seq1 = pF1KE1983.tfa, 1677 bp
seq2 = pF1KE1983/gi568815578f_59505015.tfa (gi568815578f:59505015_59945265), 440251 bp

>pF1KE1983 1677
>gi568815578f:59505015_59945265 (Chr20)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-280  (238093-238254)   100% ->
281-358  (242744-242821)   100% ->
359-541  (250168-250350)   100% ->
542-751  (262172-262381)   100% ->
752-926  (268265-268439)   100% ->
927-1174  (269229-269476)   100% ->
1175-1328  (301027-301180)   100% ->
1329-1384  (331491-331546)   100% ->
1385-1446  (335355-335416)   100% ->
1447-1587  (336381-336521)   100% ->
1588-1664  (340175-340251)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCGTCGGAGGACGGGAGCGGCTGCCTCGTGTCGCGGGGCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCGTCGGAGGACGGGAGCGGCTGCCTCGTGTCGCGGGGCCGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGAGTGACCCCAGCGTCCTCACCGACTCCTCGGCCACCTCCTCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGAGTGACCCCAGCGTCCTCACCGACTCCTCGGCCACCTCCTCCGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGCCGGGGAGAACCCAG         ATGAGATGGACCAAACGCCCCCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 ACGCCGGGGAGAACCCAGGTA...CAGATGAGATGGACCAAACGCCCCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCGCGTCCTGAATATCTGGTCTCAGGGATTCGAACTCCCCCTGTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238116 GCGCGTCCTGAATATCTGGTCTCAGGGATTCGAACTCCCCCTGTGAGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAACAGCAAACTGGCCACCCTGGGCAGGATCTTCAAACCCTGGAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238166 GAACAGCAAACTGGCCACCCTGGGCAGGATCTTCAAACCCTGGAAATGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAAAAAGAAAAACGAAAAACTGAAGCAGACAACGTCAG         CG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 238216 GGAAAAAGAAAAACGAAAAACTGAAGCAGACAACGTCAGGTA...CAGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGGAGAAGAAGATGGCCGGCAGGCAAGGCCGAGAGGAGCTCATCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242746 CTGGAGAAGAAGATGGCCGGCAGGCAAGGCCGAGAGGAGCTCATCAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGGCTGCTGGAGATGATGGAGCAGG         ATGCTGAAAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 242796 GGGGCTGCTGGAGATGATGGAGCAGGGTA...TAGATGCTGAAAGCAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTTGCAACCCCGATGGAGGACCCCGATCTGTACAGAGTGAACCACCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250183 CTTGCAACCCCGATGGAGGACCCCGATCTGTACAGAGTGAACCACCCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCCAAGTCGGAGACGCTGACTTCAGAAGATGCCCAGCCCGGAAGCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250233 CCCAAGTCGGAGACGCTGACTTCAGAAGATGCCCAGCCCGGAAGCCCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCCACTGGGACGGACCAGGTCTCCCTGGACAAGCCACTGTCCTCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250283 GGCCACTGGGACGGACCAGGTCTCCCTGGACAAGCCACTGTCCTCAGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCACTTGGACGATGCAG         CCAAGATGCCTTCTGCATCCAGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 250333 CCCACTTGGACGATGCAGGTA...CAGCCAAGATGCCTTCTGCATCCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGTGAAGAAGCAGACGCTGGCAGCCTCCTGCCCACCACCAATGAGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262195 GGTGAAGAAGCAGACGCTGGCAGCCTCCTGCCCACCACCAATGAGCTCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCAAGCCTTAGCTGGGGCTGACTCCCTGGACAGTCCTCCCAGACCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262245 CCAAGCCTTAGCTGGGGCTGACTCCCTGGACAGTCCTCCCAGACCTCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGAGATCCGTGGGCCAGCTCCCCAGCCCCCCACTGCTGCCCACTCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262295 AGAGATCCGTGGGCCAGCTCCCCAGCCCCCCACTGCTGCCCACTCCGCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCCAAGGCAAGCTCCAAAACCACAAAAAATGTCACAG         GCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 262345 CCCAAGGCAAGCTCCAAAACCACAAAAAATGTCACAGGTG...CAGGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCCACACTCTTCCAAGCCTCCAGCATGAAGAGTGCCGACCCTTCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268269 