seq1 = pF1KE2003.tfa, 1734 bp
seq2 = pF1KE2003/gi568815594f_2864071.tfa (gi568815594f:2864071_3140622), 276552 bp

>pF1KE2003 1734
>gi568815594f:2864071_3140622 (Chr4)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-148  (120443-120538)   100% ->
149-261  (124657-124769)   100% ->
262-339  (128145-128222)   100% ->
340-443  (140161-140264)   100% ->
444-536  (143666-143758)   100% ->
537-600  (145578-145641)   100% ->
601-741  (149618-149758)   100% ->
742-932  (155571-155761)   100% ->
933-970  (158344-158381)   100% ->
971-1060  (163842-163931)   100% ->
1061-1269  (165131-165339)   100% ->
1270-1407  (171316-171453)   100% ->
1408-1545  (173304-173441)   99% ->
1546-1683  (174306-174443)   100% ->
1684-1734  (176502-176552)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTCGAGAACATCGTGGCCAACTCGCTGCTGCTGAAAGCGCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTCGAGAACATCGTGGCCAACTCGCTGCTGCTGAAAGCGCGTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         GAGGATATGGCAAAAAAAGTGGTCGTAGTAAAAAATGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTG...CAGGAGGATATGGCAAAAAAAGTGGTCGTAGTAAAAAATGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGAGATACTGACACTGCCTCCTGTCAGCCAGTGCAGTGAGCTTAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120482 AGGAGATACTGACACTGCCTCCTGTCAGCCAGTGCAGTGAGCTTAGACAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCATTG         AAAAGGATTATAGCAGTCTTTGTGACAAGCAACC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120532 TCCATTGGTG...CAGAAAAGGATTATAGCAGTCTTTGTGACAAGCAACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GATAGGAAGACGTCTCTTCAGGCAGTTCTGTGATACCAAACCCACTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124691 GATAGGAAGACGTCTCTTCAGGCAGTTCTGTGATACCAAACCCACTCTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGGCACATTGAATTCTTGGATGCAGTG         GCAGAATATGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 124741 AGAGGCACATTGAATTCTTGGATGCAGTGGTG...CAGGCAGAATATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTTGCCGATGATGAGGACCGAAGTGATTGTGGACTGTCAATCTTAGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128157 GTTGCCGATGATGAGGACCGAAGTGATTGTGGACTGTCAATCTTAGATAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATTCTTCAATGATAAG         TTGGCAGCCCCTTTACCAGAAATAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 128207 ATTCTTCAATGATAAGGTG...AAGTTGGCAGCCCCTTTACCAGAAATAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTCCAGATGTTGTGACAGAATGTAGATTGGGACTGAAGGAGGAGAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140186 CTCCAGATGTTGTGACAGAATGTAGATTGGGACTGAAGGAGGAGAACCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCCAAAAAAGCCTTTGAGGAATGTACTAG         AGTTGCCCATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 140236 TCCAAAAAAGCCTTTGAGGAATGTACTAGGTA...TAGAGTTGCCCATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTACCTAAGAGGGGAACCATTTGAAGAATACCAAGAAAGCTCATATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143678 CTACCTAAGAGGGGAACCATTTGAAGAATACCAAGAAAGCTCATATTTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTCAGTTTTTACAATGGAAATGGCTGGAAAG         GCAACCCGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 143728 CTCAGTTTTTACAATGGAAATGGCTGGAAAGGTA...TAGGCAACCCGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ACAAAGAACACATTTAGACATTACAGAGTTCTAGGAAAAGGCGGATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145588 ACAAAGAACACATTTAGACATTACAGAGTTCTAGGAAAAGGCGGATTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGAG         GTTTGCGCCTGTCAAGTGCGAGCCACAGGAAAAATGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145638 AGAGGTG...TAGGTTTGCGCCTGTCAAGTGCGAGCCACAGGAAAAATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATGCCTGCAAAAAGCTACAAAAAAAAAGAATAAAGAAGAGGAAAGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149655 ATGCCTGCAAAAAGCTACAAAAAAAAAGAATAAAGAAGAGGAAAGGTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCTATGGCTCTAAATGAGAAAAGAATTCTGGAGAAAGTGCAAAGTAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149705 GCTATGGCTCTAAATGAGAAAAGAATTCTGGAGAAAGTGCAAAGTAGATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGTA         GTTAGTTTAGCCTACGCTTATGAAACCAAAGATGCCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149755 