seq1 = pF1KE2005.tfa, 1743 bp
seq2 = pF1KE2005/gi568815586f_130062943.tfa (gi568815586f:130062943_130264685), 201743 bp

>pF1KE2005 1743
>gi568815586f:130062943_130264685 (Chr12)

1-1743  (100001-101743)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCGCCCGGGCCCCCGCCTGTGGCTGGTCCTGCAGGTGATGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCGCCCGGGCCCCCGCCTGTGGCTGGTCCTGCAGGTGATGGGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGCGCCGCCATCAGCTCCATGGACATGGAGCGCCCGGGCGACGGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGCGCCGCCATCAGCTCCATGGACATGGAGCGCCCGGGCGACGGCAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCAGCCCATCGAGATCCCGATGTGCAAGGACATCGGCTACAACATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCAGCCCATCGAGATCCCGATGTGCAAGGACATCGGCTACAACATGACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGTATGCCCAACCTGATGGGCCACGAGAACCAGCGCGAGGCAGCCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGTATGCCCAACCTGATGGGCCACGAGAACCAGCGCGAGGCAGCCATCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTGCACGAGTTCGCGCCGCTGGTGGAGTACGGCTGCCACGGCCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTGCACGAGTTCGCGCCGCTGGTGGAGTACGGCTGCCACGGCCACCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTTCTTCCTGTGCTCGCTGTACGCGCCGATGTGCACCGAGCAGGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCTTCTTCCTGTGCTCGCTGTACGCGCCGATGTGCACCGAGCAGGTCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCCCCATCCCCGCCTGCCGGGTCATGTGCGAGCAGGCCCGGCTCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCCCCATCCCCGCCTGCCGGGTCATGTGCGAGCAGGCCCGGCTCAAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCCCCGATTATGGAGCAGTTCAACTTCAAGTGGCCCGACTCCCTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTCCCCGATTATGGAGCAGTTCAACTTCAAGTGGCCCGACTCCCTGGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCGGAAACTCCCCAACAAGAACGACCCCAACTACCTGTGCATGGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCGGAAACTCCCCAACAAGAACGACCCCAACTACCTGTGCATGGAGGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCCAACAACGGCTCGGACGAGCCCACCCGGGGCTCGGGCCTGTTCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCCAACAACGGCTCGGACGAGCCCACCCGGGGCTCGGGCCTGTTCCCGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTGTTCCGGCCGCAGCGGCCCCACAGCGCGCAGGAGCACCCGCTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTGTTCCGGCCGCAGCGGCCCCACAGCGCGCAGGAGCACCCGCTGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACGGGGGCCCCGGGCGCGGCGGCTGCGACAACCCGGGCAAGTTCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACGGGGGCCCCGGGCGCGGCGGCTGCGACAACCCGGGCAAGTTCCACCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGGAGAAGAGCGCGTCGTGCGCGCCGCTCTGCACGCCCGGCGTGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGGAGAAGAGCGCGTCGTGCGCGCCGCTCTGCACGCCCGGCGTGGACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTACTGGAGCCGCGAGGACAAGCGCTTCGCAGTGGTCTGGCTGGCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTACTGGAGCCGCGAGGACAAGCGCTTCGCAGTGGTCTGGCTGGCCATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGGCGGTGCTGTGCTTCTTCTCCAGCGCCTTCACCGTGCTCACCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGGCGGTGCTGTGCTTCTTCTCCAGCGCCTTCACCGTGCTCACCTTCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATCGACCCGGCCCGCTTCCGCTACCCCGAGCGCCCCATCATCTTCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATCGACCCGGCCCGCTTCCGCTACCCCGAGCGCCCCATCATCTTCCTCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATGTGCTACTGCGTCTACTCCGTGGGCTACCTCATCCGCCTCTTCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATGTGCTACTGCGTCTACTCCGTGGGCTACCTCATCCGCCTCTTCGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCGCCGAGAGCATCGCCTGCGACCGGGACAGCGGCCAGCTCTATGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCGCCGAGAGCATCGCCTGCGACCGGGACAGCGGCCAGCTCTATGTCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAGGAGGGACTGGAGAGCACCGGCTGCACGCTGGTCTTCCTGGTCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAGGAGGGACTGGAGAGCACCGGCTGCACGCTGGTCTTCCTGGTCCTCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTACTTCGGCATGGCCAGCTCGCTGTGGTGGGTGGTCCTCACGCTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTACTTCGGCATGGCCAGCTCGCTGTGGTGGGTGGTCCTCACGCTCACCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GGTTCCTGGCCGCCGGCAAGAAGTGGGGCCACGAGGCCATCGAAGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GGTTCCTGGCCGCCGGCAAGAAGTGGGGCCACGAGGCCATCGAAGCCAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGCAGCTACTTCCACCTGGCAGCCTGGGCCATCCCGGCGGTGAAGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGCAGCTACTTCCACCTGGCAGCCTGGGCCATCCCGGCGGTGAAGACCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCTGATCCTGGTCATGCGCAGGGTGGCGGGGGACGAGCTCACCGGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCTGATCCTGGTCATGCGCAGGGTGGCGGGGGACGAGCTCACCGGGGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GCTACGTGGGCAGCATGGACGTCAACGCGCTCACCGGCTTCGTGCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GCTACGTGGGCAGCATGGACGTCAACGCGCTCACCGGCTTCGTGCTCATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CCCCTGGCCTGCTACCTGGTCATCGGCACGTCCTTCATCCTCTCGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CCCCTGGCCTGCTACCTGGTCATCGGCACGTCCTTCATCCTCTCGGGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CGTGGCCCTGTTCCACATCCGGAGGGTGATGAAGACGGGCGGCGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CGTGGCCCTGTTCCACATCCGGAGGGTGATGAAGACGGGCGGCGAGAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CGGACAAGCTGGAGAAGCTCATGGTGCGTATCGGGCTCTTCTCTGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CGGACAAGCTGGAGAAGCTCATGGTGCGTATCGGGCTCTTCTCTGTGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TACACCGTGCCGGCCACCTGTGTGATCGCCTGCTACTTTTACGAACGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TACACCGTGCCGGCCACCTGTGTGATCGCCTGCTACTTTTACGAACGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CAACATGGATTACTGGAAGATCCTGGCGGCGCAGCACAAGTGCAAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CAACATGGATTACTGGAAGATCCTGGCGGCGCAGCACAAGTGCAAAATGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 ACAACCAGACTAAAACGCTGGACTGCCTGATGGCCGCCTCCATCCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 ACAACCAGACTAAAACGCTGGACTGCCTGATGGCCGCCTCCATCCCCGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GTGGAGATCTTCATGGTGAAGATCTTTATGCTGCTGGTGGTGGGGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GTGGAGATCTTCATGGTGAAGATCTTTATGCTGCTGGTGGTGGGGATCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CAGCGGGATGTGGATTTGGACCTCCAAGACTCTGCAGTCCTGGCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CAGCGGGATGTGGATTTGGACCTCCAAGACTCTGCAGTCCTGGCAGCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 TGTGCAGCCGTAGGTTAAAGAAGAAGAGCCGGAGAAAACCGGCCAGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 TGTGCAGCCGTAGGTTAAAGAAGAAGAGCCGGAGAAAACCGGCCAGCGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 ATCACCAGCGGTGGGATTTACAAAAAAGCCCAGCATCCCCAGAAAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 ATCACCAGCGGTGGGATTTACAAAAAAGCCCAGCATCCCCAGAAAACTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 CCACGGGAAATATGAGATCCCTGCCCAGTCGCCCACCTGCGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 CCACGGGAAATATGAGATCCCTGCCCAGTCGCCCACCTGCGTG