seq1 = pF1KE1994.tfa, 1722 bp
seq2 = pF1KE1994/gi568815597r_24020808.tfa (gi568815597r:24020808_24243082), 222275 bp

>pF1KE1994 1722
>gi568815597r:24020808_24243082 (Chr1)

(complement)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-176  (104369-104501)   100% ->
177-355  (105774-105952)   100% ->
356-531  (108697-108872)   99% ->
532-670  (114804-114942)   100% ->
671-792  (119660-119781)   100% ->
793-1722  (121346-122275)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGACGCTGCTGACCATCTTGACTGTGGGATCCCTGGCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGAGGACGCTGCTGACCATCTTGACTGTGGGATCCCTGGCTGGTG...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   CTCACGCCCCTGAGGACCCCTCGGATCTGCTCCAGCACGTGAAATTCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104367 AGCTCACGCCCCTGAGGACCCCTCGGATCTGCTCCAGCACGTGAAATTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTCCAGCAACTTTGAAAACATCCTGACGTGGGACAGCGGGCCGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104417 AGTCCAGCAACTTTGAAAACATCCTGACGTGGGACAGCGGGCCGGAGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCCCAGACACGGTCTACAGCATCGAGTATAAGAC         GTACGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104467 ACCCCAGACACGGTCTACAGCATCGAGTATAAGACGTA...CAGGTACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAGAGGGACTGGGTGGCAAAGAAGGGCTGTCAGCGGATCACCCGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105780 AGAGAGGGACTGGGTGGCAAAGAAGGGCTGTCAGCGGATCACCCGGAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTGCAACCTGACGGTGGAGACGGGCAACCTCACGGAGCTCTACTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105830 CCTGCAACCTGACGGTGGAGACGGGCAACCTCACGGAGCTCTACTATGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGGTCACCGCTGTCAGTGCGGGAGGCCGGTCAGCCACCAAGATGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105880 AGGGTCACCGCTGTCAGTGCGGGAGGCCGGTCAGCCACCAAGATGACTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGGTTCAGCTCTCTGCAGCACA         CTACCCTCAAGCCACCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 105930 CAGGTTCAGCTCTCTGCAGCACAGTG...CAGCTACCCTCAAGCCACCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGTGACCTGTATCTCCAAAGTGAGATCGATTCAGATGATTGTTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108715 ATGTGACCTGTATCTCCAAAGTGAGATCGATTCAGATGATTGTTCATCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCCCCACGCCCATCCGTGCAGGCGATGGCCACCGGCTAACCCTGGAAGA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108765 ACCCCCACGCCAATCCGTGCAGGCGATGGCCACCGGCTAACCCTGGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCTTCCATGACCTGTTCTACCACTTAGAGCTCCAGGTCAACCGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108815 CATCTTCCATGACCTGTTCTACCACTTAGAGCTCCAGGTCAACCGCACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCAAATG         CACCTTGGAGGGAAGCAGAGAGAATATGAGTTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108865 ACCAAATGGTG...CAGCACCTTGGAGGGAAGCAGAGAGAATATGAGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCGGCCTGACCCCTGACACAGAGTTCCTTGGCACCATCATGATTTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114837 TTCGGCCTGACCCCTGACACAGAGTTCCTTGGCACCATCATGATTTGCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCCACCTGGGCCAAGGAGAGTGCCCCCTACATGTGCCGAGTGAAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114887 TCCCACCTGGGCCAAGGAGAGTGCCCCCTACATGTGCCGAGTGAAGACAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCCAG         ACCGGACATGGACCTACTCCTTCTCCGGAGCCTTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114937 TGCCAGGTG...CAGACCGGACATGGACCTACTCCTTCTCCGGAGCCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGTTCTCCATGGGCTTCCTCGTCGCAGTACTCTGCTACCTGAGCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119695 CTGTTCTCCATGGGCTTCCTCGTCGCAGTACTCTGCTACCTGAGCTACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATATGTCACCAAGCCGCCTGCACCTCCCAACTCCCTG         AACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 119745 