seq1 = pF1KE2011.tfa, 1770 bp
seq2 = pF1KE2011/gi568815588f_119107918.tfa (gi568815588f:119107918_119555064), 447147 bp

>pF1KE2011 1770
>gi568815588f:119107918_119555064 (Chr10)

51-148  (218597-218694)   100% ->
149-261  (272898-273010)   100% ->
262-339  (288778-288855)   100% ->
340-440  (315249-315349)   100% ->
441-533  (317076-317168)   100% ->
534-597  (322458-322521)   100% ->
598-738  (323470-323610)   100% ->
739-929  (328734-328924)   100% ->
930-967  (331814-331851)   100% ->
968-1057  (334082-334171)   100% ->
1058-1266  (335627-335835)   100% ->
1267-1404  (340206-340343)   100% ->
1405-1542  (344754-344891)   100% ->
1543-1674  (345228-345359)   100% ->
1675-1770  (347052-347147)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGGGCGGAGGAAAGCGCAAAGGGAAAAGCAAGAAGTGGAAAGAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218597 AGGGGGCGGAGGAAAGCGCAAAGGGAAAAGCAAGAAGTGGAAAGAAATCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAGTTCCCTCACATTAGCCAGTGTGAAGACCTCCGAAGGACCATAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 218647 TGAAGTTCCCTCACATTAGCCAGTGTGAAGACCTCCGAAGGACCATAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149        ACAGAGATTACTGCAGTTTATGTGACAAGCAGCCAATCGGGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218697 A...CAGACAGAGATTACTGCAGTTTATGTGACAAGCAGCCAATCGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGCTTTTCCGGCAGTTTTGTGAAACCAGGCCTGGGCTGGAGTGTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272941 GCTGCTTTTCCGGCAGTTTTGTGAAACCAGGCCTGGGCTGGAGTGTTACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCAGTTCCTGGACTCCGTG         GCAGAATATGAAGTTACTCCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 272991 TTCAGTTCCTGGACTCCGTGGTA...TAGGCAGAATATGAAGTTACTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGAAAAACTGGGAGAGAAAGGGAAGGAAATTATGACCAAGTACCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288799 GATGAAAAACTGGGAGAGAAAGGGAAGGAAATTATGACCAAGTACCTCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCAAAG         TCCCCTGTTTTCATAGCCCAAGTTGGCCAAGACC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288849 CCCAAAGGTA...CAGTCCCCTGTTTTCATAGCCCAAGTTGGCCAAGACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGTCTCCCAGACGGAGGAGAAGCTCCTACAGAAGCCGTGCAAAGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315283 TGGTCTCCCAGACGGAGGAGAAGCTCCTACAGAAGCCGTGCAAAGAACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTTCTGCCTGTGCACA         GTCTGTCCACGAGTACCTGAGGGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 315333 TTTTCTGCCTGTGCACAGTA...TAGGTCTGTCCACGAGTACCTGAGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAACCATTCCACGAATATCTGGACAGCATGTTTTTTGACCGCTTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 317100 AGAACCATTCCACGAATATCTGGACAGCATGTTTTTTGACCGCTTTCTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGTGGAAGTGGTTGGAAAG         GCAACCGGTGACCAAAAACACT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 317150 AGTGGAAGTGGTTGGAAAGGTG...CAGGCAACCGGTGACCAAAAACACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTCAGGCAGTATCGAGTGCTAGGAAAAGGGGGCTTCGGGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 322480 TTCAGGCAGTATCGAGTGCTAGGAAAAGGGGGCTTCGGGGAGGTG...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598  GTCTGTGCCTGCCAGGTTCGGGCCACGGGTAAAATGTATGCCTGCAAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323469 GGTCTGTGCCTGCCAGGTTCGGGCCACGGGTAAAATGTATGCCTGCAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCTTGGAGAAGAAGAGGATCAAAAAGAGGAAAGGGGAGTCCATGGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323519 GCTTGGAGAAGAAGAGGATCAAAAAGAGGAAAGGGGAGTCCATGGCCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AATGAGAAGCAGATCCTCGAGAAGGTCAACAGTCAGTTTGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 323569 AATGAGAAGCAGATCCTCGAGAAGGTCAACAGTCAGTTTGTGGTG...CA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739  GTCAACCTGGCCTATGCCTACGAGACCAAGGATGCACTGTGCTTGGTCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328733 GGTCAACCTGGCCTATGCCTACGAGACCAAGGATGCACTGTGCTTGGTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGACCATCATGAATGGGGGTGACCTGAAGTTCCACATCTACAACATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328783 TGACCATCATGAATGGGGGTGACCTGAAGTTCCACATCTACAACATGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AACCCTGGCTTCGAGGAGGAGCGGGCCTTGTTTTATGCGGCAGAGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328833 AACCCTGGCTTCGAGGAGGAGCGGGCCTTGTTTTATGCGGCAGAGATCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTGCGGCTTAGAAGACCTCCACCGTGAGAACACCGTCTACCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 328883 CTGCGGCTTAGAAGACCTCCACCGTGAGAACACCGTCTACCGGTG...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    930  AGATCTGAAACCTGAAAACATCCTGTTAGATGATTATG         GC
