seq1 = pF1KE1966.tfa, 1572 bp
seq2 = pF1KE1966/gi568815578r_35604484.tfa (gi568815578r:35604484_35840874), 236391 bp

>pF1KE1966 1572
>gi568815578r:35604484_35840874 (Chr20)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-101  (101858-101907)   100% ->
102-296  (108740-108934)   100% ->
297-362  (111348-111413)   100% ->
363-416  (111510-111563)   100% ->
417-534  (115720-115837)   100% ->
535-687  (116153-116305)   100% ->
688-825  (118998-119135)   100% ->
826-891  (124070-124135)   100% ->
892-1096  (126486-126690)   100% ->
1097-1174  (127779-127856)   100% ->
1175-1207  (131619-131651)   100% ->
1208-1289  (133674-133755)   100% ->
1290-1395  (135545-135650)   100% ->
1396-1474  (136129-136207)   100% ->
1475-1572  (136294-136391)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGACGATATTGATATTGAAGCAATGCTTGAGGCTCCTTACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGACGATATTGATATTGAAGCAATGCTTGAGGCTCCTTACAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         GATGAGAACAAGTTGAGCAGTGCCAACGGCCATGAAGAAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTG...TAGGATGAGAACAAGTTGAGCAGTGCCAACGGCCATGAAGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTAGCAAAAA         GAGGAAAAAAAGCAAGAGCAGAAGTCGTAGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101898 GTAGCAAAAAGTG...CAGGAGGAAAAAAAGCAAGAGCAGAAGTCGTAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CATGAACGAAAGAGAAGCAAAAGTAAGGAACGGAAGCGAAGTAGAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108771 CATGAACGAAAGAGAAGCAAAAGTAAGGAACGGAAGCGAAGTAGAGACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAAAGGAAAAAGAGCAAAAGCCGTGAAAGAAAGCGAAGTAGAAGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108821 AGAAAGGAAAAAGAGCAAAAGCCGTGAAAGAAAGCGAAGTAGAAGCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGGCGACGGAGCCGCTCAAGAAGTCGAGATCGAAGATTTAGAGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108871 AGAGGCGACGGAGCCGCTCAAGAAGTCGAGATCGAAGATTTAGAGGCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACAGAAGTCCTTA         CTCCGGACCAAAATTTAACAGTGCCAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108921 TACAGAAGTCCTTAGTA...TAGCTCCGGACCAAAATTTAACAGTGCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCGAGGAAAGATTGGGTTGCCTCATAGCATCAAATTAAG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111375 CCGAGGAAAGATTGGGTTGCCTCATAGCATCAAATTAAGGTT...CAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GACGACGTTCCCGAAGCAAAAGTCCATTCAGAAAAGACAAGAGCCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111512 GACGACGTTCCCGAAGCAAAAGTCCATTCAGAAAAGACAAGAGCCCTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AG         AGAACCTATTGATAATTTAACTCCTGAGGAAAGAGATGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111562 AGGTA...TAGAGAACCTATTGATAATTTAACTCCTGAGGAAAGAGATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AAGGACAGTCTTCTGTATGCAGCTGGCGGCAAGAATTCGACCAAGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115759 AAGGACAGTCTTCTGTATGCAGCTGGCGGCAAGAATTCGACCAAGGGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGAAGAGTTTTTCTCTACAGTAGGAAAG         GTTCGAGATGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115809 TGGAAGAGTTTTTCTCTACAGTAGGAAAGGTA...TAGGTTCGAGATGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGGATGATTTCTGACAGAAATTCAAGACGTTCCAAAGGAATTGCTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116165 AGGATGATTTCTGACAGAAATTCAAGACGTTCCAAAGGAATTGCTTATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGAGTTCGTCGATGTTAGCTCAGTGCCTCTAGCAATAGGATTAACTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116215 GGAGTTCGTCGATGTTAGCTCAGTGCCTCTAGCAATAGGATTAACTGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AACGAGTTTTAGGCGTGCCAATCATAGTACAGGCATCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116265 AACGAGTTTTAGGCGTGCCAATCATAGTACAGGCATCACAGGTA...TAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCAGAAAAAAACAGAGCTGCAGCAATGGCAAACAATTTACAAAAGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118998 