCAGAGAGTTAAGCGGCTGCCCCTGGAGTACAGCTACGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119970 AGTTCCTTCAGAGAGTTAAGCGGCTGCCCCTGGAGTACAGCTACGGGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TACAGAGATCTCTTCCGTGATTTTGGGACCCACTACATCACAGAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120020 TACAGAGATCTCTTCCGTGATTTTGGGACCCACTACATCACAGAGGCTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCTTGGGGGCATTTATGAATACACCCTCGTTATGAACAAAGAGGCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120070 GCTTGGGGGCATTTATGAATACACCCTCGTTATGAACAAAGAGGCCATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGAGAGGAG         ATTATACTCTTAACAACGTCCATGCCTGTGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 120120 AGAGAGGAGGTA...CAGATTATACTCTTAACAACGTCCATGCCTGTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AAAAATGATTTTAAAATTGGTGGTGCCATTGAAGAGGTCTACGTCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122157 AAAAATGATTTTAAAATTGGTGGTGCCATTGAAGAGGTCTACGTCAGTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGGTGTGTCTGTAGGCAAATGCAGAGGTATTCTGAATGAAATAAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 122207 GGGTGTGTCTGTAGGCAAATGCAGAGGTATTCTGAATGAAATAAAAGGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1235       ACAGAAACAAGAGGGACACCATGGTGGAGGACTTGGTGGTCCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122257 ...CAGACAGAAACAAGAGGGACACCATGGTGGAGGACTTGGTGGTCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTACGAGGAGGGGCAAGTGAGCACATCACCACCCTGGCATACCAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124981 GTACGAGGAGGGGCAAGTGAGCACATCACCACCCTGGCATACCAGGAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCCGACGGCGGACCTGATGCAGGAGTGGGGAGACGCTGTGCAGTACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125031 GCCGACGGCGGACCTGATGCAGGAGTGGGGAGACGCTGTGCAGTACAACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CAGCCATCATCAAAGTTAAG         GTGGAGCCTCTGTATGAACTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 125081 CAGCCATCATCAAAGTTAAGGTA...CAGGTGGAGCCTCTGTATGAACTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GTGACAGCCACAGATTTTGCCTATTCCAGCACAGTGAGGCAGAACATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132482 GTGACAGCCACAGATTTTGCCTATTCCAGCACAGTGAGGCAGAACATGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GCAGGCACTGGAGGAGTTCCAGAAGGAAGTTAGTTCCTGCCACTGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132532 GCAGGCACTGGAGGAGTTCCAGAAGGAAGTTAGTTCCTGCCACTGTGCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCTGCCAAGGAAATGGAGTCCCTGTCCTGAAAG         GATCACGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 132582 CCTGCCAAGGAAATGGAGTCCCTGTCCTGAAAGGTA...CAGGATCACGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TGTGACTGCATCTGTCCTGTTGGATCCCAAGGCCTAGCCTGTGAGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134079 TGTGACTGCATCTGTCCTGTTGGATCCCAAGGCCTAGCCTGTGAGGTCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CTATCGGAAGA         ATACCCCCATTGATGGGAAGTGGAATTGCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 134129 CTATCGGAAGAGTA...TAGATACCCCCATTGATGGGAAGTGGAATTGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GGTCAAATTGGTCTTCATGCTCTGGAAGACGTAAGACAAGACAAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136421 GGTCAAATTGGTCTTCATGCTCTGGAAGACGTAAGACAAGACAAAGGCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TGTAACAATCCACCTCCTCAAAATGGGGGTAGCCCCTGTTCAGGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136471 TGTAACAATCCACCTCCTCAAAATGGGGGTAGCCCCTGTTCAGGCCCTGC

   1850     .    :    .    :
   1752 TTCAGAAACACTTGACTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||
 136521 TTCAGAAACACTTGACTGCTCC