ATATGTCACCAAGCCGCCTGCACCTCCCAACTCCCTGGTG...CAGAACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCCAGCGAGTCCTGACTTTCCAGCCGCTGCGCTTCATCCAGGAGCACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121350 TCCAGCGAGTCCTGACTTTCCAGCCGCTGCGCTTCATCCAGGAGCACGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGATCCCTGTCTTTGACCTCAGCGGCCCCAGCAGTCTGGCCCAGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121400 CTGATCCCTGTCTTTGACCTCAGCGGCCCCAGCAGTCTGGCCCAGCCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCAGTACTCCCAGATCAGGGTGTCTGGACCCAGGGAGCCTGCAGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 121450 CCAGTACTCCCAGATCAGGGTGTCTGGACCCAGGGAGCCCGCAGGAGCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CACAGCGGCATAGCCTGTCCGAGATCACCTACTTAGGGCAGCCAGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121500 CACAGCGGCATAGCCTGTCCGAGATCACCTACTTAGGGCAGCCAGACATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCCATCCTCCAGCCCTCCAACGTGCCACCTCCCCAGATCCTCTCCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121550 TCCATCCTCCAGCCCTCCAACGTGCCACCTCCCCAGATCCTCTCCCCACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GTCCTATGCCCCAAACGCTGCCCCTGAGGTCGGGCCCCCATCCTATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121600 GTCCTATGCCCCAAACGCTGCCCCTGAGGTCGGGCCCCCATCCTATGCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTCAGGTGACCCCCGAAGCTCAATTCCCATTCTACGCCCCACAGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121650 CTCAGGTGACCCCCGAAGCTCAATTCCCATTCTACGCCCCACAGGCCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TCTAAGGTCCAGCCTTCCTCCTATGCCCCTCAAGCCACTCCGGACAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121700 TCTAAGGTCCAGCCTTCCTCCTATGCCCCTCAAGCCACTCCGGACAGCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCCTCCCTCCTATGGGGTATGCATGGAAGGTTCTGGCAAAGACTCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121750 GCCTCCCTCCTATGGGGTATGCATGGAAGGTTCTGGCAAAGACTCCCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTGGGACACTTTCTAGTCCTAAACACCTTAGGCCTAAAGGTCAGCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121800 CTGGGACACTTTCTAGTCCTAAACACCTTAGGCCTAAAGGTCAGCTTCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AAAGAGCCACCAGCTGGAAGCTGCATGTTAGGTGGCCTTTCTCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121850 AAAGAGCCACCAGCTGGAAGCTGCATGTTAGGTGGCCTTTCTCTGCAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GGTGACCTCCTTGGCTATGGAGGAATCCCAAGAAGCAAAATCATTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121900 GGTGACCTCCTTGGCTATGGAGGAATCCCAAGAAGCAAAATCATTGCACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AGCCCCTGGGGATTTGCACAGACAGAACATCTGACCCAAATGTGCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121950 AGCCCCTGGGGATTTGCACAGACAGAACATCTGACCCAAATGTGCTACAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AGTGGGGAGGAAGGGACACCACAGTACCTAAAGGGCCAGCTCCCCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122000 AGTGGGGAGGAAGGGACACCACAGTACCTAAAGGGCCAGCTCCCCCTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CTCCTCAGTCCAGATCGAGGGCCACCCCATGTCCCTCCCTTTGCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122050 CTCCTCAGTCCAGATCGAGGGCCACCCCATGTCCCTCCCTTTGCAACCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CTTCCCGTCCATGTTCCCCCTCGGACCAAGGTCCAAGTCCCTGGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122100 CTTCCCGTCCATGTTCCCCCTCGGACCAAGGTCCAAGTCCCTGGGGCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 CTGGAGTCCCTTGTGTGTCCCAAGGATGAAGCCAAGAGCCCAGCCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122150 CTGGAGTCCCTTGTGTGTCCCAAGGATGAAGCCAAGAGCCCAGCCCCTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GACCTCAGACCTGGAGCAGCCCACAGAACTGGATTCTCTTTTCAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122200 GACCTCAGACCTGGAGCAGCCCACAGAACTGGATTCTCTTTTCAGAGGCC

   1750     .    :    .    :    .
   1697 TGGCCCTGACTGTGCAGTGGGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||
 122250 TGGCCCTGACTGTGCAGTGGGAGTCC