seq1 = pF1KE2012.tfa, 1671 bp
seq2 = pF1KE2012/gi568815586r_120112317.tfa (gi568815586r:120112317_120324378), 212062 bp

>pF1KE2012 1671
>gi568815586r:120112317_120324378 (Chr12)

(complement)

13-240  (100001-100228)   99% ->
241-356  (100546-100661)   100% ->
357-493  (101380-101516)   100% ->
494-695  (101629-101830)   100% ->
696-831  (102621-102756)   100% ->
832-1002  (109106-109276)   100% ->
1003-1176  (109381-109554)   100% ->
1177-1258  (110162-110243)   100% ->
1259-1407  (110389-110537)   100% ->
1408-1671  (111799-112062)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     13 GACGCCCTGCTGGCGGACTTGGAGTCTACCACCTCCCACATCTCCAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GACGCCCTGCTGGCGGACTTGGAGTCTACCACCTCCCACATCTCCAAACG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     63 GCCTGTGTTCTTGTCGGAGGAGACCCCCTACTCATACCCAACTGGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCTGTGTTCTTGTCGGAGGAGACCCCCTACTCATACCCAACTGGAAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    113 ACACATACCAGGAGATTGCCGTGCCACCCCCCGTCCCCCCACCCCCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACACATACCAGGAGATTGCCGTGCCACCCCCCGTCCCCCCACCCCCGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    163 AGCGAGGCCCTCAATGGCACAATCCTTGACCCCTTAGACCAGTGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCGAGGCCCTCAATGGCACAATCCTTGACCCCTTAGACCAGTGGCAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    213 CAGCGGCTCCCGATTCATCCACCAGCAG         CCTCAGTCCTCAT
        |||| |||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100201 CAGCAGCTCCCGATTCATCCACCAGCAGGTG...CAGCCTCAGTCCTCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    254 CACCTGTGTACGGCTCCAGTGCCAAAACTTCCAGTGTCTCCAACCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100559 CACCTGTGTACGGCTCCAGTGCCAAAACTTCCAGTGTCTCCAACCCTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    304 GACAGTGTTGGCTCTCCGTGCTCCCGAGTGGGTGAGGAGGAGCACGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100609 GACAGTGTTGGCTCTCCGTGCTCCCGAGTGGGTGAGGAGGAGCACGTCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    354 CAG         CTTCCCCAACAAGCAGAAATCAGCTGAGCCTTCACCCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100659 CAGGTA...AAGCTTCCCCAACAAGCAGAAATCAGCTGAGCCTTCACCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    395 CCGTAATGAGCACGTCCCTGGGCAGCAACCTTTCTGAACTCGACCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101418 CCGTAATGAGCACGTCCCTGGGCAGCAACCTTTCTGAACTCGACCGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    445 CTGCTGGAACTGAACGCTGTACAGCATAACCCGCCAGGCTTCCCTGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101468 CTGCTGGAACTGAACGCTGTACAGCATAACCCGCCAGGCTTCCCTGCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    494         ATGAGGCCAACTCAAGCCCCCCGCTTCCTGGGGCCCTGAGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101518 TA...AAGATGAGGCCAACTCAAGCCCCCCGCTTCCTGGGGCCCTGAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    536 CCCTCTATGGTGTCCCAGAGACTAACAGCCCCTTGGGAGGCAAAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101671 CCCTCTATGGTGTCCCAGAGACTAACAGCCCCTTGGGAGGCAAAGCTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    586 CCCCTGACGAAAGAGAAGCCTAAGCGGAATGGGGGCCGGGGCCTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101721 CCCCTGACGAAAGAGAAGCCTAAGCGGAATGGGGGCCGGGGCCTGGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    636 CGTGCGGCCCAGTGTGGAGAGTCTCTTGGATGAACTGGAGAGCTCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101771 CGTGCGGCCCAGTGTGGAGAGTCTCTTGGATGAACTGGAGAGCTCCGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    686 CCAGCCCCGT         CCCTGCCATCACTGTGAACCAGGGCGAGATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101821 CCAGCCCCGTGTG...CAGCCCTGCCATCACTGTGAACCAGGGCGAGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    727 AGCAGCCCGCAGCGCGTCACCTCCACCCAACAGCAGACACGCATCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102652 AGCAGCCCGCAGCGCGTCACCTCCACCCAACAGCAGACACGCATCTCGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    