seq1 = pF1KE1992.tfa, 1713 bp
seq2 = pF1KE1992/gi568815597f_229967281.tfa (gi568815597f:229967281_230379455), 412175 bp

>pF1KE1992 1713
>gi568815597f:229967281_230379455 (Chr1)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-220  (210938-211031)   100% ->
221-374  (235857-236010)   100% ->
375-473  (268734-268832)   100% ->
474-541  (269073-269140)   100% ->
542-607  (269380-269445)   100% ->
608-729  (276026-276147)   100% ->
730-817  (278783-278870)   100% ->
818-905  (281904-281991)   100% ->
906-1009  (283177-283280)   100% ->
1010-1136  (287938-288064)   100% ->
1137-1229  (295293-295385)   100% ->
1230-1313  (295642-295725)   100% ->
1314-1440  (297961-298087)   100% ->
1441-1560  (307165-307284)   100% ->
1561-1713  (312023-312175)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCGGCGCTCGCGGATGCTGCTCTGCTTCGCCTTCCTGTGGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCGGCGCTCGCGGATGCTGCTCTGCTTCGCCTTCCTGTGGGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCATCGCCTACTACATGTACTCGGGGGGCGGCTCTGCGCTGGCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCATCGCCTACTACATGTACTCGGGGGGCGGCTCTGCGCTGGCCGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGCGGGCGGCGGCGCCGGCAGGAAG         GAGGACTGGAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 GCGCGGGCGGCGGCGCCGGCAGGAAGGTG...TAGGAGGACTGGAATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTGACCCCATTAAAAAGAAAGACCTTCATCACAGCAATGGAGAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210953 ATTGACCCCATTAAAAAGAAAGACCTTCATCACAGCAATGGAGAAGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCACAAAGCATGGAGACCCTCCCTCCAG         GGAAAGTACGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 211003 AGCACAAAGCATGGAGACCCTCCCTCCAGGTA...TAGGGAAAGTACGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCCAGACTTTAACCAGGAAGCTTATGTTGGAGGGACGATGGTCCGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235869 GGCCAGACTTTAACCAGGAAGCTTATGTTGGAGGGACGATGGTCCGCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGGCAGGACCCTTACGCCCGCAACAAGTTCAACCAGGTGGAGAGTGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235919 GGGCAGGACCCTTACGCCCGCAACAAGTTCAACCAGGTGGAGAGTGATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTTCGAATGGACAGAGCCATCCCTGACACCCGGCATGACCA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 235969 GCTTCGAATGGACAGAGCCATCCCTGACACCCGGCATGACCAGTA...CA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    375  GTGTCAGCGGAAGCAGTGGCGGGTGGATCTGCCGGCCACCAGCGTGGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268733 GGTGTCAGCGGAAGCAGTGGCGGGTGGATCTGCCGGCCACCAGCGTGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCACGTTTCACAATGAAGCCAGGTCGGCCCTACTCAGGACCGTGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268783 ATCACGTTTCACAATGAAGCCAGGTCGGCCCTACTCAGGACCGTGGTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474          CGTGCTTAAGAAAAGCCCGCCCCATCTCATAAAAGAAATCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268833 GTG...TAGCGTGCTTAAGAAAAGCCCGCCCCATCTCATAAAAGAAATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTTGGTGGATGACTACAGCAATGATC         CTGAGGACGGGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 269114 TCTTGGTGGATGACTACAGCAATGATCGTG...TAGCTGAGGACGGGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTCTTGGGGAAAATTGAGAAAGTGCGAGTTCTTAGAAATGATCGACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269394 CTCTTGGGGAAAATTGAGAAAGTGCGAGTTCTTAGAAATGATCGACGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AG         GCCTCATGCGCTCACGGGTTCGGGGGGCCGATGCTGCCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269444 AGGTA...CAGGCCTCATGCGCTCACGGGTTCGGGGGGCCGATGCTGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAGCCAAGGTCCTGACCTTCCTGGACAGTCACTGCGAGTGTAATGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276065 AAGCCAAGGTCCTGACCTTCCTGGACAGTCACTGCGAGTGTAATGAGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGGCTGGAGCCCCTCCTGGAAAGGGTGGCGGAG         GACAGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 276115 TGGCTGGAGCCCCTCCTGGAAAGGGTGGCGGAGGTG...TAGGACAGGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCGGGTTGTGTCACCCATCATCGATGTCATTAATATGGACAACTTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278791 