CGTAGTA...TAGGTTAGTTTAGCCTACGCTTATGAAACCAAAGATGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGTGCTTGGTGCTCACCATTATGAATGGAGGGGATTTGAAGTTTCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155608 TGTGCTTGGTGCTCACCATTATGAATGGAGGGGATTTGAAGTTTCACATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TACAACCTGGGCAATCCCGGCTTTGATGAGCAGAGAGCCGTTTTCTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155658 TACAACCTGGGCAATCCCGGCTTTGATGAGCAGAGAGCCGTTTTCTATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGCAGAGCTGTGTTGCGGCTTGGAAGATTTACAGAGGGAAAGAATTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155708 TGCAGAGCTGTGTTGCGGCTTGGAAGATTTACAGAGGGAAAGAATTGTAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACAG         AGACTTGAAGCCTGAGAATATTCTCCTTGATGATCGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155758 ACAGGTA...TAGAGACTTGAAGCCTGAGAATATTCTCCTTGATGATCGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 G         GACACATCCGGATTTCAGACCTCGGTTTGGCCACAGAGAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158381 GGTA...CAGGACACATCCGGATTTCAGACCTCGGTTTGGCCACAGAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCCAGAAGGACAGAGGGTTCGAGGAAGAGTTGGAACAGTCGGCTACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163882 CCCAGAAGGACAGAGGGTTCGAGGAAGAGTTGGAACAGTCGGCTACATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061          CACCTGAAGTTGTCAATAATGAAAAGTATACGTTTAGTCCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163932 GTT...TAGCACCTGAAGTTGTCAATAATGAAAAGTATACGTTTAGTCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GATTGGTGGGGACTTGGCTGTCTGATCTATGAAATGATTCAGGGACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165172 GATTGGTGGGGACTTGGCTGTCTGATCTATGAAATGATTCAGGGACATTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TCCATTCAAAAAATACAAAGAGAAAGTCAAATGGGAGGAGGTCGATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165222 TCCATTCAAAAAATACAAAGAGAAAGTCAAATGGGAGGAGGTCGATCAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GAATCAAGAATGATACCGAGGAGTATTCTGAGAAGTTTTCAGAGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165272 GAATCAAGAATGATACCGAGGAGTATTCTGAGAAGTTTTCAGAGGATGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAATCTATCTGCAGGATG         TTACTCACCAAGAATCCAAGCAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 165322 AAATCTATCTGCAGGATGGTA...CAGTTACTCACCAAGAATCCAAGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GCGGCTGGGCTGCAGGGGCGAGGGAGCGGCTGGGGTGAAGCAGCACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171339 GCGGCTGGGCTGCAGGGGCGAGGGAGCGGCTGGGGTGAAGCAGCACCCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGTTCAAGGACATCAACTTCAGGAGGCTGGAGGCAAACATGCTGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171389 TGTTCAAGGACATCAACTTCAGGAGGCTGGAGGCAAACATGCTGGAGCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CCTTTCTGTCCTGAT         CCTCATGCCGTTTACTGTAAGGACGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 171439 CCTTTCTGTCCTGATGTA...CAGCCTCATGCCGTTTACTGTAAGGACGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CCTGGATATCGAGCAGTTCTCGGCGGTGAAAGGGATCTACCTGGACACCG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 173330 CCTGGATATCGAGCAGTTCTCGGTGGTGAAAGGGATCTACCTGGACACCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CAGATGAAGACTTCTATGCTCGGTTTGCTACCGGGTGTGTCTCCATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173380 CAGATGAAGACTTCTATGCTCGGTTTGCTACCGGGTGTGTCTCCATCCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TGGCAGAATGAG         ATGATCGAATCTGGGTGTTTCAAAGACAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 173430 TGGCAGAATGAGGTA...CAGATGATCGAATCTGGGTGTTTCAAAGACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CAACAAAAGTGAAAGTGAGGAAGCTTTGCCATTAGATCTAGACAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174335 CAACAAAAGTGAAAGTGAGGAAGCTTTGCCATTAGATCTAGACAAGAACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TACATACCCCGGTTTCCAGACCAAACAGAGGCTTCTTCTATAGACTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174385 TACATACCCCGGTTTCCAGACCAAACAGAGGCTTCTTCTATAGACTCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AGAAGAGGG         GGCTGCCTGACCATGGTCCCCAGTGAGAAGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 174435 AGAAGAGGGGTA...TAGGGCTGCCTGACCATGGTCCCCAGTGAGAAGGA

   1850     .    :    .
   1716 AGTGGAACCCAAGCAATGC
        |||||||||||||||||||
 176534 AGTGGAACCCAAGCAATGC