seq1 = pF1KE1991.tfa, 1707 bp
seq2 = pF1KE1991/gi568815597f_196877665.tfa (gi568815597f:196877665_197108680), 231016 bp

>pF1KE1991 1707
>gi568815597f:196877665_197108680 (Chr1)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-253  (105221-105415)   100% ->
254-430  (106297-106473)   100% ->
431-607  (116416-116592)   100% ->
608-790  (118053-118235)   100% ->
791-970  (118358-118537)   100% ->
971-1147  (120464-120640)   100% ->
1148-1330  (124818-125000)   100% ->
1331-1513  (126997-127179)   100% ->
1514-1707  (130823-131016)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGCTCTTATTCAGTGTAATCCTAATCTCATGGGTATCCACTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGCTCTTATTCAGTGTAATCCTAATCTCATGGGTATCCACTGTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAGAAG         GAACACTTTGTGATTTTCCAAAAATACACCATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAGAAGGTA...CAGGAACACTTTGTGATTTTCCAAAAATACACCATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GATTTCTGTATGATGAAGAAGATTATAACCCTTTTTCCCAAGTTCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105254 GATTTCTGTATGATGAAGAAGATTATAACCCTTTTTCCCAAGTTCCTACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGGAAGTTTTCTATTACTCCTGTGAATATAATTTTGTGTCTCCTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105304 GGGGAAGTTTTCTATTACTCCTGTGAATATAATTTTGTGTCTCCTTCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCCTTTTGGACTCGCATAACATGCACAGAAGAAGGATGGTCACCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105354 ATCCTTTTGGACTCGCATAACATGCACAGAAGAAGGATGGTCACCAACAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGAAGTGTCTCA         GAATGTGTTCCTTTCCTTTTGTGAAAAAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105404 CGAAGTGTCTCAGTG...TAGGAATGTGTTCCTTTCCTTTTGTGAAAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTCATTCTGAATCTTCAGGACTAATACATCTGGAAGGTGATACTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106326 GGTCATTCTGAATCTTCAGGACTAATACATCTGGAAGGTGATACTGTACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATTATTTGCAACACAGGATACAGCCTTCAAAACAATGAGAAAAACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106376 AATTATTTGCAACACAGGATACAGCCTTCAAAACAATGAGAAAAACATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGTGTGTAGAACGGGGCTGGTCCACTCCTCCCATATGCAGCTTCACTA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106426 CGTGTGTAGAACGGGGCTGGTCCACTCCTCCCATATGCAGCTTCACTAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    431        AAGGAGAATGTCATGTTCCAATTTTAGAAGCCAATGTAGATGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106476 A...TAGAAGGAGAATGTCATGTTCCAATTTTAGAAGCCAATGTAGATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCAGCCAAAAAAAGAAAGCTACAAAGTTGGAGACGTGTTGAAATTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116459 TCAGCCAAAAAAAGAAAGCTACAAAGTTGGAGACGTGTTGAAATTCTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCAGAAAAAATCTTATAAGAGTTGGATCAGACTCAGTTCAATGTTACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116509 GCAGAAAAAATCTTATAAGAGTTGGATCAGACTCAGTTCAATGTTACCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTTGGGTGGTCACCTAACTTTCCAACATGCAAAG         GACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 116559 TTTGGGTGGTCACCTAACTTTCCAACATGCAAAGGTC...TAGGACAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACGATCATGTGGTCCACCTCCTCAACTCTCCAATGGTGAAGTTAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118060 ACGATCATGTGGTCCACCTCCTCAACTCTCCAATGGTGAAGTTAAGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TAAGAAAAGAGGAATATGGACACAATGAAGTAGTGGAATATGATTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118110 TAAGAAAAGAGGAATATGGACACAATGAAGTAGTGGAATATGATTGCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCTAATTTTATAATAAACGGGCCTAAGAAAATACAATGTGTGGATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118160 CCTAATTTTATAATAAACGGGCCTAAGAAAATACAATGTGTGGATGGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATGGACAACTTTACCCACTTGTGTTG         AACAAGTGAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 118210 ATGGACAACTTTACCCACTTGTGTTGGTA...TAGAACAAGTGAAAACAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTGGATACATACCTGAACTCGAGTACGGTTATGTTCAGCCGTCTGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118373 GTGGATACATACCTGAACTCGAGTACGGTTATGTTCAGCCGTCTGTCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCCTATCAACATGGAGTTTCAGTCGAGGTGAATTGCAGAAATGAATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118423 CCCTATCAACATGGAGTTTCAGTCGAGGTGAATTGCAGAAATGAATATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AATGATTGGAAATAACATGATTACCTGTATTAATGGAATATGGACAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118473 AATGATTGGAAATAACATGATTACCTGTATTAATGGAATATGGACAGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTCCTATGTGTGTTG         CAACACACCAACTTAAGAGGTGCAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 118523 TTCCTATGTGTGTTGGTG...TAGCAACACACCAACTTAAGAGGTGCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATAGCAGGAGTTAATATAAAAACATTACTCAAGCTATCTGGGAAAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120490 ATAGCAGGAGTTAATATAAAAACATTACTCAAGCTATCTGGGAAAGAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TAATCATAATTCTAGAATACGTTACAGATGTTCAGACATCTTCAGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120540 TAATCATAATTCTAGAATACGTTACAGATGTTCAGACATCTTCAGATACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGCACTCAGTCTGTATAAACGGGAAATGGAATCCTGAAGTAGACTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120590 GGCACTCAGTCTGTATAAACGGGAAATGGAATCCTGAAGTAGACTGCACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 G         AAAAAAGGGAACAATTCTGCCCACCGCCACCTCAGATACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120640 GGTA...TAGAAAAAAGGGAACAATTCTGCCCACCGCCACCTCAGATACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TAATGCTCAGAATATGACAACCACAGTGAATTATCAGGATGGAGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124858 TAATGCTCAGAATATGACAACCACAGTGAATTATCAGGATGGAGAAAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TAGCTGTTCTCTGTAAAGAAAACTATCTACTTCCAGAAGCAAAAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124908 TAGCTGTTCTCTGTAAAGAAAACTATCTACTTCCAGAAGCAAAAGAAATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTATGTAAAGATGGACGATGGCAATCATTACCACGCTGTGTTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 124958 GTATGTAAAGATGGACGATGGCAATCATTACCACGCTGTGTTGGTT...C

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1331   AGTCTACTGCATATTGTGGGCCCCCTCCATCTATTAACAATGGAGATA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126995 AGAGTCTACTGCATATTGTGGGCCCCCTCCATCTATTAACAATGGAGATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCACCTCATTCCCATTATCAGTATATCCTCCAGGGTCAACAGTGACGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127045 CCACCTCATTCCCATTATCAGTATATCCTCCAGGGTCAACAGTGACGTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CGTTGCCAGTCCTTCTATAAACTCCAGGGCTCTGTAACTGTAACATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127095 CGTTGCCAGTCCTTCTATAAACTCCAGGGCTCTGTAACTGTAACATGCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 AAATAAACAGTGGTCAGAACCACCAAGATGCCTAG         ATCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 127145 AAATAAACAGTGGTCAGAACCACCAAGATGCCTAGGTG...CAGATCCAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GTGTGGTATCTGAAGAAAACATGAACAAAAATAACATACAGTTAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130829 GTGTGGTATCTGAAGAAAACATGAACAAAAATAACATACAGTTAAAATGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AGAAACGATGGAAAACTCTATGCAAAAACAGGGGATGCTGTTGAATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130879 AGAAACGATGGAAAACTCTATGCAAAAACAGGGGATGCTGTTGAATTCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GTGTAAATTCCCACATAAAGCGATGATATCATCACCACCATTTCGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130929 GTGTAAATTCCCACATAAAGCGATGATATCATCACCACCATTTCGAGCAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .
   1670 TCTGTCAGGAAGGGAAATTTGAATATCCTATATGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130979 TCTGTCAGGAAGGGAAATTTGAATATCCTATATGTGAA