TCGGGTTGTGTCACCCATCATCGATGTCATTAATATGGACAACTTTCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATGTGGGGGCATCTGCTGACTTGAAGGGCG         GTTTTGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 278841 ATGTGGGGGCATCTGCTGACTTGAAGGGCGGTA...CAGGTTTTGATTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AACTTGGTATTCAAGTGGGATTACATGACGCCTGAGCAGAGAAGGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281915 AACTTGGTATTCAAGTGGGATTACATGACGCCTGAGCAGAGAAGGTCCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCAGGGGAACCCAGTCGCCCCTATAAA         AACCCCCATGATTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 281965 GCAGGGGAACCCAGTCGCCCCTATAAAGTA...TAGAACCCCCATGATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTGGTGGGCTGTTTGTGATGGATAAGTTCTATTTTGAAGAACTGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283191 CTGGTGGGCTGTTTGTGATGGATAAGTTCTATTTTGAAGAACTGGGGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TACGACATGATGATGGATGTGTGGGGAGGAGAGAACCTAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 283241 TACGACATGATGATGGATGTGTGGGGAGGAGAGAACCTAGGTA...CAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GATCTCGTTCCGCGTGTGGCAGTGTGGTGGCAGCCTGGAGATCATCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287939 GATCTCGTTCCGCGTGTGGCAGTGTGGTGGCAGCCTGGAGATCATCCCGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GCAGCCGTGTGGGACACGTGTTCCGGAAGCAGCACCCCTACACGTTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287989 GCAGCCGTGTGGGACACGTGTTCCGGAAGCAGCACCCCTACACGTTCCCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GGTGGCAGTGGCACTGTCTTTGCCCG         AAACACCCGCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 288039 GGTGGCAGTGGCACTGTCTTTGCCCGGTA...TAGAAACACCCGCCGGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AGCAGAGGTCTGGATGGATGAATACAAAAATTTCTATTATGCAGCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295308 AGCAGAGGTCTGGATGGATGAATACAAAAATTTCTATTATGCAGCAGTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CTTCTGCTAGAAACGTTCCTTATGGAAA         TATTCAGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 295358 CTTCTGCTAGAAACGTTCCTTATGGAAAGTA...CAGTATTCAGAGCAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 TTGGAGCTTAGGAAGAAACTCAGCTGCAAGCCTTTCAAATGGTACCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295655 TTGGAGCTTAGGAAGAAACTCAGCTGCAAGCCTTTCAAATGGTACCTTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AAATGTCTATCCAGAGTTAAG         GGTTCCAGACCATCAGGATA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 295705 AAATGTCTATCCAGAGTTAAGGTA...CAGGGTTCCAGACCATCAGGATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TAGCTTTTGGGGCCTTGCAGCAGGGAACTAACTGCCTCGACACTTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297981 TAGCTTTTGGGGCCTTGCAGCAGGGAACTAACTGCCTCGACACTTTGGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CACTTTGCTGATGGTGTGGTTGGAGTTTATGAATGTCACAATGCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298031 CACTTTGCTGATGGTGTGGTTGGAGTTTATGAATGTCACAATGCTGGGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 AAACCAG         GAATGGGCCTTGACGAAGGAGAAGTCGGTGAAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298081 AAACCAGGTA...CAGGAATGGGCCTTGACGAAGGAGAAGTCGGTGAAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 ACATGGATTTGTGCCTTACTGTGGTGGACCGGGCACCGGGCTCTCTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307199 ACATGGATTTGTGCCTTACTGTGGTGGACCGGGCACCGGGCTCTCTTATA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 AAGCTGCAGGGCTGCCGAGAAAATGACAGCAGACAG         AAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 307249 AAGCTGCAGGGCTGCCGAGAAAATGACAGCAGACAGGTA...CAGAAATG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 GGAACAGATCGAGGGCAACTCCAAGCTGAGGCACGTGGGCAGCAACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 312028 GGAACAGATCGAGGGCAACTCCAAGCTGAGGCACGTGGGCAGCAACCTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 GCCTGGACAGTCGCACGGCCAAGAGCGGGGGCCTAAGCGTGGAGGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 312078 GCCTGGACAGTCGCACGGCCAAGAGCGGGGGCCTAAGCGTGGAGGTGTGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1666 GGCCCGGCCCTTTCGCAGCAGTGGAAGTTCACGCTCAACCTGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 312128 GGCCCGGCCCTTTCGCAGCAGTGGAAGTTCACGCTCAACCTGCAGCAG