seq1 = pF1KE1980.tfa, 1671 bp
seq2 = pF1KE1980/gi568815593f_140548471.tfa (gi568815593f:140548471_140762007), 213537 bp

>pF1KE1980 1671
>gi568815593f:140548471_140762007 (Chr5)

1-16  (99439-99454)   100% ->
17-83  (100001-100067)   100% ->
84-176  (103244-103336)   100% ->
177-236  (103618-103677)   100% ->
237-404  (104507-104674)   100% ->
405-519  (105468-105582)   100% ->
520-590  (106046-106116)   100% ->
591-637  (106211-106257)   100% ->
638-801  (107359-107522)   100% ->
802-910  (109084-109192)   100% ->
911-950  (110267-110306)   100% ->
951-1176  (110469-110694)   100% ->
1177-1195  (110845-110863)   100% ->
1196-1269  (111286-111359)   100% ->
1270-1355  (111640-111725)   96% ->
1356-1413  (112288-112345)   100% ->
1414-1502  (113150-113238)   100% ->
1503-1611  (113429-113537)   100% ->
1612-1646  (113709-113743)   100% ->
1647-1671  (113832-113856)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGAGCGAGATA         GTGAGCCGTTCTCCAACCCTTTGGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  99439 ATGCCGGAGCGAGATAGTA...CAGGTGAGCCGTTCTCCAACCCTTTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCCGATGGCCACGATGTGGATGATCCTCACTCCTTCCACCA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100026 CCCCGATGGCCACGATGTGGATGATCCTCACTCCTTCCACCAGTG...TA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     84  ATCAAAACTCACCAATGAAGACTTCAGGAAACTTCTCATGACCCCCAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103243 GATCAAAACTCACCAATGAAGACTTCAGGAAACTTCTCATGACCCCCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCTGCACCTACCTCTGCACCACCTTCTAAGTCACGTCACCATGA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103293 GCTGCACCTACCTCTGCACCACCTTCTAAGTCACGTCACCATGAGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    177    GATGCCAAGGGAGTACAATGAGGATGAAGACCCAGCTGCACGAAGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103615 TAGGATGCCAAGGGAGTACAATGAGGATGAAGACCCAGCTGCACGAAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GGAAAAAGAAAAG         TTATTATGCCAAGCTACGCCAACAAGAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103665 GGAAAAAGAAAAGGTG...CAGTTATTATGCCAAGCTACGCCAACAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 ATTGAGAGAGAGAGAGAGCTAGCAGAGAAGTACCGGGATCGTGCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104535 ATTGAGAGAGAGAGAGAGCTAGCAGAGAAGTACCGGGATCGTGCCAAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 ACGGAGAGATGGAGTGAACAAAGATTATGAAGAAACCGAGCTTATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104585 ACGGAGAGATGGAGTGAACAAAGATTATGAAGAAACCGAGCTTATCAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCACAGCTAACTATAGGGCTGTTGGCCCCACTGCTGAGGC         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104635 CCACAGCTAACTATAGGGCTGTTGGCCCCACTGCTGAGGCGTG...CAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GACAAATCAGCTGCAGAGAAGAGAAGACAGTTGATCCAGGAGTCCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105469 GACAAATCAGCTGCAGAGAAGAGAAGACAGTTGATCCAGGAGTCCAAATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTTGGGTGGTGACATGGAACACACCCATTTGGTGAAAGGCTTGGATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105519 CTTGGGTGGTGACATGGAACACACCCATTTGGTGAAAGGCTTGGATTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTCTGCTTCAAAAG         GTACGAGCTGAGATTGCCAGCAAAGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105569 CTCTGCTTCAAAAGGTG...TAGGTACGAGCTGAGATTGCCAGCAAAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAAGAGGAAGAGGAACTGATGGAAAAGCCCCAGAAAGAAACCAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106073 AAAGAGGAAGAGGAACTGATGGAAAAGCCCCAGAAAGAAACCAAGTA...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    591    GAAAGATGAGGATCCTGAAAATAAAATTGAATTTAAAACACGTCTGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106208 CAGGAAAGATGAGGATCCTGAAAATAAAATTGAATTTAAAACACGTCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638          GCCGCAATGTTTACCGAATGCTTTTTAAGAGCAAAGCATAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106258 GTG...TAGGCCGCAATGTTTACCGAATGCTTTTTAAGAGCAAAGCATAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GAGCGGAATGAGTTGTTCCTGCCGGGCCGCATGGCCTATGTGGTAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107400 GAGCGGAATGAGTTGTTCCTGCCGGGCCGCATGGCCTATGTGGTAGACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GGATGATGAGTATGCTGACACAGATATCCCCACCACTCTTATCCGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107450 GGATGATGAGTATGCTGACACAGATATCCCCACCACTCTTATCCGCAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGGCTGATTGCCCCACCATGGAG         GCCCAGACCACACTGACC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107500 AGGCTGATTGCCCCACCATGGAGGTG...CAGGCCCAGACCACACTGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ACAAATGACATTGTCATTAGCAAGCTGACCCAGATCCTTTCATACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109102 ACAAATGACATTGTCATTAGCAAGCTGACCCAGATCCTTTCATACCTGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCAGGGAACCCGTAACAAGAAGCTTAAGAAGAAGGATAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109152 GCAGGGAACCCGTAACAAGAAGCTTAAGAAGAAGGATAAAGGTA...CAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GGAAGCTGGAAGAGAAGAAACCTCCTGAGGCTGACATGAA         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110267 GGAAGCTGGAAGAGAAGAAACCTCCTGAGGCTGACATGAAGTA...CAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 ATTTTTGAAGACATTGGGGATTACGTACCCTCCACAACCAAGACACCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110470 ATTTTTGAAGACATTGGGGATTACGTACCCTCCACAACCAAGACACCTCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GGACAAGGAGCGGGAGAGATATCGGGAACGGGAGCGTGATCGGGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110520 GGACAAGGAGCGGGAGAGATATCGGGAACGGGAGCGTGATCGGGAAAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ACAGAGACCGTGACCGAGAGCGAGAGCGAGAACGAGATCGGGAACGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110570 ACAGAGACCGTGACCGAGAGCGAGAGCGAGAACGAGATCGGGAACGAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CGAGAGCGGGACCGAGAGAGAGAAGAGGAAAAGAAGAGACACAGCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110620 CGAGAGCGGGACCGAGAGAGAGAAGAGGAAAAGAAGAGACACAGCTACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TGAGAAGCCAAAAGTAGATGATGAG         CCCATGGACGTTGACA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110670 TGAGAAGCCAAAAGTAGATGATGAGGTG...CAGCCCATGGACGTTGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AAG         GACCTGGGTCTACCAAGGAGTTGATCAAGTCCATCAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110861 AAGGTG...TAGGACCTGGGTCTACCAAGGAGTTGATCAAGTCCATCAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GAAAAGTTTGCTGGGTCTGCTGGCTGGGAAGGCACA         GA AT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>> |-||
 111324 GAAAAGTTTGCTGGGTCTGCTGGCTGGGAAGGCACAGAA...TAGCATAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CGCTGAAGAAGCCAGAAGACAAAAAGCAGCTGGGAGATTTCTTTGGCATG
        -|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111645  GCTGAAGAAGCCAGAAGACAAAAAGCAGCTGGGAGATTTCTTTGGCATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 TCCAACAGTTATGCAGAGTGCTACCCAGCCAC         GATGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111694 TCCAACAGTTATGCAGAGTGCTACCCAGCCACGTA...TAGGATGGATGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CATGGCTGTGGATAGTGATGAGGAGGTGGATTATAGCAAAATGGACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112297 CATGGCTGTGGATAGTGATGAGGAGGTGGATTATAGCAAAATGGACCAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1414         GGTAACAAGAAGGGGCCCTTAGGCCGTTGGGACTTTGATACC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112347 TA...CAGGGTAACAAGAAGGGGCCCTTAGGCCGTTGGGACTTTGATACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CAGGAAGAATACAGCGAGTATATGAACAACAAAGAAGCTTTGCCCAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 113192 CAGGAAGAATACAGCGAGTATATGAACAACAAAGAAGCTTTGCCCAAGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1503       GGCTGCATTCCAGTATGGTATCAAAATGTCTGAAGGGCGGAAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113242 ...CAGGGCTGCATTCCAGTATGGTATCAAAATGTCTGAAGGGCGGAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CCAGGCGCTTCAAGGAAACCAATGACAAAGCAGAGCTTGATCGCCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113473 CCAGGCGCTTCAAGGAAACCAATGACAAAGCAGAGCTTGATCGCCAGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 AAGAAGATTAGTGCA         ATCATTGAGAAGAGGAAGAAGATGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113523 AAGAAGATTAGTGCAGTA...CAGATCATTGAGAAGAGGAAGAAGATGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 AGCTGATGG         GGTTGAAGTCAAAAGACCAAAATAC
        |||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 113735 AGCTGATGGGTG...CAGGGTTGAAGTCAAAAGACCAAAATAC