seq1 = pF1KE2004.tfa, 1737 bp
seq2 = pF1KE2004/gi568815581r_17113658.tfa (gi568815581r:17113658_17328137), 214480 bp

>pF1KE2004 1737
>gi568815581r:17113658_17328137 (Chr17)

(complement)

1-249  (100001-100249)   100% ->
250-396  (101816-101962)   100% ->
397-618  (103995-104216)   100% ->
619-779  (105477-105637)   100% ->
780-871  (106510-106601)   100% ->
872-1062  (108929-109119)   100% ->
1063-1176  (110956-111069)   100% ->
1177-1300  (111635-111758)   100% ->
1301-1432  (112822-112953)   100% ->
1433-1538  (113048-113153)   100% ->
1539-1737  (114282-114480)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGCCATCGTGGCTCTCTGCCACTTCTGCGAGCTCCACGGCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGCCATCGTGGCTCTCTGCCACTTCTGCGAGCTCCACGGCCCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTCTCTTCTGCACGGAGGTGCTGCACGCCCCACTTCCTCAAGGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACTCTCTTCTGCACGGAGGTGCTGCACGCCCCACTTCCTCAAGGGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAATGAGGACAGTCCTGGCCAGGGTGAGCAGGCGGAAGAAGAGGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAATGAGGACAGTCCTGGCCAGGGTGAGCAGGCGGAAGAAGAGGAAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCATTCAGATGAACAGTCGGATGCGTGCGCACAGCCCCGCAGAGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCATTCAGATGAACAGTCGGATGCGTGCGCACAGCCCCGCAGAGGGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCGTCGAGTCCAGCAGCCCGGGGCCCAAAAAGTCGGACATGTGCGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100201 CAGCGTCGAGTCCAGCAGCCCGGGGCCCAAAAAGTCGGACATGTGCGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250         GGCTGCCGGTCACTTGCTGCAGGGCACCCGGGATATATCAGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CA...CAGGGCTGCCGGTCACTTGCTGCAGGGCACCCGGGATATATCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CATGATAAAGAGACCTCCATTAAATACGTCAGCCACCAGCACCCCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101858 CATGATAAAGAGACCTCCATTAAATACGTCAGCCACCAGCACCCCAGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCCCAGCTCTTCAGCATTGTCCGCCAGGCCTGTGTCCGGAGCCTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101908 CCCCCAGCTCTTCAGCATTGTCCGCCAGGCCTGTGTCCGGAGCCTGAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTGAG         GTCTGCCCTGGCCGTGAAGGCCCCATCTTCTTCGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101958 GTGAGGTG...CAGGTCTGCCCTGGCCGTGAAGGCCCCATCTTCTTCGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATGAGCAGCACGGCTTTGTGTTCAGCCACACCTTCTTCATCAAGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104031 GATGAGCAGCACGGCTTTGTGTTCAGCCACACCTTCTTCATCAAGGACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTGGCCAGGGGCTTCCAGCGCTGGTACAGCATCATCACCATCATGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104081 CCTGGCCAGGGGCTTCCAGCGCTGGTACAGCATCATCACCATCATGATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCGGATCTACCTCATCAACTCCTGGCCCTTCCTGCTGGGGAAGGTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104131 ACCGGATCTACCTCATCAACTCCTGGCCCTTCCTGCTGGGGAAGGTCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGAATCATCGATGAGCTCCAGGGCAAGGCGCTCAAG         GTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104181 GGAATCATCGATGAGCTCCAGGGCAAGGCGCTCAAGGTG...CAGGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGAGGCAGAGCAGTTTGGATGCCCACAGCGTGCTCAGAGGATGAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105482 TGAGGCAGAGCAGTTTGGATGCCCACAGCGTGCTCAGAGGATGAACACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCTTCACGCCATTCCTACACCAGAGGAACGGCAACGCCGCCCGCTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105532 CCTTCACGCCATTCCTACACCAGAGGAACGGCAACGCCGCCCGCTCGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ACATCGCTGACAAGTGATGACAACCTGTGGGCGTGCCTGCACACCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105582 ACATCGCTGACAAGTGATGACAACCTGTGGGCGTGCCTGCACACCTCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGCCTG         GCTCCTGAAGGCGTGTGGCAGCCGGCTGACCGAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105632 