seq1 = pF1KE1971.tfa, 1614 bp
seq2 = pF1KE1971/gi568815596f_201158295.tfa (gi568815596f:201158295_201386591), 228297 bp

>pF1KE1971 1614
>gi568815596f:201158295_201386591 (Chr2)

1-151  (99938-100088)   99% ->
152-482  (108167-108497)   100% ->
483-588  (113222-113327)   100% ->
589-727  (114344-114482)   100% ->
728-772  (114604-114648)   100% ->
773-837  (116595-116659)   100% ->
838-979  (118533-118674)   100% ->
980-1481  (126522-127023)   100% ->
1482-1614  (128165-128297)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGAGGCAGAAGAGCCAGGGTGGTTATTGAAAGTAGAAGAAACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
  99938 ATGGAGGGAGGCAGAAGAGCCAGGGTGGTTATTGAAAGTAAAAGAAACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCTGGGAGCCTTTCCCACCCCCTTCCCTGCTGAGCACGTGGAGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99988 CTTCCTGGGAGCCTTTCCCACCCCCTTCCCTGCTGAGCACGTGGAGTTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAGGTTAGGGGACTCGGAGACTGCGATGGTGCCAGGAAAGGGTGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100038 GCAGGTTAGGGGACTCGGAGACTGCGATGGTGCCAGGAAAGGGTGGAGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 G         ATTATATTCTCCTGCCTTTTAAAAAGATGGACTTCAGCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100088 GGTG...TAGATTATATTCTCCTGCCTTTTAAAAAGATGGACTTCAGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAATCTTTATGATATTGGGGAACAACTGGACAGTGAAGATCTGGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108207 AAATCTTTATGATATTGGGGAACAACTGGACAGTGAAGATCTGGCCTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAAGTTCCTGAGCCTGGACTACATTCCGCAAAGGAAGCAAGAACCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108257 TCAAGTTCCTGAGCCTGGACTACATTCCGCAAAGGAAGCAAGAACCCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGGATGCCTTGATGTTATTCCAGAGACTCCAGGAAAAGAGAATGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108307 AAGGATGCCTTGATGTTATTCCAGAGACTCCAGGAAAAGAGAATGTTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAAAGCAATCTGTCCTTCCTGAAGGAGCTGCTCTTCCGAATTAATAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108357 GGAAAGCAATCTGTCCTTCCTGAAGGAGCTGCTCTTCCGAATTAATAGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGATTTGCTGATTACCTACCTAAACACTAGAAAGGAGGAGATGGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108407 TGGATTTGCTGATTACCTACCTAAACACTAGAAAGGAGGAGATGGAAAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAACTTCAGACACCAGGCAGGGCTCAAATTTCTGCCTACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108457 GAACTTCAGACACCAGGCAGGGCTCAAATTTCTGCCTACAGGTG...CAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGTCATGCTCTATCAGATTTCAGAAGAAGTGAGCAGATCAGAATTGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113222 GGTCATGCTCTATCAGATTTCAGAAGAAGTGAGCAGATCAGAATTGAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTTTTAAGTTTCTTTTGCAAGAGGAAATCTCCAAATGCAAACTGGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113272 CTTTTAAGTTTCTTTTGCAAGAGGAAATCTCCAAATGCAAACTGGATGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GACATG         AACCTGCTGGATATTTTCATAGAGATGGAGAAGAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113322 GACATGGTA...TAGAACCTGCTGGATATTTTCATAGAGATGGAGAAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGTCATCCTGGGAGAAGGAAAGTTGGACATCCTGAAAAGAGTCTGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114379 GGTCATCCTGGGAGAAGGAAAGTTGGACATCCTGAAAAGAGTCTGTGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAATCAACAAGAGCCTGCTGAAGATAATCAACGACTATGAAGAATTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114429 AAATCAACAAGAGCCTGCTGAAGATAATCAACGACTATGAAGAATTCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAAG         AGAGAAGCAGCAGCCTTGAAGGAAGTCCTGATGAATT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114479 AAAGGTA...CAGAGAGAAGCAGCAGCCTTGAAGGAAGTCCTGATGAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTCAAATG         GGGAGGAGTTGTGTGGGGTAATGACAATCTCGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114641 TTCAAATGGTA...CAGGGGAGGAGTTGTGTGGGGTAATGACAATCTCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACTCTCCAAGAGAACAGGATAGTGAATCACAG         ACTTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 116628 ACTCTCCAAGAGAACAGGATAGTGAATCACAGGTA...CAGACTTTGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAAGTTTACCAAATGAAAAGCAAACCTCGGGGATACTGTCTGATCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118542 AAAGTTTACCAAATGAAAAGCAAACCTCGGGGATACTGTCTGATCATCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAATCACAATTTTGCAAAAGCACGGGAGAAAGTGCCCAAACTTCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118592 CAATCACAATTTTGCAAAAGCACGGGAGAAAGTGCCCAAACTTCACAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTAGGGACAGGAATGGAACACACTTGGATGCAG         GGGCTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 118642 TTAGGGACAGGAATGGAACACACTTGGATGCAGGTA...CAGGGGCTTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACCACGACCTTTGAAGAGCTTCATTTTGAGATCAAGCCCCACGATGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126530 ACCACGACCTTTGAAGAGCTTCATTTTGAGATCAAGCCCCACGATGACTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CACAGTAGAGCAAATCTATGAGATTTTGAAAATCTACCAACTCATGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126580 CACAGTAGAGCAAATCTATGAGATTTTGAAAATCTACCAACTCATGGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACAGTAACATGGACTGCTTCATCTGCTGTATCCTCTCCCATGGAGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126630 ACAGTAACATGGACTGCTTCATCTGCTGTATCCTCTCCCATGGAGACAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGCATCATCTATGGCACTGATGGACAGGAGGCCCCCATCTATGAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126680 GGCATCATCTATGGCACTGATGGACAGGAGGCCCCCATCTATGAGCTGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ATCTCAGTTCACTGGTTTGAAGTGCCCTTCCCTTGCTGGAAAACCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126730 ATCTCAGTTCACTGGTTTGAAGTGCCCTTCCCTTGCTGGAAAACCCAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGTTTTTTATTCAGGCTTGTCAGGGGGATAACTACCAGAAAGGTATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126780 TGTTTTTTATTCAGGCTTGTCAGGGGGATAACTACCAGAAAGGTATACCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTTGAGACTGATTCAGAGGAGCAACCCTATTTAGAAATGGATTTATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126830 GTTGAGACTGATTCAGAGGAGCAACCCTATTTAGAAATGGATTTATCATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ACCTCAAACGAGATATATCCCGGATGAGGCTGACTTTCTGCTGGGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126880 ACCTCAAACGAGATATATCCCGGATGAGGCTGACTTTCTGCTGGGGATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CCACTGTGAATAACTGTGTTTCCTACCGAAACCCTGCAGAGGGAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126930 CCACTGTGAATAACTGTGTTTCCTACCGAAACCCTGCAGAGGGAACCTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TACATCCAGTCACTTTGCCAGAGCCTGAGAGAGCGATGTCCTCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 126980 TACATCCAGTCACTTTGCCAGAGCCTGAGAGAGCGATGTCCTCGGTA...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1482    AGGCGATGATATTCTCACCATCCTGACTGAAGTGAACTATGAAGTAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128162 CAGAGGCGATGATATTCTCACCATCCTGACTGAAGTGAACTATGAAGTAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GCAACAAGGATGACAAGAAAAACATGGGGAAACAGATGCCTCAGCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128212 GCAACAAGGATGACAAGAAAAACATGGGGAAACAGATGCCTCAGCCTACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1579 TTCACACTAAGAAAAAAACTTGTCTTCCCTTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128262 TTCACACTAAGAAAAAAACTTGTCTTCCCTTCTGAT