seq1 = pF1KE1993.tfa, 1716 bp
seq2 = pF1KE1993/gi568815590f_26478255.tfa (gi568815590f:26478255_26755703), 277449 bp

>pF1KE1993 1716
>gi568815590f:26478255_26755703 (Chr8)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-128  (103715-103803)   98% ->
129-313  (105545-105729)   100% ->
314-478  (145889-146053)   99% ->
479-540  (148363-148424)   100% ->
541-621  (148961-149041)   100% ->
622-690  (149618-149686)   100% ->
691-811  (156526-156646)   100% ->
812-968  (165185-165341)   100% ->
969-1110  (165696-165837)   100% ->
1111-1281  (169376-169546)   99% ->
1282-1461  (174003-174182)   100% ->
1462-1627  (174978-175143)   100% ->
1628-1716  (177361-177449)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTATCAGGGGAAGAAAAATATTCCACGCATCACG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGTCTTATCAGGGGAAGAAAAATATTCCACGCATCACGGTG...CAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGATCGTCTTCTGATCAAAGGAGGTAAAATTGTTAATGATGACCAGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103717 CGATCGTCTTCTGATCAAAGGAGGTAAAATTGTTAATGATGACCAGTCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTATGCAGATATATACATGGAAGATGGGTTGATCAA         GCAA
        |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103767 TCTATGCAGACATATACATGGAAGATGGGTTGATCAAGTA...TAGGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATAGGAGAAAATCTGATTGTGCCAGGAGGAGTGAAGACCATCGAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105549 ATAGGAGAAAATCTGATTGTGCCAGGAGGAGTGAAGACCATCGAGGCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCCCGGATGGTGATCCCCGGAGGAATTGACGTCCACACTCGTTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105599 CTCCCGGATGGTGATCCCCGGAGGAATTGACGTCCACACTCGTTTCCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCCTGATCAGGGAATGACGTCTGCTGATGATTTCTTCCAAGGAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105649 TGCCTGATCAGGGAATGACGTCTGCTGATGATTTCTTCCAAGGAACCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCGGCCCTGGCTGGGGGAACCACTATGATCA         TTGACCACGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105699 GCGGCCCTGGCTGGGGGAACCACTATGATCAGTA...TAGTTGACCACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTTCCTGAGCCTGGGACAAGCCTGCTCGCTGCCTTTGACCAGTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145899 TGTTCCTGAGCCTGGGACAAGCCTGCTCGCTGCCTTTGACCAGTGGAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AATGGGCCGACAGCAAGTCCTGCTGTGACTACTCTCTGCATGTGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145949 AATGGGCCGACAGCAAGTCCTGCTGTGACTACTCTCTGCATGTGGACATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCGAGTGGCATAAGGGCATCCAGGAGGAGATGGAAGCGCTTGTGAAGGA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145999 AGTGAGTGGCATAAGGGCATCCAGGAGGAGATGGAAGCGCTTGTGAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCACG         GGGTAAATTCCTTCCTCGTGTACATGGCTTTCAAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146049 TCACGGTA...TAGGGGTAAATTCCTTCCTCGTGTACATGGCTTTCAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATCGCTTCCAGCTAACGGATTGCCAG         ATTTATGAAGTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 148399 ATCGCTTCCAGCTAACGGATTGCCAGGTA...CAGATTTATGAAGTACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGTGTGATCCGGGATATTGGCGCCATAGCCCAAGTCCACGCAGAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148976 AGTGTGATCCGGGATATTGGCGCCATAGCCCAAGTCCACGCAGAAAATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGACATCATTGCAGAG         GAGCAGCAGAGGATCCTGGATCTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 149026 CGACATCATTGCAGAGGTA...CAGGAGCAGCAGAGGATCCTGGATCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCATCACGGGCCCCGAGGGACATGTGCTGAGCCGACCTGAGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 149643 GCATCACGGGCCCCGAGGGACATGTGCTGAGCCGACCTGAGGAGGTG...