seq1 = pF1KE1972.tfa, 1620 bp
seq2 = pF1KE1972/gi568815588f_17544340.tfa (gi568815588f:17544340_17814777), 270438 bp

>pF1KE1972 1620
>gi568815588f:17544340_17814777 (Chr10)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-125  (116125-116209)   100% ->
126-201  (140336-140411)   100% ->
202-297  (140493-140588)   100% ->
298-444  (143688-143834)   100% ->
445-535  (148883-148973)   100% ->
536-728  (150710-150902)   100% ->
729-823  (152436-152530)   100% ->
824-912  (155852-155940)   100% ->
913-1000  (160092-160179)   100% ->
1001-1055  (160631-160685)   100% ->
1056-1209  (161249-161402)   100% ->
1210-1385  (164437-164612)   100% ->
1386-1620  (170204-170438)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCTTTTTGCCACCAATCCCTTCGATCAGGATGTTG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGCCTCTTTTTGCCACCAATCCCTTCGATCAGGATGTTGGTA...CAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAAAGCAACCAGCGAGATGAATACTGCTGAGGACTGGGGCCTCATTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116126 GAAAGCAACCAGCGAGATGAATACTGCTGAGGACTGGGGCCTCATTTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATATCTGTGATAAAGTTGGTCAGTCTCGCACTGG         ACCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 116176 ATATCTGTGATAAAGTTGGTCAGTCTCGCACTGGGTA...TAGACCTAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GATTGTCTTCGGTCTATTATGAGAAGAGTGAACCACAAAGATCCTCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140343 GATTGTCTTCGGTCTATTATGAGAAGAGTGAACCACAAAGATCCTCACGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCTATGCAGGCTTTGACT         CTTCTAGGAGCATGTGTATCAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 140393 TGCTATGCAGGCTTTGACTGTG...TAGCTTCTAGGAGCATGTGTATCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACTGTGGCAAAATTTTTCATTTAGAAGTATGTTCAAGAGATTTTGCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140515 ACTGTGGCAAAATTTTTCATTTAGAAGTATGTTCAAGAGATTTTGCTAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAGTAAGCAACGTATTAAATAAG         GGTCATCCTAAAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 140565 GAAGTAAGCAACGTATTAAATAAGGTA...CAGGGTCATCCTAAAGTATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGAAAAATTAAAGGCTCTTATGGTTGAATGGACAGATGAATTTAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143705 TGAAAAATTAAAGGCTCTTATGGTTGAATGGACAGATGAATTTAAGAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATCCACAGCTTAGTCTAATATCAGCAATGATTAAGAACCTTAAGGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143755 ATCCACAGCTTAGTCTAATATCAGCAATGATTAAGAACCTTAAGGAACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGAGTTACGTTCCCAGCTATTGGCTCTCAG         GCTGCAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 143805 GGAGTTACGTTCCCAGCTATTGGCTCTCAGGTA...TAGGCTGCAGAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGCAAAAGCAAGCCCAGCTCTTGTAGCCAAGGATCCTGGTACTGTGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148894 AGCAAAAGCAAGCCCAGCTCTTGTAGCCAAGGATCCTGGTACTGTGGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACAAAAAAGAAGAAGAAGATTTAGCAAAAG         CCATTGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 148944 ACAAAAAAGAAGAAGAAGATTTAGCAAAAGGTG...TAGCCATTGAGTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCTCTCAAGGAACAAAGGCAGCAGTCAACCACCCTTTCCACTTTGTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150721 TCTCTCAAGGAACAAAGGCAGCAGTCAACCACCCTTTCCACTTTGTATCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAGCACATCCAGTCTCTTAACTAACCACCAACATGAAGGCCGAAAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150771 AAGCACATCCAGTCTCTTAACTAACCACCAACATGAAGGCCGAAAAGTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GTGCTATATATGACTTTGAAGCTGCTGAAGACAATGAACTTACTTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150821 GTGCTATATATGACTTTGAAGCTGCTGAAGACAATGAACTTACTTTTAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCTGGAGAAATTATTACAGTTCTTGATGACAG         TGATCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 150871 GCTGGAGAAATTATTACAGTTCTTGATGACAGGTA...TAGTGATCCTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CTGGTGGAAAGGTGAAACCCATCAAGGCATAGGGTTATTTCCTTCTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152445 CTGGTGGAAAGGTGAAACCCATCAAGGCATAGGGTTATTTCCTTCTAATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGTGACTGCAGATCTCACTGCTGAACCAGAAATGA         TTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 152495 TTGTGACTGCAGATCTCACTGCTGAACCAGAAATGAGTA...CAGTTAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACAGAGAAGAAGACGGTACAATTTAGTGATGATGTTCAGGTAGAGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155857 ACAGAGAAGAAGACGGTACAATTTAGTGATGATGTTCAGGTAGAGACAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGAACCAGAGCCGGAACCAGCCTTTATTGATGAA         GATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 155907 AGAACCAGAGCCGGAACCAGCCTTTATTGATGAAGTA...TAGGATAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGGACCAGTTGCTACAGATGCTGCAAAGTACAGACCCCAGTGATGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160099 TGGACCAGTTGCTACAGATGCTGCAAAGTACAGACCCCAGTGATGATCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCAGACCTACCAGAGCTGCTTCATCTTGAAG         CAATGTGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 160149 CCAGACCTACCAGAGCTGCTTCATCTTGAAGGTA...TAGCAATGTGTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCAGATGGGACCTCTCATTGATGAAAAGCTGGAAGATATTGATAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 160641 CCAGATGGGACCTCTCATTGATGAAAAGCTGGAAGATATTGATAGGTA..

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056     AAAACATTCAGAACTCTCAGAACTTAATGTGAAAGTGATGGAGGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160691 .CAGAAAACATTCAGAACTCTCAGAACTTAATGTGAAAGTGATGGAGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTTTCCTTATATACCAAGTTAATGAACGAAGATCCGATGTATTCCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161295 CTTTCCTTATATACCAAGTTAATGAACGAAGATCCGATGTATTCCATGTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TGCAAAGTTACAGAATCAGCCATATTATATGCAGTCATCTGGTGTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161345 TGCAAAGTTACAGAATCAGCCATATTATATGCAGTCATCTGGTGTTTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GTTCTCAG         GTGTATGCAGGGCCTCCTCCAAGTGGTGCCTAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 161395 GTTCTCAGGTA...CAGGTGTATGCAGGGCCTCCTCCAAGTGGTGCCTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CTGGTTGCAGGGAACGCGCAGATGAGCCACCTCCAGAGCTACAGTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164470 CTGGTTGCAGGGAACGCGCAGATGAGCCACCTCCAGAGCTACAGTCTTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CCCGGAGCAGCTGTCTTCTCTCAGCCAGGCAGTGGTCCCACCATCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164520 CCCGGAGCAGCTGTCTTCTCTCAGCCAGGCAGTGGTCCCACCATCCGCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ACCCAGCCCTTCCTAGTCAGCAGACTCAGGCCGCTTACCCAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 164570 ACCCAGCCCTTCCTAGTCAGCAGACTCAGGCCGCTTACCCAAAGTA...C

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1386   TACAATGGTCAGTTCCGTTCAAGGAAACACATATCCCAGCCAGGCGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170202 AGTACAATGGTCAGTTCCGTTCAAGGAAACACATATCCCAGCCAGGCGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 AGTATACAGTCCTCCTCCTGCCGCTACTGCTGCTGCTGCAACTGCCGATG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170252 AGTATATAGTCCTCCTCCTGCCGCTACTGCTGCTGCTGCAACTGCCGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TCACTCTGTACCAGAATGCAGGACCTAATATGCCCCAGGTGCCAAACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170302 TCACTCTGTACCAGAATGCAGGACCTAATATGCCCCAGGTGCCAAACTAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AACTTAACATCATCAACTCTGCCTCAGCCCGGAGGCAGCCAACAGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170352 AACTTAACATCATCAACTCTGCCTCAGCCCGGAGGCAGCCAACAGCCACC

   1700     .    :    .    :    .    :    .
   1584 TCAGCCACAGCAACCATATTCTCAGAAGGCTCTGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170402 TCAGCCACAGCAACCATATTCTCAGAAGGCTCTGCTA