seq1 = pF1KE1967.tfa, 1590 bp
seq2 = pF1KE1967/gi568815595f_143020817.tfa (gi568815595f:143020817_143222406), 201590 bp

>pF1KE1967 1590
>gi568815595f:143020817_143222406 (Chr3)

1-1590  (100001-101590)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCGCAGCCCGCAGCGAGCTCTGCCCCCGGGCGCGCTCCCTCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCGCAGCCCGCAGCGAGCTCTGCCCCCGGGCGCGCTCCCTCGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCAGGCTGCGCCTGCAGCCGCGCCGCGTGCCCTGCTCCCGCAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCCAGGCTGCGCCTGCAGCCGCGCCGCGTGCCCTGCTCCCGCAGTGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCGGCGCCCAGGACGCCGCTGGCCCGCGTCCCCTCTCGGAATGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCGGCGCCCAGGACGCCGCTGGCCCGCGTCCCCTCTCGGAATGAAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCGTAGGAAGGCGCTGGTGTTGTGCGCGGGCTATGCACTGCTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCCGTAGGAAGGCGCTGGTGTTGTGCGCGGGCTATGCACTGCTGCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTCACTATGCTCAACCTCCTGGACTACAAGTGGCACAAGGAGCCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTCACTATGCTCAACCTCCTGGACTACAAGTGGCACAAGGAGCCGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCAGTGCAACCCCGATGGGCCGCTGGGTGCCGCAGCGGGGGCAGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCAGTGCAACCCCGATGGGCCGCTGGGTGCCGCAGCGGGGGCAGCCGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCAGCTGGGGGCGCCCAGGGCCGCCTCCGGCCGGGCCGCCCCGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCAGCTGGGGGCGCCCAGGGCCGCCTCCGGCCGGGCCGCCCCGTGCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCCCGTTTGGACCTCCGCACTCCTTACCGCCCTCCCGCTGCCGCCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCCCGTTTGGACCTCCGCACTCCTTACCGCCCTCCCGCTGCCGCCGTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGGCGGCTCCTGCAGCCGCGGCAGGGATGGCGGGGGTTGCGGCCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGGCGGCTCCTGCAGCCGCGGCAGGGATGGCGGGGGTTGCGGCCCCTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCAATGGCACTCGGGGCACCGGGGGCGTCGGGGACAAGCGGCAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCAATGGCACTCGGGGCACCGGGGGCGTCGGGGACAAGCGGCAGCTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTACGTGTTCACCACGTGGCGCTCTGGCTCGTCGTTCTTCGGCGAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTACGTGTTCACCACGTGGCGCTCTGGCTCGTCGTTCTTCGGCGAGCTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCAACCAGAATCCCGAGGTGTTCTTTCTCTACGAGCCAGTGTGGCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCAACCAGAATCCCGAGGTGTTCTTTCTCTACGAGCCAGTGTGGCATGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGGCAAAAACTGTATCCGGGGGACGCCGTTTCCCTGCAGGGGGCAGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGGCAAAAACTGTATCCGGGGGACGCCGTTTCCCTGCAGGGGGCAGCGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGACATGCTGAGCGCTCTTTACCGCTGCGACCTCTCTGTCTTCCAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGACATGCTGAGCGCTCTTTACCGCTGCGACCTCTCTGTCTTCCAGTTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATAGCCCCGCGGGCAGCGGGGGGCGCAACCTCACCACGCTGGGCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATAGCCCCGCGGGCAGCGGGGGGCGCAACCTCACCACGCTGGGCATCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCGCAGCCACCAACAAGGTGGTGTGCTCGTCACCACTCTGCCCCGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGCGCAGCCACCAACAAGGTGGTGTGCTCGTCACCACTCTGCCCCGCCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCGCAAGGAGGTCGTGGGGTTGGTGGACGACCGCGTGTGCAAGAAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCGCAAGGAGGTCGTGGGGTTGGTGGACGACCGCGTGTGCAAGAAGTGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CGCCACAGCGCCTGGCGCGTTTCGAGGAGGAGTGCCGCAAGTACCGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CGCCACAGCGCCTGGCGCGTTTCGAGGAGGAGTGCCGCAAGTACCGCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTAGTCATAAAGGGTGTGCGCGTCTTCGACGTGGCGGTCTTGGCGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTAGTCATAAAGGGTGTGCGCGTCTTCGACGTGGCGGTCTTGGCGCCACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCTGCGAGACCCGGCCCTGGACCTCAAGGTCATCCACTTGGTGCGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCTGCGAGACCCGGCCCTGGACCTCAAGGTCATCCACTTGGTGCGTGATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCCGCGCGGTGGCGAGTTCACGGATCCGCTCGCGCCACGGCCTCATCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCCGCGCGGTGGCGAGTTCACGGATCCGCTCGCGCCACGGCCTCATCCGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAGAGCCTACAGGTGGTGCGCAGCCGAGACCCGCGAGCTCACCGCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAGAGCCTACAGGTGGTGCGCAGCCGAGACCCGCGAGCTCACCGCATGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CTTCTTGGAGGCCGCGGGCCACAAGCTTGGCGCCAAGAAGGAGGGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CTTCTTGGAGGCCGCGGGCCACAAGCTTGGCGCCAAGAAGGAGGGCGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GCGGCCCCGCAGACTACCACGCTCTGGGCGCTATGGAGGTCATCTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GCGGCCCCGCAGACTACCACGCTCTGGGCGCTATGGAGGTCATCTGCAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AGTATGGCTAAGACGCTGCAGACAGCCCTGCAGCCCCCTGACTGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AGTATGGCTAAGACGCTGCAGACAGCCCTGCAGCCCCCTGACTGGCTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGGCCACTACCTGGTGGTGCGGTACGAGGACCTGGTGGGAGACCCCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGGCCACTACCTGGTGGTGCGGTACGAGGACCTGGTGGGAGACCCCGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 AGACACTACGGAGAGTGTACGATTTTGTGGGACTGTTGGTGAGCCCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 AGACACTACGGAGAGTGTACGATTTTGTGGGACTGTTGGTGAGCCCCGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ATGGAGCAGTTTGCCCTGAACATGACCAGTGGCTCGGGCTCCTCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 ATGGAGCAGTTTGCCCTGAACATGACCAGTGGCTCGGGCTCCTCCTCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GCCTTTCGTGGTATCTGCACGCAATGCCACGCAGGCCGCCAATGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GCCTTTCGTGGTATCTGCACGCAATGCCACGCAGGCCGCCAATGCCTGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 GGACCGCCCTCACCTTCCAGCAGATCAAACAGGTGGAGGAGTTTTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 GGACCGCCCTCACCTTCCAGCAGATCAAACAGGTGGAGGAGTTTTGCTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 CAGCCCATGGCCGTCCTGGGCTATGAGCGGGTCAACAGCCCTGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 CAGCCCATGGCCGTCCTGGGCTATGAGCGGGTCAACAGCCCTGAGGAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CAAAGACCTCAGCAAGACCCTGCTTCGGAAGCCCCGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CAAAGACCTCAGCAAGACCCTGCTTCGGAAGCCCCGTCTC