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691    GTCGAGGCCGAAGCCGTGAATCGTGCCATCACCATCGCCAACCAGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156523 CAGGTCGAGGCCGAAGCCGTGAATCGTGCCATCACCATCGCCAACCAGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAACTGCCCGCTGTATATCACCAAGGTGATGAGCAAAAGCTCTGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156573 CAACTGCCCGCTGTATATCACCAAGGTGATGAGCAAAAGCTCTGCTGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCATCGCCCAGGCACGGAAGAAGG         GAACTGTGGTGTATGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 156623 TCATCGCCCAGGCACGGAAGAAGGGTG...CAGGAACTGTGGTGTATGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGCCCATCACTGCCAGCTTGGGAACGGACGGCTCCCATTACTGGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165202 GAGCCCATCACTGCCAGCTTGGGAACGGACGGCTCCCATTACTGGAGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAACTGGGCCAAGGCTGCTGCCTTTGTCACCTCCCCACCCTTGAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165252 GAACTGGGCCAAGGCTGCTGCCTTTGTCACCTCCCCACCCTTGAGCCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATCCAACCACTCCAGACTTTCTCAACTCCTTGCTGTCCTG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 165302 ATCCAACCACTCCAGACTTTCTCAACTCCTTGCTGTCCTGGTG...CAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGAGACCTCCAGGTCACGGGCAGTGCCCATTGCACGTTTAACACTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165697 GGAGACCTCCAGGTCACGGGCAGTGCCCATTGCACGTTTAACACTGCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAAGGCTGTAGGAAAGGACAACTTCACCCTGATTCCGGAGGGCACCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165747 GAAGGCTGTAGGAAAGGACAACTTCACCCTGATTCCGGAGGGCACCAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCACTGAGGAGCGGATGTCCGTCATCTGGGACAAGGCTGTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 165797 GCACTGAGGAGCGGATGTCCGTCATCTGGGACAAGGCTGTGGTA...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GTCACTGGGAAGATGGATGAGAACCAGTTTGTGGCTGTGACCAGCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169376 GTCACTGGGAAGATGGATGAGAACCAGTTTGTGGCTGTGACCAGCACCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGCAGCCAAAGTCTTCAACCTTTACCCTCGGAAAGGCCGCATTGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 169426 TGCAGCCAAAGTCTTCAACCTTTACCCCCGGAAAGGCCGCATTGCTGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GATCCGATGCCGACCTGGTCATCTGGGACCCCGACAGCGTTAAAACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169476 GATCCGATGCCGACCTGGTCATCTGGGACCCCGACAGCGTTAAAACCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCTGCCAAGACACACAACAGC         TCTCTCGAGTACAACATCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 169526 TCTGCCAAGACACACAACAGCGTA...CAGTCTCTCGAGTACAACATCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGAAGGCATGGAGTGCCGCGGCTCCCCACTGGTGGTCATCAGCCAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174023 TGAAGGCATGGAGTGCCGCGGCTCCCCACTGGTGGTCATCAGCCAGGGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGATTGTCCTGGAGGACGGCACCCTGCATGTCACCGAAGGCTCTGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174073 AGATTGTCCTGGAGGACGGCACCCTGCATGTCACCGAAGGCTCTGGACGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TACATTCCCCGGAAGCCCTTCCCTGATTTTGTTTACAAGCGTATCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174123 TACATTCCCCGGAAGCCCTTCCCTGATTTTGTTTACAAGCGTATCAAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AAGGAGCAGG         CTGGCTGAGCTGAGAGGGGTTCCTCGTGGCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 174173 AAGGAGCAGGGTG...CAGCTGGCTGAGCTGAGAGGGGTTCCTCGTGGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TGTATGACGGACCTGTGTGTGAAGTGTCTGTGACGCCCAAGACAGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175009 TGTATGACGGACCTGTGTGTGAAGTGTCTGTGACGCCCAAGACAGTCACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CCAGCCTCCTCGGCCAAGACGTCTCCTGCCAAGCAGCAGGCCCCACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175059 CCAGCCTCCTCGGCCAAGACGTCTCCTGCCAAGCAGCAGGCCCCACCTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CCGGAACCTGCACCAGTCTGGATTCAGTTTGTCTG         GTGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 175109 CCGGAACCTGCACCAGTCTGGATTCAGTTTGTCTGGTA...CAGGTGCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGATTGATGACAACATTCCCCGCCGCACCACCCAGCGTATCGTGGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177367 AGATTGATGACAACATTCCCCGCCGCACCACCCAGCGTATCGTGGCGCCC

   1800     .    :    .    :    .    :
   1684 CCCGGTGGCCGTGCCAACATCACCAGCCTGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 177417 CCCGGTGGCCGTGCCAACATCACCAGCCTGGGC