seq1 = pF1KE1965.tfa, 1587 bp
seq2 = pF1KE1965/gi568815587f_89077954.tfa (gi568815587f:89077954_89395363), 317410 bp

>pF1KE1965 1587
>gi568815587f:89077954_89395363 (Chr11)

1-819  (100001-100819)   100% ->
820-1036  (113249-113465)   100% ->
1037-1184  (149870-150017)   100% ->
1185-1366  (206820-207001)   100% ->
1367-1587  (217190-217410)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCCTGGCTGTTTTGTACTGCCTGCTGTGGAGTTTCCAGACCTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCCTGGCTGTTTTGTACTGCCTGCTGTGGAGTTTCCAGACCTCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCCATTTCCCTAGAGCCTGTGTCTCCTCTAAGAACCTGATGGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCCATTTCCCTAGAGCCTGTGTCTCCTCTAAGAACCTGATGGAGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATGCTGTCCACCGTGGAGCGGGGACAGGAGTCCCTGTGGCCAGCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATGCTGTCCACCGTGGAGCGGGGACAGGAGTCCCTGTGGCCAGCTTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCAGAGGTTCCTGTCAGAATATCCTTCTGTCCAATGCACCACTTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCAGAGGTTCCTGTCAGAATATCCTTCTGTCCAATGCACCACTTGGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCAATTTCCCTTCACAGGGGTGGATGACCGGGAGTCGTGGCCTTCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCAATTTCCCTTCACAGGGGTGGATGACCGGGAGTCGTGGCCTTCCGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTTATAATAGGACCTGCCAGTGCTCTGGCAACTTCATGGGATTCAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTTATAATAGGACCTGCCAGTGCTCTGGCAACTTCATGGGATTCAACTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGAAACTGCAAGTTTGGCTTTTGGGGACCAAACTGCACAGAGAGACGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGAAACTGCAAGTTTGGCTTTTGGGGACCAAACTGCACAGAGAGACGACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTGGTGAGAAGAAACATCTTCGATTTGAGTGCCCCAGAGAAGGACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTGGTGAGAAGAAACATCTTCGATTTGAGTGCCCCAGAGAAGGACAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTTTTGCCTACCTCACTTTAGCAAAGCATACCATCAGCTCAGACTATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTTTTGCCTACCTCACTTTAGCAAAGCATACCATCAGCTCAGACTATGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCCCCATAGGGACCTATGGCCAAATGAAAAATGGATCAACACCCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATCCCCATAGGGACCTATGGCCAAATGAAAAATGGATCAACACCCATGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAACGACATCAATATTTATGACCTCTTTGTCTGGATGCATTATTATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TAACGACATCAATATTTATGACCTCTTTGTCTGGATGCATTATTATGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAATGGATGCACTGCTTGGGGGATCTGAAATCTGGAGAGACATTGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAATGGATGCACTGCTTGGGGGATCTGAAATCTGGAGAGACATTGATTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCCATGAAGCACCAGCTTTTCTGCCTTGGCATAGACTCTTCTTGTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCCATGAAGCACCAGCTTTTCTGCCTTGGCATAGACTCTTCTTGTTGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTGGGAACAAGAAATCCAGAAGCTGACAGGAGATGAAAACTTCACTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTGGGAACAAGAAATCCAGAAGCTGACAGGAGATGAAAACTTCACTATTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CATATTGGGACTGGCGGGATGCAGAAAAGTGTGACATTTGCACAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CATATTGGGACTGGCGGGATGCAGAAAAGTGTGACATTTGCACAGATGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TACATGGGAGGTCAGCACCCCACAAATCCTAACTTACTCAGCCCAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TACATGGGAGGTCAGCACCCCACAAATCCTAACTTACTCAGCCCAGCATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ATTCTTCTCCTCTTGGCAG         ATTGTCTGTAGCCGATTGGAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100801 ATTCTTCTCCTCTTGGCAGGTA...CAGATTGTCTGTAGCCGATTGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGTACAACAGCCATCAGTCTTTATGCAATGGAACGCCCGAGGGACCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113271 AGTACAACAGCCATCAGTCTTTATGCAATGGAACGCCCGAGGGACCTTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CGGCGTAATCCTGGAAACCATGACAAATCCAGAACCCCAAGGCTCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113321 CGGCGTAATCCTGGAAACCATGACAAATCCAGAACCCCAAGGCTCCCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TTCAGCTGATGTAGAATTTTGCCTGAGTTTGACCCAATATGAATCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113371 TTCAGCTGATGTAGAATTTTGCCTGAGTTTGACCCAATATGAATCTGGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCATGGATAAAGCTGCCAATTTCAGCTTTAGAAATACACTGGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113421 CCATGGATAAAGCTGCCAATTTCAGCTTTAGAAATACACTGGAAGGTA..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037     GATTTGCTAGTCCACTTACTGGGATAGCGGATGCCTCTCAAAGCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113471 .CAGGATTTGCTAGTCCACTTACTGGGATAGCGGATGCCTCTCAAAGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CATGCACAATGCCTTGCACATCTATATGAATGGAACAATGTCCCAGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149916 CATGCACAATGCCTTGCACATCTATATGAATGGAACAATGTCCCAGGTAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGGGATCTGCCAACGATCCTATCTTCCTTCTTCACCATGCATTTGTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149966 AGGGATCTGCCAACGATCCTATCTTCCTTCTTCACCATGCATTTGTTGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AG         TATTTTTGAGCAGTGGCTCCGAAGGCACCGTCCTCTTCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150016 AGGTT...CAGTATTTTTGAGCAGTGGCTCCGAAGGCACCGTCCTCTTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 AGAAGTTTATCCAGAAGCCAATGCACCCATTGGACATAACCGGGAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206859 AGAAGTTTATCCAGAAGCCAATGCACCCATTGGACATAACCGGGAATCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ACATGGTTCCTTTTATACCACTGTACAGAAATGGTGATTTCTTTATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206909 ACATGGTTCCTTTTATACCACTGTACAGAAATGGTGATTTCTTTATTTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 TCCAAAGATCTGGGCTATGACTATAGCTATCTACAAGATTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 206959 TCCAAAGATCTGGGCTATGACTATAGCTATCTACAAGATTCAGGTA...C

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1367   ACCCAGACTCTTTTCAAGACTACATTAAGTCCTATTTGGAACAAGCGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217188 AGACCCAGACTCTTTTCAAGACTACATTAAGTCCTATTTGGAACAAGCGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GTCGGATCTGGTCATGGCTCCTTGGGGCGGCGATGGTAGGGGCCGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217238 GTCGGATCTGGTCATGGCTCCTTGGGGCGGCGATGGTAGGGGCCGTCCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 ACTGCCCTGCTGGCAGGGCTTGTGAGCTTGCTGTGTCGTCACAAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217288 ACTGCCCTGCTGGCAGGGCTTGTGAGCTTGCTGTGTCGTCACAAGAGAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GCAGCTTCCTGAAGAAAAGCAGCCACTCCTCATGGAGAAAGAGGATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217338 GCAGCTTCCTGAAGAAAAGCAGCCACTCCTCATGGAGAAAGAGGATTACC

   1600     .    :    .    :
   1565 ACAGCTTGTATCAGAGCCATTTA
        |||||||||||||||||||||||
 217388 ACAGCTTGTATCAGAGCCATTTA