TGCCTGGTA...CAGGCTCCTGAAGGCGTGTGGCAGCCGGCTGACCGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGCTCCTGGAAGGTGCTCCGACCGAGGATACCTTGGTCCAGATGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106545 AGCTCCTGGAAGGTGCTCCGACCGAGGATACCTTGGTCCAGATGGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTCGCTG         ATTTAGAAGAGGAATCAGAAAGCTGGGACAACTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106595 CTCGCTGGTG...CAGATTTAGAAGAGGAATCAGAAAGCTGGGACAACTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGAGGCTGAAGAGGAGGAGAAAGCCCCTGTGTTGCCAGAGAGTACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108963 TGAGGCTGAAGAGGAGGAGAAAGCCCCTGTGTTGCCAGAGAGTACAGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GGCGGGAGCTGACCCAGGGCCCGGCAGAGTCCTCCTCTCTCTCAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109013 GGCGGGAGCTGACCCAGGGCCCGGCAGAGTCCTCCTCTCTCTCAGGCTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GGGAGCTGGCAGCCCCGGAAGCTGCCAGTCTTCAAGTCCCTCCGGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109063 GGGAGCTGGCAGCCCCGGAAGCTGCCAGTCTTCAAGTCCCTCCGGCACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GAGGCAG         GTCCTGGGTGCCCCTTCTTTCCGCATGCTGGCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109113 GAGGCAGGTA...TAGGTCCTGGGTGCCCCTTCTTTCCGCATGCTGGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGCACGTTCTCATGGGGAACCAGGTGATCTGGAAAAGCAGAGACGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110990 GGCACGTTCTCATGGGGAACCAGGTGATCTGGAAAAGCAGAGACGTGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTCGTCCAGTCAGCTTTTGAAGTACTTCGG         ACCATGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111040 CTCGTCCAGTCAGCTTTTGAAGTACTTCGGGTG...CAGACCATGCTTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CGTGGGCTGCGTCCGCATCATCCCATACAGCAGCCAGTACGAGGAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111646 CGTGGGCTGCGTCCGCATCATCCCATACAGCAGCCAGTACGAGGAGGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ATCGGTGCAACTTCCTGGGGCTCAGCCCGCACGTGCAGATCCCCCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111696 ATCGGTGCAACTTCCTGGGGCTCAGCCCGCACGTGCAGATCCCCCCCCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTGCTCTCCTCAG         AGTTTGCTGTCATCGTGGAGGTCCACGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111746 GTGCTCTCCTCAGGTG...CAGAGTTTGCTGTCATCGTGGAGGTCCACGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AGCCGCACGTTCCACCCTCCACCCTGTGGGGTGTGAGGATGACCAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112850 AGCCGCACGTTCCACCCTCCACCCTGTGGGGTGTGAGGATGACCAGTCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TCAGCAAGTACGAGTTTGTGGTGACCAGTGGGAGCCCTGTAGCTGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112900 TCAGCAAGTACGAGTTTGTGGTGACCAGTGGGAGCCCTGTAGCTGCAGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CGAG         TGGGCCCCACCATCCTGAATAAGATTGAAGCGGCTCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112950 CGAGGTG...CAGTGGGCCCCACCATCCTGAATAAGATTGAAGCGGCTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GACCAACCAGAACCTGTCTGTGGATGTGGTGGACCAGTGCCTCGTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113085 GACCAACCAGAACCTGTCTGTGGATGTGGTGGACCAGTGCCTCGTCTGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TCAAGGAGGAGTGGATGAA         CAAAGTGAAGGTGCTTTTTAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 113135 TCAAGGAGGAGTGGATGAAGTA...CAGCAAAGTGAAGGTGCTTTTTAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TTCACCAAGGTGGACAGTCGACCCAAAGAGGACACACAGAAGCTGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114304 TTCACCAAGGTGGACAGTCGACCCAAAGAGGACACACAGAAGCTGCTGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CATCCTGGGTGCGTCCGAGGAGGACAATGTCAAGCTGCTGAAGTTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114354 CATCCTGGGTGCGTCCGAGGAGGACAATGTCAAGCTGCTGAAGTTCTGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TGACTGGCCTGAGCAAGACCTACAAGTCACACCTCATGTCCACGGTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114404 TGACTGGCCTGAGCAAGACCTACAAGTCACACCTCATGTCCACGGTCCGC

   1800     .    :    .    :    .
   1711 AGCCCCACAGCCTCGGAGTCTCGGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||
 114454 AGCCCCACAGCCTCGGAGTCTCGGAAC