AGCCACACTCTTCCAAGCCTCCAGCATGAAGAGTGCCGACCCTTCCCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGGGCCAGCTCTCCACACCCACGGGGTCTCCGCATCTCACCACGGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268319 GGGGCCAGCTCTCCACACCCACGGGGTCTCCGCATCTCACCACGGTCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGGCCTCTTCCCCCAAGCCGCGTCATTGAGGAGCTGCACAGGGCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268369 CGGCCTCTTCCCCCAAGCCGCGTCATTGAGGAGCTGCACAGGGCGCTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CACGAAGCACCGCCAGGACAG         TTTTCAAGGAAGAGAAAGTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 268419 CACGAAGCACCGCCAGGACAGGTG...TAGTTTTCAAGGAAGAGAAAGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGGGTCTCCAAAGAAGCGGCTGGATGTCCGTCTGTCGAGAACGTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269249 AAGGGTCTCCAAAGAAGCGGCTGGATGTCCGTCTGTCGAGAACGTCCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTGGAGCGGGGCAAGGAGAGGGAGGAGGCTTGGAGCTTTGACGGGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269299 GTGGAGCGGGGCAAGGAGAGGGAGGAGGCTTGGAGCTTTGACGGGGCATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGAGAACAAGCGAACTGCCGCTAAGGAATCTGAGGAGAACAAGGAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269349 GGAGAACAAGCGAACTGCCGCTAAGGAATCTGAGGAGAACAAGGAGAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGATCATAAATTCTGAACTCAAAGACGACTTGCTTTTGTATCAGGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269399 TGATCATAAATTCTGAACTCAAAGACGACTTGCTTTTGTATCAGGACGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GAGGCGCTGAACGACTCCATTATTTCTG         GAACACTGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 269449 GAGGCGCTGAACGACTCCATTATTTCTGGTG...TAGGAACACTGCCACG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAAATGCAAGAAGGAGCTCCTGGCCGTGAAGCTAAGGAACCGGCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301040 GAAATGCAAGAAGGAGCTCCTGGCCGTGAAGCTAAGGAACCGGCCAAGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AACAGGAACTAGAAGACCGGAACATTTTCCCCAGAAGGACTGATGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301090 AACAGGAACTAGAAGACCGGAACATTTTCCCCAGAAGGACTGATGAAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AGACAGGAGATCCGGCAGCAGATCGAGATGAAGCTTTCCAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 301140 AGACAGGAGATCCGGCAGCAGATCGAGATGAAGCTTTCCAAGTA...CAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 ACGGCTGAGCCAAAGACCTGCCGTGGAAGAGCTGGAGAGAAGAAATATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331491 ACGGCTGAGCCAAAGACCTGCCGTGGAAGAGCTGGAGAGAAGAAATATCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGAAAC         AAAGGAATGATCAGACAGAGCAGGAAGAAAGAAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331541 TGAAACGTG...CAGAAAGGAATGATCAGACAGAGCAGGAAGAAAGAAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GAAATCAAGCAAAGATTGACAAGAAAG         CTTAATCAGAGACC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 335390 GAAATCAAGCAAAGATTGACAAGAAAGGTA...TAGCTTAATCAGAGACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CACTGTTGATGAATTAAGAGACAGAAAAATTCTGATACGATTCAGTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336395 CACTGTTGATGAATTAAGAGACAGAAAAATTCTGATACGATTCAGTGATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACGTGGAAGTAGCAAAAGCGCAGGACTATGACAGGAGGGCAGACAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336445 ACGTGGAAGTAGCAAAAGCGCAGGACTATGACAGGAGGGCAGACAAACCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TGGACGAGACTGTCAGCAGCAGATAAG         GCAGCAATTCGTAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 336495 TGGACGAGACTGTCAGCAGCAGATAAGGTA...CAGGCAGCAATTCGTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AGAATTAAATGAGTACAAAAGTAATGAAATGGAGGTACATGCATCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 340189 AGAATTAAATGAGTACAAAAGTAATGAAATGGAGGTACATGCATCAAGCA

   1750     .    :
   1652 AGCACTTGACAAG
        |||||||||||||
 340239 AGCACTTGACAAG