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 331813 GAGATCTGAAACCTGAAAACATCCTGTTAGATGATTATGGTA...CAGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CACATTAGGATCTCAGACCTGGGCTTGGCTGTGAAGATCCCCGAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334084 CACATTAGGATCTCAGACCTGGGCTTGGCTGTGAAGATCCCCGAGGGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCTGATCCGCGGCCGGGTGGGCACTGTTGGCTACATGG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 334134 CCTGATCCGCGGCCGGGTGGGCACTGTTGGCTACATGGGTG...CAGCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CAGAGGTCCTGAACAACCAGAGGTACGGCCTGAGCCCCGACTACTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335630 CAGAGGTCCTGAACAACCAGAGGTACGGCCTGAGCCCCGACTACTGGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTTGGCTGCCTCATCTATGAGATGATCGAGGGCCAGTCGCCGTTCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335680 CTTGGCTGCCTCATCTATGAGATGATCGAGGGCCAGTCGCCGTTCCGCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCGCAAGGAGAAGGTGAAGCGGGAGGAGGTGGACCGCCGGGTCCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335730 CCGCAAGGAGAAGGTGAAGCGGGAGGAGGTGGACCGCCGGGTCCTGGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CGGAGGAGGTGTACTCCCACAAGTTCTCCGAGGAGGCCAAGTCCATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335780 CGGAGGAGGTGTACTCCCACAAGTTCTCCGAGGAGGCCAAGTCCATCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAGATG         CTGCTCACGAAAGATGCGAAGCAGAGGCTGGGCTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335830 AAGATGGTG...CAGCTGCTCACGAAAGATGCGAAGCAGAGGCTGGGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCAGGAGGAGGGGGCTGCAGAGGTCAAGAGACACCCCTTCTTCAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340241 CCAGGAGGAGGGGGCTGCAGAGGTCAAGAGACACCCCTTCTTCAGGAACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGAACTTCAAGCGCTTAGAAGCCGGGATGTTGGACCCTCCCTTCGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340291 TGAACTTCAAGCGCTTAGAAGCCGGGATGTTGGACCCTCCCTTCGTTCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAC         CCCCGCGCTGTGTACTGTAAGGACGTGCTGGACATCGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340341 GACGTG...CAGCCCCGCGCTGTGTACTGTAAGGACGTGCTGGACATCGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GCAGTTCTCCACTGTGAAGGGCGTCAATCTGGACCACACAGACGACGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 344792 GCAGTTCTCCACTGTGAAGGGCGTCAATCTGGACCACACAGACGACGACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCTACTCCAAGTTCTCCACGGGCTCTGTGTCCATCCCATGGCAAAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 344842 TCTACTCCAAGTTCTCCACGGGCTCTGTGTCCATCCCATGGCAAAACGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543          ATGATAGAAACAGAATGCTTTAAGGAGCTGAACGTGTTTGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 344892 GTG...CAGATGATAGAAACAGAATGCTTTAAGGAGCTGAACGTGTTTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 ACCTAATGGTACCCTCCCGCCAGATCTGAACAGAAACCACCCTCCGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 345269 ACCTAATGGTACCCTCCCGCCAGATCTGAACAGAAACCACCCTCCGGAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CGCCCAAGAAAGGGCTGCTCCAGAGACTCTTCAAGCGGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 345319 CGCCCAAGAAAGGGCTGCTCCAGAGACTCTTCAAGCGGCAGGTG...CAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CATCAGAACAATTCCAAGAGTTCGCCCAGCTCCAAGACCAGTTTTAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347052 CATCAGAACAATTCCAAGAGTTCGCCCAGCTCCAAGACCAGTTTTAACCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1725 CCACATAAACTCAAACCATGTCAGCTCGAACTCCACCGGAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347102 CCACATAAACTCAAACCATGTCAGCTCGAACTCCACCGGAAGCAGC