seq1 = pF1KE1976.tfa, 1608 bp
seq2 = pF1KE1976/gi568815597r_45229309.tfa (gi568815597r:45229309_45434512), 205204 bp

>pF1KE1976 1608
>gi568815597r:45229309_45434512 (Chr1)

(complement)

1-36  (94259-94294)   100% ->
37-157  (100002-100122)   100% ->
158-309  (100949-101100)   100% ->
310-349  (101189-101228)   100% ->
350-423  (101343-101416)   100% ->
424-465  (101554-101595)   100% ->
466-537  (101679-101750)   100% ->
538-651  (101826-101939)   100% ->
652-749  (102025-102122)   100% ->
750-894  (102203-102347)   100% ->
895-958  (102427-102490)   100% ->
959-1147  (102664-102852)   100% ->
1148-1284  (102957-103093)   100% ->
1285-1437  (103179-103331)   100% ->
1438-1479  (103956-103997)   100% ->
1480-1608  (105076-105204)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACACCGCTCGTCTCCCGCCTGAGTCGTCTGTGG         GCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  94259 ATGACACCGCTCGTCTCCCGCCTGAGTCGTCTGTGGGTA...CAGGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CATGAGGAAGCCACGAGCAGCCGTGGGAAGTGGTCACAGGAAGCAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100007 CATGAGGAAGCCACGAGCAGCCGTGGGAAGTGGTCACAGGAAGCAGGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAGCCAGGAAGGGAGGCAGAAGCATGCTAAGAACAACAGTCAGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100057 CCAGCCAGGAAGGGAGGCAGAAGCATGCTAAGAACAACAGTCAGGCCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTTCTGCCTGTGATG         CAGGCCTGGCCAGGCAGCCGGAAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100107 CCTTCTGCCTGTGATGGTA...CAGCAGGCCTGGCCAGGCAGCCGGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTGGTATTGCAGGCCTCTGTCTCCTCATACCATCTATTCAGAGACGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100974 GGTGGTATTGCAGGCCTCTGTCTCCTCATACCATCTATTCAGAGACGTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGAAGTCACAGCCTTCCGAGGGAGCCTGCTAAGCTGGTACGACCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101024 CTGAAGTCACAGCCTTCCGAGGGAGCCTGCTAAGCTGGTACGACCAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAACGGGACCTACCATGGAGAAGACGG         GCAGAAGATGAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101074 AAACGGGACCTACCATGGAGAAGACGGGTA...CAGGCAGAAGATGAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGACCTGGACAGGCGGGCATATGCTG         TGTGGGTCTCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101203 GGACCTGGACAGGCGGGCATATGCTGGTC...CAGTGTGGGTCTCAGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCATGCTGCAGCAGACCCAGGTTGCCACTGTGATCAACTACTATACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101358 TCATGCTGCAGCAGACCCAGGTTGCCACTGTGATCAACTACTATACCGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGGATGCAG         AAGTGGCCTACACTGCAGGACCTGGCCAGTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101408 TGGATGCAGGTG...TAGAAGTGGCCTACACTGCAGGACCTGGCCAGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTCCCTGGAG         GAGGTGAATCAACTCTGGGCTGGCCTGGGCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101586 TTCCCTGGAGGTG...CAGGAGGTGAATCAACTCTGGGCTGGCCTGGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ACTATTCTCGTGGCCGGCGGCTGCAGGAGGGAGCTCGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101710 ACTATTCTCGTGGCCGGCGGCTGCAGGAGGGAGCTCGGAAGGTA...CAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GTGGTAGAGGAGCTAGGGGGCCACATGCCACGTACAGCAGAGACCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101826 GTGGTAGAGGAGCTAGGGGGCCACATGCCACGTACAGCAGAGACCCTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GCAGCTCCTGCCTGGCGTGGGGCGCTACACAGCTGGGGCCATTGCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101876 GCAGCTCCTGCCTGGCGTGGGGCGCTACACAGCTGGGGCCATTGCCTCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TCGCCTTTGGCCAG         GCAACCGGTGTGGTGGATGGCAACGTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101926 TCGCCTTTGGCCAGGTG...CAGGCAACCGGTGTGGTGGATGGCAACGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GCACGGGTGCTGTGCCGTGTCCGAGCCATTGGTGCTGATCCCAGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102052 GCACGGGTGCTGTGCCGTGTCCGAGCCATTGGTGCTGATCCCAGCAGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CCTTGTTTCCCAGCAGCTCTG         GGGTCTAGCCCAGCAGCTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102102 CCTTGTTTCCCAGCAGCTCTGGTA...TAGGGGTCTAGCCCAGCAGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TGGACCCAGCCCGGCCAGGAGATTTCAACCAAGCAGCCATGGAGCTAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102223 TGGACCCAGCCCGGCCAGGAGATTTCAACCAAGCAGCCATGGAGCTAGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GCCACAGTGTGTACCCCACAGCGCCCACTGTGCAGCCAGTGCCCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102273 GCCACAGTGTGTACCCCACAGCGCCCACTGTGCAGCCAGTGCCCTGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GAGCCTGTGCCGGGCACGCCAGAGA         GTGGAGCAGGAACAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102323 GAGCCTGTGCCGGGCACGCCAGAGAGTA...CAGGTGGAGCAGGAACAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TCTTAGCCTCAGGGAGCCTGTCGGGCAGTCCTGACGTGGAGGAGTGTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102443 TCTTAGCCTCAGGGAGCCTGTCGGGCAGTCCTGACGTGGAGGAGTGTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    959        CTCCCAACACTGGACAGTGCCACCTGTGCCTGCCTCCCTCGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102493 G...CAGCTCCCAACACTGGACAGTGCCACCTGTGCCTGCCTCCCTCGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GCCCTGGGACCAGACCCTGGGAGTGGTCAACTTCCCCAGAAAGGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102707 GCCCTGGGACCAGACCCTGGGAGTGGTCAACTTCCCCAGAAAGGCCAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 GCAAGCCCCCCAGGGAGGAGAGCTCTGCCACCTGTGTTCTGGAACAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102757 GCAAGCCCCCCAGGGAGGAGAGCTCTGCCACCTGTGTTCTGGAACAGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GGGGCCCTTGGGGCCCAAATTCTGCTGGTGCAGAGGCCCAACTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102807 GGGGCCCTTGGGGCCCAAATTCTGCTGGTGCAGAGGCCCAACTCAGGTA.

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1148      GTCTGCTGGCAGGACTGTGGGAGTTCCCGTCCGTGACCTGGGAGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102857 ..CAGGTCTGCTGGCAGGACTGTGGGAGTTCCCGTCCGTGACCTGGGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CCTCAGAGCAGCTTCAGCGCAAGGCCCTGCTGCAGGAACTACAGCGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103002 CCTCAGAGCAGCTTCAGCGCAAGGCCCTGCTGCAGGAACTACAGCGTTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GCTGGGCCCCTCCCAGCCACGCACCTCCGGCACCTTGGGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103052 GCTGGGCCCCTCCCAGCCACGCACCTCCGGCACCTTGGGGAGGTA...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1285  GTTGTCCACACCTTCTCTCACATCAAGCTGACATATCAAGTATATGGGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103178 GGTTGTCCACACCTTCTCTCACATCAAGCTGACATATCAAGTATATGGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TGGCCTTGGAAGGGCAGACCCCAGTGACCACCGTACCACCAGGTGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103228 TGGCCTTGGAAGGGCAGACCCCAGTGACCACCGTACCACCAGGTGCTCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TGGCTGACGCAGGAGGAATTTCACACCGCAGCTGTTTCCACCGCCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103278 TGGCTGACGCAGGAGGAATTTCACACCGCAGCTGTTTCCACCGCCATGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 AAAG         GTTTTCCGTGTGTATCAGGGCCAACAGCCAGGGACCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103328 AAAGGCA...TAGGTTTTCCGTGTGTATCAGGGCCAACAGCCAGGGACCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 GTATG         GGTTCCAAAAGGTCCCAGGTGTCCTCTCCGTGCAGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103993 GTATGGTA...CAGGGTTCCAAAAGGTCCCAGGTGTCCTCTCCGTGCAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 CGGAAAAAGCCCCGCATGGGCCAGCAAGTCCTGGATAATTTCTTTCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105112 CGGAAAAAGCCCCGCATGGGCCAGCAAGTCCTGGATAATTTCTTTCGGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 TCACATCTCCACTGATGCACACAGCCTCAACAGTGCAGCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105162 TCACATCTCCACTGATGCACACAGCCTCAACAGTGCAGCCCAG