777 CTCCTCTGCCACCAGGGAGCTGGACGAGCTGATGGCTTCGCTGTCGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102702 CTCCTCTGCCACCAGGGAGCTGGACGAGCTGATGGCTTCGCTGTCGGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    827 TCAAG         TTCATGGCCCAGGGGAAGACAGGGAGCAGCTCACCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102752 TCAAGGTG...CAGTTCATGGCCCAGGGGAAGACAGGGAGCAGCTCACCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    868 CCTGGGGGGCCCCCGAAGCCCGGGAGCCAGCTGGACAGCATGCTGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109142 CCTGGGGGGCCCCCGAAGCCCGGGAGCCAGCTGGACAGCATGCTGGGGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    918 CCTGCAGTCTGACCTGAACAAGCTGGGGGTCGCCACAGTCGCCAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109192 CCTGCAGTCTGACCTGAACAAGCTGGGGGTCGCCACAGTCGCCAAAGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    968 TCTGCGGGGCCTGCAAGAAGCCCATCGCCGGGCAG         GTTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109242 TCTGCGGGGCCTGCAAGAAGCCCATCGCCGGGCAGGTG...CAGGTTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1009 ACCGCCATGGGGAAGACGTGGCACCCCGAGCACTTCGTCTGCACCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109387 ACCGCCATGGGGAAGACGTGGCACCCCGAGCACTTCGTCTGCACCCACTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1059 CCAGGAGGAGATCGGATCCCGGAACTTCTTCGAGCGGGATGGACAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109437 CCAGGAGGAGATCGGATCCCGGAACTTCTTCGAGCGGGATGGACAGCCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1109 ACTGTGAAAAGGACTACCACAACCTCTTCTCCCCGCGCTGCTACTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109487 ACTGTGAAAAGGACTACCACAACCTCTTCTCCCCGCGCTGCTACTACTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1159 AACGGCCCCATCCTGGAT         AAAGTGGTGACAGCCCTTGACCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109537 AACGGCCCCATCCTGGATGTG...CAGAAAGTGGTGACAGCCCTTGACCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1200 GACGTGGCACCCTGAACACTTCTTCTGTGCACAGTGTGGAGCCTTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110185 GACGTGGCACCCTGAACACTTCTTCTGTGCACAGTGTGGAGCCTTCTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1250 GTCCCGAAG         GGTTCCACGAGAAGGACGGCAAGGCCTACTGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 110235 GTCCCGAAGGTA...CAGGGTTCCACGAGAAGGACGGCAAGGCCTACTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1291 CGCAAGGACTACTTCGACATGTTCGCACCCAAGTGTGGCGGCTGCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110421 CGCAAGGACTACTTCGACATGTTCGCACCCAAGTGTGGCGGCTGCGCCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1341 GGCCATCCTGGAGAACTATATCTCAGCCCTCAACACGCTGTGGCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110471 GGCCATCCTGGAGAACTATATCTCAGCCCTCAACACGCTGTGGCATCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1391 AGTGCTTTGTGTGCCGG         GAATGCTTCACGCCATTCGTGAAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 110521 AGTGCTTTGTGTGCCGGGTA...CAGGAATGCTTCACGCCATTCGTGAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1432 GGCAGCTTCTTCGAGCACGACGGGCAGCCCTACTGTGAGGTGCACTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111823 GGCAGCTTCTTCGAGCACGACGGGCAGCCCTACTGTGAGGTGCACTACCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1482 CGAGCGGCGCGGCTCGCTGTGTTCTGGCTGCCAGAAGCCCATCACCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111873 CGAGCGGCGCGGCTCGCTGTGTTCTGGCTGCCAGAAGCCCATCACCGGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1532 GCTGCATCACCGCCATGGCCAAGAAGTTCCACCCCGAGCACTTCGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111923 GCTGCATCACCGCCATGGCCAAGAAGTTCCACCCCGAGCACTTCGTCTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1582 GCCTTCTGCCTCAAGCAGCTCAACAAGGGCACCTTCAAGGAGCAGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111973 GCCTTCTGCCTCAAGCAGCTCAACAAGGGCACCTTCAAGGAGCAGAACGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :
   1632 CAAGCCTTACTGTCAGAACTGCTTCCTCAAGCTCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112023 CAAGCCTTACTGTCAGAACTGCTTCCTCAAGCTCTTCTGC