seq1 = pF1KE1995.tfa, 1725 bp
seq2 = pF1KE1995/gi568815586f_111318146.tfa (gi568815586f:111318146_111548299), 230154 bp

>pF1KE1995 1725
>gi568815586f:111318146_111548299 (Chr12)

1-732  (100001-100732)   99% ->
733-834  (128608-128709)   99% ->
835-926  (128797-128888)   100% ->
927-1021  (128980-129074)   100% ->
1022-1236  (129185-129399)   100% ->
1237-1408  (129511-129682)   100% ->
1409-1725  (129838-130154)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGGGCCTGCCCTGCAGCCCTCCTCGCCCTCTTCCGCGCCCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACGGGCCTGCCCTGCAGCCCTCCTCGCCCTCTTCCGCGCCCTCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCCCGGCGGCGGCCCCGCGGGGCTGGAGCGAGTTCTGTGAGTTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCCCGGCGGCGGCCCCGCGGGGCTGGAGCGAGTTCTGTGAGTTGCACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTAGCGGCGGCCCGGGAGCTGGCCCGCCAGTACTGGCTGTTCGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGTAGCGGCGGCCCGGGAGCTGGCCCGCCAGTACTGGCTGTTCGCCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCATCCGCAGCACGCGCCGCTGCGCGCCGAGCTGGTGTCGCTGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCATCCGCAGCACGCGCCGCTGCGCGCCGAGCTGGTGTCGCTGCAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCGACCTCTTCCAGCGCTACTTCTGCCGCGAGGTGCGCGACGGACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCGACCTCTTCCAGCGCTACTTCTGCCGCGAGGTGCGCGACGGACGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCCGGGCCGCGACTACCGGGACACAGGCCGTGGGCCCCCAGCCAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGCCGGGCCGCGACTACCGGGACACAGGCCGTGGGCCCCCAGCCAAGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGGCGTCCCCGGAGCCAGGCCCCGGCCCCGCCGCCCCTGGCCTGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGGCGTCCCCGGAGCCAGGCCCCGGCCCCGCCGCCCCTGGCCTGCCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCCCGCAGCTCTGAGGAGCTGGCCCCGCCGCGGCCGCCCGGGCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCCCGCAGCTCTGAGGAGCTGGCCCCGCCGCGGCCGCCCGGGCCCTGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCTTCCAGCACTTTCGCCGCAGCCTCCGCCACATCTTCCGCCGCCGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCTTCCAGCACTTTCGCCGCAGCCTCCGCCACATCTTCCGCCGCCGCTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCGGGGAGCTGCCAGCGGCCCACACCGCTGCCGCCCCCGGGAGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100451 GCCGGGGAGCTGCCAGCGGCCCACACCGCTGCCGCCCCCGGGACCCCCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGAGGCTGCTGAGACCCCCGCCCGGCCTGGCCTGGCCAAGAAGCTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100501 AGAGGCTGCTGAGACCCCCGCCCGGCCTGGCCTGGCCAAGAAGTTCCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTGGAGCCTGGCCCGGGAGCCGCCACCCGAGGCGCTGAAGGAGGCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCTGGAGCCTGGCCCGGGAGCCGCCACCCGAGGCGCTGAAGGAGGCGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGCGCTACAGCCTGGCCGACGAGGCCTCCATGGACAGCGGGGCACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGCGCTACAGCCTGGCCGACGAGGCCTCCATGGACAGCGGGGCACGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCAGCGCGGGAGGCTGGCGCTGCGCCGGGCCCCGGGCCCCGATGGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCAGCGCGGGAGGCTGGCGCTGCGCCGGGCCCCGGGCCCCGATGGCCCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACCGCGTGCTGGAGCTCTTCGACCCACCCAAG         AGTTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100701 ACCGCGTGCTGGAGCTCTTCGACCCACCCAAGGTA...TAGAGTTCAAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCCAAGCTACAAGCAGCTTGCTCCAGCATCCAGGAGGTCCGGCGGTGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 128617 CCCAAGCTACAAGCAGCTTGCTCCAGCATCCAGGAGGTCCGGTGGTGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 ACGGCTTGAGATGCCTGACAACCTTTACACCTTTGTGCTGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 128667 ACGGCTTGAGATGCCTGACAACCTTTACACCTTTGTGCTGAAGGTG...C

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    835   GTGAAGGACCGGACAGACATCATCTTTGAGGTGGGAGACGAGCAGCAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128795 AGGTGAAGGACCGGACAGACATCATCTTTGAGGTGGGAGACGAGCAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTGAATTCATGGATGGCTGAGCTCTCGGAGTGCACAGGCCGAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 128845 CTGAATTCATGGATGGCTGAGCTCTCGGAGTGCACAGGCCGAGGGTG...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    927    GCTGGAGAGCACAGAAGCAGAGATGCATATTCCCTCAGCCCTAGAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128977 CAGGCTGGAGAGCACAGAAGCAGAGATGCATATTCCCTCAGCCCTAGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CTAGCACGTCCAGCTCCCCAAGGGGCAGCACAGATTCCCTTAACCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 129027 CTAGCACGTCCAGCTCCCCAAGGGGCAGCACAGATTCCCTTAACCAAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1022        GTGCTTCTCCTGGGGGGCTGCTGGACCCGGCCTGCCAGAAGAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129077 G...CAGGTGCTTCTCCTGGGGGGCTGCTGGACCCGGCCTGCCAGAAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGACCATTTCCTGTCCTGCTACCCCTGGTTCCACGGCCCCATCTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129228 GGACCATTTCCTGTCCTGCTACCCCTGGTTCCACGGCCCCATCTCCAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TGAAAGCAGCTCAGCTGGTTCAGCTGCAGGGCCCTGATGCTCATGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129278 TGAAAGCAGCTCAGCTGGTTCAGCTGCAGGGCCCTGATGCTCATGGAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TTCCTGGTGCGGCAGAGCGAGACGCGGCGTGGGGAATACGTGCTCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129328 TTCCTGGTGCGGCAGAGCGAGACGCGGCGTGGGGAATACGTGCTCACTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CAACTTTCAGGGGATAGCCAAG         CACCTGCGCCTGTCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 129378 CAACTTTCAGGGGATAGCCAAGGTA...CAGCACCTGCGCCTGTCGCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CAGAGCGGGGCCAGTGCCGTGTGCAGCACCTCCACTTTCCCTCGGTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129530 CAGAGCGGGGCCAGTGCCGTGTGCAGCACCTCCACTTTCCCTCGGTCGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GACATGCTCCACCACTTCCAGCGCTCGCCCATCCCACTCGAGTGCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129580 GACATGCTCCACCACTTCCAGCGCTCGCCCATCCCACTCGAGTGCGGCGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CGCCTGTGATGTCCGGCTCTCCAGCTACGTGGTAGTCGTCTCCCAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129630 CGCCTGTGATGTCCGGCTCTCCAGCTACGTGGTAGTCGTCTCCCAACCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 CAG         GTTCCTGCAACACGGTCCTCTTCCCTTTCTCCCTTCCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129680 CAGGTC...TAGGTTCCTGCAACACGGTCCTCTTCCCTTTCTCCCTTCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CACTGGGATTCAGAGTCCCTTCCTCACTGGGGTTCAGAGTTGGGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129876 CACTGGGATTCAGAGTCCCTTCCTCACTGGGGTTCAGAGTTGGGCCTTCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CCACCTTAGTTCTTCTGGCTGTCCCCGGGGGCTCAGCCCAGAGGGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129926 CCACCTTAGTTCTTCTGGCTGTCCCCGGGGGCTCAGCCCAGAGGGTCTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CAGGGCGATCCTCACCCCCCGAGCAGATCTTCCACCTGGTGCCTTCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129976 CAGGGCGATCCTCACCCCCCGAGCAGATCTTCCACCTGGTGCCTTCGCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GAAGAACTGGCCAACAGCCTGCAGCACCTGGAGCATGAGCCTGTGAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130026 GAAGAACTGGCCAACAGCCTGCAGCACCTGGAGCATGAGCCTGTGAATCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 AGCCCGGGACTCGGACTACGAAATGGACTCATCCTCCCGGAGCCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130076 AGCCCGGGACTCGGACTACGAAATGGACTCATCCTCCCGGAGCCACCTGC

   1750     .    :    .    :    .
   1697 GGGCCATAGACAATCAGTACACACCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 130126 GGGCCATAGACAATCAGTACACACCTCTC