seq1 = pF1KE1990.tfa, 1701 bp
seq2 = pF1KE1990/gi568815593f_177258025.tfa (gi568815593f:177258025_177472072), 214048 bp

>pF1KE1990 1701
>gi568815593f:177258025_177472072 (Chr5)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-67  (107939-107960)   100% ->
68-246  (108153-108331)   100% ->
247-339  (108684-108776)   100% ->
340-483  (108867-109010)   100% ->
484-627  (109390-109533)   100% ->
628-739  (109690-109801)   100% ->
740-849  (110133-110242)   100% ->
850-1053  (110693-110896)   100% ->
1054-1130  (112564-112640)   100% ->
1131-1257  (112881-113007)   100% ->
1258-1339  (113141-113222)   100% ->
1340-1386  (113326-113372)   100% ->
1387-1501  (113451-113565)   100% ->
1502-1701  (113849-114048)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGGGAAGCCCAAGCACCTGGGCGTCCCCAACGGGCGCATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGCCAGGGAAGCCCAAGCACCTGGGCGTCCCCAACGGGCGCATGGTG..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GTTCTGGCTGTGTCAGATGGAG         AGCTGAGCAGCACGA
        .>>>||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 .TAGGTTCTGGCTGTGTCAGATGGAGGTA...CAGAGCTGAGCAGCACGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 CGGGGCCCCAGGGCCAGGGCGAGGGCCGCGGCAGCTCTCTCAGCATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108168 CGGGGCCCCAGGGCCAGGGCGAGGGCCGCGGCAGCTCTCTCAGCATCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGCCTCCCCAGTGGTCCCAGCAGCCCCTTCCCAACCGAGGAGCAGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108218 AGCCTCCCCAGTGGTCCCAGCAGCCCCTTCCCAACCGAGGAGCAGCCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCCAGCTGGGCCCTGTCCTTCGAGCGGCTGTTGCAGGACCCGCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108268 GGCCAGCTGGGCCCTGTCCTTCGAGCGGCTGTTGCAGGACCCGCTGGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGCTTACTTCACT         GAGTTCCTGAAGAAGGAGTTCAGCGCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108318 TGGCTTACTTCACTGTA...CAGGAGTTCCTGAAGAAGGAGTTCAGCGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAAACGTGACTTTCTGGAAGGCCTGCGAGCGCTTCCAGCAGATCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108711 GAAAACGTGACTTTCTGGAAGGCCTGCGAGCGCTTCCAGCAGATCCCGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGCGATACCCAGCAG         CTAGCTCAGGAGGCCCGCAACATCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108761 CAGCGATACCCAGCAGGTG...CAGCTAGCTCAGGAGGCCCGCAACATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACCAGGAGTTCCTGTCCAGCCAGGCGCTGAGCCCAGTGAACATCGACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108892 ACCAGGAGTTCCTGTCCAGCCAGGCGCTGAGCCCAGTGAACATCGACCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGGCCTGGCTTGGCGAGGAGGTGCTGGCCGAGCCCCGGCCGGACATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108942 CAGGCCTGGCTTGGCGAGGAGGTGCTGGCCGAGCCCCGGCCGGACATGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCGGGCACAGCAGCTTCAG         ATCTTCAACTTGATGAAGTTCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108992 TCGGGCACAGCAGCTTCAGGTG...CAGATCTTCAACTTGATGAAGTTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACAGCTATGCGCGCTTCGTCAAGTCCCCGCTGTACCGCGAGTGCCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109412 ACAGCTATGCGCGCTTCGTCAAGTCCCCGCTGTACCGCGAGTGCCTGCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCGAAGCCGAGGGACGCCCTCTGCGGGAACCTGGCTCCTCGCGCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109462 GCCGAAGCCGAGGGACGCCCTCTGCGGGAACCTGGCTCCTCGCGCCTCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAGCCCTGACGCCACGAGGAAG         AAGCCGAAGCTGAAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 109512 CAGCCCTGACGCCACGAGGAAGGTG...CAGAAGCCGAAGCTGAAGCCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGAAGTCGCTGCCGCTGGGTGTGGAGGAGTTGGGGCAGCTGCCACCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109709 GGAAGTCGCTGCCGCTGGGTGTGGAGGAGTTGGGGCAGCTGCCACCCGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGGGTCCTGGGGGCCGCCCTCTCCGCAAGTCCTTCCGCCGGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109759 GAGGGTCCTGGGGGCCGCCCTCTCCGCAAGTCCTTCCGCCGGGGTG...T