GCAGAAAAAAACAGAGCTGCAGCAATGGCAAACAATTTACAAAAGGGAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGCTGGACCTATGAGGCTTTATGTGGGCTCATTACACTTCAACATAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119048 TGCTGGACCTATGAGGCTTTATGTGGGCTCATTACACTTCAACATAACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAGATATGCTTCGTGGGATCTTTGAGCCTTTTGGAAGA         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 119098 AAGATATGCTTCGTGGGATCTTTGAGCCTTTTGGAAGAGTA...TAGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAAAGTATCCAGCTGATGATGGACAGTGAAACTGGTCGATCCAAGGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124073 GAAAGTATCCAGCTGATGATGGACAGTGAAACTGGTCGATCCAAGGGATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGGATTTATTACA         TTTTCTGACTCAGAATGTGCCAAAAAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 124123 TGGATTTATTACAGTA...TAGTTTTCTGACTCAGAATGTGCCAAAAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTTTGGAACAACTTAATGGATTTGAACTAGCAGGAAGACCAATGAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126514 CTTTGGAACAACTTAATGGATTTGAACTAGCAGGAAGACCAATGAAAGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGTCATGTTACTGAACGTACTGATGCTTCGAGTGCTAGTTCATTTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126564 GGTCATGTTACTGAACGTACTGATGCTTCGAGTGCTAGTTCATTTTTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAGTGATGAACTGGAAAGGACTGGAATTGATTTGGGAACAACTGGTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126614 CAGTGATGAACTGGAAAGGACTGGAATTGATTTGGGAACAACTGGTCGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTCAGTTAATGGCAAGACTTGCAGAGG         GTACAGGTTTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 126664 TTCAGTTAATGGCAAGACTTGCAGAGGGTA...CAGGTACAGGTTTGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATTCCGCCAGCAGCACAGCAAGCTCTACAGATGAGTGGCTCTTTGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127793 ATTCCGCCAGCAGCACAGCAAGCTCTACAGATGAGTGGCTCTTTGGCATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGGTGCTGTGGCAG         ATTTGCAAACAAGACTTTCCCAGCAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 127843 TGGTGCTGTGGCAGGTA...TAGATTTGCAAACAAGACTTTCCCAGCAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CTGAAG         CTTCAGCTTTAGCTGCAGCTGCCTCTGTTCAGCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131646 CTGAAGGTG...TAGCTTCAGCTTTAGCTGCAGCTGCCTCTGTTCAGCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CTTGCAACACAATGTTTCCAACTCTCTAACATGTTTAACCCTCAAAC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 133709 CTTGCAACACAATGTTTCCAACTCTCTAACATGTTTAACCCTCAAACGTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1290       AGAAGAAGAAGTTGGATGGGATACCGAGATTAAGGATGATGTGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133759 ...CAGAGAAGAAGAAGTTGGATGGGATACCGAGATTAAGGATGATGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TTGAAGAATGTAATAAACATGGAGGAGTTATTCATATTTATGTTGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135589 TTGAAGAATGTAATAAACATGGAGGAGTTATTCATATTTATGTTGACAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 AATTCAGCTCAG         GGCAATGTGTATGTGAAGTGCCCATCAAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 135639 AATTCAGCTCAGGTA...TAGGGCAATGTGTATGTGAAGTGCCCATCAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 TGCTGCAGCTATTGCTGCTGTCAATGCATTGCATGGCAGGTGGTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136158 TGCTGCAGCTATTGCTGCTGTCAATGCATTGCATGGCAGGTGGTTTGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475          GTAAAATGATAACAGCAGCATATGTACCTCTTCCAACTTAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136208 GTG...TAGGTAAAATGATAACAGCAGCATATGTACCTCTTCCAACTTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 CACAACCTGTTTCCTGATTCTATGACAGCAACACAGCTACTGGTTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136335 CACAACCTGTTTCCTGATTCTATGACAGCAACACAGCTACTGGTTCCAAG

   1700     .
   1566 TAGACGA
        |||||||
 136385 TAGACGA