seq1 = pF1KE1987.tfa, 1686 bp
seq2 = pF1KE1987/gi568815581r_2319973.tfa (gi568815581r:2319973_2602331), 282359 bp

>pF1KE1987 1686
>gi568815581r:2319973_2602331 (Chr17)

(complement)

1-128  (100001-100128)   100% ->
129-328  (124447-124646)   100% ->
329-469  (128668-128808)   100% ->
470-585  (134456-134571)   100% ->
586-728  (137982-138124)   100% ->
729-798  (160773-160842)   100% ->
799-888  (164134-164223)   100% ->
889-1062  (181428-181601)   100% ->
1063-1686  (181736-182359)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTGAGTAAATCAATGCATGCAAGAAATAGATACAAGGACAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTGAGTAAATCAATGCATGCAAGAAATAGATACAAGGACAAACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCTGACTTTGCATATCTGGCATCCAAATATCCAGATTTTAAGCAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCTGACTTTGCATATCTGGCATCCAAATATCCAGATTTTAAGCAGCATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCAGATAAATCTGAATGGAAGAGTGAG         CCTTAATTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100101 TTCAGATAAATCTGAATGGAAGAGTGAGGTA...CAGCCTTAATTTTAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACCCCGAAGCAGTCAGAGCTCTGACGTGTACTCTCCTAAGGGAAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124460 GACCCCGAAGCAGTCAGAGCTCTGACGTGTACTCTCCTAAGGGAAGATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGACTTTCTATTGATATTCCATTGGAGAGACTAATTCCCACAGTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124510 TGGACTTTCTATTGATATTCCATTGGAGAGACTAATTCCCACAGTTCCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAGACTCAACTATATTCACTGGGTAGAAGATCTGATCGGTCACCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124560 TGAGACTCAACTATATTCACTGGGTAGAAGATCTGATCGGTCACCAGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTGACAAAAGTACTCTCCGAAGAGGAATTGACATAG         GCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 124610 TCTGACAAAAGTACTCTCCGAAGAGGAATTGACATAGGTA...TAGGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGGGCATCTTGCATCTACCCCTTACTTGGAGCAACCTTGAATGGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128672 GGGGGCATCTTGCATCTACCCCTTACTTGGAGCAACCTTGAATGGCTGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTTCCTCGCAACAGAAGTGGATGATATGTGTTTCAACTATGCAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128722 ATTTCCTCGCAACAGAAGTGGATGATATGTGTTTCAACTATGCAAAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATGTGGAACAGAATAACTTATCTGATCTCATAAAAG         TGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 128772 AATGTGGAACAGAATAACTTATCTGATCTCATAAAAGGTT...TAGTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAAGTGCCACAGAAGACACTCCTGATGGATGCTCTTAAAGAAGAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134460 GAAAGTGCCACAGAAGACACTCCTGATGGATGCTCTTAAAGAAGAATCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGATAATCTATGACTTTTGCATGTGCAACCCTCCCTTTTTTGCCAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134510 AGATAATCTATGACTTTTGCATGTGCAACCCTCCCTTTTTTGCCAATCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTGGAAGCCAAG         GGAGTAAACTCACGAAATCCTCGAAGACC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 134560 TTGGAAGCCAAGGTA...CAGGGAGTAAACTCACGAAATCCTCGAAGACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCGCCTAGTTCTGTTAATACAGGAGGCATCACAGAGATCATGGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138011 TCCGCCTAGTTCTGTTAATACAGGAGGCATCACAGAGATCATGGCAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGGTGAATTAGAGTTTGTTAAAAGGATCATCCATGACAGTCTACAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138061 GAGGTGAATTAGAGTTTGTTAAAAGGATCATCCATGACAGTCTACAACTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAAAAAAGATTAAG         ATGGTATAGCTGCATGCTGGGAAAGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 138111 AAAAAAAGATTAAGGTA...TAGATGGTATAGCTGCATGCTGGGAAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATGCAGCCTGGCGCCTCTGAAGGAGGAGCTTCGCATACAAGGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 160800 ATGCAGCCTGGCGCCTCTGAAGGAGGAGCTTCGCATACAAGGGGTG...C

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    799   GTTCCCAAAGTAACGTACACTGAATTCTGTCAAGGTCGGACAATGAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164132 AGGTTCCCAAAGTAACGTACACTGAATTCTGTCAAGGTCGGACAATGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGGGCCTTAGCTTGGAGTTTTTATGATGATGTCACAGTACCA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 164182 TGGGCCTTAGCTTGGAGTTTTTATGATGATGTCACAGTACCAGTA...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    889  TCACCACCAAGTAAGCGAAGAAAATTAGAGAAACCGAGAAAACCCATAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181427 GTCACCACCAAGTAAGCGAAGAAAATTAGAGAAACCGAGAAAACCCATAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CATTCGTGGTGCTGGCGTCCGTGATGAAGGAATTATCCCTCAAAGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181477 CATTCGTGGTGCTGGCGTCCGTGATGAAGGAATTATCCCTCAAAGCATCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCTCTGCGCTCGGAGACGGCGGAAGGCATAGTCGTTGTCACGACATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181527 CCTCTGCGCTCGGAGACGGCGGAAGGCATAGTCGTTGTCACGACATGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGAAAAAATTCTCACTGATTTGAAG         GTCCAGCATAAACGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 181577 TGAAAAAATTCTCACTGATTTGAAGGTA...CAGGTCCAGCATAAACGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTCCCTGTGGAAAAGAGGAAGTCAGCCTTTTCCTAACGGCCATAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181752 TTCCCTGTGGAAAAGAGGAAGTCAGCCTTTTCCTAACGGCCATAGAAAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCCTGGATTCATTTAAGGAGAAAGAAAAGAGAGCGTGTGAGACAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181802 TCCTGGATTCATTTAAGGAGAAAGAAAAGAGAGCGTGTGAGACAGCTGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGAAGTTCCCCGAGCTCCTGAGGACGTCATTCAGGCCTTGGAAGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181852 AGAAGTTCCCCGAGCTCCTGAGGACGTCATTCAGGCCTTGGAAGAGAAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGCCCACCCCCAAAGAGTCTGGCAATAGCCAAGAACTGGCCAGGGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181902 AGCCCACCCCCAAAGAGTCTGGCAATAGCCAAGAACTGGCCAGGGGCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CAGGAGAGGACCCCCTGTGGGCCTGCTCTGCGGGAAGGCGAGGCTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181952 CAGGAGAGGACCCCCTGTGGGCCTGCTCTGCGGGAAGGCGAGGCTGCCGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGTGGAGGGCCCGTGCCCGAGCCAGGAGTCCCTGTCCCAGGAGGAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182002 TGTGGAGGGCCCGTGCCCGAGCCAGGAGTCCCTGTCCCAGGAGGAAAACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CGGAACCCACGGAGGATGAAAGGAGTGAGGAAAAGGGAGGGGTGGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182052 CGGAACCCACGGAGGATGAAAGGAGTGAGGAAAAGGGAGGGGTGGAGGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TTGGAAAGTTGTCAAGGCTCTAGCAACGGAGCCCAGGACCAAGAGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182102 TTGGAAAGTTGTCAAGGCTCTAGCAACGGAGCCCAGGACCAAGAGGCTTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGAGCAGTTCGGCAGCCCAGTGGCTGAAAGGGGGAAACGTCTCCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182152 TGAGCAGTTCGGCAGCCCAGTGGCTGAAAGGGGGAAACGTCTCCCAGGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TGGCCGGACAGTACCTGTTTAAGTGTTTGATAAACGTTAAGAAGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182202 TGGCCGGACAGTACCTGTTTAAGTGTTTGATAAACGTTAAGAAGGAGGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GACGATGCCTTAGTGGAGATGCACTGGGTTGAGGGCCAGAACAGGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182252 GACGATGCCTTAGTGGAGATGCACTGGGTTGAGGGCCAGAACAGGGATCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GATGAACCAGCTTTGCACCTACATACGTAACCAAATTTTCAGGCTTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182302 GATGAACCAGCTTTGCACCTACATACGTAACCAAATTTTCAGGCTTGTTG

   1750     .
   1679 CAGTTAAC
        ||||||||
 182352 CAGTTAAC