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    740   AGCTGGGCGGGACTGCAAACGCCGCCTTGCGCCGAGAGTCTCAGGGCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110131 AGAGCTGGGCGGGACTGCAAACGCCGCCTTGCGCCGAGAGTCTCAGGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCTCAACTCCTCCGCCAGCCTGGACCTTGGCTTCCTAGCCTTCGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110181 CCCTCAACTCCTCCGCCAGCCTGGACCTTGGCTTCCTAGCCTTCGTCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGCAAATCTGAG         AGCCACCGGAAGAGCCTTGGGAGCACGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110231 AGCAAATCTGAGGTG...CAGAGCCACCGGAAGAGCCTTGGGAGCACGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGGTGAAAGTGAAAGCCGGCCAGGGAAGTACTGCTGTGTGTACCTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110722 GGGTGAAAGTGAAAGCCGGCCAGGGAAGTACTGCTGTGTGTACCTGCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATGGCACAGCCTCCTTGGCCCTGGCCAGACCTGGCCTCACCATCCGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110772 ATGGCACAGCCTCCTTGGCCCTGGCCAGACCTGGCCTCACCATCCGAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATGCTGGCAGGGATCTGTGAGAAACGAGGCCTCTCTCTACCTGACATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110822 ATGCTGGCAGGGATCTGTGAGAAACGAGGCCTCTCTCTACCTGACATCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGTCTACCTGGTGGGCAATGAACAG         AAGGCCCTGGTCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110872 GGTCTACCTGGTGGGCAATGAACAGGTG...CAGAAGGCCCTGGTCCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATCAGGACTGCACCGTGCTGGCGGATCAGGAAGTGCGGCTGGAAAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112580 ATCAGGACTGCACCGTGCTGGCGGATCAGGAAGTGCGGCTGGAAAACAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATCACCTTCGA         GCTGGAGCTGACGGCGCTGGAGCGCGTGGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 112630 ATCACCTTCGAGTG...CAGGCTGGAGCTGACGGCGCTGGAGCGCGTGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ACGAATCTCAGCCAAGCCCACCAAGCGGCTGCAGGAGGCGCTGCAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112911 ACGAATCTCAGCCAAGCCCACCAAGCGGCTGCAGGAGGCGCTGCAGCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTCTGGAGAAGCACGGCTTGAGCCCGCTAGAGGTGGTGCTGCACCGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112961 TTCTGGAGAAGCACGGCTTGAGCCCGCTAGAGGTGGTGCTGCACCGGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1258       CCAGGCGAGAAACAGCCTCTGGATCTGGGGAAGCTAGTGAGCTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113011 ...CAGCCAGGCGAGAAACAGCCTCTGGATCTGGGGAAGCTAGTGAGCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGTGGCGGCCCAGAGACTGGTTTTGGACACTCTTCCAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113185 GGTGGCGGCCCAGAGACTGGTTTTGGACACTCTTCCAGGTA...CAGGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGAAGATCTCCAAAGCCCGTGACAAATCTCCCTGCCGCAGCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113329 TGAAGATCTCCAAAGCCCGTGACAAATCTCCCTGCCGCAGCCAGGTG...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1387    GGCTGCCCACCTAGAACTCAGGATAAGGCCACCCATCCCCCTCCAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113448 CAGGGCTGCCCACCTAGAACTCAGGATAAGGCCACCCATCCCCCTCCAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GTCCCCCAGTTCTCTGGTGAAGGTGCCCAGTAGTGCCACTGGAAAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113498 GTCCCCCAGTTCTCTGGTGAAGGTGCCCAGTAGTGCCACTGGAAAGCGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGACCTGTGACATCGAAG         GCCTGGTGGAGCTGCTGAACCGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 113548 AGACCTGTGACATCGAAGGTA...CAGGCCTGGTGGAGCTGCTGAACCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GTGCAGAGCAGCGGGGCCCACGACCAGAGGGGCCTTCTGAGGAAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113872 GTGCAGAGCAGCGGGGCCCACGACCAGAGGGGCCTTCTGAGGAAAGAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CCTGGTACTTCCAGAATTTCTGCAGCTGCCCGCCCAAGGGCCCAGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113922 CCTGGTACTTCCAGAATTTCTGCAGCTGCCCGCCCAAGGGCCCAGCTCCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AGGAGACCCCACCACAGACCAAATCAGCAGCCCAGCCCATCGGGGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113972 AGGAGACCCCACCACAGACCAAATCAGCAGCCCAGCCCATCGGGGGATCC

   1800     .    :    .    :    .
   1675 TTGAACTCCACCACCGACTCAGCCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||
 114022 TTGAACTCCACCACCGACTCAGCCCTC