seq1 = pF1KE1970.tfa, 1611 bp
seq2 = pF1KE1970/gi568815587r_86851145.tfa (gi568815587r:86851145_87055085), 203941 bp

>pF1KE1970 1611
>gi568815587r:86851145_87055085 (Chr11)

(complement)

1-285  (100001-100285)   100% ->
286-1611  (102616-103941)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTGGCGGGGCGCAGGGCCGAGCGTCCCGGGGGCGCCCGGGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTGGCGGGGCGCAGGGCCGAGCGTCCCGGGGGCGCCCGGGGGCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGTCTCAGTCTGGGGTTGCTCCTGCAGTTGCTGCTGCTCCTGGGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGTCTCAGTCTGGGGTTGCTCCTGCAGTTGCTGCTGCTCCTGGGGCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCGGGGCTTCGGGGACGAGGAAGAGCGGCGCTGCGACCCCATCCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCGGGGCTTCGGGGACGAGGAAGAGCGGCGCTGCGACCCCATCCGCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCATGTGCCAGAACCTCGGCTACAACGTGACCAAGATGCCCAACCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCATGTGCCAGAACCTCGGCTACAACGTGACCAAGATGCCCAACCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGGCACGAGCTGCAGACGGACGCCGAGCTGCAGCTGACAACTTTCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGGCACGAGCTGCAGACGGACGCCGAGCTGCAGCTGACAACTTTCACAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCTCATCCAGTACGGCTGCTCCAGCCAGCTGCAG         TTCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100251 CGCTCATCCAGTACGGCTGCTCCAGCCAGCTGCAGGTG...CAGTTCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTTGTTCTGTTTATGTGCCAATGTGCACAGAGAAGATCAACATCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102622 CTTTGTTCTGTTTATGTGCCAATGTGCACAGAGAAGATCAACATCCCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGCCCATGCGGCGGCATGTGTCTTTCAGTCAAGAGACGCTGTGAACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102672 TGGCCCATGCGGCGGCATGTGTCTTTCAGTCAAGAGACGCTGTGAACCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCTGAAGGAATTTGGATTTGCCTGGCCAGAGAGTCTGAACTGCAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102722 TCCTGAAGGAATTTGGATTTGCCTGGCCAGAGAGTCTGAACTGCAGCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTCCCACCACAGAACGACCACAACCACATGTGCATGGAAGGGCCAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102772 TTCCCACCACAGAACGACCACAACCACATGTGCATGGAAGGGCCAGGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGAAGAGGTGCCCTTACCTCACAAAACCCCCATCCAGCCTGGGGAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102822 TGAAGAGGTGCCCTTACCTCACAAAACCCCCATCCAGCCTGGGGAAGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTCACTCTGTGGGAACCAATTCTGATCAGTACATCTGGGTGAAAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102872 GTCACTCTGTGGGAACCAATTCTGATCAGTACATCTGGGTGAAAAGGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTGAACTGTGTGCTCAAGTGTGGCTATGATGCTGGCTTATACAGCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102922 CTGAACTGTGTGCTCAAGTGTGGCTATGATGCTGGCTTATACAGCCGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGCCAAGGAGTTCACTGATATCTGGATGGCTGTGTGGGCCAGCCTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102972 AGCCAAGGAGTTCACTGATATCTGGATGGCTGTGTGGGCCAGCCTGTGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCATCTCCACTGCCTTCACAGTACTGACCTTCCTGATCGATTCTTCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103022 TCATCTCCACTGCCTTCACAGTACTGACCTTCCTGATCGATTCTTCTAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TTTTCCTACCCTGAGCGCCCCATCATATTTCTCAGTATGTGCTATAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103072 TTTTCCTACCCTGAGCGCCCCATCATATTTCTCAGTATGTGCTATAATAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TTATAGCATTGCTTATATTGTCAGGCTGACTGTAGGCCGGGAAAGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103122 TTATAGCATTGCTTATATTGTCAGGCTGACTGTAGGCCGGGAAAGGATAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCTGTGATTTTGAAGAGGCAGCAGAACCTGTTCTCATCCAAGAAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103172 CCTGTGATTTTGAAGAGGCAGCAGAACCTGTTCTCATCCAAGAAGGACTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AAGAACACAGGATGTGCAATAATTTTCTTGCTGATGTACTTTTTTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103222 AAGAACACAGGATGTGCAATAATTTTCTTGCTGATGTACTTTTTTGGAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGCCAGCTCCATTTGGTGGGTTATTCTGACACTCACTTGGTTTTTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103272 GGCCAGCTCCATTTGGTGGGTTATTCTGACACTCACTTGGTTTTTGGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CAGGACTCAAATGGGGTCATGAAGCCATTGAAATGCACAGCTCTTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103322 CAGGACTCAAATGGGGTCATGAAGCCATTGAAATGCACAGCTCTTATTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CACATTGCAGCCTGGGCCATCCCCGCAGTGAAAACCATTGTCATCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103372 CACATTGCAGCCTGGGCCATCCCCGCAGTGAAAACCATTGTCATCTTGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TATGAGACTGGTGGATGCAGATGAACTGACTGGCTTGTGCTATGTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103422 TATGAGACTGGTGGATGCAGATGAACTGACTGGCTTGTGCTATGTTGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ACCAAAATCTCGATGCCCTCACCGGGTTCGTGGTGGCTCCCCTCTTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103472 ACCAAAATCTCGATGCCCTCACCGGGTTCGTGGTGGCTCCCCTCTTTACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TATTTGGTCATTGGAACTTTGTTCATTGCTGCAGGTTTGGTGGCCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103522 TATTTGGTCATTGGAACTTTGTTCATTGCTGCAGGTTTGGTGGCCTTGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CAAAATTCGGTCAAATCTTCAAAAGGATGGGACAAAGACAGACAAGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103572 CAAAATTCGGTCAAATCTTCAAAAGGATGGGACAAAGACAGACAAGTTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 AAAGACTGATGGTCAAGATTGGGGTGTTCTCAGTACTGTACACAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103622 AAAGACTGATGGTCAAGATTGGGGTGTTCTCAGTACTGTACACAGTTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GCAACGTGTGTGATTGCCTGTTATTTTTATGAAATCTCCAACTGGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103672 GCAACGTGTGTGATTGCCTGTTATTTTTATGAAATCTCCAACTGGGCACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 TTTTCGGTATTCTGCAGATGATTCCAACATGGCTGTTGAAATGTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103722 TTTTCGGTATTCTGCAGATGATTCCAACATGGCTGTTGAAATGTTGAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 TTTTTATGTCTTTGTTGGTGGGCATCACTTCAGGCATGTGGATTTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103772 TTTTTATGTCTTTGTTGGTGGGCATCACTTCAGGCATGTGGATTTGGTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GCCAAAACTCTTCACACGTGGCAGAAGTGTTCCAACAGATTGGTGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103822 GCCAAAACTCTTCACACGTGGCAGAAGTGTTCCAACAGATTGGTGAATTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TGGAAAGGTAAAGAGAGAGAAGAGAGGAAATGGTTGGGTGAAGCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103872 TGGAAAGGTAAAGAGAGAGAAGAGAGGAAATGGTTGGGTGAAGCCTGGAA

   1600     .    :    .    :
   1592 AAGGCAGTGAGACTGTGGTA
        ||||||||||||||||||||
 103922 AAGGCAGTGAGACTGTGGTA