seq1 = pF1KE2008.tfa, 1749 bp
seq2 = pF1KE2008/gi568815595f_105267409.tfa (gi568815595f:105267409_105671936), 404528 bp

>pF1KE2008 1749
>gi568815595f:105267409_105671936 (Chr3)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-174  (252659-252759)   100% ->
175-394  (256881-257100)   100% ->
395-459  (264594-264658)   100% ->
460-547  (266195-266282)   100% ->
548-730  (267255-267437)   100% ->
731-858  (272567-272694)   100% ->
859-991  (274225-274357)   99% ->
992-1104  (277815-277927)   100% ->
1105-1240  (279741-279876)   100% ->
1241-1378  (279982-280119)   98% ->
1379-1507  (282723-282851)   100% ->
1508-1546  (284736-284774)   100% ->
1547-1664  (285060-285177)   100% ->
1665-1749  (304444-304528)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAATCCAAGGGGGCCAGTTCCTGCCGTCTGCTCTTCTGCCTCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAATCCAAGGGGGCCAGTTCCTGCCGTCTGCTCTTCTGCCTCTTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCGCCACCGTCTTCAGGCCAG         GCCTTGGATGGTATACTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 CTCCGCCACCGTCTTCAGGCCAGGTG...AAGGCCTTGGATGGTATACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAAATTCAGCATATGGAGATACCATTATCATACCTTGCCGACTTGACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252677 TAAATTCAGCATATGGAGATACCATTATCATACCTTGCCGACTTGACGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTCAGAATCTCATGTTTGGCAAATGGAAATAT         GAAAAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 252727 CCTCAGAATCTCATGTTTGGCAAATGGAAATATGTA...TAGGAAAAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGATGGCTCCCCAGTATTTATTGCCTTCAGATCCTCTACAAAGAAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256889 CGATGGCTCCCCAGTATTTATTGCCTTCAGATCCTCTACAAAGAAAAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCAGTACGACGATGTACCAGAATACAAAGACAGATTGAACCTCTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256939 TGCAGTACGACGATGTACCAGAATACAAAGACAGATTGAACCTCTCAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACTACACTTTGTCTATCAGTAATGCAAGGATCAGTGATGAAAAGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256989 AACTACACTTTGTCTATCAGTAATGCAAGGATCAGTGATGAAAAGAGATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTGTGCATGCTAGTAACTGAGGACAACGTGTTTGAGGCACCTACAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257039 TGTGTGCATGCTAGTAACTGAGGACAACGTGTTTGAGGCACCTACAATAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCAAGGTGTTCA         AGCAACCATCTAAACCTGAAATTGTAAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 257089 TCAAGGTGTTCAGTA...TAGAGCAACCATCTAAACCTGAAATTGTAAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGCACTGTTTCTCGAAACAGAGCAGCTAAAAAAG         TTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 264623 AAAGCACTGTTTCTCGAAACAGAGCAGCTAAAAAAGGTA...CAGTTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGACTGCATTTCAGAAGACAGTTATCCAGATGGCAATATCACATGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266200 TGACTGCATTTCAGAAGACAGTTATCCAGATGGCAATATCACATGGTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGAATGGAAAAGTGCTACATCCCCTTGAAGGAG         CGGTGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 266250 GGAATGGAAAAGTGCTACATCCCCTTGAAGGAGGTG...CAGCGGTGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATAATTTTTAAAAAGGAAATGGACCCAGTGACTCAGCTCTATACCATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267263 ATAATTTTTAAAAAGGAAATGGACCCAGTGACTCAGCTCTATACCATGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTCCACCCTGGAGTACAAGACAACCAAGGCTGACATACAAATGCCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267313 TTCCACCCTGGAGTACAAGACAACCAAGGCTGACATACAAATGCCATTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTGCTCGGTGACATATTATGGACCATCTGGCCAGAAAACAATTCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267363 CCTGCTCGGTGACATATTATGGACCATCTGGCCAGAAAACAATTCATTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAACAGGCAGTATTTGATATTTACT         ATCCTACAGAGCAGGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 267413 GAACAGGCAGTATTTGATATTTACTGTA...CAGATCCTACAGAGCAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GACAATACAAGTGCTGCCACCAAAAAATGCCATCAAAGAAGGGGATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272583 GACAATACAAGTGCTGCCACCAAAAAATGCCATCAAAGAAGGGGATAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCACTCTTAAATGCTTAGGGAATGGCAACCCTCCCCCAGAGGAATTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272633 TCACTCTTAAATGCTTAGGGAATGGCAACCCTCCCCCAGAGGAATTTTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTTACTTACCA         GGACAGCCCGAAGGAATAAGAAGCTCAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 272683 TTTTACTTACCAGTA...AAGGGACAGCCCGAAGGAATAAGAAGCTCAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TACTTACACACTGACGGATGTGAGGCGCAATGCAACAGGAGACTACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274254 TACTTACACACTGACGGATGTGAGGCGCAATGCAACAGGAGACTACAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTTCCCTGATAGACAAAAAAAGCATGATTGCTTCAACAGCCATCACAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 274304 GTTCCCTGATAGACAAAAAAAGCATGATTGCTTCAACAGCTATCACAGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CACT         ATTTGGATTTGTCCTTAAACCCAAGTGGAGAAGTGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274354 CACTGTA...CAGATTTGGATTTGTCCTTAAACCCAAGTGGAGAAGTGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TAGACAGATTGGTGATGCCCTACCCGTGTCATGCACAATATCTGCTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277852 TAGACAGATTGGTGATGCCCTACCCGTGTCATGCACAATATCTGCTAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGAATGCAACTGTGGTATGGATGAAA         GATAACATCAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 277902 GGAATGCAACTGTGGTATGGATGAAAGTA...CAGGATAACATCAGGCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CGATCTAGCCCGTCATTTTCTAGTCTTCATTATCAGGATGCTGGAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279756 CGATCTAGCCCGTCATTTTCTAGTCTTCATTATCAGGATGCTGGAAACTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGTCTGCGAAACTGCTCTGCAGGAGGTTGAAGGACTAAAGAAAAGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279806 TGTCTGCGAAACTGCTCTGCAGGAGGTTGAAGGACTAAAGAAAAGAGAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CATTGACTCTCATTGTAGAAG         GCAAACCTCAAATAAAAATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 279856 CATTGACTCTCATTGTAGAAGGTA...CAGGCAAACCTCAAATAAAAATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACAAAGAAAACTGATCCCAGTGGACTATCTAAAACAATAATCTGCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280002 ACAAAGAAAACTGATCCCAGTGGACTATCTAAAACAATAATCTGCCATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGAAGGTTTTCCAAAGCCAGCCATTCAATGGACAATTACTGGCAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280052 GGAAGGTTTTCCAAAGCCAGCCATTCAATGGACAATTACTGGCAGTGGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCGTCATAAACCAAACAG         AGGAATCTCCTTATATTAATGGC
        |||||||||||||| || >>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 280102 GCGTCATAAACCAAGCAAGTA...CAGAGGAATCTCCTTATATTAATGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AGGTATTATAGTAAAATTATCATTTCCCCTGAAGAGAATGTTACATTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282746 AGGTATTATAGTAAAATTATCATTTCCCCTGAAGAGAATGTTACATTAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TTGCACAGCAGAAAACCAACTGGAGAGAACAGTAAACTCCTTGAATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282796 TTGCACAGCAGAAAACCAACTGGAGAGAACAGTAAACTCCTTGAATGTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CTGCTA         TAAGTATTCCAGAACACGATGAGGCAGACGAGATA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282846 CTGCTAGTG...CAGTAAGTATTCCAGAACACGATGAGGCAGACGAGATA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AGTG         ATGAAAACAGAGAAAAGGTGAATGACCAGGCAAAACT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284771 AGTGGTA...CAGATGAAAACAGAGAAAAGGTGAATGACCAGGCAAAACT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AATTGTGGGAATCGTTGTTGGTCTCCTCCTTGCTGCCCTTGTTGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285097 AATTGTGGGAATCGTTGTTGGTCTCCTCCTTGCTGCCCTTGTTGCTGGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TCGTCTACTGGCTGTACATGAAGAAGTCAAA         GACTGCATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 285147 TCGTCTACTGGCTGTACATGAAGAAGTCAAAGTG...CAGGACTGCATCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AAACATGTAAACAAGGACCTCGGTAATATGGAAGAAAACAAAAAGTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304454 AAACATGTAAACAAGGACCTCGGTAATATGGAAGAAAACAAAAAGTTAGA

   1850     .    :    .    :    .
   1725 AGAAAACAATCACAAAACTGAAGCC
        |||||||||||||||||||||||||
 304504 AGAAAACAATCACAAAACTGAAGCC