seq1 = pF1KE1969.tfa, 1602 bp
seq2 = pF1KE1969/gi568815591f_139729388.tfa (gi568815591f:139729388_140120096), 390709 bp

>pF1KE1969 1602
>gi568815591f:139729388_140120096 (Chr7)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-186  (142848-142941)   100% ->
187-239  (146198-146250)   100% ->
240-336  (181838-181934)   100% ->
337-453  (206804-206920)   100% ->
454-542  (223981-224069)   100% ->
543-691  (226072-226220)   100% ->
692-822  (228247-228377)   100% ->
823-1137  (232532-232846)   100% ->
1138-1229  (277704-277795)   100% ->
1230-1367  (286336-286473)   100% ->
1368-1530  (288284-288446)   100% ->
1531-1602  (290638-290709)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGAAGCCTTGGGGTTTCTAAAATTGGAAGTGAATGGCCCCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGAAGCCTTGGGGTTTCTAAAATTGGAAGTGAATGGCCCCATGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACGGTGGCCCTGTCAGTGGCTCTCTTGGCCCTCCTGAAATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 GACGGTGGCCCTGTCAGTGGCTCTCTTGGCCCTCCTGAAATGGTA...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  GTACTCCACATCAGCATTCTCAAGACTGGAGAAGTTAGGCCTCAGACAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142847 GGTACTCCACATCAGCATTCTCAAGACTGGAGAAGTTAGGCCTCAGACAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCAAGCCTTCTCCTTTCATTGGAAACTTGACATTTTTCCGCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 142897 CCCAAGCCTTCTCCTTTCATTGGAAACTTGACATTTTTCCGCCAGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     GGTTTTTGGGAAAGCCAAATGGAGCTCAGAAAGCTGTATGGACCTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142947 .CAGGGTTTTTGGGAAAGCCAAATGGAGCTCAGAAAGCTGTATGGACCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTGTGG         GTACTATCTTGGTCGTCGGATGTTTATTGTTATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146244 TGTGTGGGTA...CAGGTACTATCTTGGTCGTCGGATGTTTATTGTTATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCTGAGCCAGACATGATCAAGCAGGTGTTGGTTGAGAACTTCAGTAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181872 TCTGAGCCAGACATGATCAAGCAGGTGTTGGTTGAGAACTTCAGTAACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TACCAACAGAATG         GCGTCGGGTTTGGAGTTCAAGTCGGTAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 181922 TACCAACAGAATGGTA...CAGGCGTCGGGTTTGGAGTTCAAGTCGGTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCGACAGCGTTCTGTTTTTACGTGACAAAAGATGGGAAGAGGTCAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206832 CCGACAGCGTTCTGTTTTTACGTGACAAAAGATGGGAAGAGGTCAGAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCCTGATGTCTGCTTTCAGTCCTGAAAAGCTGAACGAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 206882 GCCCTGATGTCTGCTTTCAGTCCTGAAAAGCTGAACGAGGTA...CAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGTTCCCCTCATCAGCCAAGCCTGCGACCTTCTCCTGGCTCATTTAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223983 GGTTCCCCTCATCAGCCAAGCCTGCGACCTTCTCCTGGCTCATTTAAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCTATGCGGAATCTGGGGACGCATTTGACATCCAGAG         GTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 224033 GCTATGCGGAATCTGGGGACGCATTTGACATCCAGAGGTA...TAGGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TACTGCAATTACACCACAGATGTGGTTGCCAGCGTCGCCTTTGGCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226076 TACTGCAATTACACCACAGATGTGGTTGCCAGCGTCGCCTTTGGCACCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGTGGACTCCTGGCAGGCCCCTGAGGATCCCTTTGTGAAACACTGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226126 GGTGGACTCCTGGCAGGCCCCTGAGGATCCCTTTGTGAAACACTGCAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GTTTCTTCGAATTCTGCATCCCCAGACCTATCCTGGTTTTACTCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 226176 GTTTCTTCGAATTCTGCATCCCCAGACCTATCCTGGTTTTACTCTGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692     TATCATTTCCATCCATAATGGTCCCACTGGCCCGGATTTTGCCCAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226226 .AAGTATCATTTCCATCCATAATGGTCCCACTGGCCCGGATTTTGCCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TAAGAACCGAGACGAACTGAATGGCTTTTTTAACAAACTCATTAGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228293 TAAGAACCGAGACGAACTGAATGGCTTTTTTAACAAACTCATTAGGAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGATTGCCTTGCGGGACCAGCAAGCTGCCGAAGAG         AGGCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 228343 TGATTGCCTTGCGGGACCAGCAAGCTGCCGAAGAGGTA...TAGAGGCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGAGACTTCCTCCAAATGGTCCTGGATGCCCGACATTCTGCAAGTCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232538 AGAGACTTCCTCCAAATGGTCCTGGATGCCCGACATTCTGCAAGTCCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGGCGTGCAAGACTTTGACATCGTCAGAGACGTTTTCTCCTCTACTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232588 GGGCGTGCAAGACTTTGACATCGTCAGAGACGTTTTCTCCTCTACTGGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCAAGCCGAACCCTTCCCGGCAACACCAGCCCAGCCCTATGGCCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232638 GCAAGCCGAACCCTTCCCGGCAACACCAGCCCAGCCCTATGGCCAGGCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTGACTGTGGATGAGATTGTGGGCCAGGCCTTCATCTTCCTCATCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232688 TTGACTGTGGATGAGATTGTGGGCCAGGCCTTCATCTTCCTCATCGCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTATGAAATCATCACCAACACACTTTCTTTTGCCACCTACCTACTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232738 CTATGAAATCATCACCAACACACTTTCTTTTGCCACCTACCTACTGGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCAACCCTGACTGCCAAGAGAAGCTTCTGAGAGAGGTAGACGTTTTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232788 CCAACCCTGACTGCCAAGAGAAGCTTCTGAGAGAGGTAGACGTTTTTAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGAAACAC         ATGGCCCCTGAGTTCTGCAGCCTCGAGGAAGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 232838 GAGAAACACGTG...CAGATGGCCCCTGAGTTCTGCAGCCTCGAGGAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCTGCCCTATCTGGACATGGTGATTGCAGAGACGCTGAGGATGTACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277736 CCTGCCCTATCTGGACATGGTGATTGCAGAGACGCTGAGGATGTACCCGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CAGCTTTCAG         ATTCACACGGGAGGCAGCTCAGGACTGCGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 277786 CAGCTTTCAGGTG...CAGATTCACACGGGAGGCAGCTCAGGACTGCGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTGCTGGGGCAGCGCATCCCCGCAGGCGCTGTGCTAGAGATGGCCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286367 GTGCTGGGGCAGCGCATCCCCGCAGGCGCTGTGCTAGAGATGGCCGTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGCCCTGCACCATGACCCTGAGCACTGGCCAAGCCCGGAGACCTTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286417 TGCCCTGCACCATGACCCTGAGCACTGGCCAAGCCCGGAGACCTTCAACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTGAAAG         GTTCACGGCTGAGGCCCGGCAGCAGCACCGGCCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286467 CTGAAAGGTG...CAGGTTCACGGCTGAGGCCCGGCAGCAGCACCGGCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTCACGTACCTGCCCTTCGGGGCCGGCCCACGGAGCTGCCTCGGGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288318 TTCACGTACCTGCCCTTCGGGGCCGGCCCACGGAGCTGCCTCGGGGTGCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TCTAGGGCTGCTTGAGGTCAAGTTGACACTGCTCCACGTGCTGCACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288368 TCTAGGGCTGCTTGAGGTCAAGTTGACACTGCTCCACGTGCTGCACAAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCCGGTTCCAAGCCTGCCCTGAGACCCAG         GTACCGCTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 288418 TCCGGTTCCAAGCCTGCCCTGAGACCCAGGTG...TAGGTACCGCTGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CTAGAATCCAAATCTGCCCTAGGTCCAAAAAATGGTGTCTATATCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290650 CTAGAATCCAAATCTGCCCTAGGTCCAAAAAATGGTGTCTATATCAAGAT

   1700     .    :
   1593 CGTATCCCGC
        ||||||||||
 290700 